MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016842	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2	NC_016842	ATGT	2	8	10213	10220	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016842	GTGG	2	8	10240	10247	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016842	TTTA	2	8	18328	18335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016842	CTTC	2	8	24293	24300	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_016842	TAAG	2	8	36813	36820	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016842	ACCC	2	8	44489	44496	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_016842	AGCG	2	8	49425	49432	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016842	CGGG	2	8	49493	49500	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016842	CAGG	2	8	54520	54527	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016842	GTAC	2	8	54533	54540	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_016842	GAGC	2	8	58766	58773	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016842	TGTC	2	8	62880	62887	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_016842	ATGC	2	8	70144	70151	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016842	GCTT	2	8	71716	71723	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_016842	GCGT	2	8	80548	80555	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_016842	CGTC	2	8	94125	94132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_016842	CTCC	2	8	94376	94383	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_016842	TCCT	2	8	98371	98378	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016842	GAGG	2	8	99577	99584	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016842	TTGA	2	8	102538	102545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016842	CACC	2	8	106005	106012	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
23	NC_016842	TGCT	2	8	106383	106390	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016842	AGTG	2	8	108004	108011	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016842	GGGT	2	8	109436	109443	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016842	CGCC	2	8	121878	121885	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
27	NC_016842	ACTG	2	8	124394	124401	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_016842	TGAG	2	8	124537	124544	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016842	CCTC	2	8	124591	124598	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_016842	TGAG	2	8	129470	129477	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016842	GCAT	2	8	139398	139405	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_016842	TAAA	2	8	142657	142664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016842	GTAC	2	8	150343	150350	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_016842	TCTT	2	8	159051	159058	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_016842	GTGG	2	8	169017	169024	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016842	TCCC	2	8	169371	169378	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_016842	CGTA	2	8	169425	169432	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016842	ATGT	2	8	169482	169489	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016842	GTAT	2	8	190557	190564	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016842	GGGA	2	8	201819	201826	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016842	TGCG	2	8	204083	204090	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_016842	GGTG	2	8	205370	205377	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016842	AGGT	2	8	205748	205755	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016842	CAGG	2	8	219395	219402	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016842	GCAG	2	8	219470	219477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_016842	GGGA	2	8	221433	221440	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016842	AGTG	2	8	229893	229900	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016842	GGGA	2	8	230804	230811	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016842	GAAC	2	8	230893	230900	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016842	GGGA	2	8	231331	231338	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016842	AGGG	2	8	232325	232332	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016842	AAGG	2	8	232565	232572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016842	TGAA	2	8	232869	232876	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016842	AGGG	2	8	232878	232885	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016842	GCGA	2	8	232960	232967	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_016842	GGTG	2	8	233028	233035	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016842	AAAC	2	8	233556	233563	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_016842	TGCG	2	8	233714	233721	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_016842	TTCC	2	8	234056	234063	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_016842	AGGT	2	8	234397	234404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016842	GTAG	2	8	235806	235813	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016842	GTTC	2	8	238119	238126	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_016842	CTGT	2	8	241893	241900	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_016842	CTTT	2	8	242532	242539	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_016842	GGCC	2	8	242617	242624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_016842	CTGT	2	8	242646	242653	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_016842	TCCT	2	8	243042	243049	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016842	TGCC	2	8	243866	243873	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_016842	TTTC	2	8	266209	266216	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016842	GTTC	2	8	270085	270092	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_016842	GCTC	2	8	271563	271570	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_016842	TACA	2	8	274859	274866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_016842	GAGG	2	8	277258	277265	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016842	GGGA	2	8	279206	279213	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016842	GAAC	2	8	279295	279302	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_016842	GGGA	2	8	279733	279740	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016842	AGGG	2	8	280727	280734	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016842	TGAA	2	8	281281	281288	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016842	AGGG	2	8	281290	281297	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016842	GCGA	2	8	281372	281379	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016842	GGTG	2	8	281440	281447	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016842	AAAC	2	8	281968	281975	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_016842	TGCG	2	8	282126	282133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016842	TTCC	2	8	282468	282475	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_016842	AGGT	2	8	282809	282816	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016842	GTAG	2	8	284218	284225	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016842	TAAA	3	12	290019	290030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016842	GCAC	2	8	293216	293223	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016842	GACC	2	8	293252	293259	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_016842	AGGT	2	8	297690	297697	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016842	GGGA	2	8	323574	323581	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016842	AGAA	2	8	327587	327594	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016842	CCCG	2	8	337434	337441	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_016842	GAGG	2	8	337478	337485	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016842	TGCG	2	8	356844	356851	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_016842	ATGG	2	8	366382	366389	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016842	GTCT	2	8	378267	378274	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_016842	ATAG	2	8	380374	380381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016842	CCCA	2	8	383902	383909	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_016842	GTTG	2	8	385100	385107	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016842	AGGG	2	8	409409	409416	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016842	ATGT	2	8	409418	409425	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016842	GTGC	2	8	432207	432214	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_016842	CCTT	2	8	440211	440218	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_016842	GAAG	2	8	442144	442151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016842	TTTG	2	8	449134	449141	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016842	CTGT	2	8	467303	467310	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_016842	CCTG	2	8	467313	467320	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016842	AGGA	2	8	480442	480449	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016842	GGCG	2	8	488086	488093	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_016842	CTGG	2	8	491393	491400	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_016842	GTAC	2	8	504811	504818	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_016842	GCAG	2	8	510387	510394	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_016842	TTGC	2	8	542386	542393	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_016842	GTTT	2	8	545865	545872	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016842	ATGG	2	8	551931	551938	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016842	GGTG	2	8	562094	562101	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016842	GTTT	2	8	562351	562358	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016842	TCAT	2	8	563211	563218	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_016842	CTCA	2	8	576767	576774	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_016842	CGAA	2	8	600337	600344	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_016842	AACC	2	8	600462	600469	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_016842	AACC	2	8	603765	603772	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_016842	TTCC	2	8	642568	642575	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_016842	TACA	2	8	643698	643705	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_016842	ACAT	2	8	648509	648516	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_016842	AAAC	2	8	649159	649166	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_016842	TGCT	2	8	657799	657806	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_016842	CCGC	2	8	660030	660037	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_016842	ACAT	2	8	665007	665014	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016842	AAGT	2	8	665847	665854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016842	CAGG	2	8	690478	690485	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_016842	GGAC	2	8	691793	691800	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_016842	CTGC	2	8	692863	692870	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016842	GCAC	2	8	699049	699056	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016842	GTGA	2	8	699060	699067	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016842	TCCT	2	8	708619	708626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_016842	CTTA	2	8	711410	711417	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_016842	CCTC	2	8	725181	725188	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
140	NC_016842	TAGG	2	8	751119	751126	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016842	TGCA	2	8	763986	763993	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_016842	CTGC	2	8	768004	768011	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_016842	AAAC	2	8	768495	768502	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_016842	CGCA	2	8	799900	799907	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_016842	CTCC	2	8	801376	801383	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
146	NC_016842	ACGA	2	8	810643	810650	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_016842	TCTA	2	8	814477	814484	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_016842	GCAC	2	8	823715	823722	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_016842	GCGA	2	8	828790	828797	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_016842	GGCG	2	8	833153	833160	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016842	GAAT	2	8	853648	853655	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_016842	AGGG	2	8	949887	949894	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_016842	GAAC	2	8	995537	995544	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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185	NC_016842	TACC	2	8	1072232	1072239	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
186	NC_016842	GCAC	2	8	1073151	1073158	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_016842	TCCA	2	8	1082829	1082836	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
188	NC_016842	CATA	2	8	1082917	1082924	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
189	NC_016842	TTCC	2	8	1087561	1087568	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
190	NC_016842	TCCG	2	8	1102230	1102237	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
191	NC_016842	TTCT	2	8	1104016	1104023	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
192	NC_016842	CTTC	2	8	1104059	1104066	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
193	NC_016842	AGAA	2	8	1118123	1118130	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_016842	CCTC	2	8	1136026	1136033	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
197	NC_016842	GTAC	2	8	1136107	1136114	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
198	NC_016842	TTCT	2	8	1136663	1136670	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
199	NC_016842	GAAA	2	8	1136711	1136718	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
200	NC_016842	ATTT	2	8	1136783	1136790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.