MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Arizona chromosome

Total Repeats: 837

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016909	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	378722023
2	NC_016909	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	378722023
3	NC_016909	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	378722024
4	NC_016909	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	378722024
5	NC_016909	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	378722024
6	NC_016909	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	378722024
7	NC_016909	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	378722026
8	NC_016909	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	378722026
9	NC_016909	ATCCA	2	10	7649	7658	40 %	20 %	0 %	40 %	378722027
10	NC_016909	GGCTC	2	10	13151	13160	0 %	20 %	40 %	40 %	378722035
11	NC_016909	AGCAG	2	10	13576	13585	40 %	0 %	40 %	20 %	378722035
12	NC_016909	TTAAT	2	10	13719	13728	40 %	60 %	0 %	0 %	378722035
13	NC_016909	TAACT	2	10	15003	15012	40 %	40 %	0 %	20 %	378722038
14	NC_016909	ATTTA	2	10	16657	16666	40 %	60 %	0 %	0 %	378722040
15	NC_016909	TTTTA	2	10	17425	17434	20 %	80 %	0 %	0 %	378722040
16	NC_016909	TCAAG	2	10	21192	21201	40 %	20 %	20 %	20 %	378722044
17	NC_016909	ATAAA	2	10	21246	21255	80 %	20 %	0 %	0 %	378722044
18	NC_016909	AGAAA	2	10	21508	21517	80 %	0 %	20 %	0 %	378722044
19	NC_016909	AAAGC	2	10	21764	21773	60 %	0 %	20 %	20 %	378722044
20	NC_016909	GAATA	2	10	21970	21979	60 %	20 %	20 %	0 %	378722044
21	NC_016909	TAATA	2	10	22711	22720	60 %	40 %	0 %	0 %	378722044
22	NC_016909	CAAAG	2	10	22803	22812	60 %	0 %	20 %	20 %	378722044
23	NC_016909	TTAGT	2	10	22986	22995	20 %	60 %	20 %	0 %	378722044
24	NC_016909	AGCAG	2	10	23129	23138	40 %	0 %	40 %	20 %	378722044
25	NC_016909	TACCT	2	10	24421	24430	20 %	40 %	0 %	40 %	378722044
26	NC_016909	TACCT	2	10	24508	24517	20 %	40 %	0 %	40 %	378722044
27	NC_016909	ATATT	2	10	27537	27546	40 %	60 %	0 %	0 %	378722047
28	NC_016909	ATATT	2	10	27575	27584	40 %	60 %	0 %	0 %	378722047
29	NC_016909	AAATA	2	10	28023	28032	80 %	20 %	0 %	0 %	378722048
30	NC_016909	TTTGT	2	10	29446	29455	0 %	80 %	20 %	0 %	378722051
31	NC_016909	TCATT	2	10	31223	31232	20 %	60 %	0 %	20 %	378722055
32	NC_016909	TAGTA	2	10	32025	32034	40 %	40 %	20 %	0 %	378722055
33	NC_016909	TTAAT	2	10	36400	36409	40 %	60 %	0 %	0 %	378722060
34	NC_016909	CTTTT	2	10	41017	41026	0 %	80 %	0 %	20 %	378722065
35	NC_016909	AGAGG	2	10	45495	45504	40 %	0 %	60 %	0 %	378722070
36	NC_016909	ACGTA	2	10	45717	45726	40 %	20 %	20 %	20 %	378722071
37	NC_016909	TAACT	2	10	45990	45999	40 %	40 %	0 %	20 %	378722072
38	NC_016909	AGAAA	2	10	46602	46611	80 %	0 %	20 %	0 %	378722073
39	NC_016909	GTTTC	2	10	47042	47051	0 %	60 %	20 %	20 %	378722073
40	NC_016909	ATTTT	2	10	47591	47600	20 %	80 %	0 %	0 %	378722073
41	NC_016909	AGTAC	2	10	49480	49489	40 %	20 %	20 %	20 %	378722076
42	NC_016909	TTGAT	2	10	53738	53747	20 %	60 %	20 %	0 %	378722080
43	NC_016909	TAAAG	2	10	54765	54774	60 %	20 %	20 %	0 %	378722080
44	NC_016909	ATTAT	2	10	54838	54847	40 %	60 %	0 %	0 %	378722080
45	NC_016909	TTTGC	2	10	57320	57329	0 %	60 %	20 %	20 %	378722083
46	NC_016909	TCGGT	2	10	60300	60309	0 %	40 %	40 %	20 %	378722087
47	NC_016909	GCTTT	2	10	61726	61735	0 %	60 %	20 %	20 %	378722088
48	NC_016909	TAAAA	2	10	65857	65866	80 %	20 %	0 %	0 %	378722092
49	NC_016909	ACTTT	2	10	68889	68898	20 %	60 %	0 %	20 %	378722097
50	NC_016909	GCTTA	2	10	69078	69087	20 %	40 %	20 %	20 %	378722097
51	NC_016909	CATTT	2	10	69781	69790	20 %	60 %	0 %	20 %	378722097
52	NC_016909	TTAAA	2	10	69806	69815	60 %	40 %	0 %	0 %	378722097
53	NC_016909	TTTCT	2	10	75383	75392	0 %	80 %	0 %	20 %	378722104
54	NC_016909	ATTTA	2	10	75797	75806	40 %	60 %	0 %	0 %	378722105
55	NC_016909	AAAAG	2	10	76573	76582	80 %	0 %	20 %	0 %	378722105
56	NC_016909	GGGTT	2	10	76783	76792	0 %	40 %	60 %	0 %	378722105
57	NC_016909	TTTAT	2	10	77159	77168	20 %	80 %	0 %	0 %	378722105
58	NC_016909	GCTTA	2	10	78491	78500	20 %	40 %	20 %	20 %	378722106
59	NC_016909	ACAAT	2	10	78855	78864	60 %	20 %	0 %	20 %	378722107
60	NC_016909	GTTAT	2	10	79480	79489	20 %	60 %	20 %	0 %	378722108
61	NC_016909	GTAGA	2	10	79786	79795	40 %	20 %	40 %	0 %	378722108
62	NC_016909	CAATG	2	10	82138	82147	40 %	20 %	20 %	20 %	378722110
63	NC_016909	ATAAA	2	10	82601	82610	80 %	20 %	0 %	0 %	378722111
64	NC_016909	ATTAT	2	10	83036	83045	40 %	60 %	0 %	0 %	378722111
65	NC_016909	ATTAA	2	10	83307	83316	60 %	40 %	0 %	0 %	378722111
66	NC_016909	GAAAA	2	10	83835	83844	80 %	0 %	20 %	0 %	378722112
67	NC_016909	AATTA	2	10	84277	84286	60 %	40 %	0 %	0 %	378722112
68	NC_016909	CGCAT	3	15	91384	91398	20 %	20 %	20 %	40 %	378722119
69	NC_016909	TGAAA	2	10	94604	94613	60 %	20 %	20 %	0 %	378722121
70	NC_016909	TTGAT	2	10	96282	96291	20 %	60 %	20 %	0 %	378722124
71	NC_016909	ATTTA	2	10	97995	98004	40 %	60 %	0 %	0 %	378722126
72	NC_016909	TCAAA	2	10	99649	99658	60 %	20 %	0 %	20 %	378722128
73	NC_016909	TTAAT	2	10	100431	100440	40 %	60 %	0 %	0 %	378722129
74	NC_016909	AAACT	2	10	103002	103011	60 %	20 %	0 %	20 %	378722131
75	NC_016909	TTAGT	2	10	103353	103362	20 %	60 %	20 %	0 %	378722132
76	NC_016909	CCAAA	2	10	105792	105801	60 %	0 %	0 %	40 %	378722135
77	NC_016909	CGGAT	2	10	106340	106349	20 %	20 %	40 %	20 %	378722136
78	NC_016909	TTGAT	2	10	107799	107808	20 %	60 %	20 %	0 %	378722138
79	NC_016909	ATTAT	2	10	107980	107989	40 %	60 %	0 %	0 %	378722138
80	NC_016909	TTTGA	2	10	111854	111863	20 %	60 %	20 %	0 %	378722138
81	NC_016909	TGCTT	2	10	111949	111958	0 %	60 %	20 %	20 %	378722138
82	NC_016909	GCAAA	2	10	113828	113837	60 %	0 %	20 %	20 %	378722139
83	NC_016909	TTAGT	2	10	118528	118537	20 %	60 %	20 %	0 %	378722144
84	NC_016909	AAGTA	2	10	120351	120360	60 %	20 %	20 %	0 %	378722145
85	NC_016909	AGATT	2	10	122149	122158	40 %	40 %	20 %	0 %	378722148
86	NC_016909	TAAAA	2	10	122466	122475	80 %	20 %	0 %	0 %	378722149
87	NC_016909	AAAAC	2	10	123162	123171	80 %	0 %	0 %	20 %	378722149
88	NC_016909	TTTAA	2	10	123238	123247	40 %	60 %	0 %	0 %	378722149
89	NC_016909	GTTAC	2	10	124327	124336	20 %	40 %	20 %	20 %	378722151
90	NC_016909	TGAAA	2	10	124688	124697	60 %	20 %	20 %	0 %	378722151
91	NC_016909	GCAAG	2	10	125346	125355	40 %	0 %	40 %	20 %	378722152
92	NC_016909	CTTGT	2	10	127778	127787	0 %	60 %	20 %	20 %	378722156
93	NC_016909	AGTAT	2	10	128085	128094	40 %	40 %	20 %	0 %	378722156
94	NC_016909	ATGAT	2	10	128841	128850	40 %	40 %	20 %	0 %	378722157
95	NC_016909	CTTGT	2	10	129179	129188	0 %	60 %	20 %	20 %	378722158
96	NC_016909	TCTTT	2	10	130733	130742	0 %	80 %	0 %	20 %	378722161
97	NC_016909	TTGCT	2	10	130973	130982	0 %	60 %	20 %	20 %	378722162
98	NC_016909	AACCT	2	10	131762	131771	40 %	20 %	0 %	40 %	378722164
99	NC_016909	AAATC	2	10	132646	132655	60 %	20 %	0 %	20 %	378722166
100	NC_016909	TTAAC	2	10	133783	133792	40 %	40 %	0 %	20 %	378722167
101	NC_016909	TATAA	2	10	133875	133884	60 %	40 %	0 %	0 %	378722167
102	NC_016909	TTATA	2	10	134249	134258	40 %	60 %	0 %	0 %	378722168
103	NC_016909	TTTTA	2	10	135902	135911	20 %	80 %	0 %	0 %	378722169
104	NC_016909	GCTTT	2	10	137478	137487	0 %	60 %	20 %	20 %	378722170
105	NC_016909	TATGT	2	10	138128	138137	20 %	60 %	20 %	0 %	378722170
106	NC_016909	GTTTT	2	10	140273	140282	0 %	80 %	20 %	0 %	378722171
107	NC_016909	CTTGG	2	10	141090	141099	0 %	40 %	40 %	20 %	378722171
108	NC_016909	ACAAG	2	10	144804	144813	60 %	0 %	20 %	20 %	378722172
109	NC_016909	AGTTT	2	10	145132	145141	20 %	60 %	20 %	0 %	378722173
110	NC_016909	TTAGT	2	10	145655	145664	20 %	60 %	20 %	0 %	378722173
111	NC_016909	ATATA	2	10	146561	146570	60 %	40 %	0 %	0 %	378722173
112	NC_016909	TGCAG	2	10	146649	146658	20 %	20 %	40 %	20 %	378722173
113	NC_016909	GTTAT	2	10	147065	147074	20 %	60 %	20 %	0 %	378722173
114	NC_016909	ATGGT	2	10	148229	148238	20 %	40 %	40 %	0 %	378722174
115	NC_016909	AGGAG	2	10	148484	148493	40 %	0 %	60 %	0 %	378722174
116	NC_016909	TATTT	2	10	149160	149169	20 %	80 %	0 %	0 %	378722174
117	NC_016909	AATTT	2	10	156465	156474	40 %	60 %	0 %	0 %	378722180
118	NC_016909	AGGTG	2	10	156571	156580	20 %	20 %	60 %	0 %	378722180
119	NC_016909	GAAGT	2	10	160474	160483	40 %	20 %	40 %	0 %	378722184
120	NC_016909	ATGCA	2	10	161606	161615	40 %	20 %	20 %	20 %	378722185
121	NC_016909	AAATT	2	10	163728	163737	60 %	40 %	0 %	0 %	378722188
122	NC_016909	TATCA	2	10	164105	164114	40 %	40 %	0 %	20 %	378722188
123	NC_016909	TAGCT	2	10	164192	164201	20 %	40 %	20 %	20 %	378722188
124	NC_016909	TATAT	2	10	164419	164428	40 %	60 %	0 %	0 %	378722189
125	NC_016909	TTATT	2	10	165054	165063	20 %	80 %	0 %	0 %	378722189
126	NC_016909	AATTT	2	10	165477	165486	40 %	60 %	0 %	0 %	378722190
127	NC_016909	ATTTT	2	10	165864	165873	20 %	80 %	0 %	0 %	378722190
128	NC_016909	AGCCG	2	10	166069	166078	20 %	0 %	40 %	40 %	378722190
129	NC_016909	TGGTG	2	10	170127	170136	0 %	40 %	60 %	0 %	378722194
130	NC_016909	TTAAT	2	10	171010	171019	40 %	60 %	0 %	0 %	378722196
131	NC_016909	AAGAA	2	10	172622	172631	80 %	0 %	20 %	0 %	378722196
132	NC_016909	CAGGG	2	10	173278	173287	20 %	0 %	60 %	20 %	378722197
133	NC_016909	ATATC	2	10	174051	174060	40 %	40 %	0 %	20 %	378722198
134	NC_016909	TGGAT	2	10	174829	174838	20 %	40 %	40 %	0 %	378722200
135	NC_016909	GTGCC	2	10	176299	176308	0 %	20 %	40 %	40 %	378722200
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