MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq201

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016835	AAAGCC	2	12	712	723	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379703933
2	NC_016835	GCCGGT	2	12	940	951	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703933
3	NC_016835	GGCACT	2	12	2676	2687	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379703933
4	NC_016835	ACAAAA	2	12	5918	5929	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379703935
5	NC_016835	AATTTT	2	12	8266	8277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379703936
6	NC_016835	TAAAAA	2	12	8311	8322	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379703936
7	NC_016835	AGAGGG	2	12	11849	11860	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016835	ACAAAA	2	12	13802	13813	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379703941
9	NC_016835	TATGGA	2	12	17792	17803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379703943
10	NC_016835	TTGATA	2	12	17893	17904	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379703943
11	NC_016835	ACAAAA	2	12	18949	18960	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016835	GCGTCG	2	12	21189	21200	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703948
13	NC_016835	TGCCCA	2	12	24670	24681	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379703949
14	NC_016835	GATACC	2	12	25472	25483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379703949
15	NC_016835	ACGGCT	2	12	29324	29335	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379703952
16	NC_016835	CGCAGG	2	12	29690	29701	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379703952
17	NC_016835	CAGCCT	2	12	36279	36290	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379703959
18	NC_016835	TGCCGG	2	12	41357	41368	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703963
19	NC_016835	CGCTGG	2	12	41444	41455	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703963
20	NC_016835	TCTATC	2	12	41512	41523	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379703963
21	NC_016835	CTTCCA	2	12	44524	44535	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379703966
22	NC_016835	GCCGAG	2	12	45704	45715	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379703968
23	NC_016835	CAGCGC	2	12	46759	46770	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379703969
24	NC_016835	TTAATT	2	12	52157	52168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016835	TGCCGG	2	12	54327	54338	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703975
26	NC_016835	CAAAGG	2	12	57172	57183	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379703979
27	NC_016835	CTGAAA	2	12	58177	58188	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379703980
28	NC_016835	ATCTGC	2	12	59686	59697	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379703981
29	NC_016835	TGCCGG	2	12	65739	65750	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379703987
30	NC_016835	AAAAAG	2	12	72101	72112	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379703993
31	NC_016835	TCCCGC	2	12	73745	73756	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	379703996
32	NC_016835	CTGATC	2	12	75708	75719	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379703999
33	NC_016835	CGAATG	2	12	76439	76450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704000
34	NC_016835	ACGATG	2	12	78094	78105	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704001
35	NC_016835	ACTGGC	2	12	81145	81156	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704004
36	NC_016835	GCTGAC	2	12	81417	81428	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704004
37	NC_016835	GCACCA	2	12	84628	84639	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379704008
38	NC_016835	TTTATC	2	12	103232	103243	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379704028
39	NC_016835	ACATTA	2	12	103591	103602	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016835	CCAGCG	2	12	106347	106358	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704033
41	NC_016835	GCCAGC	2	12	106490	106501	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704033
42	NC_016835	CGCCAG	2	12	106858	106869	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704033
43	NC_016835	CCAGCG	2	12	109935	109946	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704035
44	NC_016835	CCAGCG	2	12	111622	111633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704037
45	NC_016835	GCCAGC	2	12	112850	112861	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704038
46	NC_016835	TGCGGT	2	12	117036	117047	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379704042
47	NC_016835	TAAAAA	2	12	117552	117563	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016835	GTCTGG	2	12	119771	119782	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379704043
49	NC_016835	CGCCAT	2	12	120609	120620	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379704044
50	NC_016835	CGGTGA	2	12	122695	122706	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379704046
51	NC_016835	CTGATC	2	12	123551	123562	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704047
52	NC_016835	CGCTGA	2	12	125202	125213	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704048
53	NC_016835	ATCAGC	2	12	129124	129135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704052
54	NC_016835	GTGCTG	2	12	132011	132022	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379704055
55	NC_016835	CAGCGG	2	12	139391	139402	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016835	TGCCAG	2	12	140879	140890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704063
57	NC_016835	TTTCAT	2	12	142555	142566	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379704064
58	NC_016835	AATTTC	2	12	142596	142607	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379704065
59	NC_016835	CACCGG	2	12	146712	146723	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704067
60	NC_016835	TCAGGC	2	12	149190	149201	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704069
61	NC_016835	GTTTGC	2	12	152230	152241	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379704071
62	NC_016835	TGCGGC	2	12	152350	152361	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704071
63	NC_016835	ATCTGG	2	12	152715	152726	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379704072
64	NC_016835	ACACCC	2	12	154578	154589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379704074
65	NC_016835	AAGAAA	2	12	164997	165008	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016835	CGATTT	2	12	173211	173222	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379704091
67	NC_016835	TAAACG	2	12	186200	186211	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379704103
68	NC_016835	GGGCAG	2	12	187406	187417	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	379704104
69	NC_016835	CGGCAA	2	12	187714	187725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379704104
70	NC_016835	TATTGA	2	12	196111	196122	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016835	CATGAA	2	12	199501	199512	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379704116
72	NC_016835	CCGCAT	2	12	200681	200692	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379704116
73	NC_016835	GAAACA	2	12	200833	200844	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379704116
74	NC_016835	GCTGGC	2	12	202544	202555	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704118
75	NC_016835	TGCATC	2	12	203162	203173	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704119
76	NC_016835	AACCTG	2	12	203878	203889	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704120
77	NC_016835	TCAGCG	2	12	204288	204299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704120
78	NC_016835	CGTCAG	2	12	205590	205601	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704123
79	NC_016835	GCATCA	2	12	210694	210705	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704126
80	NC_016835	CAGCGT	2	12	211094	211105	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704126
81	NC_016835	CAGGGC	2	12	212102	212113	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379704126
82	NC_016835	CCAGCG	2	12	220706	220717	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704133
83	NC_016835	CAGCGC	2	12	221685	221696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704133
84	NC_016835	TGCAGA	2	12	225833	225844	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704136
85	NC_016835	CGCCAG	2	12	226212	226223	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704137
86	NC_016835	ACCGGA	2	12	226548	226559	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379704137
87	NC_016835	TGGCAA	2	12	233118	233129	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704142
88	NC_016835	GTGGGT	2	12	235132	235143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379704143
89	NC_016835	AATGAT	2	12	240950	240961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016835	GTGAAA	2	12	241700	241711	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379704147
91	NC_016835	GGCAAG	2	12	243276	243287	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	379704149
92	NC_016835	AAATGA	2	12	245017	245028	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379704149
93	NC_016835	AAACGG	2	12	248176	248187	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379704154
94	NC_016835	GGGCTG	2	12	251359	251370	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	379704157
95	NC_016835	AAAGAT	2	12	253477	253488	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379704160
96	NC_016835	TCACGC	2	12	255440	255451	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379704163
97	NC_016835	GCTGCG	2	12	255539	255550	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704163
98	NC_016835	CGGTAC	2	12	255783	255794	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704163
99	NC_016835	CTACAC	2	12	256642	256653	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379704163
100	NC_016835	AACCTG	2	12	257657	257668	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704163
101	NC_016835	CTGGCG	2	12	258970	258981	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704165
102	NC_016835	CTGTCT	2	12	263463	263474	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379704171
103	NC_016835	GAATCG	2	12	264979	264990	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704172
104	NC_016835	CTTCGT	2	12	265493	265504	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379704173
105	NC_016835	TACCGG	2	12	268165	268176	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704174
106	NC_016835	AGGTCA	2	12	272247	272258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016835	TGAAAG	2	12	275005	275016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379704180
108	NC_016835	GCGCTG	2	12	276070	276081	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704181
109	NC_016835	TGAAAA	2	12	277511	277522	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379704182
110	NC_016835	CGCTGA	2	12	278032	278043	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704182
111	NC_016835	TGGTGC	2	12	278609	278620	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379704183
112	NC_016835	TTTTAT	2	12	280149	280160	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379704184
113	NC_016835	ACTGGC	2	12	280305	280316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704184
114	NC_016835	ATCTGG	2	12	282689	282700	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379704186
115	NC_016835	CGCTTG	2	12	286361	286372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379704189
116	NC_016835	CCGGCT	2	12	286879	286890	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	379704189
117	NC_016835	GGCGCA	2	12	288246	288257	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379704190
118	NC_016835	TGGGCG	2	12	289893	289904	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	379704191
119	NC_016835	TATCGC	2	12	289906	289917	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704191
120	NC_016835	AACGGC	2	12	291840	291851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379704194
121	NC_016835	CGCTGG	2	12	301127	301138	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704200
122	NC_016835	TTTCGG	2	12	301881	301892	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379704201
123	NC_016835	TAAGCA	2	12	313282	313293	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379704211
124	NC_016835	GGATAC	2	12	313503	313514	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704211
125	NC_016835	CCGCGT	2	12	317238	317249	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	379704215
126	NC_016835	CGGCTC	2	12	330241	330252	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	379704227
127	NC_016835	GCGCAG	2	12	331587	331598	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379704227
128	NC_016835	GCTGGC	2	12	334567	334578	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704229
129	NC_016835	AGGAAT	2	12	335726	335737	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016835	GCGTCT	2	12	338684	338695	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379704232
131	NC_016835	TGCCGG	2	12	344450	344461	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704238
132	NC_016835	TCAGCA	2	12	344893	344904	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704239
133	NC_016835	ACAGGA	2	12	352679	352690	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016835	TCCAGA	2	12	353124	353135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704249
135	NC_016835	AAAGAT	2	12	354438	354449	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379704249
136	NC_016835	TAAACC	2	12	355220	355231	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379704250
137	NC_016835	GCGTCA	2	12	355690	355701	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704250
138	NC_016835	TATCCG	2	12	359273	359284	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704254
139	NC_016835	GTTATT	2	12	363241	363252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016835	TTGATC	2	12	363326	363337	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_016835	TGGGCG	2	12	364751	364762	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	379704257
142	NC_016835	CATGAG	2	12	364974	364985	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704257
143	NC_016835	ATCACC	2	12	365623	365634	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379704257
144	NC_016835	TGTTGC	2	12	374904	374915	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379704264
145	NC_016835	TCATTT	2	12	376511	376522	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_016835	CAGGAT	2	12	378729	378740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379704268
147	NC_016835	TGATAA	2	12	384822	384833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379704272
148	NC_016835	TTTCTT	2	12	387627	387638	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379704276
149	NC_016835	GCCAGT	2	12	391380	391391	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704282
150	NC_016835	GGTTCC	2	12	394282	394293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379704284
151	NC_016835	CTGATG	2	12	395206	395217	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379704285
152	NC_016835	CCAGCG	2	12	396446	396457	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379704286
153	NC_016835	CATCGA	2	12	396554	396565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704286
154	NC_016835	TAAACG	2	12	396878	396889	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379704287
155	NC_016835	ATAACG	2	12	397148	397159	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379704287
156	NC_016835	ATGCCG	2	12	399191	399202	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704288
157	NC_016835	TACCGA	2	12	400379	400390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704289
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159	NC_016835	ACGATT	2	12	404742	404753	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379704293
160	NC_016835	GAAGTT	2	12	404978	404989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379704293
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163	NC_016835	GCGCTG	2	12	413239	413250	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704301
164	NC_016835	TTACCG	2	12	413353	413364	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704301
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168	NC_016835	TCTGGA	2	12	424531	424542	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379704309
169	NC_016835	AGCCGG	2	12	424956	424967	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	379704309
170	NC_016835	GCCTGA	2	12	428007	428018	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379704310
171	NC_016835	GACACT	2	12	432020	432031	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379704314
172	NC_016835	GCTTCA	2	12	433074	433085	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379704314
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176	NC_016835	ATTTAT	2	12	446092	446103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_016835	CCGTGG	2	12	462391	462402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	379704339

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.