MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016844	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016844	GTTTT	2	10	18343	18352	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016844	ACATA	2	10	45641	45650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016844	ACCCA	2	10	58688	58697	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016844	TCGTG	2	10	59512	59521	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_016844	CCGCG	2	10	61706	61715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_016844	AGTGT	2	10	72707	72716	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016844	TGGTG	2	10	80871	80880	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016844	GCACA	2	10	94772	94781	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016844	GGTGC	2	10	139682	139691	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016844	TCCGT	2	10	146698	146707	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016844	TTTTC	2	10	185729	185738	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016844	AGAGG	2	10	190205	190214	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016844	GCATG	2	10	232876	232885	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016844	CCCTT	2	10	232952	232961	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_016844	TTTGT	2	10	233063	233072	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016844	GGGTG	2	10	233117	233126	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016844	TGAAC	2	10	233343	233352	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016844	AGGTT	2	10	234802	234811	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016844	AGAGG	2	10	235051	235060	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016844	TTGAA	2	10	235080	235089	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016844	GAGGG	2	10	242304	242313	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016844	TCGGT	2	10	246765	246774	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016844	GCGCG	2	10	268366	268375	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_016844	CGTGA	2	10	273469	273478	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016844	GCATG	2	10	281311	281320	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016844	CCCTT	2	10	281387	281396	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_016844	TTTGT	2	10	281508	281517	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016844	GGGTG	2	10	281562	281571	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016844	TGAAC	2	10	281788	281797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016844	AGGTT	2	10	283247	283256	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016844	AGAGG	2	10	283496	283505	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016844	TTGAA	2	10	283525	283534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016844	TTTCC	2	10	295318	295327	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_016844	GTGCG	2	10	299047	299056	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016844	TGTTT	2	10	332798	332807	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016844	CTGTG	2	10	423962	423971	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016844	GAGGG	2	10	424461	424470	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016844	GGAAG	2	10	463638	463647	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016844	CGGAG	2	10	484619	484628	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016844	GCGGG	2	10	493883	493892	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016844	TGCTG	2	10	499988	499997	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016844	AAGGA	2	10	500036	500045	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016844	ACGGC	2	10	532696	532705	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_016844	AAGGA	2	10	539403	539412	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016844	TGGTG	2	10	546226	546235	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016844	ACTTT	2	10	546258	546267	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016844	GTGCT	2	10	610406	610415	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016844	CGCAC	2	10	644279	644288	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
51	NC_016844	GCACG	2	10	661184	661193	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016844	TCCCC	2	10	661919	661928	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
53	NC_016844	ACAGC	2	10	736097	736106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016844	ACCCC	2	10	767055	767064	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
55	NC_016844	CGCGC	2	10	769126	769135	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_016844	ACTGT	2	10	865116	865125	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_016844	ATCGC	2	10	881534	881543	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_016844	CCTCA	2	10	901193	901202	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_016844	TCCTT	2	10	917658	917667	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016844	ATGTC	2	10	922277	922286	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016844	TCCCT	2	10	946789	946798	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_016844	AACAA	2	10	1001114	1001123	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016844	GCACT	2	10	1056013	1056022	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016844	GAGAC	2	10	1080339	1080348	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016844	CATGC	2	10	1084501	1084510	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_016844	CCCCT	2	10	1103692	1103701	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_016844	GCCCG	2	10	1116954	1116963	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_016844	CCGCA	2	10	1125023	1125032	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_016844	TGCGC	2	10	1125833	1125842	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016844	GGGGC	2	10	1125937	1125946	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.