MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 33

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	ATTGAA	2	12	8548	8559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016844	CCTCCC	2	12	49438	49449	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
3	NC_016844	GCACGA	2	12	59448	59459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016844	TCTCAA	2	12	125129	125140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016844	GGCTGG	4	24	150538	150561	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016844	CTGCGG	4	24	151751	151774	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016844	CGGCTC	2	12	152256	152267	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_016844	TAAAAA	2	12	154169	154180	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016844	CGGTGG	2	12	158725	158736	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016844	GGGGGT	2	12	158753	158764	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016844	GTGCGA	2	12	234733	234744	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016844	TCCTTC	2	12	236114	236125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_016844	GTGCGA	2	12	283178	283189	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016844	TCCTTC	2	12	284559	284570	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_016844	CCGGAG	2	12	333054	333065	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016844	CAGCTG	2	12	333278	333289	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016844	AATATA	2	12	355183	355194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016844	TTTCCG	2	12	372446	372457	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016844	GAGGGC	2	12	499780	499791	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016844	CGTGCG	2	12	525737	525748	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016844	TAACCC	2	12	562644	562655	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016844	ATACTG	2	12	562738	562749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016844	TTCTCC	2	12	699529	699540	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_016844	ACGCGC	2	12	767033	767044	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016844	ACGCAG	2	12	810939	810950	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016844	ACACGC	2	12	819774	819785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_016844	GCAGGG	2	12	828226	828237	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016844	CAGAGA	2	12	853971	853982	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016844	GTGCAC	2	12	870252	870263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016844	AAAGAC	2	12	882811	882822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016844	CCATCC	2	12	890760	890771	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_016844	GGCGCA	2	12	908056	908067	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016844	GAGCAG	2	12	995862	995873	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.