MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	AATTA	2	10	9218	9227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016908	AGAAT	2	10	10835	10844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016908	GAATT	2	10	11191	11200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016908	CGCTC	2	10	12612	12621	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_016908	TTTAA	2	10	20172	20181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016908	TATAA	2	10	25995	26004	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016908	AAGTG	2	10	34693	34702	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016908	ATTTT	2	10	34705	34714	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016908	TGAGT	2	10	36435	36444	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016908	TTAGT	2	10	38968	38977	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016908	TTATT	2	10	41432	41441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016908	TTTTA	2	10	41536	41545	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016908	AGTTG	2	10	42284	42293	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016908	TAAGT	2	10	44818	44827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016908	ATGTG	2	10	48531	48540	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016908	AAGAG	2	10	49029	49038	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016908	TTTAA	2	10	49704	49713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016908	TTTCT	2	10	50785	50794	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016908	CATTA	2	10	51836	51845	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016908	TTTAT	2	10	52165	52174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016908	ATTAT	2	10	58460	58469	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016908	TAAAT	2	10	69889	69898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016908	ACATA	2	10	72617	72626	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016908	ATACA	2	10	83511	83520	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016908	TTAAA	2	10	87126	87135	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016908	TAATA	2	10	96923	96932	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016908	TTGTA	2	10	97061	97070	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016908	CATTT	2	10	98216	98225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016908	AATTA	2	10	98366	98375	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016908	TTTAT	2	10	106188	106197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016908	TAATA	2	10	107102	107111	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016908	TGGAT	2	10	115794	115803	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016908	ATTCG	2	10	122148	122157	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016908	AGCTA	2	10	125130	125139	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016908	TTAAA	2	10	127305	127314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016908	TATTT	2	10	129614	129623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016908	TCTTT	2	10	130750	130759	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016908	CGCTC	2	10	131583	131592	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_016908	GCAGA	2	10	151622	151631	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016908	AAAGA	2	10	154645	154654	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016908	AAATC	2	10	181166	181175	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016908	TTTAA	2	10	181234	181243	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016908	TATTT	2	10	181272	181281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016908	AAGAG	2	10	194428	194437	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016908	TTTAT	2	10	206175	206184	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016908	AATTA	2	10	210282	210291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016908	TAAAT	2	10	210299	210308	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016908	TAAAA	2	10	210334	210343	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016908	ATTAT	2	10	212457	212466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016908	ATTTA	2	10	214944	214953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016908	AAATT	2	10	216494	216503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016908	TTTCT	2	10	216509	216518	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016908	GTCAA	2	10	218974	218983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016908	AATTA	2	10	219064	219073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016908	TAATA	2	10	225462	225471	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016908	ATTTA	2	10	227048	227057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016908	TAAAT	2	10	227117	227126	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016908	ATTAA	2	10	230985	230994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016908	ATTGT	2	10	233923	233932	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016908	TTTGA	2	10	248418	248427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016908	TTTAT	2	10	250109	250118	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016908	GACAA	2	10	255774	255783	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016908	CTACA	2	10	257626	257635	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016908	GTATT	2	10	258650	258659	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016908	CCCAA	2	10	260307	260316	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_016908	ATTAG	2	10	263940	263949	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016908	AAGGA	2	10	265130	265139	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016908	TATAA	2	10	265777	265786	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016908	AAAAC	2	10	275649	275658	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016908	CGAAG	2	10	288151	288160	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016908	ATCCC	2	10	289213	289222	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_016908	TGCAA	2	10	289298	289307	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016908	TAATA	2	10	292844	292853	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016908	ATTTA	2	10	295906	295915	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016908	GATAT	2	10	306441	306450	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016908	CCTAA	2	10	307778	307787	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016908	AAAGA	2	10	308739	308748	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016908	ATTTT	2	10	310344	310353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016908	TAAAA	2	10	310406	310415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016908	GTTAA	2	10	323886	323895	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016908	AAAAT	2	10	324138	324147	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016908	TTTAA	2	10	328004	328013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016908	TTAAA	2	10	328806	328815	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016908	TTTAT	2	10	330813	330822	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016908	TTTAT	2	10	338292	338301	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016908	TAAAA	2	10	349004	349013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016908	AAATG	2	10	351315	351324	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016908	AATGA	2	10	357883	357892	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016908	ATAAA	2	10	358946	358955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016908	CAACA	2	10	365391	365400	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_016908	TTACT	2	10	366520	366529	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016908	GAAAA	2	10	373983	373992	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016908	GTTTG	2	10	374438	374447	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016908	GGATA	2	10	374992	375001	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016908	TGAGT	2	10	376652	376661	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016908	ATAAA	2	10	376869	376878	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016908	TGGAA	2	10	377445	377454	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016908	TATTT	2	10	377677	377686	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016908	AATTT	2	10	399213	399222	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016908	TAATT	2	10	413794	413803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016908	TTATG	2	10	417975	417984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016908	TGTGG	2	10	417998	418007	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016908	ATATA	2	10	419327	419336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016908	TGTAT	2	10	420379	420388	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016908	ATTAA	2	10	422494	422503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016908	AATAA	2	10	425741	425750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016908	AAGCT	2	10	436062	436071	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016908	CGCTC	2	10	441023	441032	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_016908	CGCTC	2	10	441469	441478	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_016908	TGATA	2	10	450319	450328	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016908	GAATA	2	10	465523	465532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016908	ATATA	2	10	466670	466679	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016908	TGCAA	2	10	466752	466761	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016908	TATTT	2	10	469729	469738	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016908	TATAT	2	10	471497	471506	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016908	ATATT	2	10	480994	481003	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016908	TTTTA	2	10	481138	481147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016908	TTAAT	2	10	489849	489858	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016908	AATTA	2	10	495459	495468	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016908	CTTTA	2	10	495646	495655	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016908	TCGCT	2	10	502454	502463	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_016908	TAAAA	2	10	502478	502487	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016908	ATTAA	2	10	507768	507777	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016908	AATTA	2	10	510830	510839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016908	TTTCA	2	10	511577	511586	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016908	ATGTT	2	10	516539	516548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016908	ATTTA	2	10	534879	534888	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016908	ATTTT	2	10	536314	536323	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016908	ATTAA	2	10	539089	539098	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016908	ATGTC	2	10	543726	543735	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016908	TTTAG	2	10	552464	552473	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016908	GTAAT	2	10	552646	552655	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016908	CGTAG	2	10	555215	555224	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016908	TGATA	2	10	560667	560676	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016908	TCTGC	2	10	566064	566073	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_016908	ATTTA	2	10	566344	566353	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016908	GCTCC	2	10	579689	579698	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_016908	TAATT	2	10	580550	580559	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016908	TTTAA	2	10	585374	585383	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016908	TTTTA	2	10	590031	590040	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016908	ATGTT	2	10	591668	591677	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016908	GACAT	2	10	594870	594879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_016908	TTATT	2	10	599698	599707	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016908	AATAA	2	10	601860	601869	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016908	CAAGC	2	10	603769	603778	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_016908	TTGTA	2	10	606907	606916	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016908	TTAAT	2	10	608115	608124	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016908	TATAT	2	10	617610	617619	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_016908	AAAAT	2	10	1034864	1034873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_016908	TAAAG	2	10	1047401	1047410	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
285	NC_016908	AAAAT	2	10	1062607	1062616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_016908	TGACC	2	10	1066223	1066232	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_016908	TAATA	2	10	1067232	1067241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016908	ATTTA	2	10	1069393	1069402	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016908	TAATT	2	10	1084742	1084751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_016908	ACTAA	2	10	1098730	1098739	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_016908	AAAAT	2	10	1102141	1102150	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_016908	AAATT	2	10	1134296	1134305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_016908	AATAT	2	10	1150331	1150340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_016908	GAATT	2	10	1150451	1150460	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016908	TAAAA	2	10	1152189	1152198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016908	CTTTA	2	10	1161077	1161086	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
297	NC_016908	CCGAA	2	10	1162873	1162882	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
298	NC_016908	ACTAC	2	10	1163251	1163260	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_016908	TTTTG	2	10	1164163	1164172	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016908	ATCCA	2	10	1167192	1167201	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
301	NC_016908	TGTAA	2	10	1167693	1167702	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
302	NC_016908	TACTA	2	10	1167728	1167737	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_016908	TAAAT	2	10	1173222	1173231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_016908	ATATT	2	10	1193517	1193526	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_016908	CGAAC	2	10	1211416	1211425	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
312	NC_016908	TAAAA	2	10	1217041	1217050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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314	NC_016908	ATTTT	2	10	1218231	1218240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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316	NC_016908	TTATT	2	10	1226815	1226824	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_016908	GTTTA	2	10	1244144	1244153	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
318	NC_016908	GGAGC	2	10	1246826	1246835	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
319	NC_016908	GTAAT	2	10	1254654	1254663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
320	NC_016908	AGAGA	2	10	1258652	1258661	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
321	NC_016908	ATTTA	2	10	1262390	1262399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.