MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 plasmid pSTMDT12_L

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016861	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	378987265
2	NC_016861	GT	3	6	1018	1023	0 %	50 %	50 %	0 %	378987268
3	NC_016861	GA	3	6	1987	1992	50 %	0 %	50 %	0 %	378987270
4	NC_016861	TC	3	6	2893	2898	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_016861	TC	3	6	3097	3102	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_016861	GT	3	6	4163	4168	0 %	50 %	50 %	0 %	378987272
7	NC_016861	TC	3	6	4397	4402	0 %	50 %	0 %	50 %	378987272
8	NC_016861	GT	3	6	5911	5916	0 %	50 %	50 %	0 %	378987274
9	NC_016861	AC	3	6	7475	7480	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016861	GC	3	6	8046	8051	0 %	0 %	50 %	50 %	378987278
11	NC_016861	TA	3	6	9057	9062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016861	CA	4	8	10187	10194	50 %	0 %	0 %	50 %	378987279
13	NC_016861	GC	3	6	11036	11041	0 %	0 %	50 %	50 %	378987281
14	NC_016861	GC	3	6	11108	11113	0 %	0 %	50 %	50 %	378987281
15	NC_016861	GC	3	6	11379	11384	0 %	0 %	50 %	50 %	378987281
16	NC_016861	AC	3	6	11786	11791	50 %	0 %	0 %	50 %	378987281
17	NC_016861	TA	3	6	14088	14093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016861	AT	3	6	14239	14244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016861	GC	3	6	14268	14273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016861	AC	3	6	14477	14482	50 %	0 %	0 %	50 %	378987284
21	NC_016861	TA	3	6	14735	14740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016861	AT	3	6	14937	14942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016861	TA	3	6	16402	16407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016861	AT	3	6	16429	16434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016861	TA	3	6	16543	16548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016861	CT	3	6	16978	16983	0 %	50 %	0 %	50 %	378987287
27	NC_016861	GA	3	6	17436	17441	50 %	0 %	50 %	0 %	378987287
28	NC_016861	TA	3	6	18871	18876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016861	GA	3	6	19164	19169	50 %	0 %	50 %	0 %	378987290
30	NC_016861	GC	3	6	19695	19700	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_016861	TG	3	6	20670	20675	0 %	50 %	50 %	0 %	378987293
32	NC_016861	GC	3	6	21217	21222	0 %	0 %	50 %	50 %	378987294
33	NC_016861	GA	3	6	21455	21460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016861	GC	3	6	21939	21944	0 %	0 %	50 %	50 %	378987295
35	NC_016861	GC	3	6	22778	22783	0 %	0 %	50 %	50 %	378987296
36	NC_016861	GC	3	6	22853	22858	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_016861	TC	3	6	23844	23849	0 %	50 %	0 %	50 %	378987298
38	NC_016861	TG	3	6	23870	23875	0 %	50 %	50 %	0 %	378987298
39	NC_016861	CG	3	6	23895	23900	0 %	0 %	50 %	50 %	378987298
40	NC_016861	GC	3	6	23953	23958	0 %	0 %	50 %	50 %	378987298
41	NC_016861	AC	3	6	24123	24128	50 %	0 %	0 %	50 %	378987299
42	NC_016861	GC	3	6	25043	25048	0 %	0 %	50 %	50 %	378987301
43	NC_016861	AT	3	6	25629	25634	50 %	50 %	0 %	0 %	378987302
44	NC_016861	AT	3	6	25674	25679	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016861	CT	3	6	26220	26225	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_016861	AT	3	6	26646	26651	50 %	50 %	0 %	0 %	378987304
47	NC_016861	TC	3	6	26788	26793	0 %	50 %	0 %	50 %	378987304
48	NC_016861	TA	3	6	27426	27431	50 %	50 %	0 %	0 %	378987305
49	NC_016861	AT	3	6	27926	27931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016861	TA	3	6	28607	28612	50 %	50 %	0 %	0 %	378987306
51	NC_016861	CT	3	6	32179	32184	0 %	50 %	0 %	50 %	378987310
52	NC_016861	AT	3	6	34518	34523	50 %	50 %	0 %	0 %	378987312
53	NC_016861	AC	4	8	36137	36144	50 %	0 %	0 %	50 %	378987313
54	NC_016861	GC	3	6	37372	37377	0 %	0 %	50 %	50 %	378987315
55	NC_016861	GA	3	6	37491	37496	50 %	0 %	50 %	0 %	378987315
56	NC_016861	CA	3	6	38064	38069	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_016861	GC	3	6	39141	39146	0 %	0 %	50 %	50 %	378987317
58	NC_016861	GT	3	6	40260	40265	0 %	50 %	50 %	0 %	378987319
59	NC_016861	GC	3	6	41281	41286	0 %	0 %	50 %	50 %	378987320
60	NC_016861	CG	3	6	41292	41297	0 %	0 %	50 %	50 %	378987320
61	NC_016861	TA	3	6	41778	41783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016861	TC	3	6	42170	42175	0 %	50 %	0 %	50 %	378987321
63	NC_016861	CG	3	6	42288	42293	0 %	0 %	50 %	50 %	378987321
64	NC_016861	AC	3	6	43030	43035	50 %	0 %	0 %	50 %	378987323
65	NC_016861	CG	3	6	44173	44178	0 %	0 %	50 %	50 %	378987324
66	NC_016861	AT	3	6	45610	45615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016861	TG	3	6	47274	47279	0 %	50 %	50 %	0 %	378987330
68	NC_016861	CG	3	6	48274	48279	0 %	0 %	50 %	50 %	378987331
69	NC_016861	GC	3	6	48386	48391	0 %	0 %	50 %	50 %	378987331
70	NC_016861	GC	3	6	49167	49172	0 %	0 %	50 %	50 %	378987333
71	NC_016861	GA	3	6	49286	49291	50 %	0 %	50 %	0 %	378987333
72	NC_016861	GT	3	6	50433	50438	0 %	50 %	50 %	0 %	378987335
73	NC_016861	TG	3	6	51226	51231	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016861	GC	4	8	53105	53112	0 %	0 %	50 %	50 %	378987338
75	NC_016861	CA	3	6	53239	53244	50 %	0 %	0 %	50 %	378987338
76	NC_016861	GC	3	6	53746	53751	0 %	0 %	50 %	50 %	378987339
77	NC_016861	CT	3	6	54040	54045	0 %	50 %	0 %	50 %	378987340
78	NC_016861	TC	3	6	54559	54564	0 %	50 %	0 %	50 %	378987341
79	NC_016861	TC	3	6	54886	54891	0 %	50 %	0 %	50 %	378987341
80	NC_016861	TA	3	6	55368	55373	50 %	50 %	0 %	0 %	378987342
81	NC_016861	AT	3	6	55786	55791	50 %	50 %	0 %	0 %	378987342
82	NC_016861	TA	3	6	56569	56574	50 %	50 %	0 %	0 %	378987343
83	NC_016861	TG	3	6	57088	57093	0 %	50 %	50 %	0 %	378987343
84	NC_016861	AC	3	6	57338	57343	50 %	0 %	0 %	50 %	378987343
85	NC_016861	GA	3	6	57647	57652	50 %	0 %	50 %	0 %	378987344
86	NC_016861	CG	3	6	58492	58497	0 %	0 %	50 %	50 %	378987344
87	NC_016861	GA	3	6	58592	58597	50 %	0 %	50 %	0 %	378987344
88	NC_016861	TC	3	6	59294	59299	0 %	50 %	0 %	50 %	378987345
89	NC_016861	CG	3	6	59339	59344	0 %	0 %	50 %	50 %	378987345
90	NC_016861	GC	3	6	59521	59526	0 %	0 %	50 %	50 %	378987345
91	NC_016861	GC	3	6	59849	59854	0 %	0 %	50 %	50 %	378987345
92	NC_016861	TA	3	6	60417	60422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016861	GC	3	6	62155	62160	0 %	0 %	50 %	50 %	378987350
94	NC_016861	CA	4	8	62581	62588	50 %	0 %	0 %	50 %	378987350
95	NC_016861	AT	3	6	62662	62667	50 %	50 %	0 %	0 %	378987350
96	NC_016861	GC	3	6	62728	62733	0 %	0 %	50 %	50 %	378987350
97	NC_016861	GC	3	6	62850	62855	0 %	0 %	50 %	50 %	378987351
98	NC_016861	TG	3	6	64315	64320	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016861	GC	3	6	65454	65459	0 %	0 %	50 %	50 %	378987355
100	NC_016861	CG	3	6	65838	65843	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016861	GA	3	6	66121	66126	50 %	0 %	50 %	0 %	378987356
102	NC_016861	GT	3	6	66291	66296	0 %	50 %	50 %	0 %	378987356
103	NC_016861	GC	3	6	66546	66551	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_016861	AC	3	6	67133	67138	50 %	0 %	0 %	50 %	378987357
105	NC_016861	AG	3	6	68044	68049	50 %	0 %	50 %	0 %	378987359
106	NC_016861	CG	3	6	68312	68317	0 %	0 %	50 %	50 %	378987359
107	NC_016861	GC	3	6	69004	69009	0 %	0 %	50 %	50 %	378987359
108	NC_016861	TG	3	6	69174	69179	0 %	50 %	50 %	0 %	378987359
109	NC_016861	GC	3	6	69772	69777	0 %	0 %	50 %	50 %	378987359
110	NC_016861	CG	3	6	70668	70673	0 %	0 %	50 %	50 %	378987361
111	NC_016861	CG	3	6	70857	70862	0 %	0 %	50 %	50 %	378987361
112	NC_016861	TA	3	6	71563	71568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016861	CA	3	6	71993	71998	50 %	0 %	0 %	50 %	378987365
114	NC_016861	TC	3	6	73094	73099	0 %	50 %	0 %	50 %	378987366
115	NC_016861	TA	4	8	73610	73617	50 %	50 %	0 %	0 %	378987367
116	NC_016861	GA	3	6	73677	73682	50 %	0 %	50 %	0 %	378987367
117	NC_016861	TC	3	6	73858	73863	0 %	50 %	0 %	50 %	378987367
118	NC_016861	TC	4	8	74587	74594	0 %	50 %	0 %	50 %	378987368
119	NC_016861	GC	3	6	74866	74871	0 %	0 %	50 %	50 %	378987369
120	NC_016861	AG	3	6	74965	74970	50 %	0 %	50 %	0 %	378987369
121	NC_016861	AT	3	6	76219	76224	50 %	50 %	0 %	0 %	378987372
122	NC_016861	TG	3	6	77027	77032	0 %	50 %	50 %	0 %	378987373
123	NC_016861	CG	3	6	78044	78049	0 %	0 %	50 %	50 %	378987374
124	NC_016861	GC	3	6	79480	79485	0 %	0 %	50 %	50 %	378987377
125	NC_016861	TC	3	6	79804	79809	0 %	50 %	0 %	50 %	378987377
126	NC_016861	TG	3	6	80265	80270	0 %	50 %	50 %	0 %	378987378
127	NC_016861	TG	3	6	80479	80484	0 %	50 %	50 %	0 %	378987379
128	NC_016861	CG	3	6	81444	81449	0 %	0 %	50 %	50 %	378987382
129	NC_016861	TG	3	6	81459	81464	0 %	50 %	50 %	0 %	378987382
130	NC_016861	GC	3	6	81666	81671	0 %	0 %	50 %	50 %	378987382
131	NC_016861	CA	3	6	81760	81765	50 %	0 %	0 %	50 %	378987382
132	NC_016861	CG	3	6	81961	81966	0 %	0 %	50 %	50 %	378987382
133	NC_016861	CG	3	6	83411	83416	0 %	0 %	50 %	50 %	378987382
134	NC_016861	GC	3	6	84118	84123	0 %	0 %	50 %	50 %	378987383
135	NC_016861	GC	3	6	84409	84414	0 %	0 %	50 %	50 %	378987384
136	NC_016861	TG	3	6	84827	84832	0 %	50 %	50 %	0 %	378987385
137	NC_016861	AG	3	6	85812	85817	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016861	GC	3	6	87600	87605	0 %	0 %	50 %	50 %	378987389
139	NC_016861	GA	4	8	87703	87710	50 %	0 %	50 %	0 %	378987389
140	NC_016861	CA	3	6	87832	87837	50 %	0 %	0 %	50 %	378987389
141	NC_016861	GC	3	6	88968	88973	0 %	0 %	50 %	50 %	378987389
142	NC_016861	AT	3	6	90199	90204	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016861	TC	3	6	90513	90518	0 %	50 %	0 %	50 %	378987392
144	NC_016861	AC	3	6	90952	90957	50 %	0 %	0 %	50 %	378987393
145	NC_016861	CA	3	6	91182	91187	50 %	0 %	0 %	50 %	378987394
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.