MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 455

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016914	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017169
2	NC_016914	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017172
3	NC_016914	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379017172
4	NC_016914	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379017175
5	NC_016914	AGAAAA	2	12	14041	14052	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379017184
6	NC_016914	ATTAAA	2	12	15218	15229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017186
7	NC_016914	TTTAAA	2	12	16815	16826	50 %	50 %	0 %	0 %	379017188
8	NC_016914	CTAATT	2	12	16864	16875	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379017188
9	NC_016914	CTATAT	2	12	17479	17490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379017188
10	NC_016914	ATTTAG	2	12	22414	22425	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017193
11	NC_016914	ATTTAG	2	12	23566	23577	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017193
12	NC_016914	GCATTA	2	12	24684	24695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379017193
13	NC_016914	TCCGAT	2	12	24801	24812	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379017193
14	NC_016914	AAATGC	2	12	24877	24888	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379017193
15	NC_016914	ATTTAA	2	12	25190	25201	50 %	50 %	0 %	0 %	379017193
16	NC_016914	AGAAAA	2	12	26194	26205	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379017194
17	NC_016914	CATATA	2	12	33574	33585	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017206
18	NC_016914	AATACA	2	12	37142	37153	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379017210
19	NC_016914	TTTTTG	2	12	37713	37724	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	379017212
20	NC_016914	ATATTA	2	12	45173	45184	50 %	50 %	0 %	0 %	379017219
21	NC_016914	AAAGCT	2	12	45357	45368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379017219
22	NC_016914	ATTAAT	2	12	45920	45931	50 %	50 %	0 %	0 %	379017220
23	NC_016914	TTTTTA	2	12	46904	46915	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379017222
24	NC_016914	ATTGCT	2	12	55930	55941	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017230
25	NC_016914	ATTTAT	2	12	56517	56528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017231
26	NC_016914	ATAAGG	2	12	56716	56727	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379017231
27	NC_016914	TCTTGG	2	12	58166	58177	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379017232
28	NC_016914	ATCAGA	2	12	60557	60568	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379017236
29	NC_016914	AAAACA	2	12	64339	64350	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379017238
30	NC_016914	ATAAAA	2	12	68673	68684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379017244
31	NC_016914	TAATAT	2	12	69524	69535	50 %	50 %	0 %	0 %	379017245
32	NC_016914	CAGCAA	2	12	70193	70204	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379017246
33	NC_016914	ATAGTG	2	12	70524	70535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017246
34	NC_016914	AAAAAG	2	12	71352	71363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379017246
35	NC_016914	TATAGT	2	12	74558	74569	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017250
36	NC_016914	GAAAGA	2	12	74639	74650	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017250
37	NC_016914	TACCCT	2	12	76201	76212	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379017253
38	NC_016914	ATCCTG	2	12	76223	76234	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379017253
39	NC_016914	AAAGCT	2	12	76642	76653	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379017253
40	NC_016914	GTAATA	2	12	77281	77292	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017253
41	NC_016914	AGTAAA	2	12	86030	86041	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017262
42	NC_016914	TCAAAA	2	12	87465	87476	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379017264
43	NC_016914	CGTGAT	2	12	88736	88747	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379017267
44	NC_016914	TTGATT	2	12	91196	91207	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379017268
45	NC_016914	GAAGCA	2	12	92288	92299	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379017269
46	NC_016914	TTTTTA	2	12	97643	97654	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379017273
47	NC_016914	CCTATA	2	12	102486	102497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017279
48	NC_016914	ACCTAT	2	12	102719	102730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017279
49	NC_016914	ACCGCT	2	12	104067	104078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379017280
50	NC_016914	TCAAGA	2	12	113447	113458	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379017286
51	NC_016914	TAGCGG	2	12	118928	118939	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379017291
52	NC_016914	TTTATT	2	12	124392	124403	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379017297
53	NC_016914	TAAAAT	2	12	128390	128401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017303
54	NC_016914	CTTTGT	2	12	135584	135595	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379017315
55	NC_016914	TTGCTA	2	12	137674	137685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017316
56	NC_016914	AAGATA	2	12	137839	137850	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017316
57	NC_016914	CTTTAG	2	12	138001	138012	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017316
58	NC_016914	TTTAGT	2	12	138660	138671	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379017316
59	NC_016914	TAATGC	2	12	142359	142370	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379017318
60	NC_016914	AAAGAT	2	12	143182	143193	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017318
61	NC_016914	TAAAGA	2	12	143406	143417	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017318
62	NC_016914	TTTATC	2	12	156213	156224	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379017325
63	NC_016914	GATTTT	2	12	156507	156518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379017326
64	NC_016914	TTTTGG	2	12	156962	156973	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017326
65	NC_016914	CTTTTG	2	12	159066	159077	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379017328
66	NC_016914	GTAAAA	2	12	160390	160401	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017329
67	NC_016914	CAATAT	2	12	163268	163279	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017334
68	NC_016914	ATTGAG	2	12	163620	163631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017335
69	NC_016914	CTTCAT	2	12	163846	163857	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379017335
70	NC_016914	TCAATT	2	12	165622	165633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379017337
71	NC_016914	AAAGAA	2	12	166262	166273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379017337
72	NC_016914	TCAAGC	2	12	166279	166290	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379017337
73	NC_016914	GTTGAG	2	12	166846	166857	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379017338
74	NC_016914	AAGTAA	2	12	168639	168650	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017339
75	NC_016914	TAGAGC	2	12	171451	171462	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379017343
76	NC_016914	GAACAA	2	12	174972	174983	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379017347
77	NC_016914	TGCAGT	2	12	175115	175126	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379017347
78	NC_016914	ATAAAA	2	12	176389	176400	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379017347
79	NC_016914	TTTTTA	2	12	177448	177459	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379017348
80	NC_016914	CTGTAG	2	12	180480	180491	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379017353
81	NC_016914	TTAAAA	2	12	182734	182745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017354
82	NC_016914	GCTATT	2	12	184581	184592	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017354
83	NC_016914	TCCATG	2	12	191564	191575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379017357
84	NC_016914	GATGTT	2	12	192589	192600	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379017358
85	NC_016914	AAAAAT	2	12	195066	195077	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379017361
86	NC_016914	AAGAAT	2	12	196877	196888	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379017361
87	NC_016914	AAGCCC	2	12	204119	204130	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379017367
88	NC_016914	CCCTAA	2	12	209384	209395	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379017374
89	NC_016914	CTTTAG	2	12	213809	213820	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017378
90	NC_016914	ATATTT	2	12	214798	214809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017378
91	NC_016914	GTTTCA	2	12	218084	218095	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017382
92	NC_016914	AAAAGC	2	12	219260	219271	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379017383
93	NC_016914	TTTCTT	2	12	220710	220721	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379017385
94	NC_016914	TTTTCT	2	12	220730	220741	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379017385
95	NC_016914	AAATTA	2	12	221889	221900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017387
96	NC_016914	AGTTAA	2	12	223831	223842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017388
97	NC_016914	TCATAA	2	12	225823	225834	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017389
98	NC_016914	TAATAT	2	12	225928	225939	50 %	50 %	0 %	0 %	379017389
99	NC_016914	TAAATT	2	12	227524	227535	50 %	50 %	0 %	0 %	379017391
100	NC_016914	AAAGCA	2	12	235074	235085	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379017401
101	NC_016914	GTACGA	2	12	239116	239127	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379017406
102	NC_016914	CTTCTA	2	12	240113	240124	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379017406
103	NC_016914	ATCTCA	2	12	242880	242891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017408
104	NC_016914	TTCTTT	2	12	244273	244284	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379017409
105	NC_016914	TACTTC	2	12	246596	246607	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379017412
106	NC_016914	TTTTAT	2	12	251480	251491	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379017415
107	NC_016914	CAATAT	2	12	256137	256148	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017422
108	NC_016914	GCACCG	2	12	263901	263912	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379017430
109	NC_016914	TTACTC	2	12	266615	266626	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379017432
110	NC_016914	CATTAT	2	12	271087	271098	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379017437
111	NC_016914	TTAAAG	2	12	280042	280053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017445
112	NC_016914	AGGGTA	2	12	280360	280371	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379017445
113	NC_016914	GCGGTA	2	12	280978	280989	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379017445
114	NC_016914	TAAAAA	2	12	291138	291149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379017457
115	NC_016914	GTCGTT	2	12	292331	292342	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379017458
116	NC_016914	CCTGAA	2	12	294789	294800	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379017462
117	NC_016914	TTTTGC	2	12	300394	300405	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379017468
118	NC_016914	TACTAA	2	12	303377	303388	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017471
119	NC_016914	TATTGA	2	12	304100	304111	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017471
120	NC_016914	GGGATA	2	12	304996	305007	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379017472
121	NC_016914	GGCAAT	2	12	306004	306015	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379017472
122	NC_016914	TTGTTC	2	12	308874	308885	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379017478
123	NC_016914	ATTAGA	2	12	309246	309257	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017478
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131	NC_016914	TTAATA	2	12	318513	318524	50 %	50 %	0 %	0 %	379017488
132	NC_016914	CGGTAT	2	12	319510	319521	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379017488
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221	NC_016914	ATTACG	2	12	594261	594272	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379017787
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230	NC_016914	GTATAT	2	12	617364	617375	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017814
231	NC_016914	ATTCAC	2	12	619818	619829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017815
232	NC_016914	GATAAT	2	12	624502	624513	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017821
233	NC_016914	AGCTTA	2	12	626376	626387	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379017823
234	NC_016914	CCTGCT	2	12	626910	626921	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379017823
235	NC_016914	TACAAT	2	12	628256	628267	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379017824
236	NC_016914	TATAGT	2	12	629365	629376	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379017827
237	NC_016914	ACCGCT	2	12	632126	632137	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379017829
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240	NC_016914	ATGAAT	2	12	647000	647011	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379017841
241	NC_016914	TCATTG	2	12	647554	647565	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379017841
242	NC_016914	TTTATC	2	12	648288	648299	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379017842
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255	NC_016914	TCACCG	2	12	678463	678474	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379017868
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272	NC_016914	CTCTAG	2	12	719523	719534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379017920
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302	NC_016914	AAGCTA	2	12	832192	832203	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018043
303	NC_016914	CATCAG	2	12	835662	835673	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018047
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312	NC_016914	AAGCTG	2	12	856590	856601	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018070
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323	NC_016914	TAGAGA	2	12	872515	872526	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018085
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325	NC_016914	TATCTA	2	12	879400	879411	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018096
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333	NC_016914	GCATTG	2	12	914836	914847	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018129
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338	NC_016914	ACCTTT	2	12	938525	938536	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018162
339	NC_016914	ATTAAT	2	12	939244	939255	50 %	50 %	0 %	0 %	379018163
340	NC_016914	TTAGCA	2	12	942408	942419	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018169
341	NC_016914	TTTTGC	2	12	944354	944365	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018172
342	NC_016914	CTCAAA	2	12	946294	946305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379018175
343	NC_016914	AAATTT	2	12	948198	948209	50 %	50 %	0 %	0 %	379018177
344	NC_016914	TTTTGA	2	12	965295	965306	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018193
345	NC_016914	AATTGA	2	12	965574	965585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018193
346	NC_016914	TATAGT	2	12	965799	965810	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018193
347	NC_016914	TTAAAG	2	12	971397	971408	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018198
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349	NC_016914	AGTCGG	2	12	972196	972207	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379018199
350	NC_016914	TGAAAT	2	12	977666	977677	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018208
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453	NC_016914	GGCGGT	2	12	1265036	1265047	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	379018499
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