MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Arizona chromosome

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016909	AAAGAC	2	12	10782	10793	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016909	AGAACA	2	12	18064	18075	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016909	CAAATA	2	12	26887	26898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016909	TAAAGT	2	12	27050	27061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016909	TTTAGG	2	12	28428	28439	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016909	AAGAAA	2	12	38559	38570	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016909	ATCTTT	2	12	40975	40986	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016909	AGTATT	2	12	51442	51453	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016909	AACACC	2	12	57153	57164	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016909	ATATAA	2	12	86709	86720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016909	AAGGAC	2	12	87727	87738	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016909	TTTTAA	2	12	92493	92504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016909	TAAAAA	2	12	95225	95236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016909	CAATAT	2	12	163136	163147	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016909	TTTTAA	2	12	169891	169902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016909	AATTTA	2	12	173644	173655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016909	TATTTA	2	12	210400	210411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016909	CACTAC	2	12	228802	228813	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016909	TCTGTC	2	12	233155	233166	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016909	TATTTT	2	12	255590	255601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016909	TAATTA	2	12	256515	256526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016909	CTTTAA	2	12	264004	264015	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016909	AAATAA	2	12	264150	264161	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016909	AAAATG	2	12	264216	264227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016909	GCACCG	2	12	265478	265489	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016909	ATGACG	2	12	272937	272948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016909	ATTGCA	2	12	276978	276989	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016909	ATTAAA	2	12	283671	283682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016909	CCTGAA	2	12	287418	287429	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016909	TATTGT	2	12	296281	296292	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016909	ATCTTT	2	12	308194	308205	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016909	AATATT	2	12	344645	344656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016909	GCTATA	2	12	368098	368109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016909	ATTTAT	2	12	372710	372721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016909	AAGATA	2	12	373992	374003	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016909	CAGTTT	2	12	375465	375476	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016909	TTTTAC	2	12	376543	376554	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016909	ATATAA	2	12	379125	379136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016909	TATTGT	2	12	388658	388669	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016909	TAAAAT	2	12	390325	390336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016909	AAATTA	2	12	390348	390359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016909	GAACAT	2	12	399949	399960	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016909	TCTTGT	2	12	421901	421912	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016909	TGTAGG	2	12	467684	467695	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016909	AATATC	2	12	486699	486710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016909	TTGGCG	2	12	495620	495631	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016909	AAATTT	2	12	495669	495680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016909	ATACCG	2	12	520021	520032	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016909	TCATTG	2	12	531133	531144	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016909	TACTAG	2	12	534109	534120	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016909	AATTTA	2	12	547614	547625	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016909	TAGTTT	2	12	550981	550992	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016909	TATTAA	2	12	554409	554420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016909	ATTTTA	2	12	555207	555218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016909	ATATTA	2	12	563655	563666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016909	CTATAT	2	12	564866	564877	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016909	CATATT	2	12	565397	565408	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016909	TGCTTG	2	12	565524	565535	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016909	TATCAA	2	12	565827	565838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016909	CAAAAA	2	12	571448	571459	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016909	AATATA	2	12	585542	585553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016909	GCTTGT	2	12	599559	599570	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016909	ACAAAA	2	12	608144	608155	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016909	TATTAA	2	12	620614	620625	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016909	TGCTAA	2	12	622587	622598	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016909	AATTAT	2	12	661846	661857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016909	TGCTTC	2	12	673289	673300	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016909	TAAAAC	2	12	674214	674225	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016909	ATATAA	2	12	675573	675584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016909	ATACCG	2	12	714361	714372	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016909	AAGATA	2	12	731907	731918	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016909	TTATCC	2	12	741814	741825	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_016909	TATATT	2	12	749064	749075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016909	TTTTAT	2	12	753915	753926	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016909	ATATTT	2	12	755527	755538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016909	CTACTC	2	12	765922	765933	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016909	TATTTT	2	12	771426	771437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016909	ATTTTT	2	12	790899	790910	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016909	ATAATT	2	12	793248	793259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016909	AAATTT	2	12	793842	793853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016909	ATAAAC	2	12	794645	794656	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016909	TAAACA	2	12	795697	795708	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016909	ATCGTC	2	12	803816	803827	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016909	TATTTT	2	12	812054	812065	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016909	GCGGAA	2	12	818869	818880	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016909	TATTTT	2	12	842960	842971	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016909	TTAATA	2	12	849923	849934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016909	CTAAAC	2	12	853341	853352	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016909	ATTTAA	2	12	859056	859067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016909	GATATA	2	12	868154	868165	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016909	TGACTA	2	12	877976	877987	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016909	ATTACT	2	12	917980	917991	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016909	TAGCAC	2	12	923705	923716	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016909	AAATAC	2	12	925865	925876	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016909	ACTTCC	2	12	927474	927485	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_016909	CTATAA	2	12	928257	928268	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016909	TTTATC	2	12	949623	949634	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016909	ACAAAA	2	12	955092	955103	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016909	TAATTT	2	12	966720	966731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016909	TGCTCT	2	12	968119	968130	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016909	GCCATG	2	12	975412	975423	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016909	ATATCC	2	12	983741	983752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016909	ATTAGG	2	12	989025	989036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016909	AATTAT	2	12	991695	991706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016909	AATATC	2	12	992584	992595	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016909	CATTGT	2	12	993423	993434	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016909	AATATG	2	12	998343	998354	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016909	AATTTA	2	12	1012725	1012736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016909	GTTTTT	2	12	1030427	1030438	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016909	TTAATA	2	12	1031999	1032010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016909	CAAGAA	2	12	1032101	1032112	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016909	AACAAT	2	12	1035616	1035627	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016909	TACACC	2	12	1035785	1035796	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_016909	CTTTAT	2	12	1035880	1035891	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016909	TTAAAT	2	12	1044507	1044518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016909	TTATAT	2	12	1044715	1044726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016909	TACTAG	2	12	1045203	1045214	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016909	TTAGTT	2	12	1046384	1046395	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016909	TAGTGA	2	12	1047156	1047167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016909	CTTTTA	2	12	1070669	1070680	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016909	AGCTTA	2	12	1082820	1082831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016909	AGTTTA	2	12	1082923	1082934	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016909	ATGCAT	2	12	1084590	1084601	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016909	ATAATG	2	12	1150604	1150615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016909	TGTTCC	2	12	1166878	1166889	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016909	TCATTT	2	12	1195668	1195679	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016909	CCTAAT	2	12	1208853	1208864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016909	TCATTG	2	12	1210295	1210306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016909	TTTATC	2	12	1244131	1244142	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016909	AAAAGA	2	12	1259700	1259711	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.