MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq201

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016835	CCCA	2	8	8749	8756	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_016835	CATT	2	8	8780	8787	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_016835	TATT	2	8	12023	12030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016835	TCAA	2	8	18642	18649	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016835	CCGG	2	8	19041	19048	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_016835	TCAG	2	8	24584	24591	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_016835	GGTA	2	8	32947	32954	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016835	CTTG	2	8	33520	33527	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_016835	ATTT	2	8	33546	33553	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016835	TTAA	2	8	35833	35840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016835	CCTG	2	8	39007	39014	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_016835	TTCA	2	8	39133	39140	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016835	AGGA	2	8	58828	58835	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016835	CTCC	2	8	60836	60843	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_016835	TCAG	2	8	62753	62760	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_016835	CCCT	2	8	65143	65150	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_016835	GGGA	2	8	66455	66462	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016835	GGCT	2	8	66520	66527	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016835	GTCC	2	8	70594	70601	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016835	GATG	2	8	72683	72690	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016835	TTCT	2	8	78623	78630	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_016835	AAAT	2	8	83678	83685	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016835	CTAA	2	8	86905	86912	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016835	ATAA	2	8	86980	86987	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016835	ACGC	2	8	86995	87002	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016835	TAAT	2	8	88259	88266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016835	ATTT	2	8	88569	88576	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016835	ATGA	2	8	94432	94439	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016835	ATTT	2	8	97552	97559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016835	CAGG	2	8	98848	98855	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_016835	TTTA	2	8	98887	98894	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016835	ATCC	2	8	99642	99649	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_016835	TATT	2	8	107519	107526	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016835	TGAC	2	8	108210	108217	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_016835	ATAA	2	8	117620	117627	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016835	AAAC	2	8	124243	124250	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_016835	GTTT	2	8	124320	124327	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016835	ACAT	2	8	134038	134045	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_016835	TTAT	2	8	134116	134123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016835	TGGC	2	8	134175	134182	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016835	GAAA	2	8	134206	134213	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016835	AGCC	2	8	134310	134317	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016835	TTGA	2	8	136161	136168	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016835	ATGC	2	8	136480	136487	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016835	TGAT	2	8	138426	138433	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016835	CTTG	2	8	138541	138548	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_016835	TTAT	2	8	138562	138569	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016835	AGGC	2	8	139335	139342	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_016835	AGTA	2	8	139867	139874	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016835	TTAT	2	8	141055	141062	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016835	TAGA	2	8	144135	144142	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016835	TTGG	2	8	144147	144154	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016835	AATA	2	8	145886	145893	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016835	CCGC	2	8	149002	149009	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
55	NC_016835	GGCG	2	8	149022	149029	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
56	NC_016835	TCTT	2	8	156527	156534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016835	TGAA	2	8	158176	158183	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016835	GCGT	2	8	158308	158315	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_016835	GGTG	2	8	164544	164551	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016835	TGAT	2	8	165174	165181	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016835	GCAC	2	8	165889	165896	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016835	TGAG	2	8	165908	165915	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016835	TTAA	2	8	166580	166587	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016835	AAGG	2	8	166669	166676	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016835	TCAA	2	8	167034	167041	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_016835	CACG	2	8	170873	170880	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016835	AAAT	2	8	174115	174122	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016835	CAGG	2	8	180873	180880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_016835	TAAA	2	8	184279	184286	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016835	AGTG	2	8	184352	184359	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016835	TATT	2	8	186501	186508	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016835	TGCG	2	8	186808	186815	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_016835	TCAG	2	8	189161	189168	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_016835	TCCT	2	8	194656	194663	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016835	TGAA	2	8	198124	198131	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016835	ATTC	2	8	204873	204880	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_016835	CGCT	2	8	220046	220053	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_016835	TTAT	2	8	220289	220296	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016835	ATTT	2	8	232615	232622	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016835	GACA	2	8	232659	232666	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016835	GTAA	2	8	233689	233696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016835	AAAT	2	8	236328	236335	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016835	CGTG	2	8	238280	238287	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016835	TAAA	2	8	249198	249205	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016835	CTGC	2	8	252817	252824	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016835	CCGC	2	8	253001	253008	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
87	NC_016835	ATAA	2	8	255329	255336	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016835	CTTC	2	8	263004	263011	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016835	TTCG	2	8	264327	264334	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_016835	GAAG	2	8	270822	270829	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016835	AGTG	2	8	272379	272386	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016835	AGCG	2	8	272651	272658	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_016835	TGAG	2	8	275601	275608	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016835	AGCG	2	8	275700	275707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_016835	CGTT	2	8	275906	275913	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_016835	GATT	2	8	275944	275951	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016835	GGGA	2	8	282016	282023	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016835	TTAT	2	8	282080	282087	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016835	TAAA	2	8	282108	282115	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016835	GGCA	2	8	289154	289161	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_016835	TGGG	2	8	289179	289186	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016835	GGGA	2	8	289369	289376	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016835	GCGG	2	8	290545	290552	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_016835	GCAG	2	8	297298	297305	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_016835	ATTT	2	8	306337	306344	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016835	ATAA	2	8	307551	307558	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016835	GCGG	2	8	309350	309357	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
108	NC_016835	GATT	2	8	309511	309518	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016835	TTAA	2	8	309519	309526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016835	ATAA	2	8	314825	314832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016835	TTGA	2	8	315785	315792	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016835	AAAT	2	8	315829	315836	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016835	AATA	2	8	315872	315879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016835	GTTT	2	8	316005	316012	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016835	TAAT	2	8	318108	318115	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016835	TAAT	2	8	335718	335725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016835	TCAT	2	8	336587	336594	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_016835	TCAT	2	8	339736	339743	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_016835	GCCT	2	8	345626	345633	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_016835	ATGA	3	12	354692	354703	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016835	AACA	2	8	356084	356091	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_016835	TTTA	2	8	357094	357101	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016835	TGAG	2	8	358786	358793	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016835	GCCA	2	8	361520	361527	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
125	NC_016835	ATTA	2	8	363400	363407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016835	TTAA	2	8	363688	363695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016835	TTTA	2	8	370094	370101	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016835	TGCC	2	8	370560	370567	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_016835	AGTG	2	8	370650	370657	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016835	GCAG	2	8	374366	374373	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016835	ATAA	2	8	374407	374414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016835	GTCA	2	8	374501	374508	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_016835	GCGT	2	8	376770	376777	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_016835	TACA	2	8	376785	376792	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016835	TAAA	2	8	387713	387720	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016835	TTAA	2	8	387728	387735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016835	GAAA	2	8	387823	387830	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016835	GAAA	2	8	389183	389190	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016835	ACGC	2	8	389201	389208	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_016835	TGAA	2	8	396701	396708	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016835	ATGA	2	8	401506	401513	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016835	GGTC	2	8	401802	401809	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_016835	CTGA	2	8	402922	402929	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_016835	GGCT	2	8	405333	405340	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016835	TCGT	2	8	406651	406658	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_016835	CATT	2	8	406662	406669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_016835	CAAT	2	8	406691	406698	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_016835	GTTT	2	8	413641	413648	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016835	TAAA	2	8	418058	418065	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016835	TTTC	2	8	418750	418757	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016835	TTTA	2	8	419679	419686	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_016835	AAAC	2	8	426842	426849	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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160	NC_016835	TAAT	2	8	446049	446056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_016835	TTTA	2	8	446163	446170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_016835	TACT	2	8	456905	456912	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
173	NC_016835	ATTT	2	8	457108	457115	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_016835	GCCT	2	8	457185	457192	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.