MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. Gauthier chromosome

Total Repeats: 203

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016843	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2	NC_016843	ATGT	2	8	10213	10220	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016843	GTGG	2	8	10240	10247	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016843	TTTA	2	8	18328	18335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016843	CTTC	2	8	24293	24300	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_016843	TAAG	2	8	36813	36820	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016843	ACCC	2	8	44489	44496	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_016843	AGCG	2	8	49424	49431	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016843	CGGG	2	8	49492	49499	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016843	CAGG	2	8	54519	54526	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016843	GTAC	2	8	54532	54539	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_016843	GAGC	2	8	58765	58772	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016843	TGTC	2	8	62879	62886	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_016843	ATGC	2	8	70143	70150	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016843	GCTT	2	8	71715	71722	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_016843	GCGT	2	8	80850	80857	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_016843	CGTC	2	8	94427	94434	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_016843	CTCC	2	8	94678	94685	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_016843	TCCT	2	8	98673	98680	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016843	GAGG	2	8	99879	99886	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016843	TTGA	2	8	102840	102847	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016843	CACC	2	8	106307	106314	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
23	NC_016843	TGCT	2	8	106685	106692	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016843	AGTG	2	8	108306	108313	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016843	GGGT	2	8	109738	109745	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016843	CGCC	2	8	122180	122187	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
27	NC_016843	ACTG	2	8	124696	124703	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_016843	TGAG	2	8	124839	124846	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016843	CCTC	2	8	124893	124900	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_016843	TGAG	2	8	129772	129779	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016843	GCAT	2	8	139699	139706	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_016843	TAAA	2	8	142958	142965	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016843	GTAC	2	8	150643	150650	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_016843	TCTT	2	8	159356	159363	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_016843	GTGG	2	8	169322	169329	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016843	TCCC	2	8	169676	169683	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_016843	CGTA	2	8	169730	169737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016843	ATGT	2	8	169787	169794	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016843	GTAT	2	8	190862	190869	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016843	GGGA	2	8	202124	202131	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016843	TGCG	2	8	204388	204395	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_016843	GGTG	2	8	205675	205682	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016843	AGGT	2	8	206053	206060	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016843	CAGG	2	8	219701	219708	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016843	GCAG	2	8	219776	219783	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_016843	GGGA	2	8	221739	221746	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016843	AGTG	2	8	230199	230206	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016843	GGGA	2	8	231110	231117	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016843	GAAC	2	8	231199	231206	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016843	GGGA	2	8	231637	231644	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016843	AGGG	2	8	232631	232638	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016843	TGAA	2	8	233185	233192	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016843	AGGG	2	8	233194	233201	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016843	GCGA	2	8	233276	233283	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_016843	GGTG	2	8	233344	233351	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016843	AAAC	2	8	233872	233879	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016843	TGCG	2	8	234030	234037	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_016843	TTCC	2	8	234372	234379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_016843	AGGT	2	8	234713	234720	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016843	GTAG	2	8	236122	236129	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016843	GTTC	2	8	238435	238442	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_016843	CTGT	2	8	242209	242216	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_016843	CTTT	2	8	242848	242855	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_016843	GGCC	2	8	242933	242940	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_016843	CTGT	2	8	242962	242969	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_016843	TCCT	2	8	243358	243365	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016843	TGCC	2	8	244182	244189	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016843	TTTC	2	8	266526	266533	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_016843	GTTC	2	8	270402	270409	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016843	GCTC	2	8	271871	271878	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_016843	TACA	2	8	275167	275174	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_016843	GAGG	2	8	277566	277573	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016843	GGGA	2	8	279514	279521	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016843	GAAC	2	8	279603	279610	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_016843	GGGA	2	8	280041	280048	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016843	AGGG	2	8	281035	281042	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016843	AAGG	2	8	281275	281282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016843	TGAA	2	8	281579	281586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016843	AGGG	2	8	281588	281595	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016843	GCGA	2	8	281670	281677	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016843	GGTG	2	8	281738	281745	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016843	AAAC	2	8	282266	282273	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_016843	TGCG	2	8	282424	282431	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016843	TTCC	2	8	282766	282773	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_016843	AGGT	2	8	283107	283114	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016843	GTAG	2	8	284516	284523	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016843	TAAA	3	12	290317	290328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016843	GCAC	2	8	293514	293521	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016843	GACC	2	8	293550	293557	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_016843	AGGT	2	8	297988	297995	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016843	GGGA	2	8	323872	323879	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016843	AGAA	2	8	327885	327892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016843	CCCG	2	8	337733	337740	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_016843	GAGG	2	8	337777	337784	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016843	TGCG	2	8	357140	357147	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_016843	ATGG	2	8	366678	366685	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016843	GTCT	2	8	378563	378570	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_016843	ATAG	2	8	380670	380677	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016843	CCCA	2	8	384198	384205	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_016843	GTTG	2	8	385396	385403	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016843	AGGG	2	8	409705	409712	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016843	ATGT	2	8	409714	409721	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016843	GTGC	2	8	432503	432510	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_016843	CCTT	2	8	440507	440514	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_016843	GAAG	2	8	442440	442447	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016843	TTTG	2	8	449430	449437	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016843	CTGT	2	8	467479	467486	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_016843	CCTG	2	8	467489	467496	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016843	AGGA	2	8	480618	480625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016843	GGCG	2	8	488262	488269	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_016843	CTGG	2	8	491569	491576	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_016843	GTAC	2	8	505298	505305	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_016843	GCAG	2	8	510874	510881	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_016843	TTGC	2	8	542874	542881	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_016843	GTTT	2	8	546353	546360	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016843	ATGG	2	8	552419	552426	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016843	GGTG	2	8	562582	562589	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016843	GTTT	2	8	562839	562846	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016843	TCAT	2	8	563699	563706	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_016843	CTCA	2	8	577255	577262	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_016843	CGAA	2	8	600825	600832	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_016843	AACC	2	8	600950	600957	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_016843	AACC	2	8	604253	604260	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_016843	TTCC	2	8	643056	643063	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_016843	TACA	2	8	644186	644193	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_016843	ACAT	2	8	648997	649004	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_016843	AAAC	2	8	649647	649654	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_016843	TGCT	2	8	658287	658294	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_016843	CCGC	2	8	660518	660525	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_016843	ACAT	2	8	665495	665502	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016843	AAGT	2	8	666335	666342	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016843	GCAC	2	8	689094	689101	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_016843	CAGG	2	8	690665	690672	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_016843	GGAC	2	8	691980	691987	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016843	CTGC	2	8	693050	693057	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016843	GCAC	2	8	699236	699243	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_016843	GTGA	2	8	699247	699254	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016843	TCCT	2	8	708806	708813	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_016843	CTTA	2	8	711597	711604	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_016843	CCTC	2	8	725368	725375	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_016843	TAGG	2	8	751306	751313	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016843	TGCA	2	8	764173	764180	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_016843	CTGC	2	8	768191	768198	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_016843	AAAC	2	8	768682	768689	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016843	CGCA	2	8	800087	800094	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_016843	CTCC	2	8	801563	801570	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
147	NC_016843	ACGA	2	8	810830	810837	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_016843	TCTA	2	8	814664	814671	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_016843	GCAC	2	8	823902	823909	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_016843	GCGA	2	8	828977	828984	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016843	GGCG	2	8	833340	833347	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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184	NC_016843	CTTC	2	8	1049273	1049280	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
185	NC_016843	GCCT	2	8	1059815	1059822	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
186	NC_016843	CTCG	2	8	1072300	1072307	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_016843	TACC	2	8	1072319	1072326	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
188	NC_016843	GCAC	2	8	1073239	1073246	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
189	NC_016843	TCCA	2	8	1082917	1082924	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
190	NC_016843	CATA	2	8	1083005	1083012	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
191	NC_016843	TTCC	2	8	1087649	1087656	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
192	NC_016843	AAAG	2	8	1099731	1099738	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_016843	CTTC	2	8	1104147	1104154	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
196	NC_016843	AGAA	2	8	1118211	1118218	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
197	NC_016843	CGCT	2	8	1135266	1135273	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
198	NC_016843	CAAC	2	8	1136105	1136112	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
199	NC_016843	CCTC	2	8	1136114	1136121	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
200	NC_016843	GTAC	2	8	1136195	1136202	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
201	NC_016843	TTCT	2	8	1136751	1136758	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
202	NC_016843	GAAA	2	8	1136799	1136806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
203	NC_016843	ATTT	2	8	1136871	1136878	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.