MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S plasmid unnamed

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016855	AATCCG	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378448045
2	NC_016855	CGTGGT	2	12	3689	3700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016855	CTGACA	2	12	4207	4218	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378448047
4	NC_016855	ACATCC	2	12	4519	4530	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	378448047
5	NC_016855	ACCGGC	2	12	5201	5212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378448048
6	NC_016855	ACCACG	2	12	5807	5818	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378448049
7	NC_016855	TCCCCG	2	12	6010	6021	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378448049
8	NC_016855	CCGCTC	2	12	6136	6147	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	378448049
9	NC_016855	TTGGTA	2	12	9306	9317	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378448053
10	NC_016855	CACCGT	2	12	10295	10306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378448055
11	NC_016855	TATCCA	2	12	17378	17389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448060
12	NC_016855	TTGTCC	2	12	17641	17652	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	378448061
13	NC_016855	TCTGTT	2	12	18365	18376	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378448062
14	NC_016855	TAATTT	2	12	19489	19500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016855	ACAGTG	2	12	20110	20121	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378448064
16	NC_016855	GACAGC	2	12	20122	20133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378448064
17	NC_016855	AGCCTG	2	12	22544	22555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378448069
18	NC_016855	CCCTGT	2	12	23085	23096	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016855	GGCGCA	2	12	24375	24386	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016855	TTTAGA	2	12	27871	27882	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378448075
21	NC_016855	ATTTTG	2	12	28803	28814	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	378448076
22	NC_016855	GGCGGT	2	12	28847	28858	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378448076
23	NC_016855	CAGCGC	2	12	29791	29802	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378448076
24	NC_016855	ATTCAT	2	12	30896	30907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	378448077
25	NC_016855	AATCTG	2	12	31361	31372	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016855	ATGCTG	2	12	33020	33031	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	378448079
27	NC_016855	CTTACC	2	12	34480	34491	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	378448080
28	NC_016855	TCGGAC	2	12	37500	37511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016855	CGCTGG	2	12	40095	40106	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378448085
30	NC_016855	TTTTTC	2	12	43381	43392	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	378448088
31	NC_016855	CAAAAT	2	12	43729	43740	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016855	CTGGCG	2	12	50831	50842	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016855	AGGACG	2	12	51455	51466	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	378448097
34	NC_016855	CCTCTG	2	12	53294	53305	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_016855	CCTGTT	7	42	53703	53744	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016855	GGCGCT	2	12	55861	55872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378448103
37	NC_016855	CAGGTG	2	12	55892	55903	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378448103
38	NC_016855	ACTCCA	2	12	60615	60626	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_016855	AAAATT	2	12	60676	60687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016855	TTCATA	2	12	62571	62582	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016855	TTTTAT	2	12	63367	63378	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	378448112
42	NC_016855	GCTGCC	2	12	64679	64690	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378448114
43	NC_016855	GTGCCG	2	12	65168	65179	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	378448114
44	NC_016855	CAGTGG	2	12	68453	68464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016855	TTAAGG	2	12	68548	68559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016855	ACAGTT	2	12	80587	80598	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378448132
47	NC_016855	ATGAAA	2	12	83189	83200	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	378448134
48	NC_016855	TAACTC	2	12	83587	83598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378448134
49	NC_016855	ACAGCC	2	12	86165	86176	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378448135
50	NC_016855	AGCGGG	2	12	88505	88516	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	378448139
51	NC_016855	ATGTGG	2	12	89927	89938	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	378448139
52	NC_016855	ACGATG	2	12	92450	92461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378448140
53	NC_016855	GTGCTG	2	12	92927	92938	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378448140

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.