MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p1

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016858	AACCC	2	10	2308	2317	40 %	0 %	0 %	60 %	379699103
2	NC_016858	CGCTG	2	10	3492	3501	0 %	20 %	40 %	40 %	379699103
3	NC_016858	TTTCG	2	10	3709	3718	0 %	60 %	20 %	20 %	379699103
4	NC_016858	TCCGG	2	10	4932	4941	0 %	20 %	40 %	40 %	379699103
5	NC_016858	CCTGC	2	10	4972	4981	0 %	20 %	20 %	60 %	379699103
6	NC_016858	CGCGC	2	10	5081	5090	0 %	0 %	40 %	60 %	379699103
7	NC_016858	CCCGG	2	10	5581	5590	0 %	0 %	40 %	60 %	379699103
8	NC_016858	CAGGT	2	10	7902	7911	20 %	20 %	40 %	20 %	379699107
9	NC_016858	CTGCG	2	10	12232	12241	0 %	20 %	40 %	40 %	379699110
10	NC_016858	CCCAG	2	10	13831	13840	20 %	0 %	20 %	60 %	379699110
11	NC_016858	TTCAG	2	10	20169	20178	20 %	40 %	20 %	20 %	379699118
12	NC_016858	TATTT	2	10	20307	20316	20 %	80 %	0 %	0 %	379699118
13	NC_016858	TTCGC	2	10	24307	24316	0 %	40 %	20 %	40 %	379699123
14	NC_016858	CCGGA	2	10	27575	27584	20 %	0 %	40 %	40 %	379699129
15	NC_016858	ATTTT	2	10	29358	29367	20 %	80 %	0 %	0 %	379699131
16	NC_016858	AATGT	2	10	30018	30027	40 %	40 %	20 %	0 %	379699132
17	NC_016858	ACCGT	2	10	31026	31035	20 %	20 %	20 %	40 %	379699134
18	NC_016858	CACAA	2	10	31913	31922	60 %	0 %	0 %	40 %	379699136
19	NC_016858	TTATT	2	10	32796	32805	20 %	80 %	0 %	0 %	379699137
20	NC_016858	CGCGC	2	10	36751	36760	0 %	0 %	40 %	60 %	379699141
21	NC_016858	ACATC	2	10	40478	40487	40 %	20 %	0 %	40 %	379699144
22	NC_016858	AGGCC	2	10	43065	43074	20 %	0 %	40 %	40 %	379699148
23	NC_016858	AGTTC	2	10	43367	43376	20 %	40 %	20 %	20 %	379699148
24	NC_016858	CGTCC	2	10	52265	52274	0 %	20 %	20 %	60 %	379699160
25	NC_016858	TGTGC	2	10	53567	53576	0 %	40 %	40 %	20 %	379699163
26	NC_016858	CCGGA	2	10	56638	56647	20 %	0 %	40 %	40 %	379699167
27	NC_016858	AACAG	2	10	56791	56800	60 %	0 %	20 %	20 %	379699167
28	NC_016858	CTGCG	2	10	57715	57724	0 %	20 %	40 %	40 %	379699168
29	NC_016858	AAAAT	2	10	58916	58925	80 %	20 %	0 %	0 %	379699169
30	NC_016858	CCCGT	2	10	60236	60245	0 %	20 %	20 %	60 %	379699170
31	NC_016858	GTAAA	2	10	60713	60722	60 %	20 %	20 %	0 %	379699170
32	NC_016858	TCAAC	2	10	61229	61238	40 %	20 %	0 %	40 %	379699171
33	NC_016858	GTTCA	2	10	62197	62206	20 %	40 %	20 %	20 %	379699172
34	NC_016858	CTGAC	2	10	63535	63544	20 %	20 %	20 %	40 %	379699175
35	NC_016858	TAATA	2	10	65346	65355	60 %	40 %	0 %	0 %	379699177
36	NC_016858	ACTCA	2	10	65637	65646	40 %	20 %	0 %	40 %	379699177
37	NC_016858	ACCAG	2	10	66409	66418	40 %	0 %	20 %	40 %	379699178
38	NC_016858	ACGTC	2	10	71818	71827	20 %	20 %	20 %	40 %	379699189
39	NC_016858	TGACC	2	10	79862	79871	20 %	20 %	20 %	40 %	379699199
40	NC_016858	TACAG	2	10	81878	81887	40 %	20 %	20 %	20 %	379699200
41	NC_016858	GAAAG	2	10	81997	82006	60 %	0 %	40 %	0 %	379699200
42	NC_016858	GAACG	2	10	83528	83537	40 %	0 %	40 %	20 %	379699201
43	NC_016858	CCATT	2	10	83721	83730	20 %	40 %	0 %	40 %	379699202
44	NC_016858	TCCAG	2	10	92908	92917	20 %	20 %	20 %	40 %	379699215

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.