MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid E

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016834	CAA	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
2	NC_016834	AGA	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181986
3	NC_016834	GTC	2	6	644	649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
4	NC_016834	CTG	2	6	650	655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
5	NC_016834	ACA	2	6	790	795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
6	NC_016834	ATG	2	6	800	805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181986
7	NC_016834	AAT	2	6	1018	1023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181987
8	NC_016834	CAA	2	6	1068	1073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
9	NC_016834	GCA	2	6	1162	1167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181987
10	NC_016834	ACA	2	6	1207	1212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
11	NC_016834	AAC	2	6	1230	1235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
12	NC_016834	TGC	2	6	1283	1288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016834	ATG	2	6	1308	1313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016834	CCT	2	6	1358	1363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181988
15	NC_016834	GTG	2	6	1381	1386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181988
16	NC_016834	GTT	2	6	1734	1739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181989
17	NC_016834	CTG	2	6	1791	1796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181989
18	NC_016834	GTG	2	6	1809	1814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181989
19	NC_016834	GCA	2	6	1925	1930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181989
20	NC_016834	TAT	2	6	2109	2114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016834	TTA	2	6	2236	2241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
22	NC_016834	TAA	2	6	2263	2268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
23	NC_016834	ATT	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
24	NC_016834	TCT	2	6	2321	2326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
25	NC_016834	ATT	2	6	2336	2341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
26	NC_016834	ATT	2	6	2350	2355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
27	NC_016834	ACA	2	6	2405	2410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181990
28	NC_016834	AAT	2	6	2428	2433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
29	NC_016834	TAG	2	6	2457	2462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181990
30	NC_016834	CTT	2	6	2490	2495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
31	NC_016834	TAC	2	6	2499	2504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
32	NC_016834	ATA	2	6	2521	2526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
33	NC_016834	TAA	2	6	2676	2681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
34	NC_016834	GCA	2	6	2720	2725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181990
35	NC_016834	TGG	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181990
36	NC_016834	ATT	2	6	2812	2817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
37	NC_016834	CCA	2	6	2834	2839	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181990
38	NC_016834	ATC	2	6	2893	2898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
39	NC_016834	ATT	2	6	2936	2941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
40	NC_016834	GCT	2	6	3000	3005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181990
41	NC_016834	TTA	2	6	3041	3046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
42	NC_016834	TCT	2	6	3129	3134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
43	NC_016834	TAA	2	6	3148	3153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
44	NC_016834	ATT	2	6	3236	3241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
45	NC_016834	TTA	2	6	3309	3314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
46	NC_016834	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
47	NC_016834	ATT	2	6	3371	3376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
48	NC_016834	TCT	2	6	3414	3419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181991
49	NC_016834	ATT	2	6	3460	3465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181991
50	NC_016834	CAA	2	6	3474	3479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181991
51	NC_016834	AAT	2	6	3715	3720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
52	NC_016834	ACA	2	6	3727	3732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181992
53	NC_016834	ATT	2	6	3747	3752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181992
54	NC_016834	TCA	2	6	3846	3851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
55	NC_016834	TAA	2	6	3853	3858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
56	NC_016834	ATC	2	6	3896	3901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
57	NC_016834	ATT	2	6	3983	3988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016834	TAT	2	6	4042	4047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016834	CAT	2	6	4057	4062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016834	AAT	2	6	4070	4075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016834	TTA	2	6	4137	4142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016834	GAT	2	6	4151	4156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016834	CTT	2	6	4189	4194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016834	ATA	3	9	4215	4223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016834	TAA	2	6	4224	4229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016834	CAT	2	6	4352	4357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
67	NC_016834	AAT	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
68	NC_016834	CAA	2	6	4483	4488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
69	NC_016834	ATT	2	6	4580	4585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181993
70	NC_016834	TCA	2	6	4612	4617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
71	NC_016834	CAA	2	6	4655	4660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
72	NC_016834	CAT	2	6	4766	4771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
73	NC_016834	AAT	2	6	4965	4970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
74	NC_016834	CAA	2	6	4976	4981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
75	NC_016834	AGA	2	6	5047	5052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181993
76	NC_016834	ACT	2	6	5151	5156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
77	NC_016834	ACC	2	6	5283	5288	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181993
78	NC_016834	TTC	2	6	5392	5397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016834	GAT	2	6	5440	5445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016834	GGC	2	6	5501	5506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016834	AGA	2	6	5543	5548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016834	TGA	2	6	5557	5562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016834	TAT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016834	TAT	2	6	5735	5740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016834	ACA	2	6	5763	5768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016834	TAA	2	6	5789	5794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016834	ATT	2	6	5808	5813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016834	CTG	2	6	6013	6018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016834	AAT	2	6	6119	6124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016834	TCA	3	9	6135	6143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016834	TTA	2	6	6144	6149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016834	TGT	2	6	6171	6176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016834	AAC	2	6	6213	6218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016834	GGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016834	AAT	2	6	6560	6565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181994
96	NC_016834	CCT	2	6	6609	6614	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181994
97	NC_016834	CGT	2	6	6695	6700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181994
98	NC_016834	GTG	3	9	6748	6756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181994
99	NC_016834	CTG	2	6	7140	7145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
100	NC_016834	GCC	2	6	7149	7154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
101	NC_016834	TCT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181995
102	NC_016834	CGT	2	6	7206	7211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
103	NC_016834	GCT	2	6	7337	7342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
104	NC_016834	ACG	2	6	7395	7400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181995
105	NC_016834	CGG	2	6	7433	7438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
106	NC_016834	GAA	2	6	7463	7468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
107	NC_016834	CGG	2	6	7475	7480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
108	NC_016834	GAA	2	6	7514	7519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
109	NC_016834	GCC	2	6	7520	7525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
110	NC_016834	CCG	2	6	7862	7867	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
111	NC_016834	GAA	2	6	7898	7903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
112	NC_016834	CTG	2	6	7923	7928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
113	NC_016834	TCA	2	6	8194	8199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
114	NC_016834	ACT	2	6	8252	8257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
115	NC_016834	GAA	2	6	8307	8312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181996
116	NC_016834	TTG	2	6	8412	8417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016834	AGA	2	6	8461	8466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016834	ACC	2	6	8474	8479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_016834	GCG	2	6	8529	8534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016834	GTT	2	6	8638	8643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016834	TAC	2	6	8933	8938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.