MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq202

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016819	ACATC	2	10	2819	2828	40 %	20 %	0 %	40 %	383192315
2	NC_016819	ATCCC	2	10	8189	8198	20 %	20 %	0 %	60 %	383192319
3	NC_016819	AAATT	2	10	12005	12014	60 %	40 %	0 %	0 %	383192322
4	NC_016819	TCTGG	2	10	12032	12041	0 %	40 %	40 %	20 %	383192322
5	NC_016819	CATGC	2	10	12086	12095	20 %	20 %	20 %	40 %	383192322
6	NC_016819	ACCGG	2	10	15254	15263	20 %	0 %	40 %	40 %	383192324
7	NC_016819	GCGCG	2	10	18786	18795	0 %	0 %	60 %	40 %	383192328
8	NC_016819	ATTGC	2	10	20152	20161	20 %	40 %	20 %	20 %	383192329
9	NC_016819	CCGGC	2	10	25472	25481	0 %	0 %	40 %	60 %	383192334
10	NC_016819	CTGCA	2	10	34809	34818	20 %	20 %	20 %	40 %	383192344
11	NC_016819	GCGCG	2	10	37024	37033	0 %	0 %	60 %	40 %	383192346
12	NC_016819	CTGAC	2	10	43782	43791	20 %	20 %	20 %	40 %	383192352
13	NC_016819	ACCAC	2	10	44631	44640	40 %	0 %	0 %	60 %	383192352
14	NC_016819	AAAGA	2	10	46689	46698	80 %	0 %	20 %	0 %	383192355
15	NC_016819	ACGCC	2	10	48882	48891	20 %	0 %	20 %	60 %	383192358
16	NC_016819	GAAGA	2	10	50757	50766	60 %	0 %	40 %	0 %	383192359
17	NC_016819	CAATC	2	10	59636	59645	40 %	20 %	0 %	40 %	383192368
18	NC_016819	TCCCA	2	10	63408	63417	20 %	20 %	0 %	60 %	383192372
19	NC_016819	TGACC	2	10	64192	64201	20 %	20 %	20 %	40 %	383192372
20	NC_016819	TGGGC	2	10	67417	67426	0 %	20 %	60 %	20 %	383192374
21	NC_016819	ACCAC	2	10	71438	71447	40 %	0 %	0 %	60 %	383192378
22	NC_016819	CTGAT	2	10	71742	71751	20 %	40 %	20 %	20 %	383192378
23	NC_016819	TCTGG	2	10	71914	71923	0 %	40 %	40 %	20 %	383192378
24	NC_016819	TGGTC	2	10	75199	75208	0 %	40 %	40 %	20 %	383192380
25	NC_016819	GGTAA	2	10	75849	75858	40 %	20 %	40 %	0 %	383192381
26	NC_016819	CCTGA	2	10	77540	77549	20 %	20 %	20 %	40 %	383192384
27	NC_016819	GACCC	2	10	77972	77981	20 %	0 %	20 %	60 %	383192384
28	NC_016819	TTTAT	2	10	79233	79242	20 %	80 %	0 %	0 %	383192385
29	NC_016819	TCTTT	2	10	80083	80092	0 %	80 %	0 %	20 %	383192385
30	NC_016819	GATGA	2	10	86815	86824	40 %	20 %	40 %	0 %	383192393
31	NC_016819	CGGCC	2	10	88889	88898	0 %	0 %	40 %	60 %	383192394
32	NC_016819	CAGGT	2	10	90629	90638	20 %	20 %	40 %	20 %	383192396
33	NC_016819	AAGGC	2	10	93752	93761	40 %	0 %	40 %	20 %	383192397
34	NC_016819	CGACA	2	10	97431	97440	40 %	0 %	20 %	40 %	383192400
35	NC_016819	ACGGG	2	10	97602	97611	20 %	0 %	60 %	20 %	383192400
36	NC_016819	TCAGA	2	10	97841	97850	40 %	20 %	20 %	20 %	383192401
37	NC_016819	CGCAC	2	10	98177	98186	20 %	0 %	20 %	60 %	383192401
38	NC_016819	ACCGG	2	10	98826	98835	20 %	0 %	40 %	40 %	383192401
39	NC_016819	CAGAT	2	10	99753	99762	40 %	20 %	20 %	20 %	383192402
40	NC_016819	CCCAG	2	10	101425	101434	20 %	0 %	20 %	60 %	383192403
41	NC_016819	CGGCC	2	10	102507	102516	0 %	0 %	40 %	60 %	383192405
42	NC_016819	GCCCG	2	10	105045	105054	0 %	0 %	40 %	60 %	383192407
43	NC_016819	GCCAG	2	10	105288	105297	20 %	0 %	40 %	40 %	383192408
44	NC_016819	CTGTT	2	10	106162	106171	0 %	60 %	20 %	20 %	383192409
45	NC_016819	GATCG	2	10	108224	108233	20 %	20 %	40 %	20 %	383192411
46	NC_016819	GCAGC	2	10	110084	110093	20 %	0 %	40 %	40 %	383192413
47	NC_016819	GCCAG	2	10	110585	110594	20 %	0 %	40 %	40 %	383192413
48	NC_016819	CTGTC	2	10	111294	111303	0 %	40 %	20 %	40 %	383192415
49	NC_016819	TCGCC	2	10	112435	112444	0 %	20 %	20 %	60 %	383192415

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.