MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12 plasmid unnamed

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016825	GCCTG	2	10	959	968	0 %	20 %	40 %	40 %	378962823
2	NC_016825	GTTTT	2	10	2359	2368	0 %	80 %	20 %	0 %	378962825
3	NC_016825	CAACA	2	10	3045	3054	60 %	0 %	0 %	40 %	378962825
4	NC_016825	GTCAG	2	10	3515	3524	20 %	20 %	40 %	20 %	378962826
5	NC_016825	TCGTG	2	10	3989	3998	0 %	40 %	40 %	20 %	378962826
6	NC_016825	CCCTT	2	10	4458	4467	0 %	40 %	0 %	60 %	378962827
7	NC_016825	GTAAC	2	10	6751	6760	40 %	20 %	20 %	20 %	378962833
8	NC_016825	AGTAC	2	10	7224	7233	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016825	TTGAT	2	10	9865	9874	20 %	60 %	20 %	0 %	378962836
10	NC_016825	GAACT	2	10	9908	9917	40 %	20 %	20 %	20 %	378962836
11	NC_016825	GAAAA	2	10	12053	12062	80 %	0 %	20 %	0 %	378962838
12	NC_016825	ATCCC	2	10	19929	19938	20 %	20 %	0 %	60 %	378962847
13	NC_016825	TTTGA	2	10	20877	20886	20 %	60 %	20 %	0 %	378962848
14	NC_016825	GATCA	2	10	21925	21934	40 %	20 %	20 %	20 %	378962849
15	NC_016825	TGCTC	2	10	22491	22500	0 %	40 %	20 %	40 %	378962851
16	NC_016825	ATCTG	2	10	22572	22581	20 %	40 %	20 %	20 %	378962851
17	NC_016825	GTTCA	2	10	22946	22955	20 %	40 %	20 %	20 %	378962851
18	NC_016825	AAATA	2	10	23400	23409	80 %	20 %	0 %	0 %	378962851
19	NC_016825	TCTCC	2	10	26163	26172	0 %	40 %	0 %	60 %	378962855
20	NC_016825	TCCAG	2	10	27007	27016	20 %	20 %	20 %	40 %	378962855
21	NC_016825	TTTCG	2	10	28443	28452	0 %	60 %	20 %	20 %	378962855
22	NC_016825	TGAAC	2	10	28629	28638	40 %	20 %	20 %	20 %	378962855
23	NC_016825	CTCTT	2	10	30975	30984	0 %	60 %	0 %	40 %	378962858
24	NC_016825	CTTGC	2	10	31798	31807	0 %	40 %	20 %	40 %	378962858
25	NC_016825	GCTTC	2	10	34233	34242	0 %	40 %	20 %	40 %	378962862
26	NC_016825	ACCAT	2	10	35358	35367	40 %	20 %	0 %	40 %	378962862
27	NC_016825	CCGGG	2	10	36860	36869	0 %	0 %	60 %	40 %	378962862
28	NC_016825	GTTTT	2	10	40832	40841	0 %	80 %	20 %	0 %	378962867
29	NC_016825	CTTAC	2	10	43033	43042	20 %	40 %	0 %	40 %	378962871
30	NC_016825	TCTGA	2	10	43225	43234	20 %	40 %	20 %	20 %	378962871
31	NC_016825	TGTAA	2	10	44977	44986	40 %	40 %	20 %	0 %	378962873
32	NC_016825	TTCTT	2	10	46491	46500	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016825	GATTA	2	10	48775	48784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016825	CGCAT	2	10	49717	49726	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_016825	CTGAT	2	10	49932	49941	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016825	CATCA	2	10	52198	52207	40 %	20 %	0 %	40 %	378962883
37	NC_016825	CAGTA	2	10	53135	53144	40 %	20 %	20 %	20 %	378962883
38	NC_016825	GTGAT	2	10	54546	54555	20 %	40 %	40 %	0 %	378962886
39	NC_016825	CAAAA	2	10	55124	55133	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016825	AAAGC	2	10	55278	55287	60 %	0 %	20 %	20 %	378962887
41	NC_016825	ACTGC	2	10	58531	58540	20 %	20 %	20 %	40 %	378962888
42	NC_016825	TTCAT	2	10	58794	58803	20 %	60 %	0 %	20 %	378962888
43	NC_016825	GGGGA	2	10	59127	59136	20 %	0 %	80 %	0 %	378962889
44	NC_016825	AGAAT	2	10	64248	64257	60 %	20 %	20 %	0 %	378962895
45	NC_016825	AGGTT	2	10	64472	64481	20 %	40 %	40 %	0 %	378962896
46	NC_016825	ATGTT	2	10	65745	65754	20 %	60 %	20 %	0 %	378962900
47	NC_016825	GTAGT	2	10	65911	65920	20 %	40 %	40 %	0 %	378962900
48	NC_016825	TTCAA	2	10	67142	67151	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016825	TTAAA	2	10	69767	69776	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016825	TTCAA	2	10	71031	71040	40 %	40 %	0 %	20 %	378962907
51	NC_016825	CGCGA	2	10	72004	72013	20 %	0 %	40 %	40 %	378962908
52	NC_016825	AGCTT	2	10	73468	73477	20 %	40 %	20 %	20 %	378962909
53	NC_016825	AAACC	2	10	77452	77461	60 %	0 %	0 %	40 %	378962911
54	NC_016825	AGGGT	2	10	78079	78088	20 %	20 %	60 %	0 %	378962912
55	NC_016825	GGTGT	2	10	82302	82311	0 %	40 %	60 %	0 %	378962919
56	NC_016825	GAAAT	2	10	82965	82974	60 %	20 %	20 %	0 %	378962920
57	NC_016825	ACATC	2	10	83715	83724	40 %	20 %	0 %	40 %	378962920
58	NC_016825	GCCTT	2	10	86108	86117	0 %	40 %	20 %	40 %	378962922
59	NC_016825	CACGA	2	10	86739	86748	40 %	0 %	20 %	40 %	378962923
60	NC_016825	GAGCA	2	10	87012	87021	40 %	0 %	40 %	20 %	378962924
61	NC_016825	GCATG	2	10	88879	88888	20 %	20 %	40 %	20 %	378962928
62	NC_016825	ACCGC	2	10	92964	92973	20 %	0 %	20 %	60 %	378962935
63	NC_016825	TGCAC	2	10	98339	98348	20 %	20 %	20 %	40 %	378962942
64	NC_016825	TTAGT	2	10	99276	99285	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016825	AAAAT	2	10	103642	103651	80 %	20 %	0 %	0 %	378962955
66	NC_016825	CATCT	2	10	110833	110842	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_016825	CTGCA	2	10	111116	111125	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_016825	GCCAT	2	10	112045	112054	20 %	20 %	20 %	40 %	378962973
69	NC_016825	GGAAC	2	10	113628	113637	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016825	AGCGA	2	10	115294	115303	40 %	0 %	40 %	20 %	378962981
71	NC_016825	TGCAT	2	10	115524	115533	20 %	40 %	20 %	20 %	378962981
72	NC_016825	GAAAT	2	10	115815	115824	60 %	20 %	20 %	0 %	378962981
73	NC_016825	AACGT	2	10	116576	116585	40 %	20 %	20 %	20 %	378962982
74	NC_016825	GTGAG	2	10	119365	119374	20 %	20 %	60 %	0 %	378962984
75	NC_016825	GGCTG	2	10	119427	119436	0 %	20 %	60 %	20 %	378962984
76	NC_016825	AATGC	2	10	120305	120314	40 %	20 %	20 %	20 %	378962985
77	NC_016825	AGGTA	2	10	121454	121463	40 %	20 %	40 %	0 %	378962985
78	NC_016825	ATTAA	2	10	126211	126220	60 %	40 %	0 %	0 %	378962990
79	NC_016825	GTTCC	2	10	131327	131336	0 %	40 %	20 %	40 %	378962997
80	NC_016825	CAGCG	2	10	131879	131888	20 %	0 %	40 %	40 %	378962999
81	NC_016825	CGATC	2	10	132205	132214	20 %	20 %	20 %	40 %	378962999
82	NC_016825	TGGCG	2	10	132665	132674	0 %	20 %	60 %	20 %	378962999
83	NC_016825	TAAAA	2	10	133373	133382	80 %	20 %	0 %	0 %	378963000
84	NC_016825	TGCGA	2	10	134334	134343	20 %	20 %	40 %	20 %	378963001
85	NC_016825	CTGCG	2	10	135269	135278	0 %	20 %	40 %	40 %	378963001
86	NC_016825	TGTGT	2	10	135741	135750	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016825	CTGGC	2	10	136236	136245	0 %	20 %	40 %	40 %	378963002
88	NC_016825	GCATG	2	10	136374	136383	20 %	20 %	40 %	20 %	378963002
89	NC_016825	GCAGC	2	10	137268	137277	20 %	0 %	40 %	40 %	378963003
90	NC_016825	TTCGT	2	10	137710	137719	0 %	60 %	20 %	20 %	378963003
91	NC_016825	TGGCT	2	10	139941	139950	0 %	40 %	40 %	20 %	378963005
92	NC_016825	TGAAG	2	10	140154	140163	40 %	20 %	40 %	0 %	378963005
93	NC_016825	TTAAG	2	10	140688	140697	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016825	AACAT	2	10	140924	140933	60 %	20 %	0 %	20 %	378963006
95	NC_016825	ACACC	2	10	141218	141227	40 %	0 %	0 %	60 %	378963006
96	NC_016825	CAATC	2	10	141426	141435	40 %	20 %	0 %	40 %	378963006
97	NC_016825	CTCAA	2	10	142127	142136	40 %	20 %	0 %	40 %	378963007
98	NC_016825	ATTAT	2	10	142775	142784	40 %	60 %	0 %	0 %	378963008
99	NC_016825	GGTAA	2	10	142876	142885	40 %	20 %	40 %	0 %	378963008
100	NC_016825	CCAAG	2	10	144210	144219	40 %	0 %	20 %	40 %	378963009
101	NC_016825	TAGAT	2	10	144481	144490	40 %	40 %	20 %	0 %	378963010
102	NC_016825	AAAGT	2	10	144492	144501	60 %	20 %	20 %	0 %	378963010
103	NC_016825	TTCCT	2	10	146002	146011	0 %	60 %	0 %	40 %	378963012
104	NC_016825	TCCAA	2	10	146069	146078	40 %	20 %	0 %	40 %	378963012
105	NC_016825	GATTG	2	10	149019	149028	20 %	40 %	40 %	0 %	378963016
106	NC_016825	GGTGT	2	10	149227	149236	0 %	40 %	60 %	0 %	378963016
107	NC_016825	ATGTT	2	10	149521	149530	20 %	60 %	20 %	0 %	378963016
108	NC_016825	CTTAA	2	10	149757	149766	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_016825	GGCTA	2	10	153255	153264	20 %	20 %	40 %	20 %	378963020
110	NC_016825	CACAC	2	10	153414	153423	40 %	0 %	0 %	60 %	378963021
111	NC_016825	GGGTT	2	10	157685	157694	0 %	40 %	60 %	0 %	378963027
112	NC_016825	AGCTG	2	10	158769	158778	20 %	20 %	40 %	20 %	378963029
113	NC_016825	AATTC	2	10	159412	159421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016825	ACAGA	2	10	159637	159646	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016825	CTGCG	2	10	161403	161412	0 %	20 %	40 %	40 %	378963033
116	NC_016825	TTTCA	2	10	162464	162473	20 %	60 %	0 %	20 %	378963034
117	NC_016825	CCCTG	2	10	162589	162598	0 %	20 %	20 %	60 %	378963034
118	NC_016825	TCCTG	2	10	163206	163215	0 %	40 %	20 %	40 %	378963035
119	NC_016825	CGCAG	2	10	163482	163491	20 %	0 %	40 %	40 %	378963035
120	NC_016825	GGCGC	2	10	164662	164671	0 %	0 %	60 %	40 %	378963036
121	NC_016825	CAGCT	2	10	169830	169839	20 %	20 %	20 %	40 %	378963041
122	NC_016825	TGGCC	2	10	169989	169998	0 %	20 %	40 %	40 %	378963041
123	NC_016825	GGGCT	2	10	170983	170992	0 %	20 %	60 %	20 %	378963041
124	NC_016825	GGTGC	2	10	171302	171311	0 %	20 %	60 %	20 %	378963041
125	NC_016825	CAGTA	2	10	172020	172029	40 %	20 %	20 %	20 %	378963041
126	NC_016825	ACTGC	2	10	176245	176254	20 %	20 %	20 %	40 %	378963048
127	NC_016825	GCTTC	2	10	176304	176313	0 %	40 %	20 %	40 %	378963048
128	NC_016825	AGGAT	2	10	179135	179144	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016825	GACAC	2	10	179629	179638	40 %	0 %	20 %	40 %	378963054

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.