MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	AAAGAC	2	12	10780	10791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016908	AGAACA	2	12	18062	18073	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016908	CAAATA	2	12	26895	26906	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016908	TAAAGT	2	12	27058	27069	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016908	TTTAGG	2	12	28436	28447	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016908	AAGAAA	2	12	38567	38578	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016908	ATCTTT	2	12	40981	40992	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016908	AGTATT	2	12	51449	51460	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016908	AACACC	2	12	57160	57171	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016908	ATATAA	2	12	86713	86724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016908	AAGGAC	2	12	87731	87742	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016908	TTTTAA	2	12	92497	92508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016908	TAAAAA	2	12	95229	95240	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016908	TTTTAA	2	12	169916	169927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016908	AATTTA	2	12	173669	173680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016908	TATTTA	2	12	210425	210436	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016908	CACTAC	2	12	228922	228933	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_016908	TCTGTC	2	12	233275	233286	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016908	TATTTT	2	12	255715	255726	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016908	TAATTA	2	12	256640	256651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016908	CTTTAA	2	12	264135	264146	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016908	AAATAA	2	12	264281	264292	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016908	AAAATG	2	12	264347	264358	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016908	GCACCG	2	12	265609	265620	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016908	ATGACG	2	12	273067	273078	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016908	ATTGCA	2	12	277108	277119	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016908	ATTAAA	2	12	283798	283809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016908	CCTGAA	2	12	287545	287556	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016908	TATTGT	2	12	296408	296419	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016908	ATCTTT	2	12	308321	308332	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016908	AATATT	2	12	344787	344798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016908	GCTATA	2	12	368263	368274	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016908	ATTTAT	2	12	372875	372886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016908	AAGATA	2	12	374157	374168	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016908	CAGTTT	2	12	375629	375640	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016908	TTTTAC	2	12	376696	376707	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016908	ATATAA	2	12	379278	379289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016908	TATTGT	2	12	388811	388822	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016908	TAAAAT	2	12	390478	390489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016908	AAATTA	2	12	390501	390512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016908	GAACAT	2	12	400103	400114	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016908	TCTTGT	2	12	422055	422066	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016908	TGTAGG	2	12	467838	467849	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016908	AATATC	2	12	486863	486874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016908	TTGGCG	2	12	495714	495725	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016908	AAATTT	2	12	495763	495774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016908	ATACCG	2	12	520113	520124	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016908	TCATTG	2	12	531223	531234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016908	TACTAG	2	12	534199	534210	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016908	AATTTA	2	12	547704	547715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016908	TAGTTT	2	12	551072	551083	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016908	TATTAA	2	12	554501	554512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016908	ATTTTA	3	18	555299	555316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016908	ATATTA	2	12	563675	563686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016908	CTATAT	2	12	564886	564897	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016908	CATATT	2	12	565417	565428	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016908	TGCTTG	2	12	565544	565555	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016908	TATCAA	2	12	565847	565858	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016908	CAAAAA	2	12	571468	571479	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016908	AATATA	2	12	585563	585574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016908	GCTTGT	2	12	599580	599591	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016908	ACAAAA	2	12	608165	608176	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016908	TATTAA	2	12	620657	620668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016908	TGCTAA	2	12	622630	622641	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016908	TACAAT	2	12	628082	628093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016908	TGCTTC	2	12	673311	673322	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016908	TAAAAC	2	12	674236	674247	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016908	ATATAA	2	12	675595	675606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016908	TTTATG	2	12	708656	708667	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016908	ATACCG	2	12	714414	714425	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016908	AAGATA	2	12	731962	731973	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016908	TATAAT	2	12	734795	734806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016908	TTATCC	2	12	741874	741885	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016908	TATATT	2	12	748965	748976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016908	ATATTT	2	12	755430	755441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016908	CTACTC	2	12	765826	765837	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016908	TATTTT	2	12	771329	771340	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016908	ATAATT	2	12	793148	793159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016908	AAATTT	2	12	793742	793753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016908	ATAAAC	2	12	794544	794555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016908	TAAACA	2	12	795602	795613	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016908	ATCGTC	2	12	803721	803732	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_016908	TATTTT	2	12	811959	811970	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016908	GCGGAA	2	12	818774	818785	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016908	TATTTT	2	12	842863	842874	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016908	TTAATA	2	12	849823	849834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016908	CTAAAC	2	12	853241	853252	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016908	ATTTAA	2	12	858950	858961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016908	GATATA	2	12	868048	868059	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016908	TGACTA	2	12	877883	877894	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016908	ATTACT	2	12	917873	917884	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016908	TAGCAC	2	12	923596	923607	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016908	AAATAC	2	12	925756	925767	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016908	ACTTCC	2	12	927365	927376	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_016908	CTATAA	2	12	928148	928159	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016908	TTTATC	2	12	949514	949525	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016908	ACAAAA	2	12	954983	954994	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016908	TAATTT	2	12	966610	966621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016908	TGCTCT	2	12	968009	968020	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016908	GCCATG	2	12	975302	975313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016908	ATATCC	2	12	983607	983618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016908	ATTAGG	2	12	988896	988907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016908	AATTAT	2	12	991565	991576	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016908	CATTGT	2	12	993287	993298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016908	AATATG	2	12	998207	998218	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016908	AATTTA	2	12	1012589	1012600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016908	GTTTTT	2	12	1030289	1030300	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016908	TTAATA	2	12	1031861	1031872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016908	CAAGAA	2	12	1031963	1031974	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016908	TACACC	2	12	1035646	1035657	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_016908	CTTTAT	2	12	1035741	1035752	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016908	TTAAAT	2	12	1044368	1044379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016908	TTATAT	2	12	1044576	1044587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016908	TACTAG	2	12	1045064	1045075	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016908	TTAGTT	2	12	1046245	1046256	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016908	TAGTGA	2	12	1047017	1047028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016908	CTTTTA	2	12	1070534	1070545	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016908	AGCTTA	2	12	1082689	1082700	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016908	AGTTTA	2	12	1082792	1082803	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016908	ATGCAT	2	12	1084458	1084469	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016908	ATAATG	2	12	1150474	1150485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016908	TGTTCC	2	12	1166762	1166773	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016908	TCATTT	2	12	1198444	1198455	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016908	CCTAAT	2	12	1211661	1211672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016908	TCATTG	2	12	1213103	1213114	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016908	TTTATC	2	12	1246939	1246950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016908	AAAAGA	2	12	1262583	1262594	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.