MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 231

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2	NC_016844	GGTT	2	8	8562	8569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016844	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_016844	GGTA	2	8	9207	9214	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016844	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_016844	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016844	GTGG	2	8	10238	10245	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016844	TTTA	2	8	18325	18332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016844	CTTC	2	8	24290	24297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016844	TAAG	2	8	36813	36820	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016844	ACCC	2	8	44489	44496	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_016844	AGCG	2	8	49426	49433	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016844	CGGG	2	8	49494	49501	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
14	NC_016844	CAGG	2	8	54521	54528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016844	GTAC	2	8	54534	54541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_016844	GAGC	2	8	58767	58774	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_016844	TGTC	2	8	62881	62888	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_016844	ATGC	2	8	70145	70152	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016844	GCTT	2	8	71717	71724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_016844	TCCA	2	8	73444	73451	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_016844	TGAG	2	8	73811	73818	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016844	GCGT	2	8	80859	80866	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_016844	CGTC	2	8	94436	94443	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_016844	CTCC	2	8	94687	94694	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_016844	TCCT	2	8	98681	98688	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016844	GAGG	2	8	99887	99894	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016844	TTGA	2	8	102848	102855	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016844	CACC	2	8	106315	106322	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_016844	TGCT	2	8	106693	106700	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_016844	AGTG	2	8	108314	108321	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016844	GGGT	2	8	109746	109753	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016844	CGCC	2	8	122189	122196	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_016844	ACTG	2	8	124706	124713	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_016844	TGAG	2	8	124849	124856	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016844	CCTC	2	8	124903	124910	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
36	NC_016844	TGAG	2	8	129782	129789	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016844	GCAT	2	8	139710	139717	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016844	TAAA	2	8	142969	142976	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016844	TCTT	2	8	149202	149209	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_016844	GTAC	2	8	150583	150590	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016844	CGGC	2	8	158155	158162	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_016844	ACGC	2	8	159156	159163	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016844	AGCG	2	8	159233	159240	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_016844	CGGT	3	12	159259	159270	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016844	GGGC	2	8	159334	159341	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_016844	TCTT	2	8	159496	159503	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_016844	GTGG	2	8	169462	169469	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016844	TCCC	2	8	169816	169823	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_016844	CGTA	2	8	169870	169877	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016844	ATGT	2	8	169927	169934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016844	GTAT	2	8	191002	191009	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016844	GGGA	2	8	202263	202270	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016844	TGCG	2	8	204527	204534	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_016844	GGTG	2	8	205814	205821	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016844	AGGT	2	8	206192	206199	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016844	CAGG	2	8	219838	219845	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016844	GCAG	2	8	219913	219920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_016844	GGGA	2	8	221876	221883	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016844	AGTG	2	8	230336	230343	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016844	GGGA	2	8	231246	231253	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016844	GAAC	2	8	231335	231342	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_016844	GGGA	2	8	231773	231780	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016844	AGGG	2	8	232767	232774	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016844	AAGG	2	8	233007	233014	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016844	TGAA	2	8	233311	233318	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016844	AGGG	2	8	233320	233327	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016844	GCGA	2	8	233402	233409	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_016844	GGTG	2	8	233470	233477	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016844	AAAC	2	8	233998	234005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016844	TGCG	2	8	234156	234163	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_016844	TTCC	2	8	234498	234505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_016844	AGGT	2	8	234839	234846	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016844	GTAG	2	8	236248	236255	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016844	GTTC	2	8	238561	238568	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_016844	CTGT	2	8	242335	242342	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_016844	CTTT	2	8	242974	242981	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_016844	GGCC	2	8	243059	243066	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_016844	CTGT	2	8	243088	243095	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_016844	TCCT	2	8	243484	243491	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_016844	TGCC	2	8	244308	244315	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_016844	TTTC	2	8	266651	266658	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_016844	GTTC	2	8	270527	270534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_016844	GCTC	2	8	272005	272012	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016844	TACA	2	8	275301	275308	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_016844	GAGG	2	8	277700	277707	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016844	GGGA	2	8	279681	279688	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016844	GAAC	2	8	279770	279777	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_016844	GGGA	2	8	280208	280215	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016844	AGGG	2	8	281202	281209	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016844	TGAA	2	8	281756	281763	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016844	AGGG	2	8	281765	281772	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016844	GCGA	2	8	281847	281854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_016844	GGTG	2	8	281915	281922	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016844	AAAC	2	8	282443	282450	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_016844	TGCG	2	8	282601	282608	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_016844	TTCC	2	8	282943	282950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016844	AGGT	2	8	283284	283291	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016844	GTAG	2	8	284693	284700	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016844	TAAA	3	12	290494	290505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016844	GCAC	2	8	293691	293698	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016844	GACC	2	8	293727	293734	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_016844	AGGT	2	8	298165	298172	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016844	GGGA	2	8	324052	324059	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016844	AGAA	2	8	328065	328072	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016844	AGCA	2	8	332440	332447	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_016844	TCGT	2	8	332808	332815	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_016844	AGGA	2	8	332979	332986	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016844	GGAA	2	8	333202	333209	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016844	GAGT	2	8	333469	333476	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016844	CCTG	2	8	333535	333542	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_016844	CACT	2	8	333545	333552	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_016844	CCCG	2	8	337281	337288	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
113	NC_016844	GAGG	2	8	337325	337332	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016844	TGCG	2	8	356703	356710	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_016844	ATGG	2	8	366241	366248	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016844	GTCT	2	8	378126	378133	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_016844	ATAG	2	8	380233	380240	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016844	CCCA	2	8	383761	383768	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
119	NC_016844	GTTG	2	8	384959	384966	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016844	AGGG	2	8	409268	409275	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016844	ATGT	2	8	409277	409284	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016844	GTGC	2	8	432066	432073	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_016844	CCTT	2	8	440070	440077	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_016844	GAAG	2	8	442003	442010	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016844	TTTG	2	8	448993	449000	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016844	CTGT	2	8	467288	467295	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_016844	CCTG	2	8	467298	467305	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016844	AGGA	2	8	480427	480434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016844	GGCG	2	8	488071	488078	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_016844	CTGG	2	8	491378	491385	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016844	CTGT	2	8	499932	499939	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_016844	AGGA	2	8	500090	500097	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016844	GTAC	2	8	505225	505232	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_016844	GCAG	2	8	510801	510808	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016844	TTGC	2	8	542794	542801	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_016844	GTTT	2	8	546273	546280	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016844	ATGG	2	8	552339	552346	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016844	GGTG	2	8	562502	562509	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016844	GTTT	2	8	562759	562766	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016844	TCAT	2	8	563619	563626	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_016844	CTCA	2	8	577175	577182	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_016844	TCAC	2	8	593470	593477	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_016844	TATT	2	8	593573	593580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016844	AGGG	2	8	595002	595009	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016844	CGAA	2	8	600693	600700	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_016844	AACC	2	8	600818	600825	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_016844	AACC	2	8	604121	604128	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_016844	TTCC	2	8	642914	642921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_016844	TACA	2	8	644044	644051	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_016844	ACAT	2	8	648855	648862	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016844	AAAC	2	8	649505	649512	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_016844	TGCT	2	8	658145	658152	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_016844	CCGC	2	8	660376	660383	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
154	NC_016844	GTGC	2	8	661606	661613	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_016844	CGCT	2	8	661856	661863	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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160	NC_016844	ACAT	2	8	665349	665356	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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170	NC_016844	TAGG	2	8	751473	751480	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_016844	TGCA	2	8	764340	764347	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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176	NC_016844	CTCC	2	8	801730	801737	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
177	NC_016844	ACGA	2	8	810997	811004	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
178	NC_016844	TCTA	2	8	814831	814838	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_016844	GGCG	2	8	833507	833514	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
182	NC_016844	GAAT	2	8	854002	854009	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
183	NC_016844	ACGG	2	8	882228	882235	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
184	NC_016844	ACGC	2	8	882413	882420	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
185	NC_016844	GGCT	2	8	882988	882995	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
186	NC_016844	TTGT	2	8	883106	883113	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
187	NC_016844	CGTG	2	8	883130	883137	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
188	NC_016844	GCAC	2	8	883140	883147	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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191	NC_016844	GCAC	2	8	884499	884506	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
192	NC_016844	CATA	2	8	884568	884575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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194	NC_016844	CCGC	2	8	893168	893175	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
195	NC_016844	CACC	2	8	893237	893244	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
196	NC_016844	CCCG	2	8	919764	919771	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
197	NC_016844	TGCG	2	8	919792	919799	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
198	NC_016844	TCCT	2	8	942246	942253	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
199	NC_016844	AGGG	2	8	950219	950226	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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227	NC_016844	CCTC	2	8	1136667	1136674	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
228	NC_016844	GTAC	2	8	1136748	1136755	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
229	NC_016844	TTCT	2	8	1137304	1137311	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
230	NC_016844	GAAA	2	8	1137352	1137359	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
231	NC_016844	ATTT	2	8	1137424	1137431	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.