MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hino chromosome

Total Repeats: 15137

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016914	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
2	NC_016914	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017168
3	NC_016914	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
4	NC_016914	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
5	NC_016914	ATG	2	6	392	397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017168
6	NC_016914	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
7	NC_016914	GTA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017168
8	NC_016914	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017168
9	NC_016914	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017168
10	NC_016914	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
11	NC_016914	ATA	2	6	812	817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017168
12	NC_016914	ATA	2	6	1196	1201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017169
13	NC_016914	TGA	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017169
14	NC_016914	GTA	2	6	1293	1298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017169
15	NC_016914	CAA	2	6	1355	1360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017169
16	NC_016914	TAA	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017169
17	NC_016914	TCT	2	6	1503	1508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017170
18	NC_016914	ATA	3	9	1767	1775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017170
19	NC_016914	GTA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017170
20	NC_016914	TGA	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017170
21	NC_016914	GAA	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017170
22	NC_016914	AAT	2	6	2020	2025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017170
23	NC_016914	AAG	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017170
24	NC_016914	TTA	2	6	2075	2080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017170
25	NC_016914	CAA	3	9	2138	2146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017170
26	NC_016914	CGG	2	6	2359	2364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379017171
27	NC_016914	AGC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017171
28	NC_016914	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
29	NC_016914	ATA	2	6	2573	2578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
30	NC_016914	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017171
31	NC_016914	ATG	2	6	2834	2839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017171
32	NC_016914	TAT	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017171
33	NC_016914	TTA	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017171
34	NC_016914	CTC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017172
35	NC_016914	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
36	NC_016914	ATT	2	6	3089	3094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
37	NC_016914	AAG	2	6	3161	3166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
38	NC_016914	ATT	2	6	3202	3207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
39	NC_016914	AAT	2	6	3354	3359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
40	NC_016914	AGA	2	6	3375	3380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
41	NC_016914	AGA	2	6	3390	3395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
42	NC_016914	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
43	NC_016914	TGC	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
44	NC_016914	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
45	NC_016914	GTT	2	6	3644	3649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
46	NC_016914	GAG	2	6	3685	3690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017172
47	NC_016914	TAT	2	6	3846	3851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
48	NC_016914	GCA	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
49	NC_016914	AGA	2	6	3972	3977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
50	NC_016914	CTA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
51	NC_016914	TAT	2	6	4123	4128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
52	NC_016914	TTA	2	6	4129	4134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
53	NC_016914	TGT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
54	NC_016914	ATA	2	6	4343	4348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
55	NC_016914	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379017172
56	NC_016914	GCA	2	6	4618	4623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
57	NC_016914	GAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
58	NC_016914	AAG	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
59	NC_016914	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
60	NC_016914	GAA	2	6	4765	4770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
61	NC_016914	TAA	2	6	4785	4790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
62	NC_016914	CTA	2	6	4809	4814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
63	NC_016914	GAG	2	6	4858	4863	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017172
64	NC_016914	AAG	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
65	NC_016914	ACG	2	6	5210	5215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017172
66	NC_016914	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
67	NC_016914	ATT	2	6	5288	5293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
68	NC_016914	TAA	2	6	5310	5315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
69	NC_016914	GAT	2	6	5329	5334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
70	NC_016914	TGC	2	6	5367	5372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
71	NC_016914	ATT	2	6	5411	5416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
72	NC_016914	TGC	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017172
73	NC_016914	CTA	2	6	5519	5524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017172
74	NC_016914	AGT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
75	NC_016914	CGC	2	6	5582	5587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017172
76	NC_016914	TTG	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017172
77	NC_016914	TTA	2	6	5647	5652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017172
78	NC_016914	ATA	2	6	5669	5674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
79	NC_016914	TAA	2	6	5738	5743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
80	NC_016914	ATA	2	6	5761	5766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
81	NC_016914	GAA	2	6	5767	5772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017172
82	NC_016914	ATA	2	6	5815	5820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017172
83	NC_016914	ATG	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017172
84	NC_016914	CTT	2	6	6102	6107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017173
85	NC_016914	TCA	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017173
86	NC_016914	ATA	2	6	6129	6134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017173
87	NC_016914	TGT	2	6	6211	6216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017173
88	NC_016914	GAT	2	6	6238	6243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017173
89	NC_016914	AAC	3	9	6263	6271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017173
90	NC_016914	CAA	2	6	6314	6319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017173
91	NC_016914	CTA	3	9	6468	6476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017174
92	NC_016914	ATT	2	6	6515	6520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
93	NC_016914	TTC	2	6	6581	6586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017174
94	NC_016914	ATC	2	6	6732	6737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017174
95	NC_016914	ATT	2	6	6786	6791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
96	NC_016914	TAC	2	6	6842	6847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017174
97	NC_016914	ATT	2	6	6848	6853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
98	NC_016914	ATT	3	9	6899	6907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
99	NC_016914	TCA	2	6	6919	6924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017174
100	NC_016914	CCG	2	6	6927	6932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017174
101	NC_016914	TAT	2	6	6973	6978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
102	NC_016914	ATT	2	6	6987	6992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017174
103	NC_016914	TAC	2	6	7097	7102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017174
104	NC_016914	GTA	2	6	7212	7217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017174
105	NC_016914	CTT	2	6	7429	7434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017175
106	NC_016914	TAG	2	6	7441	7446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017175
107	NC_016914	AGC	2	6	7472	7477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017175
108	NC_016914	CTA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017175
109	NC_016914	ATA	3	9	7920	7928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017176
110	NC_016914	ATA	2	6	7947	7952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017176
111	NC_016914	GCC	2	6	7967	7972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379017176
112	NC_016914	ATA	2	6	8130	8135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017176
113	NC_016914	TAG	2	6	8233	8238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017176
114	NC_016914	ATT	2	6	8258	8263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017176
115	NC_016914	ACG	2	6	8364	8369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017176
116	NC_016914	TCG	2	6	8370	8375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017176
117	NC_016914	TGT	2	6	8403	8408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017176
118	NC_016914	CTC	2	6	8437	8442	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379017176
119	NC_016914	TAT	2	6	8473	8478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017176
120	NC_016914	TAA	2	6	8485	8490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017176
121	NC_016914	CAA	2	6	8554	8559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379017176
122	NC_016914	ATT	2	6	8571	8576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379017176
123	NC_016914	TAG	2	6	8578	8583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017176
124	NC_016914	TAA	2	6	8654	8659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017176
125	NC_016914	AGC	3	9	8708	8716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017176
126	NC_016914	AGG	2	6	8828	8833	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379017176
127	NC_016914	TAC	2	6	8902	8907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017176
128	NC_016914	GGT	2	6	9273	9278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379017177
129	NC_016914	AGT	2	6	9354	9359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017177
130	NC_016914	GGT	2	6	9370	9375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379017177
131	NC_016914	GCT	2	6	9382	9387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379017177
132	NC_016914	GAA	2	6	9415	9420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379017177
133	NC_016914	TGA	2	6	9683	9688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017178
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137	NC_016914	TGA	2	6	9821	9826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379017178
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161	NC_016914	CAG	2	6	12120	12125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017182
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163	NC_016914	TTC	2	6	12295	12300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379017182
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251	NC_016914	TAA	2	6	20327	20332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379017193
252	NC_016914	TTG	2	6	20334	20339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379017193
253	NC_016914	GCA	2	6	20387	20392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379017193
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256	NC_016914	TAC	2	6	20750	20755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017193
257	NC_016914	TAC	2	6	20777	20782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017193
258	NC_016914	CAT	2	6	20797	20802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379017193
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