MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 1164

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016911	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	378723381
2	NC_016911	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	378723381
3	NC_016911	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	378723382
4	NC_016911	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	378723382
5	NC_016911	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	378723382
6	NC_016911	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	378723382
7	NC_016911	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	378723384
8	NC_016911	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	378723384
9	NC_016911	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	378723385
10	NC_016911	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016911	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016911	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016911	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016911	GCTCT	2	10	12613	12622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_016911	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	378723393
16	NC_016911	AGCAG	2	10	13574	13583	40 %	0 %	40 %	20 %	378723393
17	NC_016911	TTAAT	2	10	13717	13726	40 %	60 %	0 %	0 %	378723393
18	NC_016911	TAACT	2	10	15001	15010	40 %	40 %	0 %	20 %	378723396
19	NC_016911	ATTTA	2	10	16654	16663	40 %	60 %	0 %	0 %	378723398
20	NC_016911	TTTTA	2	10	17422	17431	20 %	80 %	0 %	0 %	378723398
21	NC_016911	TTTAA	2	10	20161	20170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016911	TCAAG	2	10	21189	21198	40 %	20 %	20 %	20 %	378723403
23	NC_016911	ATAAA	2	10	21243	21252	80 %	20 %	0 %	0 %	378723403
24	NC_016911	AGAAA	2	10	21505	21514	80 %	0 %	20 %	0 %	378723403
25	NC_016911	AAAGC	2	10	21761	21770	60 %	0 %	20 %	20 %	378723403
26	NC_016911	GAATA	2	10	21967	21976	60 %	20 %	20 %	0 %	378723403
27	NC_016911	TAATA	2	10	22708	22717	60 %	40 %	0 %	0 %	378723403
28	NC_016911	CAAAG	2	10	22800	22809	60 %	0 %	20 %	20 %	378723403
29	NC_016911	TTAGT	2	10	22983	22992	20 %	60 %	20 %	0 %	378723403
30	NC_016911	AGCAG	2	10	23126	23135	40 %	0 %	40 %	20 %	378723403
31	NC_016911	TACCT	2	10	24418	24427	20 %	40 %	0 %	40 %	378723403
32	NC_016911	TACCT	2	10	24505	24514	20 %	40 %	0 %	40 %	378723403
33	NC_016911	TATAA	2	10	25984	25993	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016911	ATATT	2	10	27534	27543	40 %	60 %	0 %	0 %	378723406
35	NC_016911	ATATT	2	10	27572	27581	40 %	60 %	0 %	0 %	378723406
36	NC_016911	AAATA	2	10	28020	28029	80 %	20 %	0 %	0 %	378723407
37	NC_016911	TTTGT	2	10	29443	29452	0 %	80 %	20 %	0 %	378723410
38	NC_016911	TCATT	2	10	31220	31229	20 %	60 %	0 %	20 %	378723414
39	NC_016911	TAGTA	2	10	32022	32031	40 %	40 %	20 %	0 %	378723414
40	NC_016911	AAGTG	2	10	34682	34691	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016911	ATTTT	2	10	34694	34703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016911	TTAAT	2	10	36397	36406	40 %	60 %	0 %	0 %	378723419
43	NC_016911	TGAGT	2	10	36424	36433	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016911	TTAGT	2	10	38957	38966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016911	CTTTT	2	10	41014	41023	0 %	80 %	0 %	20 %	378723424
46	NC_016911	TTATT	2	10	41423	41432	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016911	TTTTA	2	10	41527	41536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016911	AGTTG	2	10	42275	42284	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016911	TAAGT	2	10	44809	44818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016911	AGAGG	2	10	45492	45501	40 %	0 %	60 %	0 %	378723429
51	NC_016911	ACGTA	2	10	45714	45723	40 %	20 %	20 %	20 %	378723430
52	NC_016911	TAACT	2	10	45987	45996	40 %	40 %	0 %	20 %	378723431
53	NC_016911	AGAAA	2	10	46599	46608	80 %	0 %	20 %	0 %	378723432
54	NC_016911	GTTTC	2	10	47039	47048	0 %	60 %	20 %	20 %	378723432
55	NC_016911	ATTTT	2	10	47588	47597	20 %	80 %	0 %	0 %	378723432
56	NC_016911	ATGTG	2	10	48522	48531	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016911	AAGAG	2	10	49020	49029	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016911	AGTAC	2	10	49477	49486	40 %	20 %	20 %	20 %	378723435
59	NC_016911	TTTAA	2	10	49695	49704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016911	TTTCT	2	10	50776	50785	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016911	CATTA	2	10	51826	51835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016911	TTTAT	2	10	52155	52164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016911	TTGAT	2	10	53735	53744	20 %	60 %	20 %	0 %	378723439
64	NC_016911	TAAAG	2	10	54762	54771	60 %	20 %	20 %	0 %	378723439
65	NC_016911	ATTAT	2	10	54835	54844	40 %	60 %	0 %	0 %	378723439
66	NC_016911	TTTGC	2	10	57317	57326	0 %	60 %	20 %	20 %	378723442
67	NC_016911	ATTAT	2	10	58450	58459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016911	TCGGT	2	10	60296	60305	0 %	40 %	40 %	20 %	378723446
69	NC_016911	GCTTT	2	10	61722	61731	0 %	60 %	20 %	20 %	378723447
70	NC_016911	TAAAA	2	10	65853	65862	80 %	20 %	0 %	0 %	378723451
71	NC_016911	ACTTT	2	10	68885	68894	20 %	60 %	0 %	20 %	378723456
72	NC_016911	GCTTA	2	10	69074	69083	20 %	40 %	20 %	20 %	378723456
73	NC_016911	CATTT	2	10	69777	69786	20 %	60 %	0 %	20 %	378723456
74	NC_016911	TTAAA	2	10	69802	69811	60 %	40 %	0 %	0 %	378723456
75	NC_016911	TAAAT	2	10	69880	69889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016911	ACATA	2	10	72608	72617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_016911	TTTCT	2	10	75379	75388	0 %	80 %	0 %	20 %	378723463
78	NC_016911	ATTTA	2	10	75793	75802	40 %	60 %	0 %	0 %	378723464
79	NC_016911	AAAAG	2	10	76569	76578	80 %	0 %	20 %	0 %	378723464
80	NC_016911	GGGTT	2	10	76779	76788	0 %	40 %	60 %	0 %	378723464
81	NC_016911	TTTAT	2	10	77155	77164	20 %	80 %	0 %	0 %	378723464
82	NC_016911	GCTTA	2	10	78411	78420	20 %	40 %	20 %	20 %	378723465
83	NC_016911	ACAAT	2	10	78775	78784	60 %	20 %	0 %	20 %	378723466
84	NC_016911	GTTAT	2	10	79400	79409	20 %	60 %	20 %	0 %	378723467
85	NC_016911	GTAGA	2	10	79706	79715	40 %	20 %	40 %	0 %	378723467
86	NC_016911	CAATG	2	10	82058	82067	40 %	20 %	20 %	20 %	378723469
87	NC_016911	ATAAA	2	10	82521	82530	80 %	20 %	0 %	0 %	378723470
88	NC_016911	ATTAT	2	10	82956	82965	40 %	60 %	0 %	0 %	378723470
89	NC_016911	ATTAA	2	10	83227	83236	60 %	40 %	0 %	0 %	378723470
90	NC_016911	ATACA	2	10	83427	83436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016911	GAAAA	2	10	83755	83764	80 %	0 %	20 %	0 %	378723471
92	NC_016911	AATTA	2	10	84197	84206	60 %	40 %	0 %	0 %	378723471
93	NC_016911	TTAAA	2	10	87041	87050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016911	CGCAT	3	15	91303	91317	20 %	20 %	20 %	40 %	378723479
95	NC_016911	TGAAA	2	10	94523	94532	60 %	20 %	20 %	0 %	378723481
96	NC_016911	TTGAT	2	10	96201	96210	20 %	60 %	20 %	0 %	378723484
97	NC_016911	TAATA	2	10	96837	96846	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016911	TTGTA	2	10	96975	96984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016911	ATTTA	2	10	97914	97923	40 %	60 %	0 %	0 %	378723486
100	NC_016911	CATTT	2	10	98130	98139	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016911	AATTA	2	10	98280	98289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016911	TCAAA	2	10	99568	99577	60 %	20 %	0 %	20 %	378723488
103	NC_016911	TTAAT	2	10	100350	100359	40 %	60 %	0 %	0 %	378723489
104	NC_016911	AAACT	2	10	102921	102930	60 %	20 %	0 %	20 %	378723491
105	NC_016911	TTAGT	2	10	103272	103281	20 %	60 %	20 %	0 %	378723492
106	NC_016911	CCAAA	2	10	105711	105720	60 %	0 %	0 %	40 %	378723495
107	NC_016911	TTTAT	2	10	106102	106111	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016911	CGGAT	2	10	106259	106268	20 %	20 %	40 %	20 %	378723496
109	NC_016911	TAATA	2	10	107016	107025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016911	TTGAT	2	10	107718	107727	20 %	60 %	20 %	0 %	378723497
111	NC_016911	ATTAT	2	10	107899	107908	40 %	60 %	0 %	0 %	378723497
112	NC_016911	TTTGA	2	10	111845	111854	20 %	60 %	20 %	0 %	378723497
113	NC_016911	TGCTT	2	10	111940	111949	0 %	60 %	20 %	20 %	378723497
114	NC_016911	GCAAA	2	10	113819	113828	60 %	0 %	20 %	20 %	378723498
115	NC_016911	TGGAT	2	10	115768	115777	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016911	TTAGT	2	10	118519	118528	20 %	60 %	20 %	0 %	378723503
117	NC_016911	AAGTA	2	10	120342	120351	60 %	20 %	20 %	0 %	378723504
118	NC_016911	ATTCG	2	10	122122	122131	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016911	AGATT	2	10	122140	122149	40 %	40 %	20 %	0 %	378723506
120	NC_016911	TAAAA	2	10	122457	122466	80 %	20 %	0 %	0 %	378723507
121	NC_016911	AAAAC	2	10	123153	123162	80 %	0 %	0 %	20 %	378723507
122	NC_016911	TTTAA	2	10	123229	123238	40 %	60 %	0 %	0 %	378723507
123	NC_016911	GTTAC	2	10	124318	124327	20 %	40 %	20 %	20 %	378723509
124	NC_016911	TGAAA	2	10	124679	124688	60 %	20 %	20 %	0 %	378723509
125	NC_016911	AGCTA	2	10	125104	125113	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016911	GCAAG	2	10	125337	125346	40 %	0 %	40 %	20 %	378723510
127	NC_016911	TTAAA	2	10	127279	127288	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016911	CTTGT	2	10	127769	127778	0 %	60 %	20 %	20 %	378723514
129	NC_016911	AGTAT	2	10	128076	128085	40 %	40 %	20 %	0 %	378723514
130	NC_016911	ATGAT	2	10	128832	128841	40 %	40 %	20 %	0 %	378723515
131	NC_016911	CTTGT	2	10	129170	129179	0 %	60 %	20 %	20 %	378723516
132	NC_016911	TATTT	2	10	129588	129597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016911	TCTTT	2	10	130724	130733	0 %	80 %	0 %	20 %	378723519
134	NC_016911	TTGCT	2	10	130964	130973	0 %	60 %	20 %	20 %	378723520
135	NC_016911	CGCTC	2	10	131557	131566	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_016911	AACCT	2	10	131753	131762	40 %	20 %	0 %	40 %	378723522
137	NC_016911	AAATC	2	10	132637	132646	60 %	20 %	0 %	20 %	378723524
138	NC_016911	TTAAC	2	10	133774	133783	40 %	40 %	0 %	20 %	378723525
139	NC_016911	TATAA	2	10	133866	133875	60 %	40 %	0 %	0 %	378723525
140	NC_016911	TTATA	2	10	134240	134249	40 %	60 %	0 %	0 %	378723526
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270	NC_016911	TGCAA	2	10	289259	289268	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
271	NC_016911	TTCAT	2	10	290428	290437	20 %	60 %	0 %	20 %	378723668
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