MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Gordonia polyisoprenivorans VH2 plasmid p174

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016907	GCCTT	2	10	6435	6444	0 %	40 %	20 %	40 %	378720509
2	NC_016907	CGGAG	2	10	7614	7623	20 %	0 %	60 %	20 %	378720510
3	NC_016907	CCGGC	2	10	8879	8888	0 %	0 %	40 %	60 %	378720511
4	NC_016907	ACATC	2	10	15334	15343	40 %	20 %	0 %	40 %	378720515
5	NC_016907	GTTCC	2	10	16625	16634	0 %	40 %	20 %	40 %	378720517
6	NC_016907	ATCGC	2	10	18470	18479	20 %	20 %	20 %	40 %	378720518
7	NC_016907	GATGA	2	10	19630	19639	40 %	20 %	40 %	0 %	378720520
8	NC_016907	GGTGC	2	10	23311	23320	0 %	20 %	60 %	20 %	378720524
9	NC_016907	GGCCG	2	10	27155	27164	0 %	0 %	60 %	40 %	378720529
10	NC_016907	CCGGC	2	10	27593	27602	0 %	0 %	40 %	60 %	378720529
11	NC_016907	CGCGT	2	10	28775	28784	0 %	20 %	40 %	40 %	378720530
12	NC_016907	CAGCG	2	10	30862	30871	20 %	0 %	40 %	40 %	378720533
13	NC_016907	ACCCG	2	10	33941	33950	20 %	0 %	20 %	60 %	378720538
14	NC_016907	CGGCC	2	10	34241	34250	0 %	0 %	40 %	60 %	378720538
15	NC_016907	CTGCG	2	10	36234	36243	0 %	20 %	40 %	40 %	378720540
16	NC_016907	CGGAG	2	10	37977	37986	20 %	0 %	60 %	20 %	378720542
17	NC_016907	ATCGA	2	10	38867	38876	40 %	20 %	20 %	20 %	378720544
18	NC_016907	CCGAC	2	10	39454	39463	20 %	0 %	20 %	60 %	378720544
19	NC_016907	GCCGG	2	10	39548	39557	0 %	0 %	60 %	40 %	378720544
20	NC_016907	GTCGT	2	10	39982	39991	0 %	40 %	40 %	20 %	378720545
21	NC_016907	CGGTC	2	10	44707	44716	0 %	20 %	40 %	40 %	378720550
22	NC_016907	CGGTG	2	10	49293	49302	0 %	20 %	60 %	20 %	378720553
23	NC_016907	CCGCG	2	10	50191	50200	0 %	0 %	40 %	60 %	378720554
24	NC_016907	GCGCG	2	10	50942	50951	0 %	0 %	60 %	40 %	378720554
25	NC_016907	ATCGA	2	10	52737	52746	40 %	20 %	20 %	20 %	378720556
26	NC_016907	GCTCC	2	10	53942	53951	0 %	20 %	20 %	60 %	378720557
27	NC_016907	GCGAT	2	10	56972	56981	20 %	20 %	40 %	20 %	378720559
28	NC_016907	ACCGA	2	10	58200	58209	40 %	0 %	20 %	40 %	378720560
29	NC_016907	ACCGC	2	10	59145	59154	20 %	0 %	20 %	60 %	378720562
30	NC_016907	GCCGC	3	15	61886	61900	0 %	0 %	40 %	60 %	378720566
31	NC_016907	TGCGC	2	10	62601	62610	0 %	20 %	40 %	40 %	378720567
32	NC_016907	GGTCG	2	10	65673	65682	0 %	20 %	60 %	20 %	378720569
33	NC_016907	GTCGA	2	10	65713	65722	20 %	20 %	40 %	20 %	378720569
34	NC_016907	ACTCG	2	10	66331	66340	20 %	20 %	20 %	40 %	378720571
35	NC_016907	ACTCG	2	10	66959	66968	20 %	20 %	20 %	40 %	378720572
36	NC_016907	GACAC	2	10	67235	67244	40 %	0 %	20 %	40 %	378720572
37	NC_016907	CATGA	2	10	67569	67578	40 %	20 %	20 %	20 %	378720573
38	NC_016907	TGATC	2	10	67748	67757	20 %	40 %	20 %	20 %	378720573
39	NC_016907	GGACG	2	10	68755	68764	20 %	0 %	60 %	20 %	378720574
40	NC_016907	GGGCT	2	10	69612	69621	0 %	20 %	60 %	20 %	378720575
41	NC_016907	GCTCG	2	10	70859	70868	0 %	20 %	40 %	40 %	378720575
42	NC_016907	CGGCA	2	10	72625	72634	20 %	0 %	40 %	40 %	378720576
43	NC_016907	GGCCG	2	10	73285	73294	0 %	0 %	60 %	40 %	378720576
44	NC_016907	ACCAC	2	10	73353	73362	40 %	0 %	0 %	60 %	378720576
45	NC_016907	CTGGG	2	10	73617	73626	0 %	20 %	60 %	20 %	378720577
46	NC_016907	TGCCG	2	10	73783	73792	0 %	20 %	40 %	40 %	378720577
47	NC_016907	TCCGG	2	10	77463	77472	0 %	20 %	40 %	40 %	378720579
48	NC_016907	GACGG	2	10	78421	78430	20 %	0 %	60 %	20 %	378720580
49	NC_016907	CGGAG	2	10	78759	78768	20 %	0 %	60 %	20 %	378720580
50	NC_016907	CGGGG	2	10	80247	80256	0 %	0 %	80 %	20 %	378720581
51	NC_016907	AGGTC	2	10	80704	80713	20 %	20 %	40 %	20 %	378720581
52	NC_016907	CGTGC	2	10	82703	82712	0 %	20 %	40 %	40 %	378720583
53	NC_016907	GCGCG	2	10	83190	83199	0 %	0 %	60 %	40 %	378720583
54	NC_016907	CGCGG	2	10	83211	83220	0 %	0 %	60 %	40 %	378720583
55	NC_016907	CCGAC	2	10	83409	83418	20 %	0 %	20 %	60 %	378720584
56	NC_016907	AGCGA	2	10	83487	83496	40 %	0 %	40 %	20 %	378720584
57	NC_016907	GGTGA	2	10	86216	86225	20 %	20 %	60 %	0 %	378720588
58	NC_016907	AGCCG	2	10	87711	87720	20 %	0 %	40 %	40 %	378720589
59	NC_016907	ATCGG	2	10	87795	87804	20 %	20 %	40 %	20 %	378720589
60	NC_016907	TCCGA	2	10	88833	88842	20 %	20 %	20 %	40 %	378720590
61	NC_016907	TCGGT	2	10	89861	89870	0 %	40 %	40 %	20 %	378720592
62	NC_016907	CGCGG	2	10	90270	90279	0 %	0 %	60 %	40 %	378720592
63	NC_016907	CGCCC	2	10	91007	91016	0 %	0 %	20 %	80 %	378720593
64	NC_016907	CGTTG	2	10	91668	91677	0 %	40 %	40 %	20 %	378720593
65	NC_016907	CCCGA	2	10	93424	93433	20 %	0 %	20 %	60 %	378720596
66	NC_016907	CCGAC	2	10	94505	94514	20 %	0 %	20 %	60 %	378720596
67	NC_016907	TCGAC	2	10	96332	96341	20 %	20 %	20 %	40 %	378720596
68	NC_016907	CGGAG	2	10	97775	97784	20 %	0 %	60 %	20 %	378720597
69	NC_016907	GTCGC	2	10	98133	98142	0 %	20 %	40 %	40 %	378720597
70	NC_016907	GGCCG	2	10	100157	100166	0 %	0 %	60 %	40 %	378720597
71	NC_016907	CGGTG	2	10	101374	101383	0 %	20 %	60 %	20 %	378720598
72	NC_016907	CCGGT	2	10	102753	102762	0 %	20 %	40 %	40 %	378720599
73	NC_016907	GGGAC	2	10	103883	103892	20 %	0 %	60 %	20 %	378720600
74	NC_016907	ATGGC	2	10	105260	105269	20 %	20 %	40 %	20 %	378720600
75	NC_016907	GATCG	2	10	106955	106964	20 %	20 %	40 %	20 %	378720602
76	NC_016907	GTGCG	2	10	107545	107554	0 %	20 %	60 %	20 %	378720603
77	NC_016907	TCGTG	2	10	108256	108265	0 %	40 %	40 %	20 %	378720604
78	NC_016907	ACGAC	2	10	109387	109396	40 %	0 %	20 %	40 %	378720605
79	NC_016907	CCCGA	2	10	109844	109853	20 %	0 %	20 %	60 %	378720605
80	NC_016907	AACCG	2	10	109868	109877	40 %	0 %	20 %	40 %	378720605
81	NC_016907	CCCGC	2	10	110345	110354	0 %	0 %	20 %	80 %	378720606
82	NC_016907	GCCGG	2	10	110502	110511	0 %	0 %	60 %	40 %	378720607
83	NC_016907	GAGCG	2	10	110948	110957	20 %	0 %	60 %	20 %	378720607
84	NC_016907	CGGCG	2	10	113212	113221	0 %	0 %	60 %	40 %	378720609
85	NC_016907	CGGCT	2	10	114666	114675	0 %	20 %	40 %	40 %	378720611
86	NC_016907	CCATC	2	10	120543	120552	20 %	20 %	0 %	60 %	378720617
87	NC_016907	GCCGA	2	10	121109	121118	20 %	0 %	40 %	40 %	378720618
88	NC_016907	CCCAA	2	10	122202	122211	40 %	0 %	0 %	60 %	378720619
89	NC_016907	GATCG	2	10	122551	122560	20 %	20 %	40 %	20 %	378720619
90	NC_016907	CAGCC	2	10	122819	122828	20 %	0 %	20 %	60 %	378720619
91	NC_016907	GTGGC	2	10	124444	124453	0 %	20 %	60 %	20 %	378720621
92	NC_016907	GCGTC	2	10	124776	124785	0 %	20 %	40 %	40 %	378720621
93	NC_016907	ACTCA	2	10	126141	126150	40 %	20 %	0 %	40 %	378720623
94	NC_016907	CGGCG	2	10	126381	126390	0 %	0 %	60 %	40 %	378720623
95	NC_016907	AGCCG	2	10	126438	126447	20 %	0 %	40 %	40 %	378720623
96	NC_016907	GCCGC	2	10	127014	127023	0 %	0 %	40 %	60 %	378720623
97	NC_016907	GGCGG	2	10	127066	127075	0 %	0 %	80 %	20 %	378720623
98	NC_016907	GCGCG	2	10	127162	127171	0 %	0 %	60 %	40 %	378720624
99	NC_016907	GGCCG	2	10	128296	128305	0 %	0 %	60 %	40 %	378720624
100	NC_016907	CCGGG	2	10	128913	128922	0 %	0 %	60 %	40 %	378720625
101	NC_016907	GCGGG	2	10	128973	128982	0 %	0 %	80 %	20 %	378720625
102	NC_016907	CGGTG	2	10	129746	129755	0 %	20 %	60 %	20 %	378720626
103	NC_016907	GCCGG	2	10	130523	130532	0 %	0 %	60 %	40 %	378720626
104	NC_016907	CACCG	2	10	130938	130947	20 %	0 %	20 %	60 %	378720626
105	NC_016907	CGGTG	2	10	131671	131680	0 %	20 %	60 %	20 %	378720628
106	NC_016907	GACGG	2	10	132529	132538	20 %	0 %	60 %	20 %	378720629
107	NC_016907	CCGGC	2	10	132560	132569	0 %	0 %	40 %	60 %	378720629
108	NC_016907	GTCCG	2	10	132717	132726	0 %	20 %	40 %	40 %	378720629
109	NC_016907	TGCGG	2	10	134170	134179	0 %	20 %	60 %	20 %	378720630
110	NC_016907	GCGCG	2	10	134874	134883	0 %	0 %	60 %	40 %	378720630
111	NC_016907	CGGCG	2	10	135291	135300	0 %	0 %	60 %	40 %	378720630
112	NC_016907	TCTCG	2	10	137799	137808	0 %	40 %	20 %	40 %	378720630
113	NC_016907	TCGGT	2	10	138731	138740	0 %	40 %	40 %	20 %	378720630
114	NC_016907	AACCG	2	10	139811	139820	40 %	0 %	20 %	40 %	378720632
115	NC_016907	GCCGA	2	10	140085	140094	20 %	0 %	40 %	40 %	378720632
116	NC_016907	GTGGC	2	10	143040	143049	0 %	20 %	60 %	20 %	378720634
117	NC_016907	CGATG	2	10	143233	143242	20 %	20 %	40 %	20 %	378720634
118	NC_016907	CCGCG	2	10	143762	143771	0 %	0 %	40 %	60 %	378720635
119	NC_016907	GGGTC	2	10	143953	143962	0 %	20 %	60 %	20 %	378720635
120	NC_016907	CGGCG	2	10	144683	144692	0 %	0 %	60 %	40 %	378720636
121	NC_016907	CGTCG	2	10	145986	145995	0 %	20 %	40 %	40 %	378720637
122	NC_016907	CGACA	2	10	148318	148327	40 %	0 %	20 %	40 %	378720640
123	NC_016907	GGCGA	2	10	151483	151492	20 %	0 %	60 %	20 %	378720643
124	NC_016907	CCGAT	2	10	153612	153621	20 %	20 %	20 %	40 %	378720646
125	NC_016907	GCGTG	2	10	153904	153913	0 %	20 %	60 %	20 %	378720647
126	NC_016907	ACTCG	2	10	154027	154036	20 %	20 %	20 %	40 %	378720647
127	NC_016907	CACCG	2	10	155150	155159	20 %	0 %	20 %	60 %	378720648
128	NC_016907	TTGCG	2	10	156004	156013	0 %	40 %	40 %	20 %	378720650
129	NC_016907	TCTGC	2	10	160070	160079	0 %	40 %	20 %	40 %	378720654
130	NC_016907	GCGAA	2	10	161471	161480	40 %	0 %	40 %	20 %	378720655
131	NC_016907	TGGGG	2	10	161611	161620	0 %	20 %	80 %	0 %	378720655
132	NC_016907	CTGTG	2	10	162076	162085	0 %	40 %	40 %	20 %	378720655
133	NC_016907	CGCTG	2	10	162402	162411	0 %	20 %	40 %	40 %	378720655
134	NC_016907	CGTCG	2	10	164236	164245	0 %	20 %	40 %	40 %	378720657
135	NC_016907	GGCCG	2	10	168710	168719	0 %	0 %	60 %	40 %	378720661
136	NC_016907	GGGTT	2	10	169144	169153	0 %	40 %	60 %	0 %	378720662
137	NC_016907	GCACC	2	10	169875	169884	20 %	0 %	20 %	60 %	378720662
138	NC_016907	ACCGA	2	10	172569	172578	40 %	0 %	20 %	40 %	378720665
139	NC_016907	GGTCA	2	10	172627	172636	20 %	20 %	40 %	20 %	378720665
140	NC_016907	TCATC	2	10	173824	173833	20 %	40 %	0 %	40 %	378720667

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.