MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 850

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378974634
2	NC_016844	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378974635
3	NC_016844	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378974639
4	NC_016844	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	378974641
5	NC_016844	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016844	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	378974642
7	NC_016844	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	378974642
8	NC_016844	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016844	CTGCG	2	10	15900	15909	0 %	20 %	40 %	40 %	378974645
10	NC_016844	GTTTT	2	10	18343	18352	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016844	TTGCG	2	10	19719	19728	0 %	40 %	40 %	20 %	378974647
12	NC_016844	GTTTT	2	10	20298	20307	0 %	80 %	20 %	0 %	378974647
13	NC_016844	TGCGA	2	10	22062	22071	20 %	20 %	40 %	20 %	378974648
14	NC_016844	TACCG	2	10	22202	22211	20 %	20 %	20 %	40 %	378974648
15	NC_016844	GCCAC	2	10	22297	22306	20 %	0 %	20 %	60 %	378974648
16	NC_016844	AAGGG	2	10	22899	22908	40 %	0 %	60 %	0 %	378974648
17	NC_016844	CGGTG	2	10	23466	23475	0 %	20 %	60 %	20 %	378974648
18	NC_016844	GTATC	2	10	26076	26085	20 %	40 %	20 %	20 %	378974650
19	NC_016844	GGTGG	2	10	26983	26992	0 %	20 %	80 %	0 %	378974650
20	NC_016844	TATTT	2	10	27709	27718	20 %	80 %	0 %	0 %	378974651
21	NC_016844	CTGCG	2	10	27775	27784	0 %	20 %	40 %	40 %	378974651
22	NC_016844	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	378974653
23	NC_016844	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	378974653
24	NC_016844	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	378974653
25	NC_016844	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	378974654
26	NC_016844	AAAGT	2	10	36210	36219	60 %	20 %	20 %	0 %	378974656
27	NC_016844	GTTGT	2	10	36310	36319	0 %	60 %	40 %	0 %	378974656
28	NC_016844	GATGT	2	10	37373	37382	20 %	40 %	40 %	0 %	378974657
29	NC_016844	TGCAT	2	10	38013	38022	20 %	40 %	20 %	20 %	378974657
30	NC_016844	GGTCA	2	10	39200	39209	20 %	20 %	40 %	20 %	378974658
31	NC_016844	CGGGT	2	10	39310	39319	0 %	20 %	60 %	20 %	378974658
32	NC_016844	TTTTC	2	10	40336	40345	0 %	80 %	0 %	20 %	378974660
33	NC_016844	TGCTG	2	10	43277	43286	0 %	40 %	40 %	20 %	378974663
34	NC_016844	ACGTA	2	10	43478	43487	40 %	20 %	20 %	20 %	378974663
35	NC_016844	CGTCG	2	10	44170	44179	0 %	20 %	40 %	40 %	378974664
36	NC_016844	ACATA	2	10	45641	45650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016844	TTTTG	2	10	46795	46804	0 %	80 %	20 %	0 %	378974667
38	NC_016844	TGTTT	2	10	47642	47651	0 %	80 %	20 %	0 %	378974668
39	NC_016844	AGTTG	2	10	49266	49275	20 %	40 %	40 %	0 %	378974668
40	NC_016844	GCGCA	2	10	49577	49586	20 %	0 %	40 %	40 %	378974669
41	NC_016844	GCGCA	2	10	50737	50746	20 %	0 %	40 %	40 %	378974670
42	NC_016844	TGCAG	2	10	52868	52877	20 %	20 %	40 %	20 %	378974671
43	NC_016844	CGCTG	2	10	53792	53801	0 %	20 %	40 %	40 %	378974671
44	NC_016844	GCTAC	2	10	54156	54165	20 %	20 %	20 %	40 %	378974671
45	NC_016844	TCGCT	2	10	54193	54202	0 %	40 %	20 %	40 %	378974671
46	NC_016844	ATGCT	2	10	55484	55493	20 %	40 %	20 %	20 %	378974673
47	NC_016844	CTGCA	2	10	56887	56896	20 %	20 %	20 %	40 %	378974675
48	NC_016844	ACCCA	2	10	58688	58697	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_016844	GCAGG	2	10	58861	58870	20 %	0 %	60 %	20 %	378974678
50	NC_016844	TCGTG	2	10	59512	59521	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016844	CTGCA	2	10	59841	59850	20 %	20 %	20 %	40 %	378974679
52	NC_016844	TCAAA	2	10	60364	60373	60 %	20 %	0 %	20 %	378974679
53	NC_016844	CCGCG	2	10	61706	61715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_016844	GCCAC	2	10	63808	63817	20 %	0 %	20 %	60 %	378974682
55	NC_016844	TGCCT	2	10	65581	65590	0 %	40 %	20 %	40 %	378974685
56	NC_016844	TGAAG	2	10	66058	66067	40 %	20 %	40 %	0 %	378974685
57	NC_016844	TGGGG	2	10	66660	66669	0 %	20 %	80 %	0 %	378974686
58	NC_016844	CGTTG	2	10	67715	67724	0 %	40 %	40 %	20 %	378974687
59	NC_016844	TGAGT	2	10	67736	67745	20 %	40 %	40 %	0 %	378974687
60	NC_016844	CACGG	2	10	68034	68043	20 %	0 %	40 %	40 %	378974687
61	NC_016844	CAGAG	2	10	68853	68862	40 %	0 %	40 %	20 %	378974687
62	NC_016844	CGCTT	2	10	69198	69207	0 %	40 %	20 %	40 %	378974689
63	NC_016844	AGCGT	2	10	71084	71093	20 %	20 %	40 %	20 %	378974693
64	NC_016844	AGTGT	2	10	72707	72716	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016844	GAAAA	2	10	76668	76677	80 %	0 %	20 %	0 %	378974701
66	NC_016844	AATAA	2	10	77722	77731	80 %	20 %	0 %	0 %	378974701
67	NC_016844	GCGCC	2	10	79357	79366	0 %	0 %	40 %	60 %	378974703
68	NC_016844	TGGTG	2	10	80871	80880	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016844	CGTGT	2	10	81013	81022	0 %	40 %	40 %	20 %	378974705
70	NC_016844	ATGCA	2	10	83678	83687	40 %	20 %	20 %	20 %	378974707
71	NC_016844	GCACC	2	10	86618	86627	20 %	0 %	20 %	60 %	378974709
72	NC_016844	CGCAC	2	10	87079	87088	20 %	0 %	20 %	60 %	378974709
73	NC_016844	GTACC	2	10	88955	88964	20 %	20 %	20 %	40 %	378974710
74	NC_016844	TTTGC	2	10	90657	90666	0 %	60 %	20 %	20 %	378974713
75	NC_016844	TGGTG	2	10	92027	92036	0 %	40 %	60 %	0 %	378974713
76	NC_016844	CGTGT	2	10	92283	92292	0 %	40 %	40 %	20 %	378974714
77	NC_016844	GGTAT	2	10	92297	92306	20 %	40 %	40 %	0 %	378974714
78	NC_016844	TCGCT	2	10	93133	93142	0 %	40 %	20 %	40 %	378974715
79	NC_016844	GCACA	2	10	94772	94781	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_016844	CGTAT	2	10	96111	96120	20 %	40 %	20 %	20 %	378974718
81	NC_016844	CGTAC	2	10	96402	96411	20 %	20 %	20 %	40 %	378974719
82	NC_016844	CCCGT	2	10	96569	96578	0 %	20 %	20 %	60 %	378974719
83	NC_016844	AAGGA	2	10	98354	98363	60 %	0 %	40 %	0 %	378974721
84	NC_016844	ACTGC	2	10	100329	100338	20 %	20 %	20 %	40 %	378974723
85	NC_016844	TCCTC	2	10	102362	102371	0 %	40 %	0 %	60 %	378974725
86	NC_016844	CTGCT	2	10	103458	103467	0 %	40 %	20 %	40 %	378974726
87	NC_016844	CTACT	2	10	103521	103530	20 %	40 %	0 %	40 %	378974726
88	NC_016844	GCGGT	2	10	104029	104038	0 %	20 %	60 %	20 %	378974727
89	NC_016844	GTGCT	2	10	105711	105720	0 %	40 %	40 %	20 %	378974727
90	NC_016844	GCGTC	2	10	107119	107128	0 %	20 %	40 %	40 %	378974730
91	NC_016844	ACCTG	2	10	107734	107743	20 %	20 %	20 %	40 %	378974731
92	NC_016844	GAACG	2	10	108050	108059	40 %	0 %	40 %	20 %	378974731
93	NC_016844	GTTCC	2	10	108379	108388	0 %	40 %	20 %	40 %	378974732
94	NC_016844	CCTCG	2	10	110525	110534	0 %	20 %	20 %	60 %	378974734
95	NC_016844	CTGCG	2	10	112599	112608	0 %	20 %	40 %	40 %	378974735
96	NC_016844	TTCGT	2	10	112681	112690	0 %	60 %	20 %	20 %	378974735
97	NC_016844	GGACG	2	10	113198	113207	20 %	0 %	60 %	20 %	378974735
98	NC_016844	GATGT	2	10	113379	113388	20 %	40 %	40 %	0 %	378974735
99	NC_016844	GATTT	2	10	114210	114219	20 %	60 %	20 %	0 %	378974736
100	NC_016844	TCAGA	2	10	117437	117446	40 %	20 %	20 %	20 %	378974737
101	NC_016844	GCAGA	2	10	118437	118446	40 %	0 %	40 %	20 %	378974737
102	NC_016844	ACAGA	2	10	119792	119801	60 %	0 %	20 %	20 %	378974738
103	NC_016844	GGGAG	2	10	119998	120007	20 %	0 %	80 %	0 %	378974738
104	NC_016844	GTGCG	2	10	120129	120138	0 %	20 %	60 %	20 %	378974738
105	NC_016844	AGGAA	2	10	120286	120295	60 %	0 %	40 %	0 %	378974738
106	NC_016844	TACTG	2	10	120823	120832	20 %	40 %	20 %	20 %	378974739
107	NC_016844	CGTCA	2	10	121736	121745	20 %	20 %	20 %	40 %	378974739
108	NC_016844	TCTTT	2	10	122592	122601	0 %	80 %	0 %	20 %	378974740
109	NC_016844	CGCAG	2	10	124396	124405	20 %	0 %	40 %	40 %	378974741
110	NC_016844	AGCAC	2	10	124432	124441	40 %	0 %	20 %	40 %	378974741
111	NC_016844	CATTG	2	10	126726	126735	20 %	40 %	20 %	20 %	378974742
112	NC_016844	CCGTG	2	10	127087	127096	0 %	20 %	40 %	40 %	378974743
113	NC_016844	AACCA	2	10	128811	128820	60 %	0 %	0 %	40 %	378974744
114	NC_016844	AAAAG	2	10	129462	129471	80 %	0 %	20 %	0 %	378974744
115	NC_016844	TTATC	2	10	130077	130086	20 %	60 %	0 %	20 %	378974745
116	NC_016844	CGCGC	2	10	132212	132221	0 %	0 %	40 %	60 %	378974747
117	NC_016844	TATCG	2	10	133499	133508	20 %	40 %	20 %	20 %	378974748
118	NC_016844	GCGAT	2	10	134535	134544	20 %	20 %	40 %	20 %	378974748
119	NC_016844	TGTTT	2	10	135957	135966	0 %	80 %	20 %	0 %	378974749
120	NC_016844	GTCTT	2	10	137145	137154	0 %	60 %	20 %	20 %	378974750
121	NC_016844	GGTGC	2	10	139682	139691	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016844	ACCAA	2	10	142269	142278	60 %	0 %	0 %	40 %	378974755
123	NC_016844	AGCCA	2	10	142741	142750	40 %	0 %	20 %	40 %	378974755
124	NC_016844	GCAGC	2	10	145455	145464	20 %	0 %	40 %	40 %	378974756
125	NC_016844	TCCGT	2	10	146698	146707	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_016844	GGATC	2	10	147516	147525	20 %	20 %	40 %	20 %	378974758
127	NC_016844	CTTGC	2	10	148903	148912	0 %	40 %	20 %	40 %	378974760
128	NC_016844	GTTTG	2	10	150916	150925	0 %	60 %	40 %	0 %	378974765
129	NC_016844	TGTTT	2	10	153358	153367	0 %	80 %	20 %	0 %	378974770
130	NC_016844	GGTCT	2	10	154433	154442	0 %	40 %	40 %	20 %	378974771
131	NC_016844	GGTCT	2	10	155662	155671	0 %	40 %	40 %	20 %	378974772
132	NC_016844	CGGGG	2	10	157036	157045	0 %	0 %	80 %	20 %	378974773
133	NC_016844	GCAAG	2	10	159645	159654	40 %	0 %	40 %	20 %	378974775
134	NC_016844	TGCCT	2	10	164171	164180	0 %	40 %	20 %	40 %	378974781
135	NC_016844	AGAGG	2	10	166259	166268	40 %	0 %	60 %	0 %	378974783
136	NC_016844	GCAGC	2	10	166963	166972	20 %	0 %	40 %	40 %	378974783
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