MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103b complete sequence

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016836	AAGGG	2	10	4169	4178	40 %	0 %	60 %	0 %	378828578
2	NC_016836	GCGCT	2	10	5796	5805	0 %	20 %	40 %	40 %	378828581
3	NC_016836	AGGCC	2	10	6161	6170	20 %	0 %	40 %	40 %	378828581
4	NC_016836	AGAAC	2	10	6659	6668	60 %	0 %	20 %	20 %	378828581
5	NC_016836	ACCGG	2	10	10424	10433	20 %	0 %	40 %	40 %	378828585
6	NC_016836	GATCA	2	10	12620	12629	40 %	20 %	20 %	20 %	378828585
7	NC_016836	GCGCG	2	10	14977	14986	0 %	0 %	60 %	40 %	378828589
8	NC_016836	AAGCG	2	10	16571	16580	40 %	0 %	40 %	20 %	378828591
9	NC_016836	ACCAA	2	10	19082	19091	60 %	0 %	0 %	40 %	378828596
10	NC_016836	GCGAC	2	10	19897	19906	20 %	0 %	40 %	40 %	378828596
11	NC_016836	CGTTC	2	10	23616	23625	0 %	40 %	20 %	40 %	378828600
12	NC_016836	GGAAC	2	10	24540	24549	40 %	0 %	40 %	20 %	378828601
13	NC_016836	GCCGC	2	10	25772	25781	0 %	0 %	40 %	60 %	378828603
14	NC_016836	CGGGA	2	10	30149	30158	20 %	0 %	60 %	20 %	378828607
15	NC_016836	CGTCG	2	10	31362	31371	0 %	20 %	40 %	40 %	378828609
16	NC_016836	GCCGA	2	10	31420	31429	20 %	0 %	40 %	40 %	378828609
17	NC_016836	GCCAC	2	10	32891	32900	20 %	0 %	20 %	60 %	378828609
18	NC_016836	GGCGC	2	10	33493	33502	0 %	0 %	60 %	40 %	378828610
19	NC_016836	TCGAT	2	10	33903	33912	20 %	40 %	20 %	20 %	378828610
20	NC_016836	GACTG	2	10	35638	35647	20 %	20 %	40 %	20 %	378828612
21	NC_016836	TGTGG	2	10	37961	37970	0 %	40 %	60 %	0 %	378828614
22	NC_016836	GCGCG	2	10	38642	38651	0 %	0 %	60 %	40 %	378828614
23	NC_016836	CGACC	2	10	38828	38837	20 %	0 %	20 %	60 %	378828614
24	NC_016836	TTCGA	2	10	43154	43163	20 %	40 %	20 %	20 %	378828616
25	NC_016836	CGAAG	2	10	44989	44998	40 %	0 %	40 %	20 %	378828620
26	NC_016836	TGACG	2	10	45079	45088	20 %	20 %	40 %	20 %	378828620
27	NC_016836	TGGAT	2	10	46242	46251	20 %	40 %	40 %	0 %	378828621
28	NC_016836	TTCGG	2	10	48310	48319	0 %	40 %	40 %	20 %	378828621
29	NC_016836	CCGTG	2	10	50031	50040	0 %	20 %	40 %	40 %	378828621
30	NC_016836	CGGTC	2	10	50568	50577	0 %	20 %	40 %	40 %	378828621
31	NC_016836	GCAGC	2	10	50641	50650	20 %	0 %	40 %	40 %	378828621
32	NC_016836	CCGAG	2	10	51216	51225	20 %	0 %	40 %	40 %	378828621
33	NC_016836	GGCAC	2	10	52285	52294	20 %	0 %	40 %	40 %	378828622
34	NC_016836	GATCA	2	10	57626	57635	40 %	20 %	20 %	20 %	378828626
35	NC_016836	GTGGC	2	10	60093	60102	0 %	20 %	60 %	20 %	378828629

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.