MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 plasmid pSTUK-100

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016864	CTGGT	2	10	9202	9211	0 %	40 %	40 %	20 %	378991874
2	NC_016864	TGAGT	2	10	9974	9983	20 %	40 %	40 %	0 %	378991875
3	NC_016864	AGGTC	2	10	12068	12077	20 %	20 %	40 %	20 %	378991876
4	NC_016864	TGAAC	2	10	13408	13417	40 %	20 %	20 %	20 %	378991877
5	NC_016864	GTTGA	2	10	14375	14384	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016864	TTTAC	2	10	14891	14900	20 %	60 %	0 %	20 %	378991878
7	NC_016864	ACGGG	2	10	15368	15377	20 %	0 %	60 %	20 %	378991878
8	NC_016864	ATTTT	2	10	16688	16697	20 %	80 %	0 %	0 %	378991879
9	NC_016864	CGCAG	2	10	17889	17898	20 %	0 %	40 %	40 %	378991880
10	NC_016864	CTGTT	2	10	18813	18822	0 %	60 %	20 %	20 %	378991881
11	NC_016864	TCCGG	2	10	18966	18975	0 %	20 %	40 %	40 %	378991881
12	NC_016864	TAATG	2	10	19256	19265	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016864	GTCTG	2	10	20498	20507	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016864	CTGCC	2	10	20898	20907	0 %	20 %	20 %	60 %	378991883
15	NC_016864	TATAA	2	10	21405	21414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016864	GCACA	2	10	22037	22046	40 %	0 %	20 %	40 %	378991884
17	NC_016864	GGACG	2	10	23339	23348	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016864	ACGGG	2	10	29837	29846	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016864	ACGGG	2	10	31014	31023	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016864	GAACT	2	10	32237	32246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016864	GGCCT	2	10	32539	32548	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_016864	GAACC	2	10	33382	33391	40 %	0 %	20 %	40 %	378991896
23	NC_016864	GAACA	2	10	36085	36094	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016864	GGCGC	2	10	38882	38891	0 %	0 %	60 %	40 %	378991902
25	NC_016864	GAACT	2	10	40419	40428	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016864	CCCCG	2	10	40458	40467	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
27	NC_016864	AAAAT	2	10	41363	41372	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016864	TAATT	2	10	42544	42553	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016864	AATAA	2	10	42838	42847	80 %	20 %	0 %	0 %	378991906
30	NC_016864	TTGTG	2	10	43721	43730	0 %	60 %	40 %	0 %	378991907
31	NC_016864	ACGGT	2	10	44608	44617	20 %	20 %	40 %	20 %	378991909
32	NC_016864	ACATT	2	10	45616	45625	40 %	40 %	0 %	20 %	378991911
33	NC_016864	AAAAT	2	10	46276	46285	80 %	20 %	0 %	0 %	378991912
34	NC_016864	TCCGG	2	10	48059	48068	0 %	20 %	40 %	40 %	378991914
35	NC_016864	AGCGA	2	10	51326	51335	40 %	0 %	40 %	20 %	378991919
36	NC_016864	AAAAT	2	10	55326	55335	80 %	20 %	0 %	0 %	378991923
37	NC_016864	CTGAA	2	10	55465	55474	40 %	20 %	20 %	20 %	378991924
38	NC_016864	GCGCA	2	10	63401	63410	20 %	0 %	40 %	40 %	378991931
39	NC_016864	ATTTC	2	10	65816	65825	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016864	GACCT	2	10	67731	67740	20 %	20 %	20 %	40 %	378991934
41	NC_016864	GGCGC	2	10	70552	70561	0 %	0 %	60 %	40 %	378991938
42	NC_016864	GGCAG	2	10	70661	70670	20 %	0 %	60 %	20 %	378991938
43	NC_016864	CCGGA	2	10	70702	70711	20 %	0 %	40 %	40 %	378991938
44	NC_016864	CGAAA	2	10	71925	71934	60 %	0 %	20 %	20 %	378991938
45	NC_016864	GGGTT	2	10	73326	73335	0 %	40 %	60 %	0 %	378991938
46	NC_016864	GCCGT	2	10	73463	73472	0 %	20 %	40 %	40 %	378991938
47	NC_016864	ACTGG	2	10	76566	76575	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_016864	TCGTC	2	10	77273	77282	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016864	ACCAC	2	10	80493	80502	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_016864	ATGTT	2	10	80562	80571	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016864	GCTCC	2	10	80606	80615	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_016864	GAATG	2	10	85753	85762	40 %	20 %	40 %	0 %	378991954
53	NC_016864	CCTTT	2	10	87477	87486	0 %	60 %	0 %	40 %	378991956
54	NC_016864	CTGTA	2	10	87597	87606	20 %	40 %	20 %	20 %	378991956
55	NC_016864	GGTCA	2	10	89613	89622	20 %	20 %	40 %	20 %	378991957
56	NC_016864	AATTT	2	10	89745	89754	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016864	TGCAA	2	10	90548	90557	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016864	GGCCC	2	10	91137	91146	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
59	NC_016864	GCCGT	2	10	91957	91966	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016864	TGACA	2	10	92017	92026	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.