MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016842	GTTTT	2	10	18346	18355	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016842	ACATA	2	10	45641	45650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016842	ACCCA	2	10	58687	58696	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_016842	TCGTG	2	10	59511	59520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016842	CCGCG	2	10	61705	61714	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016842	TGGTG	2	10	80560	80569	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016842	GCACA	2	10	94462	94471	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016842	GGTGC	2	10	139370	139379	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016842	TCCGT	2	10	146386	146395	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_016842	TTTTC	2	10	185284	185293	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016842	AGAGG	2	10	189760	189769	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016842	GCATG	2	10	232434	232443	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016842	CCCTT	2	10	232510	232519	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_016842	TTTGT	2	10	232621	232630	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016842	GGGTG	2	10	232675	232684	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016842	TGAAC	2	10	232901	232910	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016842	AGGTT	2	10	234360	234369	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016842	AGAGG	2	10	234609	234618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016842	TTGAA	2	10	234638	234647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016842	GAGGG	2	10	241862	241871	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016842	TCGGT	2	10	246323	246332	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016842	GCGCG	2	10	267924	267933	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_016842	CGTGA	2	10	273027	273036	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016842	GCATG	2	10	280836	280845	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016842	CCCTT	2	10	280912	280921	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_016842	TTTGT	2	10	281033	281042	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016842	GGGTG	2	10	281087	281096	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016842	TGAAC	2	10	281313	281322	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016842	AGGTT	2	10	282772	282781	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016842	AGAGG	2	10	283021	283030	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016842	TTGAA	2	10	283050	283059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016842	TTTCC	2	10	294843	294852	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016842	GTGCG	2	10	298572	298581	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016842	CTGTG	2	10	424103	424112	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016842	GAGGG	2	10	424602	424611	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016842	GGAAG	2	10	463653	463662	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016842	GTGCT	2	10	473010	473019	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016842	CGGAG	2	10	484634	484643	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016842	GCGGG	2	10	493877	493886	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016842	ACGGC	2	10	532288	532297	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_016842	AAGGA	2	10	538995	539004	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016842	TGGTG	2	10	545818	545827	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016842	ACTTT	2	10	545850	545859	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016842	GTGCT	2	10	610050	610059	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_016842	CGCAC	2	10	643933	643942	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_016842	GCACG	2	10	660838	660847	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_016842	ACAGC	2	10	735743	735752	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016842	ACCCC	2	10	766701	766710	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_016842	CGCGC	2	10	768772	768781	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_016842	ACTGT	2	10	864762	864771	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016842	ATCGC	2	10	881180	881189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016842	CCTCA	2	10	900839	900848	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_016842	TCCTT	2	10	917304	917313	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016842	ATGTC	2	10	921923	921932	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016842	TCCCT	2	10	946457	946466	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_016842	CTTGC	2	10	976011	976020	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016842	AACAA	2	10	1000856	1000865	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016842	GCACT	2	10	1055749	1055758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_016842	GAGAC	2	10	1080076	1080085	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016842	CATGC	2	10	1084238	1084247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_016842	CCCCT	2	10	1103429	1103438	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_016842	GCCCG	2	10	1116691	1116700	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_016842	CCGCA	2	10	1124761	1124770	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.