MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016832	TCTTAA	2	12	23209	23220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016832	ACGGTG	2	12	28237	28248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016832	TGTGGT	2	12	74854	74865	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016832	AAAGAA	2	12	75168	75179	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016832	CGGGTG	2	12	118181	118192	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016832	AATGCT	2	12	122807	122818	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016832	AAGAGG	2	12	129997	130008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016832	GGATAA	2	12	135637	135648	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016832	AGATGC	2	12	228415	228426	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016832	ATGCGT	2	12	229337	229348	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016832	GTAAGC	2	12	234187	234198	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016832	GTGCCG	2	12	272761	272772	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016832	GGAAGG	2	12	326913	326924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016832	TTACAT	2	12	342449	342460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016832	CGCTGG	2	12	351313	351324	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016832	CTGTAG	2	12	382218	382229	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016832	GGTGAA	2	12	402728	402739	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016832	ACGCTG	2	12	403737	403748	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016832	CTGACG	2	12	404355	404366	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016832	CTGGTA	2	12	405479	405490	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016832	CGGATA	2	12	406501	406512	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016832	GGTACA	2	12	407803	407814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016832	CGACGG	2	12	408459	408470	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016832	GTCATC	2	12	408714	408725	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016832	GACAGC	2	12	410140	410151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016832	TTAGGT	2	12	418358	418369	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016832	GTGAAT	2	12	447332	447343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016832	ATGAAA	2	12	518901	518912	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016832	ACTTAC	2	12	528922	528933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016832	TTTTCT	2	12	573204	573215	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016832	TTAATG	2	12	609926	609937	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016832	GCTGGC	2	12	668232	668243	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016832	TGAAGG	2	12	680438	680449	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016832	TGGATA	2	12	752531	752542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016832	GATAAA	2	12	774814	774825	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016832	CATAAA	2	12	804822	804833	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016832	TAAACG	2	12	806025	806036	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016832	AGGTTG	2	12	808942	808953	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016832	ACTCAA	2	12	809238	809249	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016832	CTGGAA	2	12	810369	810380	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016832	TTATGT	2	12	820427	820438	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016832	TTGTTA	2	12	820644	820655	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016832	AATAAC	2	12	857471	857482	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016832	TGATTT	2	12	903059	903070	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016832	TTTGAA	2	12	904847	904858	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016832	CGAATC	2	12	913091	913102	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016832	AAAATA	2	12	959443	959454	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016832	AAATTT	2	12	960852	960863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016832	GTTGAC	2	12	963461	963472	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016832	AAATCT	2	12	964348	964359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016832	TGCAGA	2	12	1013746	1013757	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016832	TATCAA	2	12	1019479	1019490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016832	AACCGC	2	12	1028413	1028424	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_016832	GCTTTA	2	12	1037663	1037674	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016832	TACCTG	2	12	1055974	1055985	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016832	TGAAGA	2	12	1099337	1099348	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016832	CGACCA	2	12	1119135	1119146	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_016832	ACGTTG	2	12	1122624	1122635	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016832	TTAACA	2	12	1158730	1158741	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016832	AGCCAA	2	12	1163453	1163464	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016832	CACCAG	2	12	1165339	1165350	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016832	TCGCTC	2	12	1165404	1165415	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_016832	GGTTTA	2	12	1204905	1204916	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016832	AAGCGC	2	12	1228659	1228670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_016832	GGTGAT	2	12	1230942	1230953	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016832	TTTATG	2	12	1250694	1250705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016832	TAGCCT	2	12	1267116	1267127	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016832	CGCTCG	2	12	1300095	1300106	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_016832	CATCGG	2	12	1312005	1312016	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016832	AGTCTT	2	12	1314996	1315007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_016832	AGAAAA	2	12	1402589	1402600	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016832	CATTAA	2	12	1541811	1541822	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016832	TTATTT	2	12	1591224	1591235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016832	ACTGCC	2	12	1592899	1592910	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016832	TCTGTA	2	12	1656233	1656244	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016832	TATAGT	2	12	1672295	1672306	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016832	TCTGCG	2	12	1684900	1684911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_016832	AACAGC	2	12	1694249	1694260	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016832	AATAAA	2	12	1714371	1714382	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016832	GTTTTT	2	12	1743072	1743083	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016832	TCTCGC	2	12	1822401	1822412	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_016832	ATAATT	2	12	1825411	1825422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016832	ATACCG	2	12	1880130	1880141	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016832	TACTCA	2	12	1889756	1889767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016832	CGAGAT	2	12	1924667	1924678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016832	TTGGGT	2	12	1962212	1962223	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016832	ATATTT	2	12	1976362	1976373	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016832	TCAACC	2	12	1982467	1982478	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016832	CGTCAT	2	12	2054276	2054287	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016832	ACGATG	2	12	2075907	2075918	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016832	TTTTCA	2	12	2113991	2114002	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016832	CTTCGC	2	12	2124559	2124570	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_016832	ATCCAG	2	12	2124659	2124670	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016832	TATGGA	2	12	2125068	2125079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016832	CAGCGA	2	12	2144450	2144461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016832	GGCTGC	2	12	2190579	2190590	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016832	GTTAAT	2	12	2193903	2193914	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016832	TTTTTG	2	12	2193955	2193966	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016832	TATTTT	2	12	2194147	2194158	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016832	CATTTT	2	12	2210316	2210327	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016832	CAATCT	4	24	2213347	2213370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016832	TAAAAA	2	12	2252373	2252384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016832	CAACGC	2	12	2322734	2322745	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_016832	ATTTGC	2	12	2349851	2349862	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016832	ACGTTA	2	12	2362170	2362181	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016832	ATTGCA	2	12	2393360	2393371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016832	TGGCGC	2	12	2438986	2438997	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_016832	CGCCTG	2	12	2444989	2445000	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016832	TAAATT	2	12	2487408	2487419	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016832	TGCTAT	2	12	2495795	2495806	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016832	TAATAT	2	12	2560683	2560694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016832	TGAGAA	2	12	2609780	2609791	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016832	ATTTAA	2	12	2619305	2619316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016832	CCTTGC	2	12	2651837	2651848	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_016832	CGCTGT	2	12	2655384	2655395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_016832	GCCTGC	2	12	2656098	2656109	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_016832	CCAGAA	2	12	2657416	2657427	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_016832	GTTAGC	2	12	2664165	2664176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016832	AAACCC	2	12	2733602	2733613	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_016832	AGCGCA	2	12	2733838	2733849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_016832	CTTAGG	2	12	2752748	2752759	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016832	CAATAA	2	12	2769037	2769048	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016832	GAATTC	2	12	2769508	2769519	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016832	GATTAT	2	12	2917636	2917647	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016832	ACGGCA	2	12	2918000	2918011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016832	GCGATC	2	12	2970990	2971001	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016832	GACCAT	11	66	3016050	3016115	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016832	CCACCG	2	12	3016685	3016696	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_016832	TTTTAT	2	12	3018119	3018130	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016832	GTTAGA	3	18	3032097	3032114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016832	CTTCCC	2	12	3089737	3089748	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_016832	CATCGG	2	12	3103338	3103349	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_016832	TCCAGC	2	12	3105162	3105173	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016832	TGCCAC	2	12	3107905	3107916	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016832	AACCGG	2	12	3109960	3109971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_016832	GGCGTA	2	12	3174967	3174978	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016832	AGTTGT	2	12	3205940	3205951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016832	AATGAT	2	12	3211608	3211619	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016832	TAACCA	2	12	3249903	3249914	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_016832	ATTCAA	2	12	3251650	3251661	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_016832	TTATTT	2	12	3253849	3253860	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016832	AACCCT	2	12	3281412	3281423	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_016832	TGTTAT	2	12	3342415	3342426	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016832	ACCGCA	2	12	3388578	3388589	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
145	NC_016832	GCTTTA	2	12	3389512	3389523	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_016832	AAAAGA	2	12	3526722	3526733	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016832	TAACGC	2	12	3592356	3592367	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_016832	AGCCAT	2	12	3601380	3601391	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_016832	TGGACA	2	12	3612544	3612555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_016832	AGTAAA	2	12	3612995	3613006	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016832	TTATAT	2	12	3657535	3657546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016832	ATTGAT	2	12	3669520	3669531	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016832	AACAAA	2	12	3673680	3673691	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_016832	GCATGG	2	12	3674292	3674303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_016832	CAAAGC	2	12	3674831	3674842	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_016832	TGGCGC	2	12	3697936	3697947	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_016832	CGTGGA	2	12	3756393	3756404	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_016832	TCATGT	2	12	3857785	3857796	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_016832	TAATGC	2	12	3869632	3869643	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_016832	AGCGCC	2	12	3878914	3878925	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
161	NC_016832	GTTGAT	2	12	3932050	3932061	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_016832	CGCGCC	2	12	4020173	4020184	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_016832	GCTGGG	2	12	4020382	4020393	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_016832	GAAGCG	2	12	4020989	4021000	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_016832	ATTAAG	2	12	4037655	4037666	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_016832	GAATGA	2	12	4103325	4103336	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_016832	GTGCTC	2	12	4103489	4103500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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169	NC_016832	TTTTGA	2	12	4237799	4237810	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
170	NC_016832	TGTTTT	2	12	4256474	4256485	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_016832	TAACCA	2	12	4260807	4260818	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_016832	TGTTTC	2	12	4318928	4318939	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_016832	GTCTTT	2	12	4321909	4321920	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
174	NC_016832	TGTAAG	2	12	4322012	4322023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_016832	TTTTCA	2	12	4324536	4324547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
176	NC_016832	CGCGTT	2	12	4330676	4330687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_016832	ATATTA	2	12	4365402	4365413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_016832	CGCCGA	2	12	4370755	4370766	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
180	NC_016832	GAGGGG	2	12	4378569	4378580	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_016832	GAAAAA	2	12	4381068	4381079	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_016832	TTATCT	2	12	4681837	4681848	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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205	NC_016832	AATGAT	2	12	4725063	4725074	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.