MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103b complete sequence

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016836	ACGG	2	8	41	48	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_016836	GAAC	2	8	113	120	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_016836	CCGG	2	8	260	267	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_016836	TCGA	2	8	277	284	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016836	TCAA	2	8	640	647	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_016836	CAGA	2	8	663	670	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_016836	TGAA	2	8	842	849	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016836	GCAC	2	8	980	987	25 %	0 %	25 %	50 %	378828573
9	NC_016836	GATG	2	8	1283	1290	25 %	25 %	50 %	0 %	378828573
10	NC_016836	GGCC	2	8	1358	1365	0 %	0 %	50 %	50 %	378828573
11	NC_016836	AATT	2	8	1634	1641	50 %	50 %	0 %	0 %	378828574
12	NC_016836	GCTT	2	8	1809	1816	0 %	50 %	25 %	25 %	378828575
13	NC_016836	TTGT	2	8	1954	1961	0 %	75 %	25 %	0 %	378828575
14	NC_016836	TTCG	2	8	2181	2188	0 %	50 %	25 %	25 %	378828576
15	NC_016836	GCTT	2	8	2322	2329	0 %	50 %	25 %	25 %	378828576
16	NC_016836	ATGA	2	8	2738	2745	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016836	ATCA	2	8	2747	2754	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_016836	TGCT	2	8	2755	2762	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016836	CGAT	2	8	2819	2826	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_016836	ATCT	2	8	3271	3278	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_016836	TGAT	2	8	3555	3562	25 %	50 %	25 %	0 %	378828577
22	NC_016836	GCCA	2	8	4142	4149	25 %	0 %	25 %	50 %	378828578
23	NC_016836	ATCA	2	8	4389	4396	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016836	GCTG	2	8	5285	5292	0 %	25 %	50 %	25 %	378828581
25	NC_016836	GGCG	2	8	5378	5385	0 %	0 %	75 %	25 %	378828581
26	NC_016836	AGCC	2	8	5513	5520	25 %	0 %	25 %	50 %	378828581
27	NC_016836	CAGC	2	8	5655	5662	25 %	0 %	25 %	50 %	378828581
28	NC_016836	GTGC	2	8	7644	7651	0 %	25 %	50 %	25 %	378828583
29	NC_016836	GATC	2	8	7902	7909	25 %	25 %	25 %	25 %	378828584
30	NC_016836	TTCC	2	8	8438	8445	0 %	50 %	0 %	50 %	378828584
31	NC_016836	GATC	2	8	9853	9860	25 %	25 %	25 %	25 %	378828585
32	NC_016836	CCGA	2	8	9896	9903	25 %	0 %	25 %	50 %	378828585
33	NC_016836	AACG	2	8	10625	10632	50 %	0 %	25 %	25 %	378828585
34	NC_016836	TTTC	2	8	10878	10885	0 %	75 %	0 %	25 %	378828585
35	NC_016836	CGAG	2	8	11853	11860	25 %	0 %	50 %	25 %	378828585
36	NC_016836	CGCT	2	8	12280	12287	0 %	25 %	25 %	50 %	378828585
37	NC_016836	TCGA	2	8	12426	12433	25 %	25 %	25 %	25 %	378828585
38	NC_016836	CGAG	2	8	12776	12783	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_016836	GCAG	2	8	12842	12849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_016836	AAGC	2	8	13086	13093	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016836	GACG	2	8	13679	13686	25 %	0 %	50 %	25 %	378828586
42	NC_016836	GCTG	2	8	13708	13715	0 %	25 %	50 %	25 %	378828586
43	NC_016836	CGGC	2	8	13992	13999	0 %	0 %	50 %	50 %	378828587
44	NC_016836	GCCG	2	8	14124	14131	0 %	0 %	50 %	50 %	378828587
45	NC_016836	AGCG	2	8	14751	14758	25 %	0 %	50 %	25 %	378828588
46	NC_016836	CGGC	2	8	15169	15176	0 %	0 %	50 %	50 %	378828589
47	NC_016836	GCTG	2	8	15457	15464	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_016836	GGAT	2	8	15830	15837	25 %	25 %	50 %	0 %	378828590
49	NC_016836	CCAA	2	8	16816	16823	50 %	0 %	0 %	50 %	378828592
50	NC_016836	TGCC	2	8	17216	17223	0 %	25 %	25 %	50 %	378828593
51	NC_016836	GGCC	2	8	17904	17911	0 %	0 %	50 %	50 %	378828594
52	NC_016836	GGAA	2	8	19755	19762	50 %	0 %	50 %	0 %	378828596
53	NC_016836	CTGG	2	8	20842	20849	0 %	25 %	50 %	25 %	378828597
54	NC_016836	CTGG	2	8	21194	21201	0 %	25 %	50 %	25 %	378828597
55	NC_016836	GGAA	2	8	21932	21939	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016836	ATGA	2	8	22134	22141	50 %	25 %	25 %	0 %	378828598
57	NC_016836	CGGC	2	8	22365	22372	0 %	0 %	50 %	50 %	378828598
58	NC_016836	CAAT	2	8	22432	22439	50 %	25 %	0 %	25 %	378828598
59	NC_016836	GGCC	2	8	22620	22627	0 %	0 %	50 %	50 %	378828599
60	NC_016836	CGCA	2	8	23403	23410	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016836	TCAC	2	8	23774	23781	25 %	25 %	0 %	50 %	378828600
62	NC_016836	TGGC	2	8	24440	24447	0 %	25 %	50 %	25 %	378828601
63	NC_016836	GCCA	2	8	24474	24481	25 %	0 %	25 %	50 %	378828601
64	NC_016836	TCAG	2	8	24526	24533	25 %	25 %	25 %	25 %	378828601
65	NC_016836	GTTC	2	8	25217	25224	0 %	50 %	25 %	25 %	378828602
66	NC_016836	CGTC	2	8	26100	26107	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016836	AGCG	2	8	26588	26595	25 %	0 %	50 %	25 %	378828605
68	NC_016836	CGAT	2	8	26956	26963	25 %	25 %	25 %	25 %	378828605
69	NC_016836	GCTT	2	8	27261	27268	0 %	50 %	25 %	25 %	378828605
70	NC_016836	CTCG	2	8	28994	29001	0 %	25 %	25 %	50 %	378828607
71	NC_016836	CCAT	2	8	30174	30181	25 %	25 %	0 %	50 %	378828607
72	NC_016836	GCCT	2	8	30479	30486	0 %	25 %	25 %	50 %	378828608
73	NC_016836	CGGC	2	8	30703	30710	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_016836	CGCC	2	8	30912	30919	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
75	NC_016836	ACGG	2	8	31014	31021	25 %	0 %	50 %	25 %	378828609
76	NC_016836	CCGA	2	8	31048	31055	25 %	0 %	25 %	50 %	378828609
77	NC_016836	CCGG	2	8	31056	31063	0 %	0 %	50 %	50 %	378828609
78	NC_016836	GCCG	2	8	31563	31570	0 %	0 %	50 %	50 %	378828609
79	NC_016836	CCGG	2	8	31914	31921	0 %	0 %	50 %	50 %	378828609
80	NC_016836	GGCC	2	8	32026	32033	0 %	0 %	50 %	50 %	378828609
81	NC_016836	CTGG	2	8	32034	32041	0 %	25 %	50 %	25 %	378828609
82	NC_016836	GGAA	2	8	32346	32353	50 %	0 %	50 %	0 %	378828609
83	NC_016836	CGAC	2	8	32615	32622	25 %	0 %	25 %	50 %	378828609
84	NC_016836	GCCG	2	8	33012	33019	0 %	0 %	50 %	50 %	378828609
85	NC_016836	ACGG	2	8	33226	33233	25 %	0 %	50 %	25 %	378828610
86	NC_016836	GCTC	2	8	33366	33373	0 %	25 %	25 %	50 %	378828610
87	NC_016836	AGGA	2	8	33512	33519	50 %	0 %	50 %	0 %	378828610
88	NC_016836	GCCG	2	8	34552	34559	0 %	0 %	50 %	50 %	378828611
89	NC_016836	GCTG	2	8	34591	34598	0 %	25 %	50 %	25 %	378828611
90	NC_016836	GTCA	2	8	34793	34800	25 %	25 %	25 %	25 %	378828611
91	NC_016836	TCGA	2	8	34872	34879	25 %	25 %	25 %	25 %	378828611
92	NC_016836	CGCC	2	8	35059	35066	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
93	NC_016836	GTCT	2	8	35149	35156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_016836	CGGT	2	8	35558	35565	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_016836	TTCG	2	8	36155	36162	0 %	50 %	25 %	25 %	378828613
96	NC_016836	CCAG	2	8	36476	36483	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016836	GCAA	2	8	36751	36758	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_016836	GATT	2	8	36964	36971	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016836	GAAA	2	8	37683	37690	75 %	0 %	25 %	0 %	378828614
100	NC_016836	CTTG	2	8	37740	37747	0 %	50 %	25 %	25 %	378828614
101	NC_016836	TTGG	2	8	38042	38049	0 %	50 %	50 %	0 %	378828614
102	NC_016836	CGAA	2	8	38117	38124	50 %	0 %	25 %	25 %	378828614
103	NC_016836	GAAC	2	8	38237	38244	50 %	0 %	25 %	25 %	378828614
104	NC_016836	TTGC	2	8	38688	38695	0 %	50 %	25 %	25 %	378828614
105	NC_016836	CGAG	2	8	40846	40853	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_016836	CGAG	2	8	40965	40972	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_016836	GTGG	2	8	41485	41492	0 %	25 %	75 %	0 %	378828616
108	NC_016836	GAAC	2	8	41607	41614	50 %	0 %	25 %	25 %	378828616
109	NC_016836	GTTG	2	8	41683	41690	0 %	50 %	50 %	0 %	378828616
110	NC_016836	GCAT	2	8	41785	41792	25 %	25 %	25 %	25 %	378828616
111	NC_016836	CTGG	2	8	41939	41946	0 %	25 %	50 %	25 %	378828616
112	NC_016836	CGCT	2	8	42588	42595	0 %	25 %	25 %	50 %	378828616
113	NC_016836	GCTT	2	8	42943	42950	0 %	50 %	25 %	25 %	378828616
114	NC_016836	CTAG	2	8	43729	43736	25 %	25 %	25 %	25 %	378828616
115	NC_016836	GGAC	2	8	44384	44391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_016836	GCGA	2	8	44797	44804	25 %	0 %	50 %	25 %	378828620
117	NC_016836	GACA	2	8	45871	45878	50 %	0 %	25 %	25 %	378828621
118	NC_016836	TGCT	2	8	46286	46293	0 %	50 %	25 %	25 %	378828621
119	NC_016836	CGGC	2	8	46665	46672	0 %	0 %	50 %	50 %	378828621
120	NC_016836	ACCA	2	8	46869	46876	50 %	0 %	0 %	50 %	378828621
121	NC_016836	CTTT	2	8	46974	46981	0 %	75 %	0 %	25 %	378828621
122	NC_016836	TCCC	2	8	47443	47450	0 %	25 %	0 %	75 %	378828621
123	NC_016836	GAAG	2	8	47689	47696	50 %	0 %	50 %	0 %	378828621
124	NC_016836	CGGA	2	8	48060	48067	25 %	0 %	50 %	25 %	378828621
125	NC_016836	TGGC	2	8	50661	50668	0 %	25 %	50 %	25 %	378828621
126	NC_016836	CCAC	2	8	51142	51149	25 %	0 %	0 %	75 %	378828621
127	NC_016836	CGGG	2	8	51359	51366	0 %	0 %	75 %	25 %	378828621
128	NC_016836	ATGG	2	8	52130	52137	25 %	25 %	50 %	0 %	378828622
129	NC_016836	AGAT	2	8	52684	52691	50 %	25 %	25 %	0 %	378828622
130	NC_016836	GCCG	2	8	52868	52875	0 %	0 %	50 %	50 %	378828623
131	NC_016836	TGCA	2	8	52962	52969	25 %	25 %	25 %	25 %	378828623
132	NC_016836	GATC	2	8	53122	53129	25 %	25 %	25 %	25 %	378828623
133	NC_016836	CCGG	2	8	53136	53143	0 %	0 %	50 %	50 %	378828623
134	NC_016836	GCTC	2	8	54821	54828	0 %	25 %	25 %	50 %	378828623
135	NC_016836	CACT	2	8	54951	54958	25 %	25 %	0 %	50 %	378828623
136	NC_016836	GGCC	2	8	55265	55272	0 %	0 %	50 %	50 %	378828623
137	NC_016836	GTCG	2	8	55652	55659	0 %	25 %	50 %	25 %	378828624
138	NC_016836	GGTT	2	8	55818	55825	0 %	50 %	50 %	0 %	378828624
139	NC_016836	GCCG	2	8	56045	56052	0 %	0 %	50 %	50 %	378828624
140	NC_016836	GCGG	2	8	56372	56379	0 %	0 %	75 %	25 %	378828624
141	NC_016836	ATCC	2	8	56463	56470	25 %	25 %	0 %	50 %	378828624
142	NC_016836	ATCG	2	8	57056	57063	25 %	25 %	25 %	25 %	378828626
143	NC_016836	CTTT	2	8	57358	57365	0 %	75 %	0 %	25 %	378828626
144	NC_016836	ATGC	2	8	57746	57753	25 %	25 %	25 %	25 %	378828626
145	NC_016836	GAAC	2	8	58052	58059	50 %	0 %	25 %	25 %	378828626
146	NC_016836	AATG	2	8	58646	58653	50 %	25 %	25 %	0 %	378828627
147	NC_016836	GGAA	2	8	59011	59018	50 %	0 %	50 %	0 %	378828627
148	NC_016836	CTCG	2	8	59539	59546	0 %	25 %	25 %	50 %	378828628
149	NC_016836	GGCC	2	8	59549	59556	0 %	0 %	50 %	50 %	378828628
150	NC_016836	CGAC	2	8	59659	59666	25 %	0 %	25 %	50 %	378828628
151	NC_016836	CAGA	2	8	60048	60055	50 %	0 %	25 %	25 %	378828629
152	NC_016836	GGCT	2	8	61231	61238	0 %	25 %	50 %	25 %	378828630
153	NC_016836	GTGC	2	8	61528	61535	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.