MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	TACAAG	2	12	146	157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016913	TACAAG	2	12	362	373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016913	CGGAGT	2	12	906	917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016913	TCAATG	2	12	3512	3523	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016913	TGTCGG	2	12	3663	3674	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016913	TTAAGT	2	12	7576	7587	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016913	TCAGGT	2	12	12730	12741	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016913	GGAACA	2	12	13705	13716	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016913	TATTTT	2	12	28260	28271	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016913	CATTAT	2	12	29976	29987	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016913	AAAATA	2	12	30975	30986	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016913	ATGCAT	2	12	95990	96001	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016913	TAAGCT	2	12	97759	97770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016913	GTAAAA	2	12	109913	109924	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016913	TTAAAA	2	12	115390	115401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016913	TCACTA	2	12	133433	133444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016913	ACTAGT	2	12	135385	135396	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016913	ATATAA	2	12	135874	135885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016913	ATTTAA	2	12	136082	136093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016913	TTTAGC	2	12	142433	142444	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016913	GGTGTA	2	12	144804	144815	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016913	ACAAAA	2	12	150159	150170	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016913	TAAATT	2	12	167863	167874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016913	CATATT	2	12	182245	182256	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016913	ACAATG	2	12	187165	187176	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016913	ATAATT	2	12	188887	188898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016913	CCTAAT	2	12	191556	191567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016913	GGATAT	2	12	196840	196851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016913	CATGGC	2	12	205169	205180	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016913	CAAGAG	2	12	212460	212471	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016913	AAAATT	2	12	213860	213871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016913	GCTTCT	2	12	223826	223837	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016913	TTTTGT	2	12	225490	225501	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016913	GATAAA	2	12	230959	230970	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016913	TATAGT	2	12	252326	252337	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016913	GGAAGT	2	12	253108	253119	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016913	GTATTT	2	12	254717	254728	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016913	AGTGCT	2	12	256876	256887	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016913	GCCTAT	2	12	257612	257623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016913	GAGTAA	2	12	261921	261932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016913	TAGTAA	2	12	262602	262613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016913	TGGACA	2	12	267843	267854	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016913	GTATTT	2	12	281343	281354	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016913	TAGATA	2	12	291465	291476	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016913	ACAAAC	2	12	296718	296729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016913	ATAGTC	2	12	302340	302351	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016913	TTTAAA	2	12	321266	321277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016913	GAGCAA	2	12	326336	326347	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016913	GGTTTA	2	12	326975	326986	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016913	TTCCGC	2	12	361446	361457	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_016913	ATGACG	2	12	376497	376508	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016913	AGCTAG	2	12	380595	380606	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016913	GGAGTA	2	12	403833	403844	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016913	TAAATA	2	12	404211	404222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016913	AAATAT	2	12	414230	414241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016913	ATAAAA	2	12	415771	415782	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016913	AATATA	2	12	420623	420634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016913	TGAAAA	2	12	424116	424127	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016913	GGATAA	2	12	427873	427884	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016913	AGTACT	2	12	436873	436884	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016913	ATTATA	2	12	437147	437158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016913	TAGATA	2	12	444347	444358	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016913	CGGTAT	2	12	455340	455351	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016913	CTAGAG	2	12	455575	455586	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016913	TTATAT	2	12	494171	494182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016913	GTTTTA	2	12	495530	495541	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016913	AGAAGC	2	12	496454	496465	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016913	ATTAGC	2	12	547134	547145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016913	TTTTGT	2	12	560763	560774	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016913	GCAACA	2	12	568896	568907	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016913	ACAAGC	2	12	569349	569360	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016913	AAATAA	2	12	573307	573318	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016913	TAATAT	2	12	576589	576600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016913	TATATT	2	12	583366	583377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016913	CATTGT	2	12	591840	591851	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016913	TTGATA	2	12	603080	603091	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016913	ATATAG	2	12	604041	604052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016913	ATTAAT	2	12	605250	605261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016913	AAATTA	2	12	613703	613714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016913	TTAATA	2	12	614505	614516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016913	AAACTA	2	12	617934	617945	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016913	TTAAAT	2	12	621301	621312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016913	TACTAG	2	12	634805	634816	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016913	ATCGGT	2	12	648891	648902	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016913	TTTATT	2	12	656554	656565	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016913	AAATTT	2	12	673243	673254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016913	ACGCCA	2	12	673291	673302	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_016913	CATTAT	2	12	682128	682139	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016913	GATATT	2	12	682213	682224	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016913	TAAATT	2	12	729254	729265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016913	CTTAAA	2	12	735785	735796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016913	ACAAGA	2	12	747023	747034	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016913	ATGTTC	2	12	768975	768986	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016913	TATAAA	2	12	778376	778387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016913	TAATTT	2	12	778574	778585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016913	AATCAT	2	12	778678	778689	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016913	ACAATA	2	12	780264	780275	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016913	ATTTAT	2	12	789795	789806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016913	GTAAAA	2	12	792379	792390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016913	AAACTG	2	12	793457	793468	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016913	TCTATA	2	12	794363	794374	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016913	TATCTT	2	12	794930	794941	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016913	TCTTAT	2	12	795817	795828	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_016913	ATAAAT	2	12	796212	796223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016913	AAAGAT	2	12	860765	860776	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016913	TTAATA	2	12	870070	870081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016913	ACAATA	2	12	872678	872689	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016913	TTCAGG	2	12	881541	881552	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_016913	TTTAAT	2	12	885288	885299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016913	TTGCAA	2	12	891980	891991	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016913	ATCGTC	2	12	896014	896025	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016913	ATACTT	2	12	903281	903292	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016913	CCGGTG	2	12	903473	903484	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016913	CATTTT	2	12	904736	904747	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016913	TTTTAT	2	12	904800	904811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016913	TTAAAG	2	12	904948	904959	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016913	TAAAAA	2	12	913366	913377	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016913	ATAAAT	2	12	914884	914895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016913	GACAGA	2	12	935804	935815	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016913	TGGTAG	2	12	940155	940166	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016913	TAAATA	2	12	958654	958665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016913	TAAATT	2	12	995409	995420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016913	TTAAAA	2	12	1076558	1076569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016913	GTCCTT	2	12	1081324	1081335	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016913	ATTTAT	2	12	1082340	1082351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016913	GGTGTT	2	12	1111891	1111902	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016913	AGTATA	2	12	1123117	1123128	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016913	AGCTTT	2	12	1123771	1123782	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016913	ATTAAT	2	12	1123950	1123961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016913	AAAGAT	2	12	1127944	1127955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016913	TTTCTT	2	12	1130360	1130371	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_016913	ACCTAA	2	12	1140498	1140509	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_016913	ACTTTA	2	12	1141877	1141888	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016913	TGTTCT	2	12	1150786	1150797	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_016913	GTCTTT	2	12	1158068	1158079	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_016913	TTCTTT	2	12	1176340	1176351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016913	GATAAA	2	12	1191985	1191996	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016913	CAATGA	2	12	1225821	1225832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_016913	ATTAGG	2	12	1227263	1227274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016913	ATTAAA	2	12	1230061	1230072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016913	AAATGA	2	12	1240359	1240370	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016913	CAAATG	2	12	1255458	1255469	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_016913	TTAAAT	2	12	1255523	1255534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.