MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Colombia chromosome

Total Repeats: 843

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016908	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	378720672
2	NC_016908	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	378720672
3	NC_016908	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	378720673
4	NC_016908	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	378720673
5	NC_016908	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	378720673
6	NC_016908	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	378720673
7	NC_016908	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	378720675
8	NC_016908	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	378720675
9	NC_016908	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	378720676
10	NC_016908	TAACG	2	10	12435	12444	40 %	20 %	20 %	20 %	378720683
11	NC_016908	GGCTC	2	10	13149	13158	0 %	20 %	40 %	40 %	378720684
12	NC_016908	AGCAG	2	10	13574	13583	40 %	0 %	40 %	20 %	378720684
13	NC_016908	TTAAT	2	10	13717	13726	40 %	60 %	0 %	0 %	378720684
14	NC_016908	TAACT	2	10	15001	15010	40 %	40 %	0 %	20 %	378720687
15	NC_016908	ATTTA	2	10	16655	16664	40 %	60 %	0 %	0 %	378720689
16	NC_016908	TTTTA	2	10	17423	17432	20 %	80 %	0 %	0 %	378720689
17	NC_016908	TCAAG	2	10	21200	21209	40 %	20 %	20 %	20 %	378720694
18	NC_016908	ATAAA	2	10	21254	21263	80 %	20 %	0 %	0 %	378720694
19	NC_016908	AGAAA	2	10	21516	21525	80 %	0 %	20 %	0 %	378720694
20	NC_016908	AAAGC	2	10	21772	21781	60 %	0 %	20 %	20 %	378720694
21	NC_016908	GAATA	2	10	21978	21987	60 %	20 %	20 %	0 %	378720694
22	NC_016908	TAATA	2	10	22719	22728	60 %	40 %	0 %	0 %	378720694
23	NC_016908	CAAAG	2	10	22811	22820	60 %	0 %	20 %	20 %	378720694
24	NC_016908	TTAGT	2	10	22994	23003	20 %	60 %	20 %	0 %	378720694
25	NC_016908	AGCAG	2	10	23137	23146	40 %	0 %	40 %	20 %	378720694
26	NC_016908	TACCT	2	10	24429	24438	20 %	40 %	0 %	40 %	378720694
27	NC_016908	TACCT	2	10	24516	24525	20 %	40 %	0 %	40 %	378720694
28	NC_016908	ATATT	2	10	27545	27554	40 %	60 %	0 %	0 %	378720697
29	NC_016908	ATATT	2	10	27583	27592	40 %	60 %	0 %	0 %	378720697
30	NC_016908	AAATA	2	10	28031	28040	80 %	20 %	0 %	0 %	378720698
31	NC_016908	TTTGT	2	10	29454	29463	0 %	80 %	20 %	0 %	378720701
32	NC_016908	TCATT	2	10	31231	31240	20 %	60 %	0 %	20 %	378720705
33	NC_016908	TAGTA	2	10	32033	32042	40 %	40 %	20 %	0 %	378720705
34	NC_016908	TTAAT	2	10	36408	36417	40 %	60 %	0 %	0 %	378720710
35	NC_016908	CTTTT	2	10	41023	41032	0 %	80 %	0 %	20 %	378720714
36	NC_016908	AGAGG	2	10	45501	45510	40 %	0 %	60 %	0 %	378720719
37	NC_016908	ACGTA	2	10	45723	45732	40 %	20 %	20 %	20 %	378720720
38	NC_016908	TAACT	2	10	45996	46005	40 %	40 %	0 %	20 %	378720721
39	NC_016908	AGAAA	2	10	46608	46617	80 %	0 %	20 %	0 %	378720722
40	NC_016908	GTTTC	2	10	47048	47057	0 %	60 %	20 %	20 %	378720722
41	NC_016908	ATTTT	2	10	47597	47606	20 %	80 %	0 %	0 %	378720722
42	NC_016908	AGTAC	2	10	49486	49495	40 %	20 %	20 %	20 %	378720725
43	NC_016908	TTGAT	2	10	53745	53754	20 %	60 %	20 %	0 %	378720729
44	NC_016908	TAAAG	2	10	54772	54781	60 %	20 %	20 %	0 %	378720729
45	NC_016908	ATTAT	2	10	54845	54854	40 %	60 %	0 %	0 %	378720729
46	NC_016908	TTTGC	2	10	57327	57336	0 %	60 %	20 %	20 %	378720732
47	NC_016908	TCGGT	2	10	60305	60314	0 %	40 %	40 %	20 %	378720736
48	NC_016908	GCTTT	2	10	61731	61740	0 %	60 %	20 %	20 %	378720737
49	NC_016908	TAAAA	2	10	65862	65871	80 %	20 %	0 %	0 %	378720741
50	NC_016908	ACTTT	2	10	68894	68903	20 %	60 %	0 %	20 %	378720746
51	NC_016908	GCTTA	2	10	69083	69092	20 %	40 %	20 %	20 %	378720746
52	NC_016908	CATTT	2	10	69786	69795	20 %	60 %	0 %	20 %	378720746
53	NC_016908	TTAAA	2	10	69811	69820	60 %	40 %	0 %	0 %	378720746
54	NC_016908	TTTCT	2	10	75387	75396	0 %	80 %	0 %	20 %	378720753
55	NC_016908	ATTTA	2	10	75801	75810	40 %	60 %	0 %	0 %	378720754
56	NC_016908	AAAAG	2	10	76577	76586	80 %	0 %	20 %	0 %	378720754
57	NC_016908	GGGTT	2	10	76787	76796	0 %	40 %	60 %	0 %	378720754
58	NC_016908	TTTAT	2	10	77163	77172	20 %	80 %	0 %	0 %	378720754
59	NC_016908	GCTTA	2	10	78495	78504	20 %	40 %	20 %	20 %	378720755
60	NC_016908	ACAAT	2	10	78859	78868	60 %	20 %	0 %	20 %	378720756
61	NC_016908	GTTAT	2	10	79484	79493	20 %	60 %	20 %	0 %	378720757
62	NC_016908	GTAGA	2	10	79790	79799	40 %	20 %	40 %	0 %	378720757
63	NC_016908	CAATG	2	10	82142	82151	40 %	20 %	20 %	20 %	378720759
64	NC_016908	ATAAA	2	10	82605	82614	80 %	20 %	0 %	0 %	378720760
65	NC_016908	ATTAT	2	10	83040	83049	40 %	60 %	0 %	0 %	378720760
66	NC_016908	ATTAA	2	10	83311	83320	60 %	40 %	0 %	0 %	378720760
67	NC_016908	GAAAA	2	10	83839	83848	80 %	0 %	20 %	0 %	378720761
68	NC_016908	AATTA	2	10	84281	84290	60 %	40 %	0 %	0 %	378720761
69	NC_016908	CGCAT	3	15	91388	91402	20 %	20 %	20 %	40 %	378720768
70	NC_016908	TGAAA	2	10	94608	94617	60 %	20 %	20 %	0 %	378720770
71	NC_016908	TTGAT	2	10	96286	96295	20 %	60 %	20 %	0 %	378720772
72	NC_016908	ATTTA	2	10	98000	98009	40 %	60 %	0 %	0 %	378720774
73	NC_016908	TCAAA	2	10	99654	99663	60 %	20 %	0 %	20 %	378720776
74	NC_016908	TTAAT	2	10	100436	100445	40 %	60 %	0 %	0 %	378720777
75	NC_016908	AAACT	2	10	103007	103016	60 %	20 %	0 %	20 %	378720779
76	NC_016908	TTAGT	2	10	103358	103367	20 %	60 %	20 %	0 %	378720780
77	NC_016908	CCAAA	2	10	105797	105806	60 %	0 %	0 %	40 %	378720783
78	NC_016908	CGGAT	2	10	106345	106354	20 %	20 %	40 %	20 %	378720784
79	NC_016908	TTGAT	2	10	107785	107794	20 %	60 %	20 %	0 %	378720785
80	NC_016908	ATTAT	2	10	107966	107975	40 %	60 %	0 %	0 %	378720785
81	NC_016908	TTTGA	2	10	111870	111879	20 %	60 %	20 %	0 %	378720785
82	NC_016908	TGCTT	2	10	111965	111974	0 %	60 %	20 %	20 %	378720785
83	NC_016908	GCAAA	2	10	113845	113854	60 %	0 %	20 %	20 %	378720786
84	NC_016908	TTAGT	2	10	118545	118554	20 %	60 %	20 %	0 %	378720792
85	NC_016908	AAGTA	2	10	120368	120377	60 %	20 %	20 %	0 %	378720793
86	NC_016908	AGATT	2	10	122166	122175	40 %	40 %	20 %	0 %	378720796
87	NC_016908	TAAAA	2	10	122483	122492	80 %	20 %	0 %	0 %	378720797
88	NC_016908	AAAAC	2	10	123179	123188	80 %	0 %	0 %	20 %	378720797
89	NC_016908	TTTAA	2	10	123255	123264	40 %	60 %	0 %	0 %	378720797
90	NC_016908	GTTAC	2	10	124344	124353	20 %	40 %	20 %	20 %	378720799
91	NC_016908	TGAAA	2	10	124705	124714	60 %	20 %	20 %	0 %	378720799
92	NC_016908	GCAAG	2	10	125363	125372	40 %	0 %	40 %	20 %	378720800
93	NC_016908	CTTGT	2	10	127795	127804	0 %	60 %	20 %	20 %	378720804
94	NC_016908	AGTAT	2	10	128102	128111	40 %	40 %	20 %	0 %	378720804
95	NC_016908	ATGAT	2	10	128858	128867	40 %	40 %	20 %	0 %	378720805
96	NC_016908	CTTGT	2	10	129196	129205	0 %	60 %	20 %	20 %	378720806
97	NC_016908	TTGCT	2	10	130990	130999	0 %	60 %	20 %	20 %	378720808
98	NC_016908	AACCT	2	10	131779	131788	40 %	20 %	0 %	40 %	378720810
99	NC_016908	AAATC	2	10	132663	132672	60 %	20 %	0 %	20 %	378720812
100	NC_016908	TTAAC	2	10	133800	133809	40 %	40 %	0 %	20 %	378720813
101	NC_016908	TATAA	2	10	133892	133901	60 %	40 %	0 %	0 %	378720813
102	NC_016908	TTATA	2	10	134266	134275	40 %	60 %	0 %	0 %	378720814
103	NC_016908	TTTTA	2	10	135919	135928	20 %	80 %	0 %	0 %	378720815
104	NC_016908	GCTTT	2	10	137495	137504	0 %	60 %	20 %	20 %	378720816
105	NC_016908	TATGT	2	10	138145	138154	20 %	60 %	20 %	0 %	378720816
106	NC_016908	GTTTT	2	10	140290	140299	0 %	80 %	20 %	0 %	378720817
107	NC_016908	CTTGG	2	10	141107	141116	0 %	40 %	40 %	20 %	378720817
108	NC_016908	ACAAG	2	10	144821	144830	60 %	0 %	20 %	20 %	378720818
109	NC_016908	AGTTT	2	10	145149	145158	20 %	60 %	20 %	0 %	378720819
110	NC_016908	TTAGT	2	10	145672	145681	20 %	60 %	20 %	0 %	378720819
111	NC_016908	ATATA	2	10	146578	146587	60 %	40 %	0 %	0 %	378720819
112	NC_016908	TGCAG	2	10	146666	146675	20 %	20 %	40 %	20 %	378720819
113	NC_016908	GTTAT	2	10	147082	147091	20 %	60 %	20 %	0 %	378720819
114	NC_016908	ATGGT	2	10	148246	148255	20 %	40 %	40 %	0 %	378720820
115	NC_016908	AGGAG	2	10	148501	148510	40 %	0 %	60 %	0 %	378720820
116	NC_016908	TATTT	2	10	149177	149186	20 %	80 %	0 %	0 %	378720820
117	NC_016908	AATTT	2	10	156481	156490	40 %	60 %	0 %	0 %	378720826
118	NC_016908	AGGTG	2	10	156587	156596	20 %	20 %	60 %	0 %	378720826
119	NC_016908	GAAGT	2	10	160490	160499	40 %	20 %	40 %	0 %	378720830
120	NC_016908	ATGCA	2	10	161622	161631	40 %	20 %	20 %	20 %	378720831
121	NC_016908	AAATT	2	10	163746	163755	60 %	40 %	0 %	0 %	378720835
122	NC_016908	TATCA	2	10	164123	164132	40 %	40 %	0 %	20 %	378720835
123	NC_016908	TAGCT	2	10	164210	164219	20 %	40 %	20 %	20 %	378720835
124	NC_016908	TATAT	2	10	164437	164446	40 %	60 %	0 %	0 %	378720836
125	NC_016908	TTATT	2	10	165072	165081	20 %	80 %	0 %	0 %	378720836
126	NC_016908	AATTT	2	10	165495	165504	40 %	60 %	0 %	0 %	378720837
127	NC_016908	ATTTT	2	10	165882	165891	20 %	80 %	0 %	0 %	378720837
128	NC_016908	AGCCG	2	10	166087	166096	20 %	0 %	40 %	40 %	378720837
129	NC_016908	TGGTG	2	10	170152	170161	0 %	40 %	60 %	0 %	378720841
130	NC_016908	TTAAT	2	10	171035	171044	40 %	60 %	0 %	0 %	378720843
131	NC_016908	AAGAA	2	10	172647	172656	80 %	0 %	20 %	0 %	378720843
132	NC_016908	CAGGG	2	10	173303	173312	20 %	0 %	60 %	20 %	378720844
133	NC_016908	ATATC	2	10	174076	174085	40 %	40 %	0 %	20 %	378720845
134	NC_016908	TGGAT	2	10	174854	174863	20 %	40 %	40 %	0 %	378720847
135	NC_016908	GTGCC	2	10	176324	176333	0 %	20 %	40 %	40 %	378720847
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