MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 569

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	TACAAG	2	12	146	157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016913	TACAAG	2	12	362	373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016913	CGGAGT	2	12	906	917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016913	TCAATG	2	12	3512	3523	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016913	TGTCGG	2	12	3663	3674	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016913	GCTTTT	2	12	4040	4051	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015836
7	NC_016913	TTAAGT	2	12	7576	7587	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016913	TCAGGT	2	12	12730	12741	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016913	GGAACA	2	12	13705	13716	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016913	ACAGGC	2	12	17309	17320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015854
11	NC_016913	CAAGAA	2	12	22786	22797	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379015862
12	NC_016913	TATTTT	2	12	28260	28271	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016913	ATTATC	2	12	29421	29432	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379015869
14	NC_016913	CATTAT	2	12	29976	29987	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016913	AAAATA	2	12	30975	30986	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016913	GAGTTA	2	12	31721	31732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015871
17	NC_016913	TCGGAT	2	12	35552	35563	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379015874
18	NC_016913	TCCTGC	2	12	37015	37026	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379015875
19	NC_016913	TATAAA	2	12	47366	47377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015883
20	NC_016913	ATAAAC	2	12	48811	48822	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379015884
21	NC_016913	AGATAA	2	12	49935	49946	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015884
22	NC_016913	ATTAAA	2	12	54426	54437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015891
23	NC_016913	GGAGGT	2	12	56758	56769	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	379015892
24	NC_016913	TTTTTC	2	12	59622	59633	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379015893
25	NC_016913	ATTATA	2	12	61212	61223	50 %	50 %	0 %	0 %	379015893
26	NC_016913	GTAAAG	2	12	71372	71383	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379015900
27	NC_016913	TAATAT	2	12	71991	72002	50 %	50 %	0 %	0 %	379015900
28	NC_016913	TTGCTT	2	12	74155	74166	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015903
29	NC_016913	ATCCGT	2	12	78264	78275	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379015908
30	NC_016913	AGAACA	2	12	80461	80472	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379015912
31	NC_016913	TTAGGT	2	12	82087	82098	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379015914
32	NC_016913	CTTATG	2	12	84136	84147	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379015916
33	NC_016913	CAGGTA	2	12	86756	86767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379015919
34	NC_016913	AATTCT	2	12	89206	89217	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379015922
35	NC_016913	TTTCTT	2	12	89570	89581	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379015922
36	NC_016913	CAAGTC	2	12	93233	93244	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379015924
37	NC_016913	ATGCAT	2	12	95990	96001	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016913	TAAGCT	2	12	97759	97770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016913	CTAAAT	2	12	98433	98444	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379015930
40	NC_016913	ATTTAT	2	12	99947	99958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015931
41	NC_016913	AGCAAG	2	12	101297	101308	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379015932
42	NC_016913	GCGTTT	2	12	104075	104086	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379015932
43	NC_016913	GATTTA	2	12	105672	105683	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379015932
44	NC_016913	GTAAAA	2	12	109913	109924	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016913	TGATAA	2	12	114081	114092	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379015947
46	NC_016913	TTAAAA	2	12	115390	115401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016913	TAAAAG	2	12	116522	116533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015950
48	NC_016913	TACAGA	2	12	116698	116709	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379015951
49	NC_016913	AGCTAC	2	12	117421	117432	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379015952
50	NC_016913	TAAAAG	2	12	122295	122306	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379015960
51	NC_016913	AAAAAC	2	12	124462	124473	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379015964
52	NC_016913	ATTGAA	2	12	125174	125185	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379015964
53	NC_016913	ACAAAA	2	12	125795	125806	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379015966
54	NC_016913	TCACTA	2	12	133433	133444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016913	ACTAGT	2	12	135385	135396	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016913	ATATAA	2	12	135874	135885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016913	ATTTAA	2	12	136082	136093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016913	TATTTT	2	12	136234	136245	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379015980
59	NC_016913	TACCGG	2	12	138879	138890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379015981
60	NC_016913	CAAAAT	2	12	140748	140759	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379015984
61	NC_016913	TTTAGC	2	12	142433	142444	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016913	GGTGTA	2	12	144804	144815	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016913	GATTTT	2	12	150036	150047	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379015993
64	NC_016913	ACAAAA	2	12	150159	150170	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016913	GTTAAT	2	12	153806	153817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379015996
66	NC_016913	TGGTTT	2	12	156546	156557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015999
67	NC_016913	AATTTG	2	12	156877	156888	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379016000
68	NC_016913	TGCTAA	2	12	161520	161531	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016006
69	NC_016913	CAGTGA	2	12	161603	161614	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016006
70	NC_016913	TTGATT	2	12	163052	163063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379016006
71	NC_016913	TAGCTA	2	12	163064	163075	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016006
72	NC_016913	TAGGTC	2	12	164102	164113	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016006
73	NC_016913	TAACGG	2	12	164412	164423	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016006
74	NC_016913	TAAATT	2	12	167863	167874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016913	AGCTTG	2	12	172310	172321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016010
76	NC_016913	ATCATA	2	12	175604	175615	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016012
77	NC_016913	CATATT	2	12	182245	182256	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016913	ACAATG	2	12	187165	187176	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016913	ATAATT	2	12	188887	188898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016913	CCTAAT	2	12	191556	191567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016913	TCATAA	2	12	193028	193039	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016026
82	NC_016913	GGATAT	2	12	196840	196851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016913	AATCAT	2	12	199319	199330	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016030
84	NC_016913	AGCTGT	2	12	201432	201443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379016032
85	NC_016913	CATGGC	2	12	205169	205180	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016913	CCGACT	2	12	208869	208880	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379016041
87	NC_016913	TAGCGG	2	12	209603	209614	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379016042
88	NC_016913	CTTTAA	2	12	209668	209679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016042
89	NC_016913	CAAGAG	2	12	212460	212471	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016913	AAAATT	2	12	213860	213871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016913	ATCAAA	2	12	215769	215780	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379016047
92	NC_016913	GCTTCT	2	12	223826	223837	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016913	TTTTGT	2	12	225490	225501	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016913	GATAAA	2	12	230959	230970	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016913	TTTGAG	2	12	234769	234780	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379016064
96	NC_016913	GCAAAA	2	12	236709	236720	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379016067
97	NC_016913	TGCTAA	2	12	238655	238666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016070
98	NC_016913	AAAGTA	2	12	239974	239985	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379016072
99	NC_016913	TAGATA	2	12	241465	241476	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016075
100	NC_016913	ATTAAT	2	12	241819	241830	50 %	50 %	0 %	0 %	379016076
101	NC_016913	GTAAAG	2	12	242536	242547	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379016077
102	NC_016913	ATTTAA	2	12	245505	245516	50 %	50 %	0 %	0 %	379016085
103	NC_016913	AAAGGA	2	12	245672	245683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379016085
104	NC_016913	TATACC	2	12	247434	247445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379016090
105	NC_016913	AAGAAA	2	12	249587	249598	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016092
106	NC_016913	AAGAAA	2	12	249776	249787	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016093
107	NC_016913	CAATTA	2	12	250838	250849	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016094
108	NC_016913	TATAGT	2	12	252326	252337	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016913	GGAAGT	2	12	253108	253119	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016913	GTATTT	2	12	254717	254728	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016913	AGTGCT	2	12	256876	256887	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016913	GCCTAT	2	12	257612	257623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_016913	GAGTAA	2	12	261921	261932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016913	TAGTAA	2	12	262602	262613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016913	GAAATT	2	12	264538	264549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016110
116	NC_016913	TGGACA	2	12	267843	267854	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016913	TTAATT	2	12	271464	271475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379016116
118	NC_016913	TTATCA	2	12	271870	271881	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016116
119	NC_016913	TTTTAG	2	12	273743	273754	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379016118
120	NC_016913	AAACCA	2	12	275378	275389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379016118
121	NC_016913	GTATTT	2	12	281343	281354	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016913	AATATT	2	12	288132	288143	50 %	50 %	0 %	0 %	379016131
123	NC_016913	TAGATA	2	12	291465	291476	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016913	ACAAAC	2	12	296718	296729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016913	CAGGTA	2	12	298002	298013	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016140
126	NC_016913	TGCTTT	2	12	300477	300488	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379016143
127	NC_016913	ATAGTC	2	12	302340	302351	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_016913	CTGAAG	2	12	303210	303221	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016146
129	NC_016913	TCTCTA	2	12	308287	308298	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379016156
130	NC_016913	TAAACT	2	12	310259	310270	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016158
131	NC_016913	ATACTA	2	12	311591	311602	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016161
132	NC_016913	AATGAT	2	12	314476	314487	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016165
133	NC_016913	TTGATA	2	12	315136	315147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379016166
134	NC_016913	AATATA	2	12	315766	315777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379016166
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137	NC_016913	TTTAAA	2	12	321266	321277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016913	TCCACC	3	18	323439	323456	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	379016170
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140	NC_016913	TCCACC	3	18	323529	323546	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	379016170
141	NC_016913	TATCAA	2	12	324676	324687	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016173
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143	NC_016913	GGTTTA	2	12	326975	326986	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016913	AAGTTA	2	12	329771	329782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379016176
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155	NC_016913	TTCCGC	2	12	361446	361457	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
156	NC_016913	GAAAAA	2	12	370464	370475	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379016219
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163	NC_016913	TGAAGC	2	12	381243	381254	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016231
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192	NC_016913	TAGATA	2	12	444347	444358	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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239	NC_016913	ATTATC	2	12	545435	545446	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379016414
240	NC_016913	CTGAAA	2	12	545818	545829	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379016414
241	NC_016913	ATTAGC	2	12	547134	547145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
242	NC_016913	ATTAAT	2	12	549107	549118	50 %	50 %	0 %	0 %	379016421
243	NC_016913	GTGAAT	2	12	550121	550132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379016422
244	NC_016913	AGCAGG	2	12	552671	552682	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	379016423
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247	NC_016913	CTGATA	2	12	557272	557283	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016426
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250	NC_016913	ATTTTT	2	12	562806	562817	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379016430
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257	NC_016913	AAATTT	2	12	574690	574701	50 %	50 %	0 %	0 %	379016447
258	NC_016913	CGTAAT	2	12	574862	574873	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379016447
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261	NC_016913	GGTAAA	2	12	577105	577116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379016450
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277	NC_016913	ATTAAT	2	12	605250	605261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_016913	TCAATA	2	12	606307	606318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379016480
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281	NC_016913	TTAATA	2	12	614505	614516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_016913	ATAAGC	2	12	615387	615398	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379016493
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322	NC_016913	TATTAA	2	12	729703	729714	50 %	50 %	0 %	0 %	379016614
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352	NC_016913	ATTTAT	2	12	789795	789806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_016913	GTAAAA	2	12	792379	792390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
354	NC_016913	AAACTG	2	12	793457	793468	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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356	NC_016913	TATCTT	2	12	794930	794941	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
357	NC_016913	TCTTAT	2	12	795817	795828	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
358	NC_016913	ATAAAT	2	12	796212	796223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
359	NC_016913	TTTACG	2	12	796746	796757	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379016688
360	NC_016913	GCTGAA	2	12	798814	798825	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379016689
361	NC_016913	TGAGCG	2	12	812041	812052	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379016708
362	NC_016913	ACGATA	2	12	815246	815257	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379016710
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