MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hauke chromosome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016911	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016911	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016911	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016911	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016911	GCTCT	2	10	12613	12622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016911	TTTAA	2	10	20161	20170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016911	TATAA	2	10	25984	25993	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016911	AAGTG	2	10	34682	34691	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016911	ATTTT	2	10	34694	34703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016911	TGAGT	2	10	36424	36433	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016911	TTAGT	2	10	38957	38966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016911	TTATT	2	10	41423	41432	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016911	TTTTA	2	10	41527	41536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016911	AGTTG	2	10	42275	42284	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016911	TAAGT	2	10	44809	44818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016911	ATGTG	2	10	48522	48531	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016911	AAGAG	2	10	49020	49029	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016911	TTTAA	2	10	49695	49704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016911	TTTCT	2	10	50776	50785	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016911	CATTA	2	10	51826	51835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016911	TTTAT	2	10	52155	52164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016911	ATTAT	2	10	58450	58459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016911	TAAAT	2	10	69880	69889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016911	ACATA	2	10	72608	72617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016911	ATACA	2	10	83427	83436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016911	TTAAA	2	10	87041	87050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016911	TAATA	2	10	96837	96846	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016911	TTGTA	2	10	96975	96984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016911	CATTT	2	10	98130	98139	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016911	AATTA	2	10	98280	98289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016911	TTTAT	2	10	106102	106111	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016911	TAATA	2	10	107016	107025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016911	TGGAT	2	10	115768	115777	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016911	ATTCG	2	10	122122	122131	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016911	AGCTA	2	10	125104	125113	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016911	TTAAA	2	10	127279	127288	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016911	TATTT	2	10	129588	129597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016911	CGCTC	2	10	131557	131566	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_016911	GCAGA	2	10	151596	151605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016911	AAAGA	2	10	154620	154629	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016911	AAATC	2	10	181134	181143	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016911	TTTAA	2	10	181202	181211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016911	TATTT	2	10	181240	181249	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016911	AAGAG	2	10	194396	194405	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016911	TTTAT	2	10	206143	206152	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016911	AATTA	2	10	210250	210259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016911	TAAAT	2	10	210267	210276	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016911	TAAAA	2	10	210302	210311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016911	GTTTT	2	10	210846	210855	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016911	ATTAT	2	10	212425	212434	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016911	ATTTA	2	10	214912	214921	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016911	AAATT	2	10	216462	216471	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016911	TTTCT	2	10	216477	216486	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016911	GTCAA	2	10	218942	218951	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016911	AATTA	2	10	219032	219041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016911	TAATA	2	10	225430	225439	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016911	ATTTA	2	10	227016	227025	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016911	TAAAT	2	10	227085	227094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016911	ATTAA	2	10	230953	230962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016911	ATTGT	2	10	233891	233900	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016911	TTTGA	2	10	248382	248391	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016911	TTTAT	2	10	250073	250082	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016911	GACAA	2	10	255737	255746	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016911	CTACA	2	10	257589	257598	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016911	GTATT	2	10	258613	258622	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016911	CCCAA	2	10	260270	260279	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_016911	ATTAG	2	10	263897	263906	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016911	AAGGA	2	10	265087	265096	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016911	TATAA	2	10	265734	265743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016911	AAAAC	2	10	275607	275616	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016911	CGAAG	2	10	288112	288121	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016911	ATCCC	2	10	289174	289183	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_016911	TGCAA	2	10	289259	289268	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016911	TAATA	2	10	292805	292814	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016911	ATTTA	2	10	295867	295876	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016911	GATAT	2	10	306402	306411	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016911	CCTAA	2	10	307739	307748	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_016911	AAAGA	2	10	308700	308709	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016911	ATTTT	2	10	310305	310314	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016911	TAAAA	2	10	310353	310362	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016911	GTTAA	2	10	323833	323842	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016911	AAAAT	2	10	324085	324094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016911	TTTAA	2	10	327951	327960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016911	TTAAA	2	10	328753	328762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016911	TTTAT	2	10	330760	330769	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016911	TTTAT	2	10	338238	338247	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016911	TAAAA	2	10	348950	348959	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016911	AAATG	2	10	351261	351270	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016911	AATGA	2	10	357830	357839	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016911	ATAAA	2	10	358893	358902	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016911	CAACA	2	10	365314	365323	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016911	TTACT	2	10	366443	366452	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016911	GAAAA	2	10	373906	373915	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016911	GTTTG	2	10	374361	374370	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016911	GGATA	2	10	374915	374924	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016911	TGAGT	2	10	376587	376596	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016911	ATAAA	2	10	376804	376813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016911	TGGAA	2	10	377380	377389	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016911	TATTT	2	10	377612	377621	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016911	AATTT	2	10	399148	399157	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016911	TAATT	2	10	413729	413738	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016911	TTATG	2	10	417910	417919	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016911	TGTGG	2	10	417933	417942	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016911	ATATA	2	10	419262	419271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016911	TGTAT	2	10	420314	420323	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016911	ATTAA	2	10	422429	422438	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016911	AATAA	2	10	425676	425685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016911	AAGCT	2	10	435997	436006	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_016911	CGCTC	2	10	440957	440966	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_016911	CGCTC	2	10	441403	441412	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_016911	TGATA	2	10	450253	450262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016911	GAATA	2	10	465457	465466	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016911	ATATA	2	10	466604	466613	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016911	TGCAA	2	10	466686	466695	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016911	TATTT	2	10	469663	469672	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016911	TATAT	2	10	471431	471440	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016911	TTAAT	2	10	478983	478992	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016911	ATATT	2	10	480921	480930	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016911	TTTTA	2	10	481065	481074	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016911	TTAAT	2	10	489773	489782	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016911	TAATT	2	10	495543	495552	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016911	CTTTA	2	10	495640	495649	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016911	TCGCT	2	10	502448	502457	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_016911	TAAAA	2	10	502472	502481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016911	ATTAA	2	10	507763	507772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016911	AATTA	2	10	510825	510834	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016911	TTTCA	2	10	511572	511581	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016911	ATGTT	2	10	516534	516543	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016911	ATTTA	2	10	534877	534886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016911	ATTTT	2	10	536312	536321	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016911	ATTAA	2	10	539087	539096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016911	ATGTC	2	10	543724	543733	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016911	TTTAG	2	10	552462	552471	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016911	GTAAT	2	10	552644	552653	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016911	CGTAG	2	10	555212	555221	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016911	CGCTC	2	10	555649	555658	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_016911	TGATA	2	10	560749	560758	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016911	TTTAC	2	10	564315	564324	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_016911	TCTGC	2	10	566139	566148	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_016911	ATTTA	2	10	566419	566428	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016911	GCTCC	2	10	579764	579773	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_016911	TAATT	2	10	580624	580633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016911	TTTAA	2	10	585448	585457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016911	TTTTA	2	10	590105	590114	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016911	ATGTT	2	10	591742	591751	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016911	GACAT	2	10	594945	594954	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_016911	TTATT	2	10	599773	599782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016911	AATAA	2	10	601935	601944	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_016911	TTAAT	2	10	608190	608199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_016911	AATTA	2	10	729005	729014	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_016911	GATAA	2	10	919640	919649	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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256	NC_016911	TTTTC	2	10	927533	927542	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
257	NC_016911	AAATA	2	10	937771	937780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_016911	ACTTT	2	10	993596	993605	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
276	NC_016911	TTCTA	2	10	994100	994109	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_016911	TCATA	2	10	1012597	1012606	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_016911	CATAA	2	10	1030853	1030862	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_016911	TAATT	2	10	1032246	1032255	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_016911	GTAAA	2	10	1032981	1032990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016911	ATACT	2	10	1034921	1034930	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_016911	AAAAT	2	10	1035373	1035382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_016911	AAAAT	2	10	1035964	1035973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_016911	AAAAT	2	10	1063113	1063122	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_016911	TGACC	2	10	1066729	1066738	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
294	NC_016911	TAATA	2	10	1067738	1067747	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016911	ATTTA	2	10	1069899	1069908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016911	TAATT	2	10	1085248	1085257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_016911	ACTAA	2	10	1099236	1099245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_016911	AAAAT	2	10	1102647	1102656	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016911	AAATT	2	10	1134802	1134811	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_016911	TAAAA	2	10	1152693	1152702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_016911	ATATT	2	10	1193341	1193350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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323	NC_016911	TTATT	2	10	1226584	1226593	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_016911	GTTTA	2	10	1243913	1243922	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_016911	AGTAA	2	10	1256125	1256134	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
328	NC_016911	AGAGA	2	10	1258346	1258355	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
329	NC_016911	ATTTA	2	10	1262084	1262093	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.