MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. Gauthier chromosome

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016843	GTTTT	2	10	18346	18355	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016843	ACATA	2	10	45641	45650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016843	ACCCA	2	10	58686	58695	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_016843	TCGTG	2	10	59510	59519	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016843	CCGCG	2	10	61704	61713	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016843	TGGTG	2	10	80862	80871	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016843	GCACA	2	10	94764	94773	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016843	GGTGC	2	10	139671	139680	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016843	TCCGT	2	10	146687	146696	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_016843	TTTTC	2	10	185589	185598	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016843	AGAGG	2	10	190065	190074	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016843	GCATG	2	10	232740	232749	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016843	CCCTT	2	10	232816	232825	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_016843	TTTGT	2	10	232937	232946	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016843	GGGTG	2	10	232991	233000	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016843	TGAAC	2	10	233217	233226	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016843	AGGTT	2	10	234676	234685	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016843	AGAGG	2	10	234925	234934	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016843	TTGAA	2	10	234954	234963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016843	GAGGG	2	10	242178	242187	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016843	TCGGT	2	10	246639	246648	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016843	GCGCG	2	10	268241	268250	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_016843	CGTGA	2	10	273335	273344	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016843	GCATG	2	10	281144	281153	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016843	CCCTT	2	10	281220	281229	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_016843	TTTGT	2	10	281331	281340	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016843	GGGTG	2	10	281385	281394	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016843	TGAAC	2	10	281611	281620	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016843	AGGTT	2	10	283070	283079	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016843	AGAGG	2	10	283319	283328	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016843	TTGAA	2	10	283348	283357	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016843	TTTCC	2	10	295141	295150	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016843	GTGCG	2	10	298870	298879	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016843	CTGTG	2	10	424399	424408	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016843	GAGGG	2	10	424898	424907	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016843	GGAAG	2	10	463829	463838	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016843	GTGCT	2	10	473186	473195	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016843	CGGAG	2	10	484810	484819	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016843	GCGGG	2	10	494052	494061	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016843	ACGGC	2	10	532776	532785	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_016843	AAGGA	2	10	539483	539492	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016843	TGGTG	2	10	546306	546315	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016843	ACTTT	2	10	546338	546347	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016843	GTGCT	2	10	610538	610547	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_016843	CGCAC	2	10	644421	644430	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_016843	GCACG	2	10	661326	661335	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_016843	ACAGC	2	10	735930	735939	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016843	ACCCC	2	10	766888	766897	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_016843	CGCGC	2	10	768959	768968	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_016843	ACTGT	2	10	864949	864958	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016843	ATCGC	2	10	881367	881376	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016843	CCTCA	2	10	901026	901035	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_016843	TCCTT	2	10	917491	917500	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016843	ATGTC	2	10	922110	922119	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016843	TCCCT	2	10	946565	946574	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_016843	CTTGC	2	10	976119	976128	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016843	AACAA	2	10	1000923	1000932	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016843	GCACT	2	10	1055836	1055845	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_016843	GAGAC	2	10	1080164	1080173	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016843	CATGC	2	10	1084326	1084335	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_016843	CCCCT	2	10	1103517	1103526	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_016843	GCCCG	2	10	1116779	1116788	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_016843	CCGCA	2	10	1124849	1124858	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.