MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid A

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016833	GCAGAA	2	12	3250	3261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383181737
2	NC_016833	AGGGAA	2	12	15962	15973	50 %	0 %	50 %	0 %	383181752
3	NC_016833	CAGGAG	2	12	20630	20641	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	383181759
4	NC_016833	GGGCAT	2	12	23382	23393	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181761
5	NC_016833	TATCGA	2	12	36034	36045	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383181775
6	NC_016833	GGGCAT	2	12	37388	37399	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181776
7	NC_016833	TGACAC	2	12	50660	50671	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383181792
8	NC_016833	TACGGT	2	12	50917	50928	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383181792
9	NC_016833	CCGTGG	2	12	51803	51814	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	383181792
10	NC_016833	GAAACT	2	12	52663	52674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383181793
11	NC_016833	ACGGAA	2	12	52809	52820	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383181793
12	NC_016833	ATGCTG	2	12	61198	61209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383181804
13	NC_016833	ATGAAG	2	12	61634	61645	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383181804
14	NC_016833	AACTCA	2	12	63598	63609	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383181810
15	NC_016833	GATGCG	2	12	65113	65124	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181810
16	NC_016833	GATGCG	2	12	67304	67315	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181811
17	NC_016833	GCAGAA	2	12	68605	68616	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383181813
18	NC_016833	AAGCCG	2	12	79410	79421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181828
19	NC_016833	GCTCCT	2	12	81250	81261	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383181830
20	NC_016833	AGAGAA	2	12	85931	85942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181834
21	NC_016833	TATCTG	2	12	87977	87988	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383181836
22	NC_016833	GTTCAT	2	12	93259	93270	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383181841
23	NC_016833	ATACTG	2	12	94470	94481	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383181842
24	NC_016833	TAAAAA	2	12	95615	95626	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383181843
25	NC_016833	GAAAAA	2	12	97582	97593	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383181845
26	NC_016833	AAGTGA	2	12	105405	105416	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383181856
27	NC_016833	AGTGAA	2	12	105526	105537	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383181856
28	NC_016833	GATGCG	2	12	105892	105903	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181857
29	NC_016833	AGAAAA	2	12	106575	106586	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383181857
30	NC_016833	TTAATG	2	12	107917	107928	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383181858
31	NC_016833	CGGTTT	2	12	108920	108931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383181859
32	NC_016833	ATTTAA	2	12	113332	113343	50 %	50 %	0 %	0 %	383181866
33	NC_016833	CGGCTT	2	12	116142	116153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181869
34	NC_016833	GCAGAA	2	12	126341	126352	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383181881
35	NC_016833	TAGTGA	2	12	132290	132301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181889
36	NC_016833	GGTTAT	2	12	132495	132506	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383181889
37	NC_016833	GCAGAA	2	12	136815	136826	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383181892
38	NC_016833	TTTACG	2	12	143223	143234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383181899
39	NC_016833	TCAGCA	2	12	143373	143384	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383181900
40	NC_016833	ACATTT	2	12	143947	143958	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383181900
41	NC_016833	GATGCG	2	12	152362	152373	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181912
42	NC_016833	CCTGCT	2	12	157447	157458	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383181922
43	NC_016833	CAGTTG	2	12	158252	158263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383181922
44	NC_016833	CTTCAT	2	12	165599	165610	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383181929
45	NC_016833	GCCGGA	2	12	166813	166824	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	383181930
46	NC_016833	ATGTGG	2	12	176453	176464	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383181939
47	NC_016833	GCAGGT	2	12	177462	177473	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383181939
48	NC_016833	TGCCCT	2	12	177552	177563	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	383181939
49	NC_016833	AACACG	2	12	179000	179011	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383181940
50	NC_016833	TGGGGA	2	12	179267	179278	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	383181940
51	NC_016833	TCCGCA	2	12	188554	188565	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383181959
52	NC_016833	AGCCAG	2	12	189570	189581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181959
53	NC_016833	GTTTAC	2	12	194005	194016	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383181964
54	NC_016833	ATAAAC	2	12	196233	196244	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383181967
55	NC_016833	CAATAT	2	12	197005	197016	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383181967
56	NC_016833	ATGCTG	2	12	201169	201180	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383181971
57	NC_016833	ATGAAG	2	12	201605	201616	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383181971
58	NC_016833	TCTTTG	2	12	202581	202592	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383181972
59	NC_016833	TGTCTT	2	12	207632	207643	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383181976
60	NC_016833	TGGCGT	2	12	208283	208294	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	383181977

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.