MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016911	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016911	AGAACA	2	12	18061	18072	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016911	CAAATA	2	12	26884	26895	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016911	TAAAGT	2	12	27047	27058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016911	TTTAGG	2	12	28425	28436	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016911	AAGAAA	2	12	38556	38567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016911	ATCTTT	2	12	40972	40983	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016911	AGTATT	2	12	51439	51450	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016911	AACACC	2	12	57150	57161	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016911	ATATAA	2	12	86629	86640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016911	AAGGAC	2	12	87646	87657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016911	TTTTAA	2	12	92412	92423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016911	TAAAAA	2	12	95144	95155	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016911	CTCAAT	2	12	122054	122065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016911	TTTTAA	2	12	169884	169895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016911	AATTTA	2	12	173637	173648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016911	TATTTA	2	12	210393	210404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016911	CACTAC	2	12	228890	228901	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016911	TCTGTC	2	12	233243	233254	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016911	TATTTT	2	12	255678	255689	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016911	TAATTA	2	12	256603	256614	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016911	CTTTAA	2	12	264092	264103	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016911	AAATAA	2	12	264238	264249	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016911	AAAATG	2	12	264304	264315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016911	GCACCG	2	12	265566	265577	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016911	ATGACG	2	12	273025	273036	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016911	ATTGCA	2	12	277066	277077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016911	ATTAAA	2	12	283759	283770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016911	CCTGAA	2	12	287506	287517	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016911	TATTGT	2	12	296369	296380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016911	ATCTTT	2	12	308282	308293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016911	AATATT	2	12	344733	344744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016911	GCTATA	2	12	368186	368197	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016911	ATTTAT	2	12	372798	372809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016911	AAGATA	2	12	374080	374091	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016911	CAGTTT	2	12	375553	375564	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016911	TTTTAC	2	12	376631	376642	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016911	ATATAA	2	12	379213	379224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016911	TATTGT	2	12	388746	388757	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016911	TAAAAT	2	12	390413	390424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016911	AAATTA	2	12	390436	390447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016911	GAACAT	2	12	400038	400049	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016911	TCTTGT	2	12	421990	422001	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016911	TGTAGG	2	12	467772	467783	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016911	AATATC	2	12	486787	486798	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016911	TTGGCG	2	12	495708	495719	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016911	AAATTT	2	12	495757	495768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016911	ATACCG	2	12	520109	520120	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016911	TCATTG	2	12	531221	531232	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016911	TACTAG	2	12	534197	534208	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016911	AATTTA	2	12	547702	547713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016911	TAGTTT	2	12	551070	551081	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016911	TATTAA	2	12	554498	554509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016911	ATTTTA	3	18	555296	555313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016911	ATATTA	2	12	563750	563761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016911	CTATAT	2	12	564961	564972	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016911	CATATT	2	12	565492	565503	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016911	TGCTTG	2	12	565619	565630	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016911	TATCAA	2	12	565922	565933	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016911	CAAAAA	2	12	571543	571554	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016911	AATATA	2	12	585637	585648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016911	GCTTGT	2	12	599655	599666	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016911	ACAAAA	2	12	608240	608251	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016911	TATTAA	2	12	620710	620721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016911	TGCTAA	2	12	622683	622694	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016911	AATTAT	2	12	661942	661953	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016911	TGCTTC	2	12	673385	673396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016911	TAAAAC	2	12	674310	674321	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016911	ATATAA	2	12	675669	675680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016911	ATACCG	2	12	714462	714473	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016911	AAGATA	2	12	732281	732292	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016911	TTATCC	2	12	742187	742198	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_016911	TATATT	2	12	749437	749448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016911	TTTTAT	2	12	754288	754299	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016911	ATATTT	2	12	755900	755911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016911	CTACTC	2	12	766296	766307	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016911	TATTTT	2	12	771800	771811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016911	ATTTTT	2	12	791274	791285	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016911	ATAATT	2	12	793623	793634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016911	AAATTT	2	12	794217	794228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016911	ATAAAC	2	12	795020	795031	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016911	TAAACA	2	12	796072	796083	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016911	ATCGTC	2	12	804191	804202	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016911	TATTTT	2	12	812429	812440	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016911	GCGGAA	2	12	819244	819255	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016911	TATTTT	2	12	843335	843346	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016911	TTAATA	2	12	850296	850307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016911	CTAAAC	2	12	853714	853725	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016911	ATTTAA	2	12	859423	859434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016911	GATATA	2	12	868521	868532	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016911	TGACTA	2	12	878343	878354	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016911	ATTACT	2	12	918343	918354	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016911	TAGCAC	2	12	924068	924079	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016911	AAATAC	2	12	926228	926239	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016911	ACTTCC	2	12	927837	927848	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_016911	CTATAA	2	12	928620	928631	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016911	TTTATC	2	12	949986	949997	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016911	ACAAAA	2	12	955456	955467	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016911	TAATTT	2	12	967086	967097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016911	TGCTCT	2	12	968485	968496	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016911	GCCATG	2	12	975779	975790	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016911	ATATCC	2	12	984108	984119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016911	ATTAGG	2	12	989392	989403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016911	AATTAT	2	12	992062	992073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016911	AATATC	2	12	992955	992966	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016911	CATTGT	2	12	993794	993805	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016911	AATATG	2	12	998714	998725	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016911	AATTTA	2	12	1013096	1013107	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016911	GTTTTT	2	12	1030798	1030809	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016911	TTAATA	2	12	1032370	1032381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016911	CAAGAA	2	12	1032472	1032483	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016911	AACAAT	2	12	1035987	1035998	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016911	TACACC	2	12	1036156	1036167	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_016911	CTTTAT	2	12	1036251	1036262	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016911	TTAAAT	2	12	1044878	1044889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016911	TTATAT	2	12	1045086	1045097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016911	TACTAG	2	12	1045574	1045585	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016911	TTAGTT	2	12	1046755	1046766	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016911	TAGTGA	2	12	1047527	1047538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016911	CTTTTA	2	12	1071040	1071051	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016911	AGCTTA	2	12	1083195	1083206	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016911	AGTTTA	2	12	1083298	1083309	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016911	ATGCAT	2	12	1084964	1084975	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016911	ATAATG	2	12	1150978	1150989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016911	TGTTCC	2	12	1167252	1167263	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016911	TCATTT	2	12	1198245	1198256	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016911	CCTAAT	2	12	1211430	1211441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016911	TCATTG	2	12	1212872	1212883	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016911	TTTATC	2	12	1246708	1246719	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016911	AAAAGA	2	12	1262277	1262288	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.