MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S chromosome

Total Repeats: 70466

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016856	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016856	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016856	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448275
4	NC_016856	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448275
5	NC_016856	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_016856	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
7	NC_016856	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378448276
8	NC_016856	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
9	NC_016856	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
10	NC_016856	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
11	NC_016856	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
12	NC_016856	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
13	NC_016856	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378448276
14	NC_016856	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
15	NC_016856	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
16	NC_016856	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
17	NC_016856	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
18	NC_016856	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448276
19	NC_016856	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378448276
20	NC_016856	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448276
21	NC_016856	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
22	NC_016856	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
23	NC_016856	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378448276
24	NC_016856	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378448276
25	NC_016856	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
26	NC_016856	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
27	NC_016856	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378448276
28	NC_016856	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378448276
29	NC_016856	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378448276
30	NC_016856	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378448276
31	NC_016856	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448276
32	NC_016856	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448276
33	NC_016856	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
34	NC_016856	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
35	NC_016856	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378448276
36	NC_016856	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
37	NC_016856	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448276
38	NC_016856	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378448276
39	NC_016856	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448276
40	NC_016856	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
41	NC_016856	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
42	NC_016856	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448276
43	NC_016856	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448276
44	NC_016856	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448276
45	NC_016856	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448276
46	NC_016856	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378448276
47	NC_016856	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448276
48	NC_016856	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448276
49	NC_016856	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448276
50	NC_016856	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448277
51	NC_016856	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448277
52	NC_016856	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448277
53	NC_016856	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448277
54	NC_016856	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448277
55	NC_016856	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448277
56	NC_016856	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378448277
57	NC_016856	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378448277
58	NC_016856	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448277
59	NC_016856	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448277
60	NC_016856	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448277
61	NC_016856	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448277
62	NC_016856	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448277
63	NC_016856	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448277
64	NC_016856	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448278
65	NC_016856	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448278
66	NC_016856	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448278
67	NC_016856	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448278
68	NC_016856	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448278
69	NC_016856	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448278
70	NC_016856	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448278
71	NC_016856	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448278
72	NC_016856	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378448278
73	NC_016856	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448278
74	NC_016856	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448278
75	NC_016856	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448278
76	NC_016856	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448278
77	NC_016856	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378448278
78	NC_016856	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448278
79	NC_016856	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448278
80	NC_016856	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448278
81	NC_016856	CAG	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448278
82	NC_016856	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448278
83	NC_016856	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448278
84	NC_016856	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448278
85	NC_016856	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448278
86	NC_016856	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448278
87	NC_016856	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016856	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448279
89	NC_016856	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448279
90	NC_016856	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448279
91	NC_016856	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448279
92	NC_016856	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448279
93	NC_016856	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378448279
94	NC_016856	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448279
95	NC_016856	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378448279
96	NC_016856	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448279
97	NC_016856	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448279
98	NC_016856	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448279
99	NC_016856	CGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_016856	GCC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448280
101	NC_016856	ACC	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448280
102	NC_016856	CAA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378448280
103	NC_016856	CGA	2	6	6301	6306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448280
104	NC_016856	CAG	2	6	6437	6442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448280
105	NC_016856	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448280
106	NC_016856	GAT	2	6	6467	6472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448280
107	NC_016856	ACG	2	6	6535	6540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448280
108	NC_016856	GCG	2	6	6862	6867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448280
109	NC_016856	CGA	2	6	6940	6945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448280
110	NC_016856	GCC	2	6	7013	7018	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448280
111	NC_016856	AGG	2	6	7078	7083	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378448280
112	NC_016856	ATG	2	6	7095	7100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448280
113	NC_016856	GCG	2	6	7140	7145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448280
114	NC_016856	GCC	2	6	7226	7231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448280
115	NC_016856	AGC	2	6	7332	7337	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448280
116	NC_016856	TAA	2	6	7372	7377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448280
117	NC_016856	TTG	2	6	7408	7413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016856	ATG	2	6	7453	7458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016856	GGT	2	6	7506	7511	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016856	CGT	2	6	7599	7604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_016856	ATC	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016856	CAC	2	6	7697	7702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378448281
123	NC_016856	CAG	2	6	7845	7850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448281
124	NC_016856	AGC	2	6	7851	7856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448281
125	NC_016856	CAG	2	6	7866	7871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448281
126	NC_016856	GTT	2	6	7872	7877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378448281
127	NC_016856	ATG	2	6	8023	8028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448281
128	NC_016856	AAG	2	6	8107	8112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378448281
129	NC_016856	GCT	2	6	8132	8137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448281
130	NC_016856	TAC	2	6	8298	8303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448281
131	NC_016856	CGT	2	6	8324	8329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448281
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258	NC_016856	ATG	2	6	16001	16006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
259	NC_016856	CCT	2	6	16022	16027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
260	NC_016856	ATT	2	6	16055	16060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_016856	TAT	2	6	16153	16158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378448291
262	NC_016856	ATA	2	6	16218	16223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448291
263	NC_016856	GGC	2	6	16339	16344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448291
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265	NC_016856	TAA	2	6	16417	16422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448291
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267	NC_016856	AAT	2	6	16636	16641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448292
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269	NC_016856	GCC	2	6	16955	16960	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448292
270	NC_016856	AAT	2	6	17000	17005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448292
271	NC_016856	GTC	2	6	17092	17097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448293
272	NC_016856	GCG	2	6	17101	17106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378448293
273	NC_016856	TAA	2	6	17207	17212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448293
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288	NC_016856	CTG	2	6	18359	18364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448296
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291	NC_016856	GTG	2	6	18509	18514	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378448296
292	NC_016856	GCT	2	6	18625	18630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448296
293	NC_016856	CTG	2	6	18699	18704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448296
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301	NC_016856	CGA	2	6	19387	19392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448296
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311	NC_016856	CCA	2	6	20031	20036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
312	NC_016856	TCA	2	6	20125	20130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448297
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328	NC_016856	TGA	2	6	21190	21195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378448297
329	NC_016856	CAT	2	6	21321	21326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448297
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331	NC_016856	TAA	2	6	21356	21361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378448297
332	NC_016856	CTG	2	6	21403	21408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378448297
333	NC_016856	CGC	2	6	21514	21519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378448297
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362	NC_016856	CAG	2	6	23407	23412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448299
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373	NC_016856	TAA	2	6	24259	24264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
374	NC_016856	TAA	2	6	24266	24271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
375	NC_016856	ACG	2	6	24306	24311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
376	NC_016856	AAG	2	6	24353	24358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378448301
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378	NC_016856	CAG	2	6	24409	24414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448301
379	NC_016856	TGT	2	6	24521	24526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378448302
380	NC_016856	TAC	2	6	24543	24548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448302
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