MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 plasmid pSTUK-100

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016864	TTGTCC	2	12	7	18	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016864	TCTGTT	2	12	731	742	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378991862
3	NC_016864	TAATTT	2	12	1855	1866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016864	ACAGTG	2	12	2476	2487	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378991864
5	NC_016864	GACAGC	2	12	2488	2499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378991864
6	NC_016864	AGCCTG	2	12	4910	4921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378991869
7	NC_016864	CCCTGT	2	12	5451	5462	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_016864	GGCGCA	2	12	6741	6752	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016864	TTTAGA	2	12	9659	9670	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378991874
10	NC_016864	ATTTTG	2	12	10591	10602	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378991875
11	NC_016864	CAGCGC	2	12	11573	11584	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378991875
12	NC_016864	ATTCAT	2	12	12678	12689	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378991876
13	NC_016864	AATCTG	2	12	13143	13154	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016864	ATGCTG	2	12	14801	14812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378991878
15	NC_016864	CTTACC	2	12	16261	16272	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378991879
16	NC_016864	TCGGAC	2	12	19281	19292	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016864	CGCTGG	2	12	21876	21887	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378991884
18	NC_016864	TTTTTC	2	12	25162	25173	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378991887
19	NC_016864	CAAAAT	2	12	25510	25521	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016864	CTGGCG	2	12	32612	32623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016864	AGGACG	2	12	33236	33247	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	378991896
22	NC_016864	CCTCTG	2	12	35075	35086	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_016864	CCTGTT	12	72	35484	35555	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016864	GGCGCT	2	12	37672	37683	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378991902
25	NC_016864	CAGGTG	2	12	37703	37714	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378991902
26	NC_016864	ACTCCA	2	12	42426	42437	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_016864	AAAATT	2	12	42487	42498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016864	TTCATA	2	12	44382	44393	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016864	TTTTAT	2	12	45178	45189	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378991911
30	NC_016864	GCTGCC	2	12	46490	46501	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378991913
31	NC_016864	GTGCCG	2	12	46979	46990	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378991913
32	NC_016864	CAGTGG	2	12	50264	50275	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016864	TTAAGG	2	12	50359	50370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016864	ACAGTT	2	12	62398	62409	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378991931
35	NC_016864	ATGAAA	2	12	65000	65011	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378991933
36	NC_016864	TAACTC	2	12	65398	65409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378991933
37	NC_016864	ACAGCC	2	12	67976	67987	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378991934
38	NC_016864	AGCGGG	2	12	70316	70327	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	378991938
39	NC_016864	ATGTGG	2	12	71738	71749	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378991938
40	NC_016864	ACGATG	2	12	74261	74272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378991939
41	NC_016864	GTGCTG	2	12	74738	74749	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378991939
42	NC_016864	AATCCG	2	12	77607	77618	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378991945
43	NC_016864	CGTGGT	2	12	79332	79343	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016864	CTGACA	2	12	79850	79861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378991947
45	NC_016864	ACATCC	2	12	80162	80173	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378991947
46	NC_016864	ACCGGC	2	12	80844	80855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378991948
47	NC_016864	ACCACG	2	12	81450	81461	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378991949
48	NC_016864	TCCCCG	2	12	81653	81664	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378991949
49	NC_016864	CCGCTC	2	12	81779	81790	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378991949
50	NC_016864	TTGGTA	2	12	84949	84960	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378991953
51	NC_016864	CACCGT	2	12	85938	85949	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378991955
52	NC_016864	TATCCA	2	12	93021	93032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378991960

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.