MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella sonnei 53G

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016822	GAAAAT	2	12	10612	10623	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016822	AAGGGA	2	12	90843	90854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016822	CGCCAT	2	12	154823	154834	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_016822	TTCAAT	2	12	165592	165603	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016822	TCTCCC	2	12	174977	174988	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_016822	TCACCC	2	12	175028	175039	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_016822	GTAGTG	2	12	211537	211548	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016822	TTTTCT	2	12	326150	326161	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016822	CTATTT	2	12	327186	327197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016822	TTTATT	2	12	353568	353579	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016822	AACAAT	2	12	399658	399669	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016822	TATTGA	2	12	404314	404325	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016822	TTTTCA	2	12	471543	471554	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016822	CAGGCG	2	12	490383	490394	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016822	TGCAAA	2	12	577629	577640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016822	ATTTTT	2	12	677977	677988	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016822	TTTACC	2	12	688889	688900	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016822	AATATT	2	12	824872	824883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016822	CAGAAA	2	12	836896	836907	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016822	TAACCG	2	12	936151	936162	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016822	TATATC	2	12	939425	939436	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016822	AAATAA	2	12	968793	968804	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016822	AAAGAT	2	12	1005535	1005546	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016822	TGTCCA	2	12	1027114	1027125	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016822	CGCGAT	2	12	1048435	1048446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016822	TAAGGA	2	12	1049380	1049391	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016822	ATAATG	2	12	1050794	1050805	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016822	CTGGCG	2	12	1081695	1081706	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016822	CTATAG	2	12	1133538	1133549	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016822	GGGGTA	2	12	1135191	1135202	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016822	CAAAAA	2	12	1147079	1147090	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016822	TTTAGC	2	12	1223671	1223682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016822	ACGCTT	2	12	1246409	1246420	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016822	ACTCGA	2	12	1246429	1246440	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_016822	CAGGCT	2	12	1246561	1246572	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016822	ATAAGA	2	12	1256815	1256826	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016822	TCAGAA	2	12	1272845	1272856	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016822	TGAATT	2	12	1274431	1274442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016822	CATTAA	2	12	1281556	1281567	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016822	GTACTG	2	12	1331103	1331114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016822	GGCGGG	2	12	1331128	1331139	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016822	GACAGT	2	12	1353609	1353620	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016822	TATAAA	2	12	1411249	1411260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016822	AAAGAA	2	12	1415146	1415157	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016822	GTAATA	2	12	1434131	1434142	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016822	TGAATG	2	12	1441908	1441919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016822	ACAATA	5	30	1476015	1476044	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016822	CTGTTC	2	12	1537399	1537410	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016822	CTTTTT	2	12	1614938	1614949	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016822	AGTCTT	2	12	1623858	1623869	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016822	AAAACA	2	12	1624118	1624129	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016822	TTATTT	2	12	1624750	1624761	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016822	TAAGTA	2	12	1638407	1638418	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016822	CAAAAA	2	12	1735722	1735733	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016822	TAAATA	2	12	1737522	1737533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016822	CATAAC	3	18	1793013	1793030	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016822	TAACGG	2	12	1801850	1801861	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016822	TATGAA	2	12	1805137	1805148	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016822	ATCAAT	2	12	1816041	1816052	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016822	ATATCA	2	12	1816075	1816086	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016822	GTTTTT	2	12	1816730	1816741	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016822	GCTTAT	2	12	1843217	1843228	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016822	CGGTTA	2	12	1855085	1855096	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016822	ATTTAT	2	12	1855220	1855231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016822	TCATTT	2	12	1933854	1933865	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016822	CAGTAG	2	12	1939318	1939329	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016822	ATAAAA	2	12	1941817	1941828	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016822	CTGTTT	2	12	1950137	1950148	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016822	TTAAAT	2	12	1960234	1960245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016822	AGTTAT	2	12	2031621	2031632	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016822	CTGTTT	2	12	2042744	2042755	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016822	CTGCTC	2	12	2085933	2085944	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_016822	CTTTTC	2	12	2102800	2102811	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016822	GCACCA	2	12	2105038	2105049	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016822	AAAAAC	2	12	2106012	2106023	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016822	CTTTTG	2	12	2129766	2129777	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016822	GGGTAT	2	12	2151040	2151051	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016822	ACGCTG	2	12	2223339	2223350	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016822	TTTTGT	2	12	2285583	2285594	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016822	TCCCCC	2	12	2315150	2315161	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
81	NC_016822	TTTTTC	2	12	2370273	2370284	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016822	CAGTAG	2	12	2375893	2375904	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016822	TCTTCC	2	12	2427291	2427302	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016822	GACACT	2	12	2491214	2491225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016822	TTACCC	2	12	2551451	2551462	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016822	TAAATG	2	12	2569313	2569324	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016822	TGTCAC	2	12	2582945	2582956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016822	AGAAAA	2	12	2593225	2593236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016822	GAAACA	2	12	2614853	2614864	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016822	TAAAAA	2	12	2628293	2628304	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016822	GTTGAC	2	12	2628653	2628664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016822	CTAGAG	2	12	2633765	2633776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016822	GTTAAC	2	12	2680172	2680183	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016822	GTTAAC	2	12	2680236	2680247	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016822	CTGATG	2	12	2700244	2700255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016822	GTTATG	2	12	2718086	2718097	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016822	CAAGTG	2	12	2731204	2731215	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016822	ATCTTC	2	12	2776395	2776406	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016822	TCCTTC	2	12	2834145	2834156	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_016822	ATTTTG	2	12	2868646	2868657	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016822	GCTGGC	2	12	2878718	2878729	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016822	TGGACA	2	12	2884838	2884849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016822	CAGTAG	2	12	2899233	2899244	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_016822	ATTTCT	2	12	2943306	2943317	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016822	TTATTG	2	12	2946011	2946022	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016822	TATTTT	2	12	2946675	2946686	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016822	CGGAAG	2	12	2964473	2964484	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016822	CAGTTT	2	12	2980842	2980853	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_016822	ATTAAC	2	12	3079788	3079799	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016822	AGGGAG	2	12	3085954	3085965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016822	TCCCCC	2	12	3095001	3095012	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
112	NC_016822	GGTTTT	2	12	3220449	3220460	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016822	ACAAGA	2	12	3224780	3224791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_016822	TTTGTT	2	12	3249603	3249614	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016822	GTAAGG	2	12	3356316	3356327	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016822	ACTGAG	2	12	3383106	3383117	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016822	CGCCAC	2	12	3439451	3439462	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_016822	TTATAT	2	12	3492905	3492916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016822	CACCCC	2	12	3510554	3510565	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
120	NC_016822	AGTTGT	2	12	3518344	3518355	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016822	CTTTTT	2	12	3524460	3524471	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016822	AATGAT	2	12	3525295	3525306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016822	GTAACC	2	12	3583504	3583515	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_016822	AGACAA	2	12	3585124	3585135	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016822	TGCATT	2	12	3595159	3595170	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016822	CTTTCT	2	12	3621253	3621264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016822	CACCAA	2	12	3827093	3827104	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016822	AATTTA	2	12	3842844	3842855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016822	GAAATA	2	12	3956909	3956920	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016822	AGATGC	2	12	3958576	3958587	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016822	TGAAAA	2	12	3973448	3973459	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016822	TAAAAC	2	12	4052857	4052868	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016822	GATAAA	2	12	4131840	4131851	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016822	GGCAAA	2	12	4178117	4178128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_016822	CGCGTC	2	12	4192319	4192330	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016822	GCTGGG	2	12	4199331	4199342	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016822	GAAGCG	2	12	4199957	4199968	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016822	AGATTT	2	12	4211107	4211118	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016822	CTTTTT	2	12	4267966	4267977	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_016822	AGGGAG	2	12	4289022	4289033	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016822	TATGAC	2	12	4352843	4352854	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_016822	GGGAGT	2	12	4421711	4421722	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016822	TCCGTA	2	12	4455516	4455527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_016822	CGAAAG	2	12	4518819	4518830	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_016822	TTCTTT	2	12	4593032	4593043	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_016822	TCATTT	2	12	4594600	4594611	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_016822	TAACCA	2	12	4613236	4613247	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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149	NC_016822	AATATC	2	12	4686803	4686814	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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151	NC_016822	TCTCCC	2	12	4698971	4698982	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_016822	CTGATA	2	12	4715930	4715941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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157	NC_016822	TGCCAG	2	12	4908964	4908975	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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159	NC_016822	AATGAT	2	12	4953509	4953520	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_016822	TTATCA	2	12	4953602	4953613	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_016822	AGTAAA	2	12	4977525	4977536	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.