MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 12359

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016842	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972502
2	NC_016842	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972502
3	NC_016842	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972502
4	NC_016842	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
5	NC_016842	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972502
6	NC_016842	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972502
7	NC_016842	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
8	NC_016842	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
9	NC_016842	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
10	NC_016842	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972502
11	NC_016842	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972502
12	NC_016842	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972502
13	NC_016842	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972503
14	NC_016842	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972503
15	NC_016842	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972503
16	NC_016842	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972503
17	NC_016842	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972503
18	NC_016842	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972504
19	NC_016842	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
20	NC_016842	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972504
21	NC_016842	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
22	NC_016842	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972504
23	NC_016842	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
24	NC_016842	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972504
25	NC_016842	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972504
26	NC_016842	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972504
27	NC_016842	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972504
28	NC_016842	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
29	NC_016842	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972504
30	NC_016842	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972504
31	NC_016842	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
32	NC_016842	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
33	NC_016842	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
34	NC_016842	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972504
35	NC_016842	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972504
36	NC_016842	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972505
37	NC_016842	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972505
38	NC_016842	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972505
39	NC_016842	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972505
40	NC_016842	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972505
41	NC_016842	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972505
42	NC_016842	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972505
43	NC_016842	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972505
44	NC_016842	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972505
45	NC_016842	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972506
46	NC_016842	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972506
47	NC_016842	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972506
48	NC_016842	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
49	NC_016842	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
50	NC_016842	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
51	NC_016842	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
52	NC_016842	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972507
53	NC_016842	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
54	NC_016842	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
55	NC_016842	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972507
56	NC_016842	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
57	NC_016842	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
58	NC_016842	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
59	NC_016842	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
60	NC_016842	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972507
61	NC_016842	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
62	NC_016842	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
63	NC_016842	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
64	NC_016842	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972507
65	NC_016842	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
66	NC_016842	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972507
67	NC_016842	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
68	NC_016842	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
69	NC_016842	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
70	NC_016842	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972507
71	NC_016842	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
72	NC_016842	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972507
73	NC_016842	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
74	NC_016842	TGT	2	6	6873	6878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972508
75	NC_016842	GAG	2	6	6936	6941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972508
76	NC_016842	GGA	2	6	6966	6971	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972508
77	NC_016842	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972509
78	NC_016842	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972509
79	NC_016842	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972509
80	NC_016842	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972509
81	NC_016842	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972509
82	NC_016842	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972509
83	NC_016842	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972509
84	NC_016842	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972509
85	NC_016842	TTG	2	6	7812	7817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972509
86	NC_016842	GAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972509
87	NC_016842	TCA	2	6	8341	8346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972510
88	NC_016842	TCT	2	6	8402	8407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972510
89	NC_016842	AAG	2	6	8746	8751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972510
90	NC_016842	GCA	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972510
91	NC_016842	CTG	2	6	8785	8790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972510
92	NC_016842	ACG	2	6	8810	8815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972510
93	NC_016842	ATC	2	6	8917	8922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972510
94	NC_016842	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972510
95	NC_016842	CGC	2	6	9010	9015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972510
96	NC_016842	CCT	2	6	9035	9040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972510
97	NC_016842	ACG	2	6	9118	9123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972510
98	NC_016842	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972510
99	NC_016842	CGA	2	6	9174	9179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972510
100	NC_016842	TGT	2	6	9312	9317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972510
101	NC_016842	CCT	2	6	9357	9362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972510
102	NC_016842	CTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972510
103	NC_016842	TCT	2	6	9542	9547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972510
104	NC_016842	GTG	2	6	9620	9625	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972510
105	NC_016842	GAG	3	9	9781	9789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972510
106	NC_016842	GCT	2	6	9832	9837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972510
107	NC_016842	GAT	2	6	9933	9938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972510
108	NC_016842	AGT	2	6	10144	10149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972510
109	NC_016842	CAC	2	6	10162	10167	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972510
110	NC_016842	TCC	2	6	10498	10503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972511
111	NC_016842	CTG	2	6	10520	10525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
112	NC_016842	GTC	2	6	10540	10545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
113	NC_016842	AGC	2	6	10612	10617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972511
114	NC_016842	TTG	2	6	10636	10641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972511
115	NC_016842	GAC	2	6	10767	10772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972511
116	NC_016842	GAA	2	6	10796	10801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972511
117	NC_016842	TAC	2	6	10908	10913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972511
118	NC_016842	TGG	2	6	10953	10958	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972511
119	NC_016842	TCG	2	6	11035	11040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
120	NC_016842	GCA	2	6	11200	11205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972511
121	NC_016842	CAT	2	6	11254	11259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972511
122	NC_016842	AAG	2	6	11362	11367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972511
123	NC_016842	TTG	2	6	11459	11464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972511
124	NC_016842	CTG	2	6	11465	11470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
125	NC_016842	CGC	2	6	11490	11495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972511
126	NC_016842	CAC	2	6	11513	11518	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972511
127	NC_016842	CCT	2	6	11560	11565	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972511
128	NC_016842	CGT	2	6	11586	11591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
129	NC_016842	GGT	2	6	11680	11685	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972511
130	NC_016842	AGT	2	6	11803	11808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972511
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133	NC_016842	TGT	2	6	12045	12050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972511
134	NC_016842	TGC	2	6	12084	12089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
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142	NC_016842	ATG	2	6	12705	12710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972513
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252	NC_016842	GAT	2	6	22681	22686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972518
253	NC_016842	GCG	2	6	22775	22780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972518
254	NC_016842	GGA	2	6	22815	22820	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972518
255	NC_016842	GTT	2	6	22837	22842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972518
256	NC_016842	GGA	2	6	22956	22961	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972518
257	NC_016842	TTG	2	6	23122	23127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972518
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261	NC_016842	TCT	2	6	23504	23509	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972518
262	NC_016842	GTG	2	6	23527	23532	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972518
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273	NC_016842	GGA	2	6	25803	25808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972520
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279	NC_016842	TGC	2	6	26159	26164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972520
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500	NC_016842	GTT	2	6	48250	48255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972538

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