MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 456

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016911	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723379
2	NC_016911	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378723382
3	NC_016911	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723382
4	NC_016911	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723385
5	NC_016911	AGAAAA	2	12	14041	14052	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723394
6	NC_016911	ATTAAA	2	12	15218	15229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723396
7	NC_016911	TTTAAA	2	12	16814	16825	50 %	50 %	0 %	0 %	378723398
8	NC_016911	CTAATT	2	12	16863	16874	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723398
9	NC_016911	CTATAT	2	12	17478	17489	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723398
10	NC_016911	ATTTAG	2	12	22413	22424	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723403
11	NC_016911	ATTTAG	2	12	23565	23576	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723403
12	NC_016911	GCATTA	2	12	24596	24607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723403
13	NC_016911	TCCGAT	2	12	24713	24724	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723403
14	NC_016911	AAATGC	2	12	24789	24800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723403
15	NC_016911	ATTTAA	2	12	25102	25113	50 %	50 %	0 %	0 %	378723403
16	NC_016911	AGAAAA	2	12	26106	26117	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723404
17	NC_016911	CATATA	2	12	33486	33497	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723416
18	NC_016911	AATACA	2	12	37054	37065	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723420
19	NC_016911	TTTTTG	2	12	37625	37636	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	378723422
20	NC_016911	ATATTA	2	12	45085	45096	50 %	50 %	0 %	0 %	378723429
21	NC_016911	AAAGCT	2	12	45269	45280	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723429
22	NC_016911	ATTAAT	2	12	45832	45843	50 %	50 %	0 %	0 %	378723430
23	NC_016911	TTTTTA	2	12	46816	46827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723432
24	NC_016911	ATTGCT	2	12	55842	55853	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723440
25	NC_016911	ATTTAT	2	12	56429	56440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723441
26	NC_016911	ATAAGG	2	12	56628	56639	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	378723441
27	NC_016911	TCTTGG	2	12	58078	58089	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378723442
28	NC_016911	ATCAGA	2	12	60468	60479	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723446
29	NC_016911	AAAACA	2	12	64250	64261	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378723448
30	NC_016911	ATAAAA	2	12	68610	68621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723455
31	NC_016911	TAATAT	2	12	69461	69472	50 %	50 %	0 %	0 %	378723456
32	NC_016911	CAGCAA	2	12	70130	70141	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378723457
33	NC_016911	ATAGTG	2	12	70461	70472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723457
34	NC_016911	AAAAAG	2	12	71289	71300	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723457
35	NC_016911	TATAGT	2	12	74495	74506	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723461
36	NC_016911	GAAAGA	2	12	74576	74587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378723461
37	NC_016911	TACCCT	2	12	76138	76149	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378723464
38	NC_016911	ATCCTG	2	12	76160	76171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723464
39	NC_016911	AAAGCT	2	12	76579	76590	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723464
40	NC_016911	GTAATA	2	12	77218	77229	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723464
41	NC_016911	AGTAAA	2	12	85891	85902	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723473
42	NC_016911	TCAAAA	2	12	87326	87337	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378723475
43	NC_016911	CGTGAT	2	12	88597	88608	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723478
44	NC_016911	TTGATT	2	12	91057	91068	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723479
45	NC_016911	GAAGCA	2	12	92149	92160	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378723480
46	NC_016911	TTTTTA	2	12	97504	97515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723485
47	NC_016911	CCTATA	2	12	102347	102358	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723491
48	NC_016911	ACCTAT	2	12	102580	102591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723491
49	NC_016911	ACCGCT	2	12	103928	103939	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378723492
50	NC_016911	TCAAGA	2	12	113308	113319	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378723498
51	NC_016911	TAGCGG	2	12	118789	118800	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378723503
52	NC_016911	TTTATT	2	12	124253	124264	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723509
53	NC_016911	TAAAAT	2	12	128251	128262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723515
54	NC_016911	CTTTGT	2	12	135445	135456	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723527
55	NC_016911	TTGCTA	2	12	137535	137546	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723528
56	NC_016911	AAGATA	2	12	137700	137711	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723528
57	NC_016911	CTTTAG	2	12	137862	137873	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723528
58	NC_016911	TTTAGT	2	12	138521	138532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723528
59	NC_016911	TAATGC	2	12	142220	142231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378723530
60	NC_016911	AAAGAT	2	12	143043	143054	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723530
61	NC_016911	TAAAGA	2	12	143267	143278	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723530
62	NC_016911	TTTATC	2	12	156074	156085	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378723537
63	NC_016911	GATTTT	2	12	156368	156379	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378723538
64	NC_016911	TTTTGG	2	12	156823	156834	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378723538
65	NC_016911	CTTTTG	2	12	158927	158938	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723540
66	NC_016911	GTAAAA	2	12	160251	160262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723541
67	NC_016911	CAATAT	2	12	163129	163140	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723546
68	NC_016911	ATTGAG	2	12	163481	163492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378723547
69	NC_016911	CTTCAT	2	12	163707	163718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723547
70	NC_016911	TCAATT	2	12	165483	165494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723549
71	NC_016911	AAAGAA	2	12	166123	166134	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378723549
72	NC_016911	TCAAGC	2	12	166140	166151	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723549
73	NC_016911	GTTGAG	2	12	166707	166718	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378723550
74	NC_016911	AAGTAA	2	12	168500	168511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723551
75	NC_016911	TAGAGC	2	12	171312	171323	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723555
76	NC_016911	GAACAA	2	12	174833	174844	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723559
77	NC_016911	TGCAGT	2	12	174976	174987	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723559
78	NC_016911	ATAAAA	2	12	176250	176261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723559
79	NC_016911	TTTTTA	2	12	177309	177320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723560
80	NC_016911	CTGTAG	2	12	180341	180352	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378723565
81	NC_016911	TTAAAA	2	12	182595	182606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723566
82	NC_016911	GCTATT	2	12	184442	184453	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723566
83	NC_016911	TCCATG	2	12	191425	191436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378723569
84	NC_016911	GATGTT	2	12	192450	192461	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378723570
85	NC_016911	AAAAAT	2	12	194927	194938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723573
86	NC_016911	AAGAAT	2	12	196738	196749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378723573
87	NC_016911	AAGCCC	2	12	203980	203991	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378723579
88	NC_016911	CCCTAA	2	12	209245	209256	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378723586
89	NC_016911	CTTTAG	2	12	213670	213681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723590
90	NC_016911	ATATTT	2	12	214659	214670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378723590
91	NC_016911	GTTTCA	2	12	217945	217956	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378723594
92	NC_016911	AAAAGC	2	12	219121	219132	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723595
93	NC_016911	TTTCTT	2	12	220571	220582	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723597
94	NC_016911	TTTTCT	2	12	220591	220602	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723597
95	NC_016911	AAATTA	2	12	221750	221761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723599
96	NC_016911	AGTTAA	2	12	223692	223703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723600
97	NC_016911	TCATAA	2	12	225684	225695	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723601
98	NC_016911	TAATAT	2	12	225789	225800	50 %	50 %	0 %	0 %	378723601
99	NC_016911	TAAATT	2	12	227385	227396	50 %	50 %	0 %	0 %	378723603
100	NC_016911	AAAGCA	2	12	234935	234946	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	378723613
101	NC_016911	GTACGA	2	12	238977	238988	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723618
102	NC_016911	CTTCTA	2	12	239974	239985	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723618
103	NC_016911	ATCTCA	2	12	242741	242752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378723620
104	NC_016911	TTCTTT	2	12	244134	244145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378723621
105	NC_016911	TACTTC	2	12	246457	246468	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723624
106	NC_016911	TTTTAT	2	12	251345	251356	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378723627
107	NC_016911	CAATAT	2	12	256002	256013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723634
108	NC_016911	GCACCG	2	12	263766	263777	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378723642
109	NC_016911	TTACTC	2	12	266480	266491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378723643
110	NC_016911	CATTAT	2	12	270952	270963	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378723648
111	NC_016911	TTAAAG	2	12	279907	279918	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	378723656
112	NC_016911	AGGGTA	2	12	280225	280236	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378723656
113	NC_016911	GCGGTA	2	12	280843	280854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378723656
114	NC_016911	TAAAAT	2	12	285879	285890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378723666
115	NC_016911	TAAAAA	2	12	291005	291016	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378723668
116	NC_016911	GTCGTT	2	12	292198	292209	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378723669
117	NC_016911	CCTGAA	2	12	294656	294667	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378723673
118	NC_016911	TTTTGC	2	12	300261	300272	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723679
119	NC_016911	TACTAA	2	12	303244	303255	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	378723682
120	NC_016911	TATTGA	2	12	303967	303978	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378723682
121	NC_016911	GGGATA	2	12	304863	304874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378723683
122	NC_016911	GGCAAT	2	12	305871	305882	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378723683
123	NC_016911	TTGTTC	2	12	308741	308752	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378723689
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235	NC_016911	CCTGCT	2	12	626791	626802	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	378724034
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341	NC_016911	TTAGCA	2	12	942290	942301	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378724384
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454	NC_016911	GGCGGT	2	12	1264973	1264984	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378724714
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