MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_L

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016861	ACTGG	2	10	923	932	20 %	20 %	40 %	20 %	378987267
2	NC_016861	GAATG	2	10	10110	10119	40 %	20 %	40 %	0 %	378987279
3	NC_016861	CCTTT	2	10	11834	11843	0 %	60 %	0 %	40 %	378987281
4	NC_016861	CTGTA	2	10	11954	11963	20 %	40 %	20 %	20 %	378987281
5	NC_016861	GGTCA	2	10	13970	13979	20 %	20 %	40 %	20 %	378987283
6	NC_016861	GCCGT	2	10	16314	16323	0 %	20 %	40 %	40 %	378987286
7	NC_016861	TGACA	2	10	16374	16383	40 %	20 %	20 %	20 %	378987286
8	NC_016861	CTGGT	2	10	27414	27423	0 %	40 %	40 %	20 %	378987305
9	NC_016861	TGAGT	2	10	28187	28196	20 %	40 %	40 %	0 %	378987306
10	NC_016861	AGGTC	2	10	30287	30296	20 %	20 %	40 %	20 %	378987308
11	NC_016861	TGAAC	2	10	31627	31636	40 %	20 %	20 %	20 %	378987310
12	NC_016861	TTTAC	2	10	33111	33120	20 %	60 %	0 %	20 %	378987311
13	NC_016861	ACGGG	2	10	33588	33597	20 %	0 %	60 %	20 %	378987311
14	NC_016861	ATTTT	2	10	34908	34917	20 %	80 %	0 %	0 %	378987312
15	NC_016861	CGCAG	2	10	36109	36118	20 %	0 %	40 %	40 %	378987313
16	NC_016861	GGCCT	2	10	37172	37181	0 %	20 %	40 %	40 %	378987315
17	NC_016861	GAGCA	2	10	37361	37370	40 %	0 %	40 %	20 %	378987315
18	NC_016861	AGCAA	2	10	40979	40988	60 %	0 %	20 %	20 %	378987320
19	NC_016861	TGCTC	2	10	42296	42305	0 %	40 %	20 %	40 %	378987321
20	NC_016861	AGGCC	2	10	42485	42494	20 %	0 %	40 %	40 %	378987321
21	NC_016861	ATCCC	2	10	44736	44745	20 %	20 %	0 %	60 %	378987326
22	NC_016861	CGCTG	2	10	44879	44888	0 %	20 %	40 %	40 %	378987326
23	NC_016861	GGCCT	2	10	48967	48976	0 %	20 %	40 %	40 %	378987333
24	NC_016861	GAGCA	2	10	49156	49165	40 %	0 %	40 %	20 %	378987333
25	NC_016861	TCCGG	2	10	49809	49818	0 %	20 %	40 %	40 %	378987334
26	NC_016861	CTGCC	2	10	51741	51750	0 %	20 %	20 %	60 %	378987337
27	NC_016861	GCACA	2	10	52880	52889	40 %	0 %	20 %	40 %	378987338
28	NC_016861	GGACG	2	10	54182	54191	20 %	0 %	60 %	20 %	378987340
29	NC_016861	ACGGG	2	10	61857	61866	20 %	0 %	60 %	20 %	378987349
30	NC_016861	GAACT	2	10	63080	63089	40 %	20 %	20 %	20 %	378987352
31	NC_016861	GGCCT	2	10	63382	63391	0 %	20 %	40 %	40 %	378987352
32	NC_016861	GAACC	2	10	64225	64234	40 %	0 %	20 %	40 %	378987353
33	NC_016861	GGCGC	2	10	69677	69686	0 %	0 %	60 %	40 %	378987359
34	NC_016861	GAACT	2	10	71214	71223	40 %	20 %	20 %	20 %	378987362
35	NC_016861	AAAAT	2	10	72158	72167	80 %	20 %	0 %	0 %	378987365
36	NC_016861	AATAA	2	10	73633	73642	80 %	20 %	0 %	0 %	378987367
37	NC_016861	TTGTG	2	10	74516	74525	0 %	60 %	40 %	0 %	378987368
38	NC_016861	ACGGT	2	10	75403	75412	20 %	20 %	40 %	20 %	378987370
39	NC_016861	ACATT	2	10	76411	76420	40 %	40 %	0 %	20 %	378987372
40	NC_016861	AAAAT	2	10	77071	77080	80 %	20 %	0 %	0 %	378987373
41	NC_016861	TCCGG	2	10	78854	78863	0 %	20 %	40 %	40 %	378987375
42	NC_016861	AGCGA	2	10	82121	82130	40 %	0 %	40 %	20 %	378987382
43	NC_016861	AAAAT	2	10	86121	86130	80 %	20 %	0 %	0 %	378987386
44	NC_016861	CTGAA	2	10	86260	86269	40 %	20 %	20 %	20 %	378987387
45	NC_016861	GCGCA	2	10	94196	94205	20 %	0 %	40 %	40 %	378987395
46	NC_016861	GACCT	2	10	98526	98535	20 %	20 %	20 %	40 %	378987398
47	NC_016861	GGCGC	2	10	101419	101428	0 %	0 %	60 %	40 %	378987401
48	NC_016861	GGCAG	2	10	101528	101537	20 %	0 %	60 %	20 %	378987401
49	NC_016861	CCGGA	2	10	101569	101578	20 %	0 %	40 %	40 %	378987401
50	NC_016861	CGAAA	2	10	102792	102801	60 %	0 %	20 %	20 %	378987401
51	NC_016861	GGGTT	2	10	104193	104202	0 %	40 %	60 %	0 %	378987401
52	NC_016861	GCCGT	2	10	104330	104339	0 %	20 %	40 %	40 %	378987401

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.