MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq201

Total Repeats: 267

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016835	AAGCG	2	10	660	669	40 %	0 %	40 %	20 %	379703933
2	NC_016835	CAAAA	2	10	6492	6501	80 %	0 %	0 %	20 %	379703935
3	NC_016835	TGGAT	2	10	8140	8149	20 %	40 %	40 %	0 %	379703936
4	NC_016835	AAAAC	2	10	9319	9328	80 %	0 %	0 %	20 %	379703937
5	NC_016835	ATGGT	2	10	13135	13144	20 %	40 %	40 %	0 %	379703940
6	NC_016835	CAAAA	2	10	14376	14385	80 %	0 %	0 %	20 %	379703941
7	NC_016835	TATCT	2	10	16222	16231	20 %	60 %	0 %	20 %	379703942
8	NC_016835	CGGCG	2	10	16733	16742	0 %	0 %	60 %	40 %	379703943
9	NC_016835	CAAAA	2	10	16958	16967	80 %	0 %	0 %	20 %	379703943
10	NC_016835	GGATT	2	10	17745	17754	20 %	40 %	40 %	0 %	379703943
11	NC_016835	CAGAG	2	10	18214	18223	40 %	0 %	40 %	20 %	379703943
12	NC_016835	CTGGC	2	10	23243	23252	0 %	20 %	40 %	40 %	379703948
13	NC_016835	AACTC	2	10	23860	23869	40 %	20 %	0 %	40 %	379703948
14	NC_016835	CTGTC	2	10	24939	24948	0 %	40 %	20 %	40 %	379703949
15	NC_016835	CAGCG	2	10	27040	27049	20 %	0 %	40 %	40 %	379703950
16	NC_016835	AAAGG	2	10	27061	27070	60 %	0 %	40 %	0 %	379703950
17	NC_016835	GCGCC	2	10	28811	28820	0 %	0 %	40 %	60 %	379703952
18	NC_016835	CGCGC	2	10	29598	29607	0 %	0 %	40 %	60 %	379703952
19	NC_016835	ACGGC	2	10	30225	30234	20 %	0 %	40 %	40 %	379703952
20	NC_016835	TTCCT	2	10	30655	30664	0 %	60 %	0 %	40 %	379703953
21	NC_016835	ACAAA	2	10	31158	31167	80 %	0 %	0 %	20 %	379703954
22	NC_016835	CCTGC	2	10	35085	35094	0 %	20 %	20 %	60 %	379703957
23	NC_016835	TTATT	2	10	35548	35557	20 %	80 %	0 %	0 %	379703958
24	NC_016835	ATTAC	2	10	36017	36026	40 %	40 %	0 %	20 %	379703959
25	NC_016835	CGCTG	2	10	37765	37774	0 %	20 %	40 %	40 %	379703960
26	NC_016835	GGCAT	2	10	39838	39847	20 %	20 %	40 %	20 %	379703962
27	NC_016835	GCTTT	2	10	40308	40317	0 %	60 %	20 %	20 %	379703962
28	NC_016835	CGTGA	2	10	40783	40792	20 %	20 %	40 %	20 %	379703963
29	NC_016835	TCGCG	2	10	43260	43269	0 %	20 %	40 %	40 %	379703965
30	NC_016835	TGCCT	2	10	51302	51311	0 %	40 %	20 %	40 %	379703973
31	NC_016835	GGTCA	2	10	57440	57449	20 %	20 %	40 %	20 %	379703979
32	NC_016835	GCGCA	2	10	61126	61135	20 %	0 %	40 %	40 %	379703984
33	NC_016835	TGTGC	2	10	62025	62034	0 %	40 %	40 %	20 %	379703984
34	NC_016835	AAGGC	2	10	63213	63222	40 %	0 %	40 %	20 %	379703985
35	NC_016835	ATTTT	2	10	63649	63658	20 %	80 %	0 %	0 %	379703985
36	NC_016835	CAGCG	2	10	66354	66363	20 %	0 %	40 %	40 %	379703988
37	NC_016835	GCCGC	2	10	67534	67543	0 %	0 %	40 %	60 %	379703989
38	NC_016835	TGCGC	2	10	68663	68672	0 %	20 %	40 %	40 %	379703989
39	NC_016835	CCGCT	2	10	72426	72435	0 %	20 %	20 %	60 %	379703994
40	NC_016835	TGGCC	2	10	72922	72931	0 %	20 %	40 %	40 %	379703995
41	NC_016835	GAATC	2	10	78265	78274	40 %	20 %	20 %	20 %	379704001
42	NC_016835	CAGCT	2	10	79590	79599	20 %	20 %	20 %	40 %	379704002
43	NC_016835	AATCA	2	10	80509	80518	60 %	20 %	0 %	20 %	379704003
44	NC_016835	TTATT	2	10	84545	84554	20 %	80 %	0 %	0 %	379704008
45	NC_016835	CGCCC	2	10	85874	85883	0 %	0 %	20 %	80 %	379704009
46	NC_016835	ATGCC	2	10	85999	86008	20 %	20 %	20 %	40 %	379704009
47	NC_016835	AACAA	2	10	86727	86736	80 %	0 %	0 %	20 %	379704010
48	NC_016835	CGCGG	2	10	87409	87418	0 %	0 %	60 %	40 %	379704011
49	NC_016835	GGCTG	2	10	89485	89494	0 %	20 %	60 %	20 %	379704013
50	NC_016835	CTGCC	2	10	89684	89693	0 %	20 %	20 %	60 %	379704013
51	NC_016835	TGACC	2	10	90957	90966	20 %	20 %	20 %	40 %	379704013
52	NC_016835	GATCA	2	10	94265	94274	40 %	20 %	20 %	20 %	379704016
53	NC_016835	AAAAC	2	10	95064	95073	80 %	0 %	0 %	20 %	379704017
54	NC_016835	CAGTA	2	10	99120	99129	40 %	20 %	20 %	20 %	379704024
55	NC_016835	TGGCA	2	10	101090	101099	20 %	20 %	40 %	20 %	379704027
56	NC_016835	ACGGA	2	10	102384	102393	40 %	0 %	40 %	20 %	379704027
57	NC_016835	GCGCC	2	10	103405	103414	0 %	0 %	40 %	60 %	379704028
58	NC_016835	GCTGA	2	10	105580	105589	20 %	20 %	40 %	20 %	379704032
59	NC_016835	ACAGA	2	10	109425	109434	60 %	0 %	20 %	20 %	379704035
60	NC_016835	AACGC	2	10	115701	115710	40 %	0 %	20 %	40 %	379704041
61	NC_016835	TAAAA	2	10	116338	116347	80 %	20 %	0 %	0 %	379704041
62	NC_016835	CAGAA	2	10	118313	118322	60 %	0 %	20 %	20 %	379704043
63	NC_016835	GATCA	2	10	118375	118384	40 %	20 %	20 %	20 %	379704043
64	NC_016835	CTGTT	2	10	120474	120483	0 %	60 %	20 %	20 %	379704044
65	NC_016835	CATTC	2	10	122628	122637	20 %	40 %	0 %	40 %	379704046
66	NC_016835	ATCAC	2	10	125985	125994	40 %	20 %	0 %	40 %	379704049
67	NC_016835	GTCAC	2	10	131147	131156	20 %	20 %	20 %	40 %	379704054
68	NC_016835	TCAGG	2	10	133029	133038	20 %	20 %	40 %	20 %	379704055
69	NC_016835	GCCAG	2	10	133091	133100	20 %	0 %	40 %	40 %	379704055
70	NC_016835	CCGCG	2	10	146059	146068	0 %	0 %	40 %	60 %	379704067
71	NC_016835	GATCT	2	10	146862	146871	20 %	40 %	20 %	20 %	379704067
72	NC_016835	GGGCA	2	10	147393	147402	20 %	0 %	60 %	20 %	379704067
73	NC_016835	CTGGA	2	10	149431	149440	20 %	20 %	40 %	20 %	379704069
74	NC_016835	CGCTG	2	10	151788	151797	0 %	20 %	40 %	40 %	379704071
75	NC_016835	CGACC	2	10	152338	152347	20 %	0 %	20 %	60 %	379704071
76	NC_016835	TCGCT	2	10	153201	153210	0 %	40 %	20 %	40 %	379704072
77	NC_016835	ACCTG	2	10	155116	155125	20 %	20 %	20 %	40 %	379704074
78	NC_016835	ACGCT	2	10	155562	155571	20 %	20 %	20 %	40 %	379704074
79	NC_016835	GTAAC	2	10	157588	157597	40 %	20 %	20 %	20 %	379704076
80	NC_016835	ACGGC	2	10	159006	159015	20 %	0 %	40 %	40 %	379704077
81	NC_016835	TGAAA	2	10	163100	163109	60 %	20 %	20 %	0 %	379704080
82	NC_016835	TGAAG	2	10	163644	163653	40 %	20 %	40 %	0 %	379704081
83	NC_016835	GCGAT	2	10	166341	166350	20 %	20 %	40 %	20 %	379704084
84	NC_016835	TCTTG	2	10	167429	167438	0 %	60 %	20 %	20 %	379704085
85	NC_016835	CCGCG	2	10	169421	169430	0 %	0 %	40 %	60 %	379704086
86	NC_016835	GCTGC	2	10	169741	169750	0 %	20 %	40 %	40 %	379704086
87	NC_016835	CGGTG	2	10	169776	169785	0 %	20 %	60 %	20 %	379704086
88	NC_016835	AGCGT	2	10	172898	172907	20 %	20 %	40 %	20 %	379704090
89	NC_016835	GAAAA	2	10	175372	175381	80 %	0 %	20 %	0 %	379704094
90	NC_016835	CTGGC	2	10	175860	175869	0 %	20 %	40 %	40 %	379704094
91	NC_016835	AAATA	2	10	176504	176513	80 %	20 %	0 %	0 %	379704095
92	NC_016835	TGGCG	2	10	180192	180201	0 %	20 %	60 %	20 %	379704098
93	NC_016835	CCGGC	2	10	184141	184150	0 %	0 %	40 %	60 %	379704101
94	NC_016835	GGCCG	2	10	185960	185969	0 %	0 %	60 %	40 %	379704103
95	NC_016835	TTCGT	2	10	187579	187588	0 %	60 %	20 %	20 %	379704104
96	NC_016835	ACCCA	2	10	190088	190097	40 %	0 %	0 %	60 %	379704105
97	NC_016835	CGGCG	2	10	190172	190181	0 %	0 %	60 %	40 %	379704105
98	NC_016835	ATTCC	2	10	199702	199711	20 %	40 %	0 %	40 %	379704116
99	NC_016835	TGTGG	2	10	199735	199744	0 %	40 %	60 %	0 %	379704116
100	NC_016835	TGGCT	2	10	201562	201571	0 %	40 %	40 %	20 %	379704117
101	NC_016835	TTCCG	2	10	202112	202121	0 %	40 %	20 %	40 %	379704118
102	NC_016835	CGGGT	2	10	203127	203136	0 %	20 %	60 %	20 %	379704119
103	NC_016835	GGCGT	2	10	203343	203352	0 %	20 %	60 %	20 %	379704119
104	NC_016835	AGGTG	2	10	204633	204642	20 %	20 %	60 %	0 %	379704120
105	NC_016835	GTCCA	2	10	206772	206781	20 %	20 %	20 %	40 %	379704124
106	NC_016835	CGGCG	2	10	207745	207754	0 %	0 %	60 %	40 %	379704124
107	NC_016835	GCGCG	2	10	208620	208629	0 %	0 %	60 %	40 %	379704125
108	NC_016835	CGGGT	2	10	209916	209925	0 %	20 %	60 %	20 %	379704126
109	NC_016835	GGTGT	2	10	211328	211337	0 %	40 %	60 %	0 %	379704126
110	NC_016835	GGCGC	2	10	211700	211709	0 %	0 %	60 %	40 %	379704126
111	NC_016835	GCTGA	2	10	212412	212421	20 %	20 %	40 %	20 %	379704127
112	NC_016835	CTGGC	2	10	212821	212830	0 %	20 %	40 %	40 %	379704127
113	NC_016835	CGGAA	2	10	212868	212877	40 %	0 %	40 %	20 %	379704127
114	NC_016835	GCTGA	2	10	213753	213762	20 %	20 %	40 %	20 %	379704128
115	NC_016835	TATTT	2	10	213876	213885	20 %	80 %	0 %	0 %	379704129
116	NC_016835	TGCGG	2	10	216779	216788	0 %	20 %	60 %	20 %	379704131
117	NC_016835	CTGCA	2	10	217191	217200	20 %	20 %	20 %	40 %	379704131
118	NC_016835	ACGCC	2	10	221900	221909	20 %	0 %	20 %	60 %	379704133
119	NC_016835	CGCGT	2	10	222365	222374	0 %	20 %	40 %	40 %	379704134
120	NC_016835	ATAAA	2	10	222625	222634	80 %	20 %	0 %	0 %	379704134
121	NC_016835	TGGCG	2	10	224469	224478	0 %	20 %	60 %	20 %	379704135
122	NC_016835	CCGGC	2	10	228982	228991	0 %	0 %	40 %	60 %	379704139
123	NC_016835	CTGAC	2	10	229362	229371	20 %	20 %	20 %	40 %	379704139
124	NC_016835	TTCTG	2	10	236633	236642	0 %	60 %	20 %	20 %	379704144
125	NC_016835	CCACG	2	10	238721	238730	20 %	0 %	20 %	60 %	379704146
126	NC_016835	GCTGG	2	10	240326	240335	0 %	20 %	60 %	20 %	379704146
127	NC_016835	GTGAT	2	10	241362	241371	20 %	40 %	40 %	0 %	379704147
128	NC_016835	CGGGC	2	10	244320	244329	0 %	0 %	60 %	40 %	379704149
129	NC_016835	CGATG	2	10	245311	245320	20 %	20 %	40 %	20 %	379704149
130	NC_016835	TTTGT	2	10	245796	245805	0 %	80 %	20 %	0 %	379704150
131	NC_016835	ATGCC	2	10	245923	245932	20 %	20 %	20 %	40 %	379704150
132	NC_016835	TCAGA	2	10	246999	247008	40 %	20 %	20 %	20 %	379704152
133	NC_016835	GCGCC	2	10	250421	250430	0 %	0 %	40 %	60 %	379704157
134	NC_016835	CGGGC	2	10	251277	251286	0 %	0 %	60 %	40 %	379704157
135	NC_016835	TGGTC	2	10	251638	251647	0 %	40 %	40 %	20 %	379704158
136	NC_016835	CGGCA	2	10	255016	255025	20 %	0 %	40 %	40 %	379704162
137	NC_016835	CGGAA	2	10	256246	256255	40 %	0 %	40 %	20 %	379704163
138	NC_016835	GTGGC	2	10	259310	259319	0 %	20 %	60 %	20 %	379704165
139	NC_016835	GCACC	2	10	260508	260517	20 %	0 %	20 %	60 %	379704166
140	NC_016835	CATTC	2	10	261514	261523	20 %	40 %	0 %	40 %	379704168
141	NC_016835	ACCGG	2	10	265287	265296	20 %	0 %	40 %	40 %	379704172
142	NC_016835	TTTTC	2	10	268534	268543	0 %	80 %	0 %	20 %	379704174
143	NC_016835	CGGCG	2	10	269461	269470	0 %	0 %	60 %	40 %	379704176
144	NC_016835	TCCCG	2	10	269908	269917	0 %	20 %	20 %	60 %	379704177
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146	NC_016835	TGTTT	2	10	275040	275049	0 %	80 %	20 %	0 %	379704180
147	NC_016835	GCGCT	2	10	276209	276218	0 %	20 %	40 %	40 %	379704181
148	NC_016835	CGATG	2	10	278291	278300	20 %	20 %	40 %	20 %	379704182
149	NC_016835	TTCCG	2	10	278450	278459	0 %	40 %	20 %	40 %	379704182
150	NC_016835	TTCTG	2	10	279705	279714	0 %	60 %	20 %	20 %	379704184
151	NC_016835	ATCCA	2	10	282526	282535	40 %	20 %	0 %	40 %	379704186
152	NC_016835	CAAAC	2	10	287310	287319	60 %	0 %	0 %	40 %	379704189
153	NC_016835	CATTC	2	10	288064	288073	20 %	40 %	0 %	40 %	379704190
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155	NC_016835	GGGGC	2	10	288389	288398	0 %	0 %	80 %	20 %	379704190
156	NC_016835	CAAGC	2	10	291463	291472	40 %	0 %	20 %	40 %	379704193
157	NC_016835	CGGAT	2	10	291951	291960	20 %	20 %	40 %	20 %	379704194
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159	NC_016835	CGGTC	2	10	294115	294124	0 %	20 %	40 %	40 %	379704195
160	NC_016835	AGTCC	2	10	295431	295440	20 %	20 %	20 %	40 %	379704195
161	NC_016835	GGCCC	2	10	295887	295896	0 %	0 %	40 %	60 %	379704196
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163	NC_016835	TGGCA	2	10	298123	298132	20 %	20 %	40 %	20 %	379704198
164	NC_016835	AATTT	2	10	299421	299430	40 %	60 %	0 %	0 %	379704199
165	NC_016835	CATCG	2	10	300229	300238	20 %	20 %	20 %	40 %	379704199
166	NC_016835	ACCGC	2	10	304254	304263	20 %	0 %	20 %	60 %	379704203
167	NC_016835	TTCAG	2	10	304350	304359	20 %	40 %	20 %	20 %	379704203
168	NC_016835	TGGTG	2	10	308211	308220	0 %	40 %	60 %	0 %	379704207
169	NC_016835	GGGCA	2	10	309193	309202	20 %	0 %	60 %	20 %	379704207
170	NC_016835	CTGGC	2	10	309642	309651	0 %	20 %	40 %	40 %	379704208
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173	NC_016835	CATGC	2	10	310965	310974	20 %	20 %	20 %	40 %	379704208
174	NC_016835	TCAGC	2	10	311033	311042	20 %	20 %	20 %	40 %	379704208
175	NC_016835	TGGTC	2	10	312495	312504	0 %	40 %	40 %	20 %	379704210
176	NC_016835	TTGCA	2	10	313664	313673	20 %	40 %	20 %	20 %	379704211
177	NC_016835	GGGCA	2	10	314016	314025	20 %	0 %	60 %	20 %	379704212
178	NC_016835	AATTC	2	10	316427	316436	40 %	40 %	0 %	20 %	379704214
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195	NC_016835	CGGCG	2	10	338793	338802	0 %	0 %	60 %	40 %	379704232
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199	NC_016835	CACGG	2	10	350526	350535	20 %	0 %	40 %	40 %	379704246
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203	NC_016835	AATGA	2	10	356194	356203	60 %	20 %	20 %	0 %	379704251
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253	NC_016835	AGTAG	2	10	449146	449155	40 %	20 %	40 %	0 %	379704327
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256	NC_016835	AAAGA	2	10	452100	452109	80 %	0 %	20 %	0 %	379704330
257	NC_016835	TCTGC	2	10	452873	452882	0 %	40 %	20 %	40 %	379704332
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259	NC_016835	GCGAA	2	10	454434	454443	40 %	0 %	40 %	20 %	379704332
260	NC_016835	AATAA	2	10	454515	454524	80 %	20 %	0 %	0 %	379704332
261	NC_016835	TTGTT	2	10	454606	454615	0 %	80 %	20 %	0 %	379704332
262	NC_016835	ACGAT	2	10	455114	455123	40 %	20 %	20 %	20 %	379704334
263	NC_016835	CAGCG	2	10	455780	455789	20 %	0 %	40 %	40 %	379704334
264	NC_016835	AATGA	2	10	457805	457814	60 %	20 %	20 %	0 %	379704335
265	NC_016835	TACCG	2	10	458873	458882	20 %	20 %	20 %	40 %	379704336
266	NC_016835	GAAAT	2	10	460959	460968	60 %	20 %	20 %	0 %	379704338
267	NC_016835	CAGGG	2	10	462569	462578	20 %	0 %	60 %	20 %	379704339

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.