MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_L

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016861	AATCCG	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378987270
2	NC_016861	CGTGGT	2	12	3689	3700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016861	CTGACA	2	12	4207	4218	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378987272
4	NC_016861	ACATCC	2	12	4519	4530	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378987272
5	NC_016861	ACCGGC	2	12	5201	5212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378987273
6	NC_016861	ACCACG	2	12	5807	5818	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378987274
7	NC_016861	TCCCCG	2	12	6010	6021	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378987274
8	NC_016861	CCGCTC	2	12	6136	6147	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378987274
9	NC_016861	TTGGTA	2	12	9306	9317	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016861	CACCGT	2	12	10295	10306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378987280
11	NC_016861	TATCCA	2	12	17378	17389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987287
12	NC_016861	TTGTCC	2	12	17641	17652	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016861	TCTGTT	2	12	18365	18376	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378987288
14	NC_016861	TAATTT	2	12	19489	19500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016861	ACAGTG	2	12	20110	20121	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378987291
16	NC_016861	GACAGC	2	12	20122	20133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378987291
17	NC_016861	AGCCTG	2	12	22544	22555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378987296
18	NC_016861	CCCTGT	2	12	23085	23096	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	378987297
19	NC_016861	GGCGCA	2	12	24375	24386	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378987300
20	NC_016861	TTTAGA	2	12	27871	27882	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378987305
21	NC_016861	ATTTTG	2	12	28804	28815	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378987306
22	NC_016861	GGCGGT	2	12	28848	28859	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378987306
23	NC_016861	CAGCGC	2	12	29792	29803	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378987306
24	NC_016861	ATTCAT	2	12	30897	30908	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378987308
25	NC_016861	AATCTG	2	12	31362	31373	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016861	ATGCTG	2	12	33021	33032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378987311
27	NC_016861	CTTACC	2	12	34481	34492	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378987312
28	NC_016861	TCTCGC	2	12	46320	46331	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	378987328
29	NC_016861	TCGGAC	2	12	50124	50135	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016861	CGCTGG	2	12	52719	52730	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378987338
31	NC_016861	TTTTTC	2	12	56005	56016	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378987342
32	NC_016861	CAAAAT	2	12	56353	56364	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016861	CTGGCG	2	12	63455	63466	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378987352
34	NC_016861	AGGACG	2	12	64079	64090	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	378987353
35	NC_016861	CCTCTG	2	12	65918	65929	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_016861	CCTGTT	4	24	66327	66350	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016861	GGCGCT	2	12	68467	68478	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378987359
38	NC_016861	CAGGTG	2	12	68498	68509	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378987359
39	NC_016861	ACTCCA	2	12	73221	73232	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378987366
40	NC_016861	AAAATT	2	12	73282	73293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016861	TTCATA	2	12	75177	75188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016861	TTTTAT	2	12	75973	75984	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378987372
43	NC_016861	GCTGCC	2	12	77285	77296	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378987374
44	NC_016861	GTGCCG	2	12	77774	77785	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378987374
45	NC_016861	CAGTGG	2	12	81059	81070	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378987381
46	NC_016861	TTAAGG	2	12	81154	81165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378987381
47	NC_016861	ACAGTT	2	12	93193	93204	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378987395
48	NC_016861	ATGAAA	2	12	95795	95806	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378987397
49	NC_016861	TAACTC	2	12	96193	96204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378987397
50	NC_016861	ACAGCC	2	12	98843	98854	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378987398
51	NC_016861	AGCGGG	2	12	101183	101194	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	378987401
52	NC_016861	ATGTGG	2	12	102605	102616	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378987401
53	NC_016861	ACGATG	2	12	105128	105139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378987402
54	NC_016861	GTGCTG	2	12	105605	105616	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378987402

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.