MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 1166

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016914	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	379017171
2	NC_016914	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	379017171
3	NC_016914	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	379017172
4	NC_016914	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	379017172
5	NC_016914	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	379017172
6	NC_016914	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	379017172
7	NC_016914	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	379017174
8	NC_016914	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	379017174
9	NC_016914	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	379017175
10	NC_016914	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016914	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016914	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016914	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016914	GCTCT	2	10	12613	12622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_016914	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	379017183
16	NC_016914	AGCAG	2	10	13574	13583	40 %	0 %	40 %	20 %	379017183
17	NC_016914	TTAAT	2	10	13717	13726	40 %	60 %	0 %	0 %	379017183
18	NC_016914	TAACT	2	10	15001	15010	40 %	40 %	0 %	20 %	379017186
19	NC_016914	ATTTA	2	10	16655	16664	40 %	60 %	0 %	0 %	379017188
20	NC_016914	TTTTA	2	10	17423	17432	20 %	80 %	0 %	0 %	379017188
21	NC_016914	TTTAA	2	10	20162	20171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016914	TCAAG	2	10	21190	21199	40 %	20 %	20 %	20 %	379017193
23	NC_016914	ATAAA	2	10	21244	21253	80 %	20 %	0 %	0 %	379017193
24	NC_016914	AGAAA	2	10	21506	21515	80 %	0 %	20 %	0 %	379017193
25	NC_016914	AAAGC	2	10	21762	21771	60 %	0 %	20 %	20 %	379017193
26	NC_016914	GAATA	2	10	21968	21977	60 %	20 %	20 %	0 %	379017193
27	NC_016914	TAATA	2	10	22709	22718	60 %	40 %	0 %	0 %	379017193
28	NC_016914	CAAAG	2	10	22801	22810	60 %	0 %	20 %	20 %	379017193
29	NC_016914	TTAGT	2	10	22984	22993	20 %	60 %	20 %	0 %	379017193
30	NC_016914	AGCAG	2	10	23127	23136	40 %	0 %	40 %	20 %	379017193
31	NC_016914	TACCT	2	10	24419	24428	20 %	40 %	0 %	40 %	379017193
32	NC_016914	TACCT	2	10	24506	24515	20 %	40 %	0 %	40 %	379017193
33	NC_016914	TACCT	2	10	24593	24602	20 %	40 %	0 %	40 %	379017193
34	NC_016914	TATAA	2	10	26072	26081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016914	ATATT	2	10	27622	27631	40 %	60 %	0 %	0 %	379017196
36	NC_016914	ATATT	2	10	27660	27669	40 %	60 %	0 %	0 %	379017196
37	NC_016914	AAATA	2	10	28108	28117	80 %	20 %	0 %	0 %	379017197
38	NC_016914	TTTGT	2	10	29531	29540	0 %	80 %	20 %	0 %	379017200
39	NC_016914	TCATT	2	10	31308	31317	20 %	60 %	0 %	20 %	379017204
40	NC_016914	TAGTA	2	10	32110	32119	40 %	40 %	20 %	0 %	379017204
41	NC_016914	AAGTG	2	10	34770	34779	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016914	ATTTT	2	10	34782	34791	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016914	TTAAT	2	10	36485	36494	40 %	60 %	0 %	0 %	379017209
44	NC_016914	TGAGT	2	10	36512	36521	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016914	TTAGT	2	10	39045	39054	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016914	CTTTT	2	10	41102	41111	0 %	80 %	0 %	20 %	379017214
47	NC_016914	TTATT	2	10	41511	41520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016914	TTTTA	2	10	41615	41624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016914	AGTTG	2	10	42363	42372	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016914	TAAGT	2	10	44897	44906	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016914	AGAGG	2	10	45580	45589	40 %	0 %	60 %	0 %	379017219
52	NC_016914	ACGTA	2	10	45802	45811	40 %	20 %	20 %	20 %	379017220
53	NC_016914	TAACT	2	10	46075	46084	40 %	40 %	0 %	20 %	379017221
54	NC_016914	AGAAA	2	10	46687	46696	80 %	0 %	20 %	0 %	379017222
55	NC_016914	GTTTC	2	10	47127	47136	0 %	60 %	20 %	20 %	379017222
56	NC_016914	ATTTT	2	10	47676	47685	20 %	80 %	0 %	0 %	379017222
57	NC_016914	ATGTG	2	10	48610	48619	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016914	AAGAG	2	10	49108	49117	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016914	AGTAC	2	10	49565	49574	40 %	20 %	20 %	20 %	379017225
60	NC_016914	TTTAA	2	10	49783	49792	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016914	TTTCT	2	10	50864	50873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016914	CATTA	2	10	51914	51923	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016914	TTTAT	2	10	52243	52252	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016914	TTGAT	2	10	53823	53832	20 %	60 %	20 %	0 %	379017229
65	NC_016914	TAAAG	2	10	54850	54859	60 %	20 %	20 %	0 %	379017229
66	NC_016914	ATTAT	2	10	54923	54932	40 %	60 %	0 %	0 %	379017229
67	NC_016914	TTTGC	2	10	57405	57414	0 %	60 %	20 %	20 %	379017232
68	NC_016914	ATTAT	2	10	58538	58547	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016914	TCGGT	2	10	60385	60394	0 %	40 %	40 %	20 %	379017236
70	NC_016914	GCTTT	2	10	61811	61820	0 %	60 %	20 %	20 %	379017237
71	NC_016914	TAAAA	2	10	65916	65925	80 %	20 %	0 %	0 %	379017240
72	NC_016914	ACTTT	2	10	68948	68957	20 %	60 %	0 %	20 %	379017245
73	NC_016914	GCTTA	2	10	69137	69146	20 %	40 %	20 %	20 %	379017245
74	NC_016914	CATTT	2	10	69840	69849	20 %	60 %	0 %	20 %	379017245
75	NC_016914	TTAAA	2	10	69865	69874	60 %	40 %	0 %	0 %	379017245
76	NC_016914	TAAAT	2	10	69943	69952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016914	ACATA	2	10	72671	72680	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016914	TTTCT	2	10	75442	75451	0 %	80 %	0 %	20 %	379017252
79	NC_016914	ATTTA	2	10	75856	75865	40 %	60 %	0 %	0 %	379017253
80	NC_016914	AAAAG	2	10	76632	76641	80 %	0 %	20 %	0 %	379017253
81	NC_016914	GGGTT	2	10	76842	76851	0 %	40 %	60 %	0 %	379017253
82	NC_016914	TTTAT	2	10	77218	77227	20 %	80 %	0 %	0 %	379017253
83	NC_016914	GCTTA	2	10	78550	78559	20 %	40 %	20 %	20 %	379017254
84	NC_016914	ACAAT	2	10	78914	78923	60 %	20 %	0 %	20 %	379017255
85	NC_016914	GTTAT	2	10	79539	79548	20 %	60 %	20 %	0 %	379017256
86	NC_016914	GTAGA	2	10	79845	79854	40 %	20 %	40 %	0 %	379017256
87	NC_016914	CAATG	2	10	82197	82206	40 %	20 %	20 %	20 %	379017258
88	NC_016914	ATAAA	2	10	82660	82669	80 %	20 %	0 %	0 %	379017259
89	NC_016914	ATTAT	2	10	83095	83104	40 %	60 %	0 %	0 %	379017259
90	NC_016914	ATTAA	2	10	83366	83375	60 %	40 %	0 %	0 %	379017259
91	NC_016914	ATACA	2	10	83566	83575	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016914	GAAAA	2	10	83894	83903	80 %	0 %	20 %	0 %	379017260
93	NC_016914	AATTA	2	10	84336	84345	60 %	40 %	0 %	0 %	379017260
94	NC_016914	TTAAA	2	10	87180	87189	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016914	CGCAT	3	15	91442	91456	20 %	20 %	20 %	40 %	379017268
96	NC_016914	TGAAA	2	10	94662	94671	60 %	20 %	20 %	0 %	379017270
97	NC_016914	TTGAT	2	10	96340	96349	20 %	60 %	20 %	0 %	379017272
98	NC_016914	TAATA	2	10	96976	96985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016914	TTGTA	2	10	97114	97123	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016914	ATTTA	2	10	98053	98062	40 %	60 %	0 %	0 %	379017274
101	NC_016914	CATTT	2	10	98269	98278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016914	AATTA	2	10	98419	98428	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016914	TCAAA	2	10	99707	99716	60 %	20 %	0 %	20 %	379017276
104	NC_016914	TTAAT	2	10	100489	100498	40 %	60 %	0 %	0 %	379017277
105	NC_016914	AAACT	2	10	103060	103069	60 %	20 %	0 %	20 %	379017279
106	NC_016914	TTAGT	2	10	103411	103420	20 %	60 %	20 %	0 %	379017280
107	NC_016914	CCAAA	2	10	105850	105859	60 %	0 %	0 %	40 %	379017283
108	NC_016914	TTTAT	2	10	106241	106250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016914	CGGAT	2	10	106398	106407	20 %	20 %	40 %	20 %	379017284
110	NC_016914	TAATA	2	10	107155	107164	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016914	TTGAT	2	10	107857	107866	20 %	60 %	20 %	0 %	379017285
112	NC_016914	ATTAT	2	10	108038	108047	40 %	60 %	0 %	0 %	379017285
113	NC_016914	TTTGA	2	10	111984	111993	20 %	60 %	20 %	0 %	379017285
114	NC_016914	TGCTT	2	10	112079	112088	0 %	60 %	20 %	20 %	379017285
115	NC_016914	GCAAA	2	10	113958	113967	60 %	0 %	20 %	20 %	379017286
116	NC_016914	TGGAT	2	10	115907	115916	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016914	TTAGT	2	10	118658	118667	20 %	60 %	20 %	0 %	379017291
118	NC_016914	AAGTA	2	10	120481	120490	60 %	20 %	20 %	0 %	379017292
119	NC_016914	ATTCG	2	10	122261	122270	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016914	AGATT	2	10	122279	122288	40 %	40 %	20 %	0 %	379017294
121	NC_016914	TAAAA	2	10	122596	122605	80 %	20 %	0 %	0 %	379017295
122	NC_016914	AAAAC	2	10	123292	123301	80 %	0 %	0 %	20 %	379017295
123	NC_016914	TTTAA	2	10	123368	123377	40 %	60 %	0 %	0 %	379017295
124	NC_016914	GTTAC	2	10	124457	124466	20 %	40 %	20 %	20 %	379017297
125	NC_016914	TGAAA	2	10	124818	124827	60 %	20 %	20 %	0 %	379017297
126	NC_016914	AGCTA	2	10	125243	125252	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016914	GCAAG	2	10	125476	125485	40 %	0 %	40 %	20 %	379017298
128	NC_016914	TTAAA	2	10	127418	127427	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016914	CTTGT	2	10	127908	127917	0 %	60 %	20 %	20 %	379017302
130	NC_016914	AGTAT	2	10	128215	128224	40 %	40 %	20 %	0 %	379017302
131	NC_016914	ATGAT	2	10	128971	128980	40 %	40 %	20 %	0 %	379017303
132	NC_016914	CTTGT	2	10	129309	129318	0 %	60 %	20 %	20 %	379017304
133	NC_016914	TATTT	2	10	129727	129736	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016914	TCTTT	2	10	130863	130872	0 %	80 %	0 %	20 %	379017307
135	NC_016914	TTGCT	2	10	131103	131112	0 %	60 %	20 %	20 %	379017308
136	NC_016914	CGCTC	2	10	131696	131705	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_016914	AACCT	2	10	131892	131901	40 %	20 %	0 %	40 %	379017310
138	NC_016914	AAATC	2	10	132776	132785	60 %	20 %	0 %	20 %	379017312
139	NC_016914	TTAAC	2	10	133913	133922	40 %	40 %	0 %	20 %	379017313
140	NC_016914	TATAA	2	10	134005	134014	60 %	40 %	0 %	0 %	379017313
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261	NC_016914	AAAAT	2	10	276561	276570	80 %	20 %	0 %	0 %	379017442
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271	NC_016914	TGCAA	2	10	289392	289401	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
272	NC_016914	TTCAT	2	10	290561	290570	20 %	60 %	0 %	20 %	379017457
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