MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 1146

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	TAGCC	2	10	2184	2193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016913	ACTTT	2	10	2534	2543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016913	CTCAT	2	10	2759	2768	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_016913	TTAAC	2	10	3362	3371	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016913	AAGCA	2	10	3640	3649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016913	TTATC	2	10	5024	5033	20 %	60 %	0 %	20 %	379015836
7	NC_016913	ATTTA	2	10	7247	7256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016913	CTAAT	2	10	7989	7998	40 %	40 %	0 %	20 %	379015840
9	NC_016913	TCTGC	2	10	8021	8030	0 %	40 %	20 %	40 %	379015840
10	NC_016913	CTATA	2	10	11638	11647	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016913	TTACA	2	10	12776	12785	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016913	TGGAT	2	10	13277	13286	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016913	GTTCA	2	10	15980	15989	20 %	40 %	20 %	20 %	379015850
14	NC_016913	ACAAA	2	10	16303	16312	80 %	0 %	0 %	20 %	379015851
15	NC_016913	GTAGT	2	10	17216	17225	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016913	TTCGG	2	10	17594	17603	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016913	TAAAG	2	10	19391	19400	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016913	ATTAT	2	10	19610	19619	40 %	60 %	0 %	0 %	379015858
19	NC_016913	GTTAA	2	10	21327	21336	40 %	40 %	20 %	0 %	379015859
20	NC_016913	TATAA	2	10	24185	24194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016913	AACAA	2	10	24582	24591	80 %	0 %	0 %	20 %	379015865
22	NC_016913	AAATA	2	10	25191	25200	80 %	20 %	0 %	0 %	379015865
23	NC_016913	TGAAA	2	10	26841	26850	60 %	20 %	20 %	0 %	379015866
24	NC_016913	GTGAT	2	10	26897	26906	20 %	40 %	40 %	0 %	379015866
25	NC_016913	ATATT	2	10	30121	30130	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016913	AAATG	2	10	30663	30672	60 %	20 %	20 %	0 %	379015870
27	NC_016913	AGATA	2	10	31705	31714	60 %	20 %	20 %	0 %	379015871
28	NC_016913	GCTCC	2	10	32438	32447	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_016913	AAGAT	2	10	32602	32611	60 %	20 %	20 %	0 %	379015872
30	NC_016913	TGTTT	2	10	36808	36817	0 %	80 %	20 %	0 %	379015875
31	NC_016913	CTTAT	2	10	37731	37740	20 %	60 %	0 %	20 %	379015876
32	NC_016913	CAAAG	2	10	38227	38236	60 %	0 %	20 %	20 %	379015877
33	NC_016913	TAGTT	2	10	38657	38666	20 %	60 %	20 %	0 %	379015877
34	NC_016913	AAGAA	2	10	39785	39794	80 %	0 %	20 %	0 %	379015877
35	NC_016913	AGATT	2	10	40482	40491	40 %	40 %	20 %	0 %	379015877
36	NC_016913	ATAAA	2	10	41214	41223	80 %	20 %	0 %	0 %	379015878
37	NC_016913	ATAAA	2	10	42114	42123	80 %	20 %	0 %	0 %	379015879
38	NC_016913	AATAT	2	10	42621	42630	60 %	40 %	0 %	0 %	379015879
39	NC_016913	TGCGT	2	10	43446	43455	0 %	40 %	40 %	20 %	379015880
40	NC_016913	TTGTT	2	10	44226	44235	0 %	80 %	20 %	0 %	379015880
41	NC_016913	TTAAA	2	10	45134	45143	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016913	TAATT	2	10	45196	45205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016913	CTTTT	2	10	45210	45219	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016913	AAGAA	2	10	47640	47649	80 %	0 %	20 %	0 %	379015883
45	NC_016913	CAAGC	2	10	47714	47723	40 %	0 %	20 %	40 %	379015883
46	NC_016913	ATAAA	2	10	48273	48282	80 %	20 %	0 %	0 %	379015884
47	NC_016913	TAAAT	2	10	48570	48579	60 %	40 %	0 %	0 %	379015884
48	NC_016913	GTTTG	2	10	48600	48609	0 %	60 %	40 %	0 %	379015884
49	NC_016913	AATGT	2	10	51588	51597	40 %	40 %	20 %	0 %	379015888
50	NC_016913	ATTGT	2	10	55531	55540	20 %	60 %	20 %	0 %	379015892
51	NC_016913	AGTAA	2	10	58368	58377	60 %	20 %	20 %	0 %	379015892
52	NC_016913	ATTTT	2	10	59644	59653	20 %	80 %	0 %	0 %	379015893
53	NC_016913	GTTTT	2	10	60993	61002	0 %	80 %	20 %	0 %	379015893
54	NC_016913	TAACA	2	10	61928	61937	60 %	20 %	0 %	20 %	379015895
55	NC_016913	TAATC	2	10	62057	62066	40 %	40 %	0 %	20 %	379015895
56	NC_016913	AATTT	2	10	62443	62452	40 %	60 %	0 %	0 %	379015895
57	NC_016913	AAAAT	2	10	63266	63275	80 %	20 %	0 %	0 %	379015896
58	NC_016913	GCTTA	2	10	63465	63474	20 %	40 %	20 %	20 %	379015896
59	NC_016913	AAATA	2	10	65603	65612	80 %	20 %	0 %	0 %	379015898
60	NC_016913	ATTAT	2	10	65988	65997	40 %	60 %	0 %	0 %	379015898
61	NC_016913	AATCT	2	10	66094	66103	40 %	40 %	0 %	20 %	379015898
62	NC_016913	ATTTA	2	10	66293	66302	40 %	60 %	0 %	0 %	379015898
63	NC_016913	TTTTA	2	10	66506	66515	20 %	80 %	0 %	0 %	379015898
64	NC_016913	AAAGA	2	10	67604	67613	80 %	0 %	20 %	0 %	379015898
65	NC_016913	CAATT	2	10	67739	67748	40 %	40 %	0 %	20 %	379015898
66	NC_016913	GCTTA	2	10	70896	70905	20 %	40 %	20 %	20 %	379015900
67	NC_016913	TTGAA	2	10	71915	71924	40 %	40 %	20 %	0 %	379015900
68	NC_016913	ATTAC	2	10	73030	73039	40 %	40 %	0 %	20 %	379015900
69	NC_016913	CAAGA	2	10	75043	75052	60 %	0 %	20 %	20 %	379015906
70	NC_016913	TGATT	2	10	76392	76401	20 %	60 %	20 %	0 %	379015908
71	NC_016913	TAAAA	2	10	76855	76864	80 %	20 %	0 %	0 %	379015908
72	NC_016913	ATAAA	2	10	77277	77286	80 %	20 %	0 %	0 %	379015908
73	NC_016913	ATTTT	2	10	78313	78322	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016913	TAAAT	2	10	78560	78569	60 %	40 %	0 %	0 %	379015909
75	NC_016913	CTGCT	2	10	81186	81195	0 %	40 %	20 %	40 %	379015912
76	NC_016913	TTAGT	2	10	81724	81733	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016913	CTTAT	2	10	82851	82860	20 %	60 %	0 %	20 %	379015915
78	NC_016913	AAAAT	2	10	83302	83311	80 %	20 %	0 %	0 %	379015915
79	NC_016913	ATTTA	2	10	84703	84712	40 %	60 %	0 %	0 %	379015916
80	NC_016913	TGTTT	2	10	85875	85884	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016913	TGTTT	2	10	87006	87015	0 %	80 %	20 %	0 %	379015919
82	NC_016913	TCATA	2	10	87997	88006	40 %	40 %	0 %	20 %	379015920
83	NC_016913	TTTAT	2	10	89083	89092	20 %	80 %	0 %	0 %	379015922
84	NC_016913	TTATC	2	10	89462	89471	20 %	60 %	0 %	20 %	379015922
85	NC_016913	TGCTC	2	10	91330	91339	0 %	40 %	20 %	40 %	379015923
86	NC_016913	GTTTG	2	10	92770	92779	0 %	60 %	40 %	0 %	379015924
87	NC_016913	TAAAA	2	10	94126	94135	80 %	20 %	0 %	0 %	379015926
88	NC_016913	TTTGG	2	10	94763	94772	0 %	60 %	40 %	0 %	379015927
89	NC_016913	TGATT	2	10	94906	94915	20 %	60 %	20 %	0 %	379015927
90	NC_016913	AATTA	2	10	95712	95721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016913	TATAT	2	10	96895	96904	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016913	AATTT	2	10	98241	98250	40 %	60 %	0 %	0 %	379015930
93	NC_016913	ACCGT	2	10	98900	98909	20 %	20 %	20 %	40 %	379015930
94	NC_016913	ATTAA	2	10	100030	100039	60 %	40 %	0 %	0 %	379015931
95	NC_016913	TAAAT	2	10	101696	101705	60 %	40 %	0 %	0 %	379015932
96	NC_016913	AATTT	2	10	102076	102085	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
97	NC_016913	TTCTT	2	10	102275	102284	0 %	80 %	0 %	20 %	379015932
98	NC_016913	ATAAA	2	10	102451	102460	80 %	20 %	0 %	0 %	379015932
99	NC_016913	TTTTA	2	10	102522	102531	20 %	80 %	0 %	0 %	379015932
100	NC_016913	TCAGA	2	10	103984	103993	40 %	20 %	20 %	20 %	379015932
101	NC_016913	ATTTA	2	10	104087	104096	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
102	NC_016913	AAATT	2	10	105360	105369	60 %	40 %	0 %	0 %	379015932
103	NC_016913	AATTT	2	10	105426	105435	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
104	NC_016913	GCAGA	2	10	106020	106029	40 %	0 %	40 %	20 %	379015933
105	NC_016913	GGAGT	2	10	107710	107719	20 %	20 %	60 %	0 %	379015936
106	NC_016913	ATAGT	2	10	108210	108219	40 %	40 %	20 %	0 %	379015936
107	NC_016913	ACTTA	2	10	110646	110655	40 %	40 %	0 %	20 %	379015942
108	NC_016913	TAAAT	2	10	111057	111066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016913	TCTAC	2	10	112628	112637	20 %	40 %	0 %	40 %	379015944
110	NC_016913	TAATA	2	10	113444	113453	60 %	40 %	0 %	0 %	379015946
111	NC_016913	TATTT	2	10	113796	113805	20 %	80 %	0 %	0 %	379015946
112	NC_016913	GGTCA	2	10	114227	114236	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016913	ATAAA	2	10	114339	114348	80 %	20 %	0 %	0 %	379015948
114	NC_016913	TGTCG	2	10	114695	114704	0 %	40 %	40 %	20 %	379015948
115	NC_016913	AGCTG	2	10	117292	117301	20 %	20 %	40 %	20 %	379015952
116	NC_016913	ATTTT	2	10	117843	117852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016913	TATGA	2	10	120418	120427	40 %	40 %	20 %	0 %	379015958
118	NC_016913	GATAT	2	10	121922	121931	40 %	40 %	20 %	0 %	379015959
119	NC_016913	AAGAA	2	10	122689	122698	80 %	0 %	20 %	0 %	379015960
120	NC_016913	TAAAA	2	10	123954	123963	80 %	20 %	0 %	0 %	379015963
121	NC_016913	TACCA	2	10	125507	125516	40 %	20 %	0 %	40 %	379015965
122	NC_016913	TTAAT	2	10	128722	128731	40 %	60 %	0 %	0 %	379015968
123	NC_016913	ATTTT	2	10	128922	128931	20 %	80 %	0 %	0 %	379015968
124	NC_016913	AAAGA	2	10	130714	130723	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016913	CTTTA	2	10	133051	133060	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016913	AAAAT	2	10	133682	133691	80 %	20 %	0 %	0 %	379015976
127	NC_016913	ACTTA	2	10	134334	134343	40 %	40 %	0 %	20 %	379015978
128	NC_016913	TATCA	2	10	136945	136954	40 %	40 %	0 %	20 %	379015981
129	NC_016913	AGCTT	2	10	137288	137297	20 %	40 %	20 %	20 %	379015981
130	NC_016913	AATTT	2	10	138374	138383	40 %	60 %	0 %	0 %	379015981
131	NC_016913	TGTAT	2	10	138599	138608	20 %	60 %	20 %	0 %	379015981
132	NC_016913	AGGTT	2	10	139609	139618	20 %	40 %	40 %	0 %	379015982
133	NC_016913	TTTCT	2	10	139643	139652	0 %	80 %	0 %	20 %	379015982
134	NC_016913	TAAAT	2	10	140906	140915	60 %	40 %	0 %	0 %	379015984
135	NC_016913	ATTTT	2	10	144997	145006	20 %	80 %	0 %	0 %	379015990
136	NC_016913	ATTTT	2	10	145588	145597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016913	ATAGT	2	10	146038	146047	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016913	AATTT	2	10	146379	146388	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016913	TTTAC	2	10	147980	147989	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016913	ATAGT	2	10	148034	148043	40 %	40 %	20 %	0 %	379015992
141	NC_016913	TTATT	2	10	148336	148345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016913	TAAAT	2	10	148713	148722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016913	TACGG	2	10	149817	149826	20 %	20 %	40 %	20 %	379015993
144	NC_016913	GTTAT	2	10	150107	150116	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016913	TAAAA	2	10	150320	150329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016913	ATATA	2	10	152824	152833	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_016913	AAATC	2	10	156900	156909	60 %	20 %	0 %	20 %	379016000
149	NC_016913	ATTAT	2	10	157238	157247	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016913	AGTGA	2	10	158807	158816	40 %	20 %	40 %	0 %	379016003
151	NC_016913	AAAGA	2	10	159085	159094	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016913	GATTT	2	10	160301	160310	20 %	60 %	20 %	0 %	379016005
153	NC_016913	ATTTA	2	10	161856	161865	40 %	60 %	0 %	0 %	379016006
154	NC_016913	ATTAA	2	10	163018	163027	60 %	40 %	0 %	0 %	379016006
155	NC_016913	CATTC	2	10	163944	163953	20 %	40 %	0 %	40 %	379016006
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157	NC_016913	ATATT	2	10	167109	167118	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_016913	TTCGG	2	10	168043	168052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_016913	TATGA	2	10	168364	168373	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_016913	TGTAA	2	10	171669	171678	40 %	40 %	20 %	0 %	379016009
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166	NC_016913	TAATC	2	10	175703	175712	40 %	40 %	0 %	20 %	379016012
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172	NC_016913	TAATA	2	10	182555	182564	60 %	40 %	0 %	0 %	379016019
173	NC_016913	ATGCT	2	10	186562	186571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
174	NC_016913	TAGAA	2	10	186861	186870	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_016913	AAAGT	2	10	187365	187374	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
176	NC_016913	GGCAA	2	10	187899	187908	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
177	NC_016913	ACTGC	2	10	188229	188238	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
178	NC_016913	TAAAG	2	10	188273	188282	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_016913	CTTTT	2	10	188974	188983	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
180	NC_016913	ATTGT	2	10	189251	189260	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
181	NC_016913	ATATA	2	10	189299	189308	60 %	40 %	0 %	0 %	379016024
182	NC_016913	GCCCC	2	10	190485	190494	0 %	0 %	20 %	80 %	379016025
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184	NC_016913	AGTTT	2	10	192537	192546	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_016913	TTTGT	2	10	193908	193917	0 %	80 %	20 %	0 %	379016027
186	NC_016913	CCTTG	2	10	197496	197505	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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188	NC_016913	AATTT	2	10	198874	198883	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_016913	GTGAA	2	10	202995	203004	40 %	20 %	40 %	0 %	379016033
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192	NC_016913	GGGCA	2	10	205982	205991	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
193	NC_016913	AAATT	2	10	212405	212414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_016913	AGAAT	2	10	213495	213504	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
195	NC_016913	TTGAT	2	10	215194	215203	20 %	60 %	20 %	0 %	379016047
196	NC_016913	ATTTT	2	10	222956	222965	20 %	80 %	0 %	0 %	379016054
197	NC_016913	GAAGC	2	10	223252	223261	40 %	0 %	40 %	20 %	379016054
198	NC_016913	TTTCT	2	10	223938	223947	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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201	NC_016913	CTTAT	2	10	225755	225764	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
202	NC_016913	ATAGG	2	10	226883	226892	40 %	20 %	40 %	0 %	379016056
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211	NC_016913	TTTAC	2	10	233874	233883	20 %	60 %	0 %	20 %	379016064
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221	NC_016913	ATTAA	2	10	243586	243595	60 %	40 %	0 %	0 %	379016081
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232	NC_016913	AAGTG	2	10	252471	252480	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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234	NC_016913	TAAAA	2	10	253631	253640	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_016913	TTTCT	2	10	281854	281863	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
262	NC_016913	TACTT	2	10	282673	282682	20 %	60 %	0 %	20 %	379016126
263	NC_016913	TTTCT	2	10	286621	286630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
264	NC_016913	TTTAG	2	10	288717	288726	20 %	60 %	20 %	0 %	379016132
265	NC_016913	ATTAA	2	10	289155	289164	60 %	40 %	0 %	0 %	379016132
266	NC_016913	AAAAT	2	10	291351	291360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_016913	TCGTG	2	10	292579	292588	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
268	NC_016913	TTTCT	2	10	293151	293160	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
269	NC_016913	AATTT	2	10	293860	293869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_016913	ATTGA	2	10	295969	295978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
271	NC_016913	AAAAT	2	10	300146	300155	80 %	20 %	0 %	0 %	379016141
272	NC_016913	ACTAA	2	10	302229	302238	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_016913	AGAAA	2	10	302932	302941	80 %	0 %	20 %	0 %	379016146
274	NC_016913	TATGC	2	10	304271	304280	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
275	NC_016913	GTACT	2	10	304586	304595	20 %	40 %	20 %	20 %	379016148
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277	NC_016913	TTACT	2	10	306673	306682	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
278	NC_016913	TCTGC	2	10	308191	308200	0 %	40 %	20 %	40 %	379016156
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402	NC_016913	TACGT	2	10	452653	452662	20 %	40 %	20 %	20 %	379016315
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405	NC_016913	AATAT	2	10	453828	453837	60 %	40 %	0 %	0 %	379016318
406	NC_016913	ATGGG	2	10	455753	455762	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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