MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 plasmid pSTUK-100

Total Repeats: 301

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016864	CATC	2	8	774	781	25 %	25 %	0 %	50 %	378991862
2	NC_016864	ATTT	2	8	978	985	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016864	ACAG	2	8	1071	1078	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_016864	CAGT	2	8	1089	1096	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016864	GCAG	2	8	3863	3870	25 %	0 %	50 %	25 %	378991868
6	NC_016864	GCGG	2	8	4136	4143	0 %	0 %	75 %	25 %	378991868
7	NC_016864	CAGC	2	8	4181	4188	25 %	0 %	25 %	50 %	378991868
8	NC_016864	ACCG	2	8	4323	4330	25 %	0 %	25 %	50 %	378991868
9	NC_016864	GCTG	2	8	4740	4747	0 %	25 %	50 %	25 %	378991869
10	NC_016864	GCCG	2	8	4877	4884	0 %	0 %	50 %	50 %	378991869
11	NC_016864	TCCG	2	8	4938	4945	0 %	25 %	25 %	50 %	378991869
12	NC_016864	GGCA	2	8	5393	5400	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016864	CCCG	2	8	5676	5683	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_016864	CCGG	2	8	5710	5717	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_016864	GTGA	2	8	5726	5733	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016864	CCCG	2	8	5772	5779	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
17	NC_016864	GGCA	2	8	5811	5818	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_016864	GGCA	2	8	5955	5962	25 %	0 %	50 %	25 %	378991870
19	NC_016864	CTGC	2	8	6111	6118	0 %	25 %	25 %	50 %	378991870
20	NC_016864	GCGA	2	8	6221	6228	25 %	0 %	50 %	25 %	378991870
21	NC_016864	GCCT	2	8	6361	6368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016864	CTGA	2	8	6967	6974	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_016864	TATT	2	8	7470	7477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016864	GTAA	2	8	7554	7561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016864	GATG	2	8	7684	7691	25 %	25 %	50 %	0 %	378991872
26	NC_016864	CAGA	2	8	7906	7913	50 %	0 %	25 %	25 %	378991872
27	NC_016864	CCCG	2	8	7965	7972	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
28	NC_016864	ATGT	2	8	8450	8457	25 %	50 %	25 %	0 %	378991873
29	NC_016864	GTAT	2	8	8507	8514	25 %	50 %	25 %	0 %	378991873
30	NC_016864	TACT	2	8	8962	8969	25 %	50 %	0 %	25 %	378991874
31	NC_016864	GGCG	2	8	10873	10880	0 %	0 %	75 %	25 %	378991875
32	NC_016864	CCCA	2	8	11289	11296	25 %	0 %	0 %	75 %	378991875
33	NC_016864	TCCG	2	8	11441	11448	0 %	25 %	25 %	50 %	378991875
34	NC_016864	CTGA	2	8	11650	11657	25 %	25 %	25 %	25 %	378991875
35	NC_016864	TCGG	2	8	12100	12107	0 %	25 %	50 %	25 %	378991876
36	NC_016864	TTTA	2	8	12795	12802	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016864	ATTC	2	8	12949	12956	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016864	AGAA	2	8	13568	13575	75 %	0 %	25 %	0 %	378991877
39	NC_016864	AATA	2	8	13585	13592	75 %	25 %	0 %	0 %	378991877
40	NC_016864	CGAA	2	8	14543	14550	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016864	TGGC	2	8	15010	15017	0 %	25 %	50 %	25 %	378991878
42	NC_016864	AGGC	2	8	15110	15117	25 %	0 %	50 %	25 %	378991878
43	NC_016864	ATTT	2	8	15411	15418	25 %	75 %	0 %	0 %	378991878
44	NC_016864	TACA	2	8	15445	15452	50 %	25 %	0 %	25 %	378991878
45	NC_016864	GGCG	2	8	15453	15460	0 %	0 %	75 %	25 %	378991878
46	NC_016864	GCTG	2	8	15519	15526	0 %	25 %	50 %	25 %	378991878
47	NC_016864	GACC	2	8	15939	15946	25 %	0 %	25 %	50 %	378991879
48	NC_016864	TTGT	2	8	16576	16583	0 %	75 %	25 %	0 %	378991879
49	NC_016864	TCAG	2	8	16968	16975	25 %	25 %	25 %	25 %	378991880
50	NC_016864	GCCA	2	8	17520	17527	25 %	0 %	25 %	50 %	378991880
51	NC_016864	TGCC	2	8	17725	17732	0 %	25 %	25 %	50 %	378991880
52	NC_016864	AATC	2	8	18191	18198	50 %	25 %	0 %	25 %	378991880
53	NC_016864	ATTT	2	8	18268	18275	25 %	75 %	0 %	0 %	378991880
54	NC_016864	GGCG	2	8	18596	18603	0 %	0 %	75 %	25 %	378991881
55	NC_016864	TTCC	2	8	18670	18677	0 %	50 %	0 %	50 %	378991881
56	NC_016864	ATAC	2	8	19340	19347	50 %	25 %	0 %	25 %	378991882
57	NC_016864	GACA	2	8	19964	19971	50 %	0 %	25 %	25 %	378991882
58	NC_016864	GTTT	2	8	19989	19996	0 %	75 %	25 %	0 %	378991882
59	NC_016864	TGGT	2	8	20024	20031	0 %	50 %	50 %	0 %	378991882
60	NC_016864	AATA	2	8	20135	20142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016864	ATTT	2	8	20632	20639	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016864	TCTG	2	8	20713	20720	0 %	50 %	25 %	25 %	378991883
63	NC_016864	CTGC	2	8	20788	20795	0 %	25 %	25 %	50 %	378991883
64	NC_016864	TGTC	2	8	21184	21191	0 %	50 %	25 %	25 %	378991883
65	NC_016864	CCCG	2	8	21277	21284	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
66	NC_016864	TTTG	2	8	21367	21374	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016864	TTAG	2	8	21375	21382	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016864	GTTT	2	8	21394	21401	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016864	GGTG	2	8	21541	21548	0 %	25 %	75 %	0 %	378991884
70	NC_016864	GAAA	2	8	22447	22454	75 %	0 %	25 %	0 %	378991884
71	NC_016864	AGCC	2	8	22648	22655	25 %	0 %	25 %	50 %	378991885
72	NC_016864	CAGA	2	8	22755	22762	50 %	0 %	25 %	25 %	378991885
73	NC_016864	GTCA	2	8	23042	23049	25 %	25 %	25 %	25 %	378991885
74	NC_016864	ATGA	2	8	23159	23166	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016864	TGGC	2	8	23417	23424	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_016864	CAGG	2	8	23698	23705	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_016864	GCTG	2	8	23751	23758	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_016864	CCGG	2	8	23997	24004	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_016864	TGGC	2	8	24157	24164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_016864	TCAG	2	8	24262	24269	25 %	25 %	25 %	25 %	378991887
81	NC_016864	GCCT	2	8	24513	24520	0 %	25 %	25 %	50 %	378991887
82	NC_016864	CCAG	2	8	24761	24768	25 %	0 %	25 %	50 %	378991887
83	NC_016864	CTTT	2	8	25275	25282	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016864	GCTT	2	8	25294	25301	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_016864	ATTT	2	8	25528	25535	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016864	TGTA	2	8	25925	25932	25 %	50 %	25 %	0 %	378991888
87	NC_016864	AGCC	2	8	26453	26460	25 %	0 %	25 %	50 %	378991888
88	NC_016864	TCGA	2	8	26478	26485	25 %	25 %	25 %	25 %	378991888
89	NC_016864	TGAC	2	8	26859	26866	25 %	25 %	25 %	25 %	378991889
90	NC_016864	TCAA	2	8	27276	27283	50 %	25 %	0 %	25 %	378991889
91	NC_016864	GTCT	2	8	27475	27482	0 %	50 %	25 %	25 %	378991889
92	NC_016864	GCCT	2	8	28091	28098	0 %	25 %	25 %	50 %	378991890
93	NC_016864	CTGC	2	8	28324	28331	0 %	25 %	25 %	50 %	378991890
94	NC_016864	CGTT	2	8	28607	28614	0 %	50 %	25 %	25 %	378991890
95	NC_016864	GGTC	2	8	28700	28707	0 %	25 %	50 %	25 %	378991890
96	NC_016864	GAAC	2	8	28740	28747	50 %	0 %	25 %	25 %	378991890
97	NC_016864	TTTC	2	8	29355	29362	0 %	75 %	0 %	25 %	378991891
98	NC_016864	CTGG	2	8	30372	30379	0 %	25 %	50 %	25 %	378991892
99	NC_016864	TGAA	2	8	30913	30920	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016864	CCGG	2	8	31004	31011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016864	GACC	2	8	31333	31340	25 %	0 %	25 %	50 %	378991894
102	NC_016864	CGGG	2	8	32509	32516	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
103	NC_016864	CGGG	2	8	32652	32659	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_016864	ATCA	2	8	32662	32669	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_016864	GGCT	2	8	32812	32819	0 %	25 %	50 %	25 %	378991896
106	NC_016864	GAAA	2	8	33508	33515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016864	GCCG	2	8	33644	33651	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_016864	CATC	2	8	33707	33714	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016864	TCCT	2	8	33767	33774	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_016864	GCTG	2	8	34056	34063	0 %	25 %	50 %	25 %	378991897
111	NC_016864	TCGC	2	8	34249	34256	0 %	25 %	25 %	50 %	378991897
112	NC_016864	TCAT	2	8	34434	34441	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_016864	AAAG	2	8	35216	35223	75 %	0 %	25 %	0 %	378991899
114	NC_016864	GGTC	2	8	36218	36225	0 %	25 %	50 %	25 %	378991900
115	NC_016864	CAGG	2	8	36314	36321	25 %	0 %	50 %	25 %	378991900
116	NC_016864	CAGC	2	8	36536	36543	25 %	0 %	25 %	50 %	378991900
117	NC_016864	GACA	2	8	36761	36768	50 %	0 %	25 %	25 %	378991901
118	NC_016864	CCTG	2	8	36791	36798	0 %	25 %	25 %	50 %	378991901
119	NC_016864	CCCT	2	8	37317	37324	0 %	25 %	0 %	75 %	378991902
120	NC_016864	GGCT	2	8	37611	37618	0 %	25 %	50 %	25 %	378991902
121	NC_016864	GCTG	2	8	37636	37643	0 %	25 %	50 %	25 %	378991902
122	NC_016864	GTGG	2	8	37939	37946	0 %	25 %	75 %	0 %	378991902
123	NC_016864	CGCT	2	8	38775	38782	0 %	25 %	25 %	50 %	378991902
124	NC_016864	AGCC	2	8	39572	39579	25 %	0 %	25 %	50 %	378991904
125	NC_016864	GCCC	2	8	39642	39649	0 %	0 %	25 %	75 %	378991904
126	NC_016864	ATTA	2	8	40762	40769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016864	TGCC	2	8	40979	40986	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016864	ACTG	2	8	41340	41347	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_016864	AATA	2	8	41387	41394	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016864	CAGT	2	8	41801	41808	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016864	CAGG	2	8	42112	42119	25 %	0 %	50 %	25 %	378991905
132	NC_016864	TTCC	2	8	42253	42260	0 %	50 %	0 %	50 %	378991905
133	NC_016864	ACAG	2	8	42362	42369	50 %	0 %	25 %	25 %	378991905
134	NC_016864	CAGA	2	8	42985	42992	50 %	0 %	25 %	25 %	378991906
135	NC_016864	TAAA	2	8	43206	43213	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016864	AGAA	2	8	43392	43399	75 %	0 %	25 %	0 %	378991907
137	NC_016864	TAAA	2	8	43418	43425	75 %	25 %	0 %	0 %	378991907
138	NC_016864	ATTT	2	8	43739	43746	25 %	75 %	0 %	0 %	378991907
139	NC_016864	GAAC	2	8	43818	43825	50 %	0 %	25 %	25 %	378991907
140	NC_016864	ATTC	2	8	43976	43983	25 %	50 %	0 %	25 %	378991907
141	NC_016864	TTAA	2	8	44062	44069	50 %	50 %	0 %	0 %	378991908
142	NC_016864	ACCA	2	8	44849	44856	50 %	0 %	0 %	50 %	378991910
143	NC_016864	AATT	2	8	44886	44893	50 %	50 %	0 %	0 %	378991910
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145	NC_016864	TCCG	2	8	45999	46006	0 %	25 %	25 %	50 %	378991912
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286	NC_016864	CTGA	2	8	90037	90044	25 %	25 %	25 %	25 %	378991958
287	NC_016864	AAAC	2	8	90356	90363	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
288	NC_016864	TGTT	2	8	90388	90395	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016864	CAAA	2	8	90432	90439	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
290	NC_016864	CATA	2	8	90497	90504	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
291	NC_016864	CTTT	2	8	91061	91068	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
292	NC_016864	TTGC	2	8	91073	91080	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
293	NC_016864	GTGG	2	8	91193	91200	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_016864	TTCC	2	8	91524	91531	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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297	NC_016864	TCAC	2	8	92030	92037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
298	NC_016864	TGGC	2	8	92379	92386	0 %	25 %	50 %	25 %	378991960
299	NC_016864	TGAC	2	8	92899	92906	25 %	25 %	25 %	25 %	378991960
300	NC_016864	GAAT	2	8	92987	92994	50 %	25 %	25 %	0 %	378991960
301	NC_016864	ACAA	2	8	93260	93267	75 %	0 %	0 %	25 %	378991960

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.