MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	TAGCC	2	10	2184	2193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016913	ACTTT	2	10	2534	2543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016913	CTCAT	2	10	2759	2768	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_016913	TTAAC	2	10	3362	3371	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016913	AAGCA	2	10	3640	3649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016913	ATTTA	2	10	7247	7256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016913	CTATA	2	10	11638	11647	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016913	TTACA	2	10	12776	12785	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016913	TGGAT	2	10	13277	13286	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016913	GTAGT	2	10	17216	17225	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016913	TTCGG	2	10	17594	17603	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016913	TAAAG	2	10	19391	19400	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016913	TATAA	2	10	24185	24194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016913	ATATT	2	10	30121	30130	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016913	GCTCC	2	10	32438	32447	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_016913	TTAAA	2	10	45134	45143	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016913	TAATT	2	10	45196	45205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016913	CTTTT	2	10	45210	45219	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016913	ATTTT	2	10	78313	78322	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016913	TTAGT	2	10	81724	81733	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016913	TGTTT	2	10	85875	85884	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016913	AATTA	2	10	95712	95721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016913	TATAT	2	10	96895	96904	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016913	TAAAT	2	10	111057	111066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016913	GGTCA	2	10	114227	114236	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016913	ATTTT	2	10	117843	117852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016913	AAAGA	2	10	130714	130723	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016913	CTTTA	2	10	133051	133060	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016913	ATTTT	2	10	145588	145597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016913	ATAGT	2	10	146038	146047	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016913	AATTT	2	10	146379	146388	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016913	TTTAC	2	10	147980	147989	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016913	TTATT	2	10	148336	148345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016913	TAAAT	2	10	148713	148722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016913	GTTAT	2	10	150107	150116	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016913	TAAAA	2	10	150320	150329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016913	ATATA	2	10	152824	152833	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016913	ATTAT	2	10	157238	157247	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016913	AAAGA	2	10	159085	159094	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016913	ATATT	2	10	167109	167118	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016913	TTCGG	2	10	168043	168052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016913	TATGA	2	10	168364	168373	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016913	AGCGA	2	10	180542	180551	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016913	TATAA	2	10	182229	182238	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016913	ATGCT	2	10	186562	186571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016913	TAGAA	2	10	186861	186870	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016913	AAAGT	2	10	187365	187374	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016913	GGCAA	2	10	187899	187908	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016913	ACTGC	2	10	188229	188238	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_016913	TAAAG	2	10	188273	188282	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016913	CTTTT	2	10	188974	188983	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016913	ATTGT	2	10	189251	189260	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016913	AGTTT	2	10	192537	192546	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016913	CCTTG	2	10	197496	197505	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_016913	AATTT	2	10	198874	198883	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016913	TACTT	2	10	205193	205202	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_016913	CAAAA	2	10	205911	205920	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016913	GGGCA	2	10	205982	205991	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016913	AAATT	2	10	212405	212414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016913	AGAAT	2	10	213495	213504	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016913	TTTCT	2	10	223938	223947	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016913	TTGGT	2	10	224426	224435	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016913	AAGGT	2	10	225063	225072	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016913	CTTAT	2	10	225755	225764	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016913	ATTTG	2	10	230908	230917	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016913	TTTTA	2	10	232465	232474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016913	ATTTT	2	10	232592	232601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016913	TAATA	2	10	233368	233377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016913	TTTAT	2	10	243174	243183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016913	AAGTG	2	10	252471	252480	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016913	GAAAA	2	10	253414	253423	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016913	TAAAA	2	10	253631	253640	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016913	AATTA	2	10	256053	256062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016913	TTATC	2	10	261307	261316	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016913	TTATT	2	10	261445	261454	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016913	ATTAT	2	10	261680	261689	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016913	AATAA	2	10	262759	262768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016913	TTTTA	2	10	262814	262823	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016913	TTTAA	2	10	266964	266973	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016913	ATATT	2	10	276601	276610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016913	TTTCT	2	10	281854	281863	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_016913	TTTCT	2	10	286621	286630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016913	AAAAT	2	10	291351	291360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016913	TCGTG	2	10	292579	292588	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016913	TTTCT	2	10	293151	293160	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_016913	AATTT	2	10	293860	293869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016913	ATTGA	2	10	295969	295978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016913	ACTAA	2	10	302229	302238	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016913	TATGC	2	10	304271	304280	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016913	TTACT	2	10	306673	306682	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016913	TAAAA	2	10	311357	311366	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016913	ATAAA	2	10	319644	319653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016913	TACAT	2	10	322405	322414	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016913	AAATT	2	10	326013	326022	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016913	TATTC	2	10	326730	326739	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016913	AGCTT	2	10	327078	327087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_016913	ACCGT	2	10	329726	329735	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_016913	TCGCT	2	10	333721	333730	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_016913	GCTCA	2	10	338169	338178	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_016913	TTTTA	2	10	342277	342286	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016913	AACAA	2	10	355304	355313	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016913	ATATA	2	10	356895	356904	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016913	TGTAA	2	10	380554	380563	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016913	GTAAT	2	10	382163	382172	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016913	ATAAA	2	10	387201	387210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016913	TAGTC	2	10	395637	395646	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016913	TATAC	2	10	402943	402952	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016913	ATTAT	2	10	414329	414338	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016913	ACAGG	2	10	415489	415498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016913	TGGAA	2	10	416348	416357	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016913	TATTT	2	10	416580	416589	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016913	CTATT	2	10	417010	417019	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016913	AAGCA	2	10	417116	417125	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016913	TATAC	2	10	419681	419690	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016913	ATATA	2	10	419732	419741	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016913	TACAT	2	10	420441	420450	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016913	AATTC	2	10	421313	421322	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016913	CAGTA	2	10	433792	433801	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016913	GAGAA	2	10	436290	436299	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016913	ATGTC	2	10	436482	436491	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016913	TACCA	2	10	437713	437722	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_016913	ATTAT	2	10	437783	437792	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016913	TAATT	2	10	441070	441079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016913	TTTTG	2	10	443570	443579	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016913	TTATT	2	10	446414	446423	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016913	AGTCA	2	10	449198	449207	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016913	AAATT	2	10	449563	449572	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016913	ATTTA	2	10	451533	451542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016913	ATTTT	2	10	452828	452837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016913	TTTCA	2	10	452851	452860	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016913	ATGGG	2	10	455753	455762	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016913	TTTCT	2	10	460681	460690	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016913	AAAAT	2	10	465190	465199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016913	ATTAC	2	10	470625	470634	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016913	CGCTC	2	10	470775	470784	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_016913	TTTAA	2	10	472397	472406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016913	AGTTT	2	10	472442	472451	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016913	GATAT	2	10	476710	476719	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016913	TAAAA	2	10	478689	478698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016913	ACCGT	2	10	479814	479823	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_016913	ATTTT	2	10	480328	480337	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016913	TACCC	2	10	482528	482537	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
143	NC_016913	TATAA	2	10	484251	484260	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016913	TTATT	2	10	490429	490438	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016913	TTATT	2	10	492517	492526	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016913	TTTTA	2	10	495595	495604	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016913	AATTA	2	10	502424	502433	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016913	TATTT	2	10	511221	511230	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016913	GAAAT	2	10	512205	512214	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016913	TTAAA	2	10	516310	516319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016913	ACATA	2	10	516368	516377	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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185	NC_016913	TTTTA	2	10	666530	666539	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_016913	TAAAG	2	10	673362	673371	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_016913	CTCTT	2	10	1120022	1120031	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
292	NC_016913	CACAT	2	10	1120520	1120529	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
293	NC_016913	CCTCT	2	10	1123550	1123559	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
294	NC_016913	ACTTA	2	10	1124230	1124239	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_016913	CAACT	2	10	1126764	1126773	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
296	NC_016913	ACTAA	2	10	1129961	1129970	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
297	NC_016913	ACTCA	2	10	1132494	1132503	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
298	NC_016913	CACTT	2	10	1134236	1134245	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_016913	TATAA	2	10	1140417	1140426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016913	TTATA	2	10	1142942	1142951	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_016913	TTAAA	2	10	1148678	1148687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_016913	AAAAT	2	10	1157652	1157661	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_016913	ATTCT	2	10	1158015	1158024	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_016913	TTAAT	2	10	1159631	1159640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_016913	TAAAT	2	10	1176536	1176545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_016913	TCTCT	2	10	1180273	1180282	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
307	NC_016913	ATTAC	2	10	1184271	1184280	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
308	NC_016913	CGCTC	2	10	1192099	1192108	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
309	NC_016913	TAAAC	2	10	1194782	1194791	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
310	NC_016913	AATAA	2	10	1212111	1212120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_016913	TTATA	2	10	1212202	1212211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_016913	TATTT	2	10	1214023	1214032	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_016913	TAAAA	2	10	1220694	1220703	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_016913	TAATA	2	10	1220910	1220919	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_016913	ATTTT	2	10	1221884	1221893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_016913	GTTCG	2	10	1227510	1227519	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
317	NC_016913	GAACA	2	10	1230018	1230027	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
318	NC_016913	AGTGA	2	10	1235480	1235489	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
319	NC_016913	TAATC	2	10	1238449	1238458	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
320	NC_016913	TAAAT	2	10	1239238	1239247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_016913	TTTAT	2	10	1245216	1245225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.