MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p1

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016858	ACCAGC	2	12	892	903	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379699102
2	NC_016858	CATCGT	2	12	1371	1382	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379699102
3	NC_016858	CCACAT	2	12	3894	3905	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379699103
4	NC_016858	ACCGTC	2	12	4415	4426	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379699103
5	NC_016858	CCCGCT	2	12	5316	5327	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	379699103
6	NC_016858	GGCTGT	2	12	7656	7667	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379699107
7	NC_016858	ACGGTT	2	12	8282	8293	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379699107
8	NC_016858	TAACTG	2	12	13233	13244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379699110
9	NC_016858	ACCTTA	2	12	25272	25283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379699124
10	NC_016858	CCACTG	2	12	25368	25379	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379699124
11	NC_016858	CGGCAC	2	12	28653	28664	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379699130
12	NC_016858	GGCAGC	2	12	29142	29153	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379699130
13	NC_016858	ATAAAA	2	12	30454	30465	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379699132
14	NC_016858	TATGAA	2	12	31250	31261	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016858	AATTTT	2	12	33145	33156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016858	TGGAGT	2	12	33206	33217	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016858	AGCGCC	2	12	37960	37971	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379699141
18	NC_016858	ACTGGC	2	12	38499	38510	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379699141
19	NC_016858	GAACAG	7	42	40087	40128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016858	CCAGCG	2	12	53726	53737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379699163
21	NC_016858	AGTCCG	2	12	56320	56331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_016858	GGTAAG	2	12	59341	59352	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379699169
23	NC_016858	CAGATT	2	12	62460	62471	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379699173
24	NC_016858	GCGCTG	2	12	64030	64041	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379699177
25	NC_016858	CCACCG	2	12	64972	64983	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	379699177
26	NC_016858	CAAAAT	2	12	65018	65029	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379699177
27	NC_016858	AATCTA	2	12	65948	65959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379699178
28	NC_016858	TGCGCC	2	12	69446	69457	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	379699184
29	NC_016858	ACAGGG	2	12	70745	70756	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	379699187
30	NC_016858	CAGGCT	2	12	71286	71297	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379699188
31	NC_016858	GCTGTC	2	12	73708	73719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379699193
32	NC_016858	CACTGT	2	12	73720	73731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379699193
33	NC_016858	AAAATT	2	12	74340	74351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016858	AACAGA	2	12	75465	75476	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379699195
35	NC_016858	GGACAA	2	12	76189	76200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379699196
36	NC_016858	TGGATA	2	12	76452	76463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379699196
37	NC_016858	AATGTG	2	12	79694	79705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016858	TACCAA	2	12	84524	84535	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379699203
39	NC_016858	CGGGAG	2	12	87691	87702	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	379699207
40	NC_016858	CGGGGA	2	12	87820	87831	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	379699207
41	NC_016858	CGTGGT	2	12	88023	88034	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379699207
42	NC_016858	GCCGGT	2	12	88629	88640	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379699208
43	NC_016858	TGGATG	2	12	89310	89321	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379699209
44	NC_016858	TGTCAG	2	12	89623	89634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379699209
45	NC_016858	ACCACG	2	12	90141	90152	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_016858	CGGATT	2	12	91866	91877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379699212

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.