MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Gordonia polyisoprenivorans VH2 plasmid p174

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016907	TTGACC	2	12	466	477	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720503
2	NC_016907	GCTGGT	2	12	9005	9016	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378720511
3	NC_016907	CCGGCG	2	12	12693	12704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_016907	GTATCC	2	12	17860	17871	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016907	ATCGAC	2	12	18348	18359	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378720518
6	NC_016907	GTCCGG	2	12	18710	18721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720519
7	NC_016907	TCACGG	2	12	23079	23090	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720524
8	NC_016907	CAGTTG	2	12	30271	30282	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720532
9	NC_016907	ACGCCC	2	12	30419	30430	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	378720532
10	NC_016907	ATCGAT	2	12	31608	31619	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378720534
11	NC_016907	GAAATC	2	12	34107	34118	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	378720538
12	NC_016907	GGTCGG	2	12	34492	34503	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016907	CCGACG	2	12	37900	37911	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720542
14	NC_016907	TGGCCG	2	12	38443	38454	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720543
15	NC_016907	GCGATC	2	12	39994	40005	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720545
16	NC_016907	TCGGCG	2	12	40813	40824	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720545
17	NC_016907	GCCTCG	2	12	40957	40968	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378720545
18	NC_016907	CGGAAA	2	12	42784	42795	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378720548
19	NC_016907	CGATGA	2	12	44722	44733	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378720550
20	NC_016907	CGCCGG	2	12	44788	44799	0 %	0 %	50 %	50 %	378720550
21	NC_016907	GGCCGC	2	12	45660	45671	0 %	0 %	50 %	50 %	378720551
22	NC_016907	CGTCGA	2	12	47381	47392	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720552
23	NC_016907	TGCCGC	2	12	53090	53101	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378720556
24	NC_016907	CGACGG	2	12	54125	54136	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378720557
25	NC_016907	ATCGGA	2	12	56688	56699	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378720559
26	NC_016907	CCGGTG	2	12	57705	57716	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720559
27	NC_016907	GACGGC	2	12	59531	59542	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378720563
28	NC_016907	CGGTCA	2	12	61569	61580	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720565
29	NC_016907	ACCGAG	2	12	61996	62007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378720566
30	NC_016907	CCTCGC	2	12	62532	62543	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378720567
31	NC_016907	GGGTCG	2	12	66087	66098	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378720570
32	NC_016907	CAAGGG	2	12	67313	67324	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	378720572
33	NC_016907	CCGCGG	2	12	69811	69822	0 %	0 %	50 %	50 %	378720575
34	NC_016907	AAGTCG	2	12	69852	69863	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378720575
35	NC_016907	CCACCG	2	12	70772	70783	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	378720575
36	NC_016907	GACGTC	2	12	71220	71231	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720575
37	NC_016907	CCGTGG	2	12	72657	72668	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720576
38	NC_016907	TCGACG	2	12	77163	77174	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720579
39	NC_016907	GACGTC	2	12	84622	84633	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720586
40	NC_016907	ACGGCT	2	12	84782	84793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720586
41	NC_016907	GACGCC	2	12	84814	84825	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720586
42	NC_016907	ACGCCG	2	12	90020	90031	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720592
43	NC_016907	ACGTCG	2	12	90125	90136	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720592
44	NC_016907	GCGTCG	2	12	90449	90460	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720593
45	NC_016907	CGTGAT	2	12	94530	94541	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720596
46	NC_016907	GGCGCA	2	12	95148	95159	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378720596
47	NC_016907	GTGCCC	2	12	95729	95740	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378720596
48	NC_016907	CGCCGA	2	12	97445	97456	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720597
49	NC_016907	CGAACC	2	12	99368	99379	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378720597
50	NC_016907	TGACGG	2	12	101653	101664	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378720598
51	NC_016907	CGGCAT	2	12	103641	103652	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720600
52	NC_016907	CCGACG	2	12	104942	104953	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720600
53	NC_016907	GCGGAC	2	12	108613	108624	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016907	GTTGCT	2	12	112612	112623	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378720609
55	NC_016907	TTGTTC	2	12	113222	113233	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378720609
56	NC_016907	CGTCCT	2	12	114869	114880	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	378720611
57	NC_016907	CCGGCG	2	12	118174	118185	0 %	0 %	50 %	50 %	378720615
58	NC_016907	GCACCG	2	12	119733	119744	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720616
59	NC_016907	TTGCCC	2	12	121922	121933	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	378720619
60	NC_016907	CACCGA	2	12	122032	122043	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378720619
61	NC_016907	CGTCGG	2	12	122355	122366	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720619
62	NC_016907	CTCGGG	2	12	122851	122862	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720619
63	NC_016907	TGCCGG	2	12	123345	123356	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720619
64	NC_016907	CGTCGA	2	12	123498	123509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378720619
65	NC_016907	GGCAGG	2	12	129186	129197	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	378720626
66	NC_016907	CGGCCG	2	12	129907	129918	0 %	0 %	50 %	50 %	378720626
67	NC_016907	GCATCT	2	12	131404	131415	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720627
68	NC_016907	TGCTCG	2	12	132084	132095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378720628
69	NC_016907	CGTTGG	2	12	132294	132305	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378720628
70	NC_016907	GGTGAC	2	12	133005	133016	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378720629
71	NC_016907	TCGCCG	2	12	134150	134161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378720630
72	NC_016907	CGCGCC	2	12	134406	134417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378720630
73	NC_016907	CCGCGA	2	12	134541	134552	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720630
74	NC_016907	GAGGAA	2	12	134773	134784	50 %	0 %	50 %	0 %	378720630
75	NC_016907	CGCGTG	2	12	134890	134901	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720630
76	NC_016907	GGTGCT	2	12	135189	135200	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378720630
77	NC_016907	CCGCGG	2	12	138512	138523	0 %	0 %	50 %	50 %	378720630
78	NC_016907	GTCGGC	2	12	140373	140384	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720632
79	NC_016907	GACCTC	2	12	141147	141158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378720632
80	NC_016907	ACGCCG	2	12	142050	142061	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378720634
81	NC_016907	GTGCAT	2	12	143465	143476	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720635
82	NC_016907	GGCGTG	2	12	144971	144982	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378720636
83	NC_016907	GTGGCC	2	12	146298	146309	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720637
84	NC_016907	CGCGGG	2	12	147080	147091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016907	CGGGGT	2	12	148283	148294	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378720640
86	NC_016907	GTGGCC	2	12	150644	150655	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378720642
87	NC_016907	TGAGTC	2	12	150926	150937	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378720642
88	NC_016907	GGCAGA	2	12	152818	152829	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016907	CAGCAT	2	12	155375	155386	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378720649
90	NC_016907	CGGTCG	2	12	156292	156303	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016907	GGTGTC	2	12	159236	159247	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378720652
92	NC_016907	CGGAGT	2	12	160839	160850	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378720655
93	NC_016907	TGCGCG	2	12	166635	166646	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016907	CCGGCC	2	12	167736	167747	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378720660
95	NC_016907	GCTGGT	2	12	167864	167875	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378720660
96	NC_016907	CGGTGG	2	12	168427	168438	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378720661
97	NC_016907	GCGGCC	2	12	169034	169045	0 %	0 %	50 %	50 %	378720662
98	NC_016907	TCATCG	2	12	172085	172096	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378720664

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.