MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12 plasmid unnamed

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016825	AATAAA	2	12	2135	2146	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378962824
2	NC_016825	CAGACA	2	12	3088	3099	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378962825
3	NC_016825	GGATAC	2	12	5894	5905	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378962831
4	NC_016825	GCATCC	2	12	8114	8125	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378962834
5	NC_016825	TGATAT	2	12	8845	8856	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378962835
6	NC_016825	CGGAAC	2	12	14302	14313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378962841
7	NC_016825	TGTTTG	2	12	18915	18926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378962846
8	NC_016825	GCATTT	2	12	24114	24125	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378962851
9	NC_016825	CCCGAA	2	12	25495	25506	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378962854
10	NC_016825	ATCTTG	2	12	34534	34545	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378962862
11	NC_016825	GATATT	2	12	37334	37345	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	378962863
12	NC_016825	CAGCCA	2	12	40820	40831	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	378962867
13	NC_016825	TTCCAT	2	12	54254	54265	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378962884
14	NC_016825	AATCTG	2	12	54827	54838	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378962886
15	NC_016825	TTTCCT	2	12	55448	55459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378962887
16	NC_016825	GCTGTT	2	12	57895	57906	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378962888
17	NC_016825	CATTTC	2	12	60489	60500	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378962891
18	NC_016825	TCTTGC	2	12	67825	67836	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	378962903
19	NC_016825	GGAATA	2	12	67920	67931	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	378962903
20	NC_016825	GCTAAC	2	12	69971	69982	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378962906
21	NC_016825	TCTGGG	2	12	77975	77986	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378962911
22	NC_016825	TACAGG	2	12	80034	80045	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378962918
23	NC_016825	CATAGC	2	12	82682	82693	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378962919
24	NC_016825	TGCGGT	2	12	84956	84967	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378962920
25	NC_016825	TGAAGC	2	12	93310	93321	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378962936
26	NC_016825	ATACAC	2	12	94233	94244	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	378962938
27	NC_016825	CGTTTT	2	12	98285	98296	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	378962942
28	NC_016825	TCACGC	2	12	104367	104378	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	378962956
29	NC_016825	GTCAGG	2	12	105300	105311	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378962959
30	NC_016825	CAGCGT	2	12	106002	106013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378962961
31	NC_016825	GAAGAG	2	12	108774	108785	50 %	0 %	50 %	0 %	378962969
32	NC_016825	GTTTGT	2	12	111819	111830	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378962972
33	NC_016825	AGAAAA	2	12	126399	126410	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378962990
34	NC_016825	GGTCGT	2	12	132350	132361	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378962999
35	NC_016825	TCAGCG	2	12	133687	133698	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378963000
36	NC_016825	TAAAAA	2	12	142644	142655	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	378963008
37	NC_016825	AAGACC	2	12	143630	143641	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	378963009
38	NC_016825	TTCATT	2	12	159723	159734	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	378963030
39	NC_016825	AGCATC	2	12	165476	165487	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	378963037
40	NC_016825	CGGAAC	2	12	173361	173372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378963042
41	NC_016825	CCGCTG	2	12	177609	177620	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378963050

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.