MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 825

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	TTATC	2	10	5024	5033	20 %	60 %	0 %	20 %	379015836
2	NC_016913	CTAAT	2	10	7989	7998	40 %	40 %	0 %	20 %	379015840
3	NC_016913	TCTGC	2	10	8021	8030	0 %	40 %	20 %	40 %	379015840
4	NC_016913	GTTCA	2	10	15980	15989	20 %	40 %	20 %	20 %	379015850
5	NC_016913	ACAAA	2	10	16303	16312	80 %	0 %	0 %	20 %	379015851
6	NC_016913	ATTAT	2	10	19610	19619	40 %	60 %	0 %	0 %	379015858
7	NC_016913	GTTAA	2	10	21327	21336	40 %	40 %	20 %	0 %	379015859
8	NC_016913	AACAA	2	10	24582	24591	80 %	0 %	0 %	20 %	379015865
9	NC_016913	AAATA	2	10	25191	25200	80 %	20 %	0 %	0 %	379015865
10	NC_016913	TGAAA	2	10	26841	26850	60 %	20 %	20 %	0 %	379015866
11	NC_016913	GTGAT	2	10	26897	26906	20 %	40 %	40 %	0 %	379015866
12	NC_016913	AAATG	2	10	30663	30672	60 %	20 %	20 %	0 %	379015870
13	NC_016913	AGATA	2	10	31705	31714	60 %	20 %	20 %	0 %	379015871
14	NC_016913	AAGAT	2	10	32602	32611	60 %	20 %	20 %	0 %	379015872
15	NC_016913	TGTTT	2	10	36808	36817	0 %	80 %	20 %	0 %	379015875
16	NC_016913	CTTAT	2	10	37731	37740	20 %	60 %	0 %	20 %	379015876
17	NC_016913	CAAAG	2	10	38227	38236	60 %	0 %	20 %	20 %	379015877
18	NC_016913	TAGTT	2	10	38657	38666	20 %	60 %	20 %	0 %	379015877
19	NC_016913	AAGAA	2	10	39785	39794	80 %	0 %	20 %	0 %	379015877
20	NC_016913	AGATT	2	10	40482	40491	40 %	40 %	20 %	0 %	379015877
21	NC_016913	ATAAA	2	10	41214	41223	80 %	20 %	0 %	0 %	379015878
22	NC_016913	ATAAA	2	10	42114	42123	80 %	20 %	0 %	0 %	379015879
23	NC_016913	AATAT	2	10	42621	42630	60 %	40 %	0 %	0 %	379015879
24	NC_016913	TGCGT	2	10	43446	43455	0 %	40 %	40 %	20 %	379015880
25	NC_016913	TTGTT	2	10	44226	44235	0 %	80 %	20 %	0 %	379015880
26	NC_016913	AAGAA	2	10	47640	47649	80 %	0 %	20 %	0 %	379015883
27	NC_016913	CAAGC	2	10	47714	47723	40 %	0 %	20 %	40 %	379015883
28	NC_016913	ATAAA	2	10	48273	48282	80 %	20 %	0 %	0 %	379015884
29	NC_016913	TAAAT	2	10	48570	48579	60 %	40 %	0 %	0 %	379015884
30	NC_016913	GTTTG	2	10	48600	48609	0 %	60 %	40 %	0 %	379015884
31	NC_016913	AATGT	2	10	51588	51597	40 %	40 %	20 %	0 %	379015888
32	NC_016913	ATTGT	2	10	55531	55540	20 %	60 %	20 %	0 %	379015892
33	NC_016913	AGTAA	2	10	58368	58377	60 %	20 %	20 %	0 %	379015892
34	NC_016913	ATTTT	2	10	59644	59653	20 %	80 %	0 %	0 %	379015893
35	NC_016913	GTTTT	2	10	60993	61002	0 %	80 %	20 %	0 %	379015893
36	NC_016913	TAACA	2	10	61928	61937	60 %	20 %	0 %	20 %	379015895
37	NC_016913	TAATC	2	10	62057	62066	40 %	40 %	0 %	20 %	379015895
38	NC_016913	AATTT	2	10	62443	62452	40 %	60 %	0 %	0 %	379015895
39	NC_016913	AAAAT	2	10	63266	63275	80 %	20 %	0 %	0 %	379015896
40	NC_016913	GCTTA	2	10	63465	63474	20 %	40 %	20 %	20 %	379015896
41	NC_016913	AAATA	2	10	65603	65612	80 %	20 %	0 %	0 %	379015898
42	NC_016913	ATTAT	2	10	65988	65997	40 %	60 %	0 %	0 %	379015898
43	NC_016913	AATCT	2	10	66094	66103	40 %	40 %	0 %	20 %	379015898
44	NC_016913	ATTTA	2	10	66293	66302	40 %	60 %	0 %	0 %	379015898
45	NC_016913	TTTTA	2	10	66506	66515	20 %	80 %	0 %	0 %	379015898
46	NC_016913	AAAGA	2	10	67604	67613	80 %	0 %	20 %	0 %	379015898
47	NC_016913	CAATT	2	10	67739	67748	40 %	40 %	0 %	20 %	379015898
48	NC_016913	GCTTA	2	10	70896	70905	20 %	40 %	20 %	20 %	379015900
49	NC_016913	TTGAA	2	10	71915	71924	40 %	40 %	20 %	0 %	379015900
50	NC_016913	ATTAC	2	10	73030	73039	40 %	40 %	0 %	20 %	379015900
51	NC_016913	CAAGA	2	10	75043	75052	60 %	0 %	20 %	20 %	379015906
52	NC_016913	TGATT	2	10	76392	76401	20 %	60 %	20 %	0 %	379015908
53	NC_016913	TAAAA	2	10	76855	76864	80 %	20 %	0 %	0 %	379015908
54	NC_016913	ATAAA	2	10	77277	77286	80 %	20 %	0 %	0 %	379015908
55	NC_016913	TAAAT	2	10	78560	78569	60 %	40 %	0 %	0 %	379015909
56	NC_016913	CTGCT	2	10	81186	81195	0 %	40 %	20 %	40 %	379015912
57	NC_016913	CTTAT	2	10	82851	82860	20 %	60 %	0 %	20 %	379015915
58	NC_016913	AAAAT	2	10	83302	83311	80 %	20 %	0 %	0 %	379015915
59	NC_016913	ATTTA	2	10	84703	84712	40 %	60 %	0 %	0 %	379015916
60	NC_016913	TGTTT	2	10	87006	87015	0 %	80 %	20 %	0 %	379015919
61	NC_016913	TCATA	2	10	87997	88006	40 %	40 %	0 %	20 %	379015920
62	NC_016913	TTTAT	2	10	89083	89092	20 %	80 %	0 %	0 %	379015922
63	NC_016913	TTATC	2	10	89462	89471	20 %	60 %	0 %	20 %	379015922
64	NC_016913	TGCTC	2	10	91330	91339	0 %	40 %	20 %	40 %	379015923
65	NC_016913	GTTTG	2	10	92770	92779	0 %	60 %	40 %	0 %	379015924
66	NC_016913	TAAAA	2	10	94126	94135	80 %	20 %	0 %	0 %	379015926
67	NC_016913	TTTGG	2	10	94763	94772	0 %	60 %	40 %	0 %	379015927
68	NC_016913	TGATT	2	10	94906	94915	20 %	60 %	20 %	0 %	379015927
69	NC_016913	AATTT	2	10	98241	98250	40 %	60 %	0 %	0 %	379015930
70	NC_016913	ACCGT	2	10	98900	98909	20 %	20 %	20 %	40 %	379015930
71	NC_016913	ATTAA	2	10	100030	100039	60 %	40 %	0 %	0 %	379015931
72	NC_016913	TAAAT	2	10	101696	101705	60 %	40 %	0 %	0 %	379015932
73	NC_016913	AATTT	2	10	102076	102085	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
74	NC_016913	TTCTT	2	10	102275	102284	0 %	80 %	0 %	20 %	379015932
75	NC_016913	ATAAA	2	10	102451	102460	80 %	20 %	0 %	0 %	379015932
76	NC_016913	TTTTA	2	10	102522	102531	20 %	80 %	0 %	0 %	379015932
77	NC_016913	TCAGA	2	10	103984	103993	40 %	20 %	20 %	20 %	379015932
78	NC_016913	ATTTA	2	10	104087	104096	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
79	NC_016913	AAATT	2	10	105360	105369	60 %	40 %	0 %	0 %	379015932
80	NC_016913	AATTT	2	10	105426	105435	40 %	60 %	0 %	0 %	379015932
81	NC_016913	GCAGA	2	10	106020	106029	40 %	0 %	40 %	20 %	379015933
82	NC_016913	GGAGT	2	10	107710	107719	20 %	20 %	60 %	0 %	379015936
83	NC_016913	ATAGT	2	10	108210	108219	40 %	40 %	20 %	0 %	379015936
84	NC_016913	ACTTA	2	10	110646	110655	40 %	40 %	0 %	20 %	379015942
85	NC_016913	TCTAC	2	10	112628	112637	20 %	40 %	0 %	40 %	379015944
86	NC_016913	TAATA	2	10	113444	113453	60 %	40 %	0 %	0 %	379015946
87	NC_016913	TATTT	2	10	113796	113805	20 %	80 %	0 %	0 %	379015946
88	NC_016913	ATAAA	2	10	114339	114348	80 %	20 %	0 %	0 %	379015948
89	NC_016913	TGTCG	2	10	114695	114704	0 %	40 %	40 %	20 %	379015948
90	NC_016913	AGCTG	2	10	117292	117301	20 %	20 %	40 %	20 %	379015952
91	NC_016913	TATGA	2	10	120418	120427	40 %	40 %	20 %	0 %	379015958
92	NC_016913	GATAT	2	10	121922	121931	40 %	40 %	20 %	0 %	379015959
93	NC_016913	AAGAA	2	10	122689	122698	80 %	0 %	20 %	0 %	379015960
94	NC_016913	TAAAA	2	10	123954	123963	80 %	20 %	0 %	0 %	379015963
95	NC_016913	TACCA	2	10	125507	125516	40 %	20 %	0 %	40 %	379015965
96	NC_016913	TTAAT	2	10	128722	128731	40 %	60 %	0 %	0 %	379015968
97	NC_016913	ATTTT	2	10	128922	128931	20 %	80 %	0 %	0 %	379015968
98	NC_016913	AAAAT	2	10	133682	133691	80 %	20 %	0 %	0 %	379015976
99	NC_016913	ACTTA	2	10	134334	134343	40 %	40 %	0 %	20 %	379015978
100	NC_016913	TATCA	2	10	136945	136954	40 %	40 %	0 %	20 %	379015981
101	NC_016913	AGCTT	2	10	137288	137297	20 %	40 %	20 %	20 %	379015981
102	NC_016913	AATTT	2	10	138374	138383	40 %	60 %	0 %	0 %	379015981
103	NC_016913	TGTAT	2	10	138599	138608	20 %	60 %	20 %	0 %	379015981
104	NC_016913	AGGTT	2	10	139609	139618	20 %	40 %	40 %	0 %	379015982
105	NC_016913	TTTCT	2	10	139643	139652	0 %	80 %	0 %	20 %	379015982
106	NC_016913	TAAAT	2	10	140906	140915	60 %	40 %	0 %	0 %	379015984
107	NC_016913	ATTTT	2	10	144997	145006	20 %	80 %	0 %	0 %	379015990
108	NC_016913	ATAGT	2	10	148034	148043	40 %	40 %	20 %	0 %	379015992
109	NC_016913	TACGG	2	10	149817	149826	20 %	20 %	40 %	20 %	379015993
110	NC_016913	AGAAA	2	10	154425	154434	80 %	0 %	20 %	0 %	379015997
111	NC_016913	AAATC	2	10	156900	156909	60 %	20 %	0 %	20 %	379016000
112	NC_016913	AGTGA	2	10	158807	158816	40 %	20 %	40 %	0 %	379016003
113	NC_016913	GATTT	2	10	160301	160310	20 %	60 %	20 %	0 %	379016005
114	NC_016913	ATTTA	2	10	161856	161865	40 %	60 %	0 %	0 %	379016006
115	NC_016913	ATTAA	2	10	163018	163027	60 %	40 %	0 %	0 %	379016006
116	NC_016913	CATTC	2	10	163944	163953	20 %	40 %	0 %	40 %	379016006
117	NC_016913	CAATG	2	10	165822	165831	40 %	20 %	20 %	20 %	379016006
118	NC_016913	GTAAA	2	10	170373	170382	60 %	20 %	20 %	0 %	379016008
119	NC_016913	TAAAT	2	10	170925	170934	60 %	40 %	0 %	0 %	379016009
120	NC_016913	TGTAA	2	10	171669	171678	40 %	40 %	20 %	0 %	379016009
121	NC_016913	CTTTT	2	10	171936	171945	0 %	80 %	0 %	20 %	379016009
122	NC_016913	TAAAT	2	10	174421	174430	60 %	40 %	0 %	0 %	379016011
123	NC_016913	ATTAA	2	10	175533	175542	60 %	40 %	0 %	0 %	379016012
124	NC_016913	TAATC	2	10	175703	175712	40 %	40 %	0 %	20 %	379016012
125	NC_016913	ATTTC	2	10	175818	175827	20 %	60 %	0 %	20 %	379016012
126	NC_016913	AAAAT	2	10	177314	177323	80 %	20 %	0 %	0 %	379016013
127	NC_016913	TAATG	2	10	180019	180028	40 %	40 %	20 %	0 %	379016015
128	NC_016913	TAATA	2	10	182555	182564	60 %	40 %	0 %	0 %	379016019
129	NC_016913	ATATA	2	10	189299	189308	60 %	40 %	0 %	0 %	379016024
130	NC_016913	GCCCC	2	10	190485	190494	0 %	0 %	20 %	80 %	379016025
131	NC_016913	ATCAA	2	10	190520	190529	60 %	20 %	0 %	20 %	379016025
132	NC_016913	TTTGT	2	10	193908	193917	0 %	80 %	20 %	0 %	379016027
133	NC_016913	AAACA	2	10	198229	198238	80 %	0 %	0 %	20 %	379016029
134	NC_016913	GTGAA	2	10	202995	203004	40 %	20 %	40 %	0 %	379016033
135	NC_016913	TTGAT	2	10	215194	215203	20 %	60 %	20 %	0 %	379016047
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